View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17351_low_6 (Length: 565)

Name: NF17351_low_6
Description: NF17351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17351_low_6
NF17351_low_6
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-548)||(15016406-15016936)
chr1 (18-551)||(15024405-15024938)
chr1 (18-551)||(15031746-15032279)
chr1 (18-551)||(15001395-15001928)
chr1 (18-551)||(15036308-15036841)
chr1 (18-551)||(15010288-15010821)
chr1 (34-438)||(14467204-14467608)
chr1 (34-518)||(14503303-14503787)
chr1 (18-414)||(14522915-14523311)
chr1 (34-438)||(14533052-14533456)
chr1 (192-434)||(15040161-15040403)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (34-411)||(12207-12584)
scaffold0400 (34-438)||(5892-6296)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (34-411)||(12850-13227)
scaffold0365 (34-438)||(6536-6940)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (120-438)||(16102283-16102601)
chr7 (120-438)||(16171961-16172279)
chr7 (280-411)||(17847959-17848090)
chr7 (254-410)||(15665775-15665931)
chr7 (101-438)||(16024482-16024819)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (254-410)||(18643-18799)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 15016936 - 15016406
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15016936 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgttcaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 15016837  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15016836 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 15016737  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
15016736 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaatttgaccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaa 15016637  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
15016636 gtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttttgttcaagcctcagtctcttaaggcttgagcaattcttcaaactctctgga 15016537  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
15016536 actaggcctgtgaactggttaagagcagcagagaatttttccaacttcccaccgacacaaatattatgaggtaaatgaccaacaaaattattatcataca 15016437  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctatt 548  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
15016436 aatcgagtgctttcaaatcggtaagcctatt 15016406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15024938 - 15024405
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15024938 caatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 15024839  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
15024838 agctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaat 15024739  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||    
15024738 tattaccagagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaa 15024639  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
15024638 gtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcctcactcttttaaggcttaagcaattcttcaaactctctgga 15024539  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||  | | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
15024538 actaagccagtgaactggttaagtccagcagtgaatttttttatcttcccaccgacacaaatattgtgaggtaaatgaccaacaaaattattaacatcta 15024439  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15024438 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 15024405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15032279 - 15031746
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15032279 caatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 15032180  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
15032179 agctcctttggaatttttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaat 15032080  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||    
15032079 tattaccagagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaa 15031980  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
15031979 gtttggatacacaccaaaactatttgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcctcactcttttaaggcttaagcaattcttcaaactctctgga 15031880  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||  | | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
15031879 actaagccagtgaactggttaagtccagcagtgaatttttttatcttcccaccgacacaaatattgtgaggtaaatgaccaacaaaattattaacatcta 15031780  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15031779 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 15031746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15001928 - 15001395
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15001928 caatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtactggaacttctccataaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 15001829  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    | ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15001828 aactcctttggaatttttcgcattagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 15001729  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
15001728 tattgttggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaaatccatgtattccaa 15001629  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
15001628 atttggatacacaccaaagctgtctgttatatttccagtcagttggttttgttgaagtctcactctcgtaaggcttgagcaattcttcaaactctctgga 15001529  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||   | | ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
15001528 actaggcctgtgaactggttaagtgcaacagtgaacatttttaacttcccaccgttacaaatattgtgaggtaaatgaccaacaaaattattatcagata 15001429  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 551  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
15001428 aatggagtacttccaaatctgtaagcctattcat 15001395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15036841 - 15036308
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |    
15036841 caatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgaacaacaaagataaatatttt 15036742  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
15036741 agctcctttggaatttttcccattagatcgtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtattcttccagttaaat 15036642  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    ||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
15036641 tattaccggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaagtccatgtagtccaa 15036542  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
15036541 gtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttttggttaagcctcaatctctcaaggcttgagcaattcttcaaactctctgga 15036442  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
15036441 actaggcctctgaactggttaagtgcagcagtgaatgtttttaacttcccaccgacacaaatattgtgaggtaaatgaccaataaatttattatcatata 15036342  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 551  Q
    | | |||| |||||||||| ||||||||||||||    
15036341 attcgagtacttccaaatccgtaagcctattcat 15036308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15010821 - 15010288
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
15010821 caatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaaggagagtttgaacaacaaagataagtattct 15010722  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaat 217  Q
    | ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
15010721 aactcctttggaatttttcccattagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcacttcctagttctggtggtattcttcctgttaaat 15010622  T
218 tattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaa 317  Q
    ||||    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
15010621 tattaccagagatttttaggcttgtgagaatcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcactcaattccatgtagtccaa 15010522  T
318 gtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttga 417  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
15010521 gtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtaagttggttttgatcaagcctcagtctcgtaaggcttgagcaattcttcaaactctctgga 15010422  T
418 actaggcctgtgaactggttaagtgctgcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatata 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
15010421 actaggcctgtgaactggttaagtgcagcagtgaatgtttttaacttcccaccaacacaaatattgtgaggtaaatgaccaacaaaaatattatcagata 15010322  T
518 aatggagtgcttccaaatcggtaagcctattcat 551  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
15010321 aatggagtacttccaaatcgataagcctattcat 15010288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 34 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 14467608 - 14467204
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    ||||||||| ||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
14467608 tgcaatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctgaaagatgattgttacttaccgagagttggatcaacaaagataagctttctagctcctttggaattt 14467509  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| |||||||    
14467508 ttcccgtaagatggtttgaagacaggtttagttcatgtaaatttgttgctcggcctagttctggcggtatgcttcctgttaaattgttattgaagatttt 14467409  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| |||    
14467408 aaggcatgtgagattcatgcattttccccaattcggtgatagatggccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaattttggatgcacgcca 14467309  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaact 433  Q
    ||   ||| ||||||||  |||| | ||| ||||||| || ||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| | |||||||||| |    
14467308 aaggcatcagttatattgtcagttagttgattttgttgaagccttactctataaaggctagagcagttcttcaaactctttggaattgggcctgtgaatt 14467209  T
434 ggtta 438  Q
    |||||    
14467208 ggtta 14467204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 34 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 14503787 - 14503303
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    ||||||||| |||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||    
14503787 tgcaatgatgcaatttgtataggaacctctccagaaagatgattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagacaagtttcctagatcctttggaattt 14503688  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttg-ctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagattt 232  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||| | |||| |||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||    
14503687 ttccagtaagatggtttgatgacaagttaagttcatgtaaattaattgtctcagccaa-ttcttgtggtatatttcctgttaaattgttattggagattt 14503589  T
233 taaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacc 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||| |||||    
14503588 taaggcttgtgagactcttgcactttccccaatttggtgatagatggccatacaaattattttcactcaattccatgtagtccaaatgtggataaacacc 14503489  T
333 aaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaac 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| || || ||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | | ||||||||     
14503488 aaaaccatctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattctttaaactctttggaattggccctgtgaat 14503389  T
433 tggttaagtgct-gcagtgaatcgtctcaacttcccaccgacacaaatattttgaggtaaatgaccaacaaaattattatcatataa 518  Q
    ||||| | | || ||||||||   | ||||| | ||||| |||||||| || ||||||||||| || |  |||||||||||| ||||    
14503388 tggtt-attactagcagtgaaatttgtcaacattccaccaacacaaatgttgtgaggtaaatggcctatgaaattattatcagataa 14503303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 14522915 - 14523311
Alignment:
18 caatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttct 117  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    |||||||||| ||    
14522915 caatgtagttagttcatgcaatgatgcaatctgcataggaacttctcccgaaagatgattattacttatcgagagttggatcagtgcagataagtttcct 14523014  T
118 agctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgct-ctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaa 216  Q
    || |||||||||||||| ||  |||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||||| |||||| | ||| | ||||||||||||||||||| | |||    
14523015 agatcctttggaatttttcctataagttgatttgaggacaagtcaagtatatgtaaattggttgcttcagccaa-ttctggtggtatgcttcctattaaa 14523113  T
217 ttattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtcca 316  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
14523114 ttattattggagattttaaggcttgtcagattcttgcacttcccccaatttggagaaagataaccataaaaattattatcacttaattctatgtagtcca 14523213  T
317 agtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctct 414  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||  |||| |||  ||||||| || || |||||||||||||||    
14523214 aatttggatacacaccaaaactatctgttatatttcctgtcattttgttttggttaagtctcaatcttataaggctagaacagttcttcaaactctct 14523311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 438
Target Start/End: Original strand, 14533052 - 14533456
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
14533052 tgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctctggaattt 14533151  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
    | || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||     
14533152 ttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgaggtatgcttccagttaaattattgttggagatttg 14533251  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||    
14533252 aagacttgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcactcaattccatgtagtccaaatttggatacacgcca 14533351  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaact 433  Q
    ||   ||| ||||||||  |||| | ||| ||||||| ||  || |||||  |||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | |||||||||| |    
14533352 aaggcatcagttatattgtcagttatttgattttgttgaagtcttactctgataagactggagcacttcttcaaactctttggaattgggcctgtgaatt 14533451  T
434 ggtta 438  Q
    |||||    
14533452 ggtta 14533456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 192 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 15040403 - 15040161
Alignment:
192 ttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaatta 291  Q
    |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| || |||| ||| ||| || | |||    
15040403 ttctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgcgttttccccaattaggtgaaatatggccaaaatattta 15040304  T
292 ttatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggc 391  Q
    ||| |||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  ||||||||||| || |    
15040303 ttaccactcaattccatgtagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaagtctcactctctttagac 15040204  T
392 tggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaactg 434  Q
    | || |||||||||||||||| | ||| | | |||||||||||    
15040203 ttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactg 15040161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 34 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 12584 - 12207
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
12584 tgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaattt 12485  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
    | || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||     
12484 ttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatgcttccagttaaattattgttggagatttg 12385  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||| ||||||    
12384 aagacttgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacacca 12285  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| || || ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
12284 aaaccatctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattcttcaaactc 12207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 34 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6296 - 5892
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    |||||| || ||||||| ||||| ||||||||   |||||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
6296 tgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6197  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
      || || || || || || || | ||  |||  |  |||||| ||||||  | | | ||| ||||||||||||||||  | |||||| ||| | | |||    
6196 ctcctgtgagttgattcgaggaaaggtccagtatagttaaattggttgcttcggccaattcgggtggtatgcttcctgatatattattattgaaaacttt 6097  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||    
6096 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagagagatgaccataaaaattattatcactcaattccatatattccaaattcggatacacacca 5997  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaact 433  Q
    || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| | ||||||| ||  ||||||    
5996 aagctatctgttatatttgcagtcagttggttttgttgaagtctcactctcttaaggcttgagcaattttttaaactctttggaactagaccaatgaact 5897  T
434 ggtta 438  Q
    |||||    
5896 ggtta 5892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 34 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 13227 - 12850
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
13227 tgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaattt 13128  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
    | || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||     
13127 ttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatgcttccagttaaattattgttggagatttg 13028  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||| ||||||    
13027 aagacttgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacacca 12928  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactc 411  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| || || ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
12927 aaaccatctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattcttcaaactc 12850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 34 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6940 - 6536
Alignment:
34 tgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 133  Q
    |||||| || ||||||| ||||| ||||||||   |||||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
6940 tgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6841  T
134 tccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttt 233  Q
      || || || || || || || | ||  |||  |  |||||| ||||||  | | | ||| ||||||||||||||||  | |||||| ||| | | |||    
6840 ctcctgtgagttgattcgaggaaaggtccagtatagttaaattggttgcttcggccaattcgggtggtatgcttcctgatatattattattgaaaacttt 6741  T
234 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacacca 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||    
6740 aaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagagagatgaccataaaaattattatcactcaattccatatattccaaattcggatacacacca 6641  T
334 aaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaact 433  Q
    || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| | ||||||| ||  ||||||    
6640 aagctatctgttatatttgcagtcagttggttttgttgaagtctcactctcttaaggcttgagcaattttttaaactctttggaactagaccaatgaact 6541  T
434 ggtta 438  Q
    |||||    
6540 ggtta 6536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16102601 - 16102283
Alignment:
120 ctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaatta 219  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||  |   ||||| | ||| || |||| ||||||||||||    ||||  | ||||    
16102601 ctccttcggaattttccctgtgagatggtttgaagataagtcaagtatacccaaattgggtgcccttcctatttctggtggtatatgacctgatatatta 16102502  T
220 ttgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagt 319  Q
    || | ||| ||| | | |||||| || || |  |||||||||||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||| | ||| |    
16102501 ttatgggaaattatgaagcttgttaggttttgacactttccccaattcgatgaaaggtgtccgtaaaaattgttttcacttaagtctatgtaattcaaat 16102402  T
320 ttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaac 419  Q
    ||||||| |||| ||||   | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||  || | |||  ||| ||| |||||||||||||||||||   ||||    
16102401 ttggataaacactaaaatcttgtgttatatttccagtaagttggttttggtcaagtctaagtcttataatgctagagcaattcttcaaactcttaggaac 16102302  T
420 taggcctgtgaactggtta 438  Q
    | |||| ||||| ||||||    
16102301 tcggccggtgaagtggtta 16102283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16172279 - 16171961
Alignment:
120 ctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaatta 219  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||  |   ||||| | ||| || |||| ||||||||||||    ||||  | ||||    
16172279 ctccttcggaattttccctgtgagatggtttgaagataagtcaagtatacccaaattggatgcccttcctatttctggtggtatatgacctgatatatta 16172180  T
220 ttgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagt 319  Q
    || | ||| ||| | | |||||| || || |  |||||||||||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||| | ||| |    
16172179 ttatgggaaattatgaagcttgttaggttttgacactttccccaattcgatgaaaggtgtccgtaaaaattgttttcacttaagtctatgtaattcaaat 16172080  T
320 ttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaactctcttgaac 419  Q
    ||||||| |||| ||||   | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||  || | |||  ||| ||| |||||||||||||||||||   ||||    
16172079 ttggataaacactaaaatcttgtgttatatttccagtaagttggttttggtcaagtctaagtcttataatgctagagcaattcttcaaactcttaggaac 16171980  T
420 taggcctgtgaactggtta 438  Q
    | |||| ||||| ||||||    
16171979 tcggccggtgaagtggtta 16171961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 280 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 17848090 - 17847959
Alignment:
280 ccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctca 379  Q
    |||||||||||||| | ||| || | |||||| ||||| || ||||||||||||||   |||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||| |    
17848090 ccataaaaattattttgactcaaatgcatgtaatccaaattcggatacacaccaaagaaatctgttatatttccagaaagttggttttgttcaagcctaa 17847991  T
380 ctctcttaaggctggagcaattcttcaaactc 411  Q
     |||   || ||| ||||||||||||||||||    
17847990 ttcttacaatgcttgagcaattcttcaaactc 17847959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 410
Target Start/End: Original strand, 15665775 - 15665931
Alignment:
254 actttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatctgttatatttcc 353  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||   ||  ||||| | ||||| ||||| || ||||| |||  ||||||||| |||||    
15665775 actttccccaattggatgaaaggtgaccataaaaattattgtcatccaatcccatgaactccaaatttgggtatacacccaaatcatctgttatgtttcc 15665874  T
354 agtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaact 410  Q
    |  ||  ||||| ||||||| ||| | |||  ||||||| |||||||||||||||||    
15665875 atccatatggttatgttcaagcctaagtctaataaggctagagcaattcttcaaact 15665931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 101 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16024819 - 16024482
Alignment:
101 acaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtgg 200  Q
    |||||||||||||   || |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||  |   ||||| | ||| |  |||| |||||||||    
16024819 acaaagataagttgcttaactcctttggaatttcccctgtgagatggtttgaagataagtcaagtgaacccaaattgggtgcccctcctatttctggtgg 16024720  T
201 tatgcttcctgtcaaattattgttggagattttaaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcactt 300  Q
    |||    ||||  | |||||| ||||| || || | | |||| || || | | ||||| ||||||| |  ||||| || ||||||||||| || | ||||    
16024719 tatatggcctgatatattattattggaaatattgaaggttgtcaggttatggaacttttcccaattggatgaaaggtgtccataaaaattgttttgactt 16024620  T
301 aagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatctgttatatttccagtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaat 400  Q
    || | ||||||  |||| | |||||| ||||||||    || |||||||||||||| | ||||||||||||||  |  | |||  ||| ||| |||||||    
16024619 aattgcatgtaaaccaaatctggatatacaccaaagtcttcggttatatttccagtaagttggttttgttcaagtcgaagtcttataatgctagagcaat 16024520  T
401 tcttcaaactctcttgaactaggcctgtgaactggtta 438  Q
    |||||||||||| | ||||  |||| ||||| ||||||    
16024519 tcttcaaactctttggaacgcggccagtgaagtggtta 16024482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 254 - 410
Target Start/End: Original strand, 18643 - 18799
Alignment:
254 actttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcacttaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactatctgttatatttcc 353  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||   ||  ||||| | ||||| ||||| || ||||| |||  ||||||||| |||||    
18643 actttccccaattagatgaaaggtgaccataaaaattattgtcatccaatcccatgaactccaaatttgggtatacacccaaatcatctgttatgtttcc 18742  T
354 agtcaattggttttgttcaatcctcactctcttaaggctggagcaattcttcaaact 410  Q
    |  ||  ||||| ||||||| ||| | |||  ||||||| |||||||||||||||||    
18743 atccatatggttatgttcaagcctaagtctaataaggctagagcaattcttcaaact 18799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University