View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17359_low_1 (Length: 1145)

Name: NF17359_low_1
Description: NF17359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17359_low_1
NF17359_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (143-1142)||(21283642-21284641)
chr1 (21-81)||(21283520-21283580)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1076-1122)||(38064249-38064295)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (712-756)||(30598559-30598603)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 968; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 968; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 1142
Target Start/End: Original strand, 21283642 - 21284641
Alignment:
Q  143 cagaaagggagatttgtggttgtggatgaagggtttgggttggaattggaggatttgttgagggcttcagcttatgtggtggggaagagtaggagtggga 242  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21283642 cagaaggggagatttgtggtggtggatgaagggtttgggttggaattggaggatttgttgagggcttcagcttatgtggtggggaagagtaggagtggga 21283741  T
Q  243 ttgtttataaagttgttggtggagggaaagggtctgttccggcagcgacagtggcggttagacggttgagtgagggcgacgatggtggtttacggtttaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21283742 ttgtttataaagttgttggtggagggaaagggtctgttccggcagcgacagtggcggttagacggttgagtgagggtgacgatggtggtttacggtttaa 21283841  T
Q  343 ggaatttgaggctgaggtggaggctattgggagactgagacaccctaatgttgtgcctttgagagcttattactatgctagtgatgagaaacttctcatc 442  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21283842 ggaatttgaggctgaggtggaagctattgggagactgagacaccctaatgttgtgcctttgagagcttattactatgctagtgatgaaaaacttctcatc 21283941  T
Q  443 actgatttcattcgcaatggaagcttgcacactgctttgcatggtatcacttctcatactttttagttctttgtttaattagtctacattttgatttcta 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21283942 actgatttcattcgcaatggaagcttgcacactgctttgcatggtatcgcttctcatactttttagttctttgtttaattagtctacattttgatttcta 21284041  T
Q  543 tgtgaaaatctatgactttactttgatcaaattgtataaatctatgattaatgcttaatttggatgtcaatgtttgtttttgattgcaaattcatgtagt 642  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21284042 tgtgaaaatctatgactttacattgatcaaattgtataaatctatgattaatgcttaatttggatgtcaatgtttgtttttgattgcaaattcatgtagt 21284141  T
Q  643 aaggaaatcacttttcaaatgctacatttagttttcttcttagttagtgtttggttccatagttgagaagaattgattttgtttattcccattaaactta 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21284142 aaggaaatcacttttcaaatgctacatttagttttcttcttagttagtgtttggttccatagttgagaagaattgattttgtttattcccattaaactta 21284241  T
Q  743 atcatagtgaaaacctatgtgtttggtcttcctcagacaaaccttagtttgactagatgttgtaatgtgataatgaataacttttggcttcatttgaaaa 842  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21284242 atcatagtgaaaacctatgtgtttggtcttcctcagacaaaccttagtttgactagatgttgtaatgtgataatgaataacttttggcttcatttgaaaa 21284341  T
Q  843 atctacactaatttacattctaagttaaaagagtaaaaatcatcaaaagtcactttacctcaaattctttttaaagaaacattacttttaaactcagctg 942  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21284342 atctacactaatttacattctaagttaaaagagtaaaaatcatcaaaagtcactttacctcaaattctttttaaagaaacattacttttaaactcagctg 21284441  T
Q  943 taaccaaatcaactgtacatcaaacacttagtagtacagtgtcacttgtgatttggttttggtatgagtaggtgacaaagtactattccttgtgagtgca 1042  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21284442 taaccaaatcaactgtacatcaaacacttagtagtacagtgtcacttgtgatttggttttggtatgagtaggtgacaaagtactattccttgtgagtgca 21284541  T
Q  1043 cattgttgtcactgtgtggttgagttcaaattcttgttttttacttttgagagctaatgatgttgccatgtgattgtggccatgatgatgatgtccatct 1142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21284542 cattgttgtcactgtgtggttgagttcaaattcttgttttttacttttgagagctaatgatgttgccatgtgattgtggccatgatgatgatgtgcatct 21284641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 81
Target Start/End: Original strand, 21283520 - 21283580
Alignment:
Q  21 ttggggtggtggtggttttgatgttggtggttgtgaggaggcggcggaggaggttgaatga 81  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21283520 ttggggtggtggtggttttgatgttggtggttgtgaggaggcgacggaggaggttgaatga 21283580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1076 - 1122
Target Start/End: Original strand, 38064249 - 38064295
Alignment:
Q  1076 ttgttttttacttttgagagctaatgatgttgccatgtgattgtggc 1122  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  38064249 ttgttttttgcttttgagagctaataatgttgacatgtgattgtggc 38064295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 712 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 30598603 - 30598559
Alignment:
Q  712 gaattgattttgtttattcccattaaacttaatcatagtgaaaac 756  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30598603 gaattgattttggttgttcccattaaacttaattatagtgaaaac 30598559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University