View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17372_low_7 (Length: 363)

Name: NF17372_low_7
Description: NF17372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17372_low_7
NF17372_low_7
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (150-331)||(52055064-52055247)
chr4 (156-281)||(1158222-1158348)
chr4 (171-332)||(49866671-49866823)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (150-330)||(25955877-25956059)
chr5 (150-330)||(42250116-42250298)
chr5 (147-328)||(1501287-1501471)
chr5 (155-330)||(38280190-38280367)
chr5 (172-324)||(7886377-7886530)
chr5 (156-267)||(38951387-38951499)
chr5 (285-328)||(38951527-38951570)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (149-331)||(2286457-2286641)
chr7 (155-332)||(7527179-7527358)
chr7 (149-330)||(11765706-11765889)
chr7 (157-330)||(23844642-23844817)
chr7 (150-330)||(496683-496865)
chr7 (156-330)||(42535132-42535307)
chr7 (150-282)||(25185899-25186032)
chr7 (171-328)||(40855070-40855230)
chr7 (150-282)||(48057665-48057798)
chr7 (232-279)||(4649281-4649328)
chr7 (285-328)||(31427170-31427213)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (150-332)||(33594434-33594618)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (171-330)||(4076861-4077022)
chr8 (151-330)||(3780276-3780457)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (18-149)||(16141626-16141753)
chr1 (150-331)||(30339636-30339819)
chr1 (150-328)||(20186760-20186940)
chr1 (150-330)||(51787272-51787453)
chr1 (172-332)||(9672887-9673046)
chr1 (150-267)||(43740388-43740506)
chr1 (286-331)||(43740308-43740352)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (149-320)||(47940825-47940998)
chr3 (155-328)||(49786398-49786573)
chr3 (150-332)||(8436811-8436995)
chr3 (172-297)||(8153001-8153128)
chr3 (150-210)||(29836808-29836868)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (155-330)||(11828962-11829139)
chr2 (150-330)||(13922185-13922367)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 150 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 52055247 - 52055064
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  52055247 gagtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 52055148  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtg-cagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52055147 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 52055064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 156 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 1158348 - 1158222
Alignment:
Q  156 tgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttcctttt 254  Q
    ||||||||| ||||  ||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |  || |||| |||||||||||||| |||    
T  1158348 tgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttcccttt 1158249  T
Q  255 catccatctctctcctctcaaatatgt 281  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  1158248 cattcatctctctcctctcaaatatgt 1158222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 171 - 332
Target Start/End: Original strand, 49866671 - 49866823
Alignment:
Q  171 cataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcc 269  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||  ||||||| |||||  ||||| | |||| | ||  ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  49866671 cataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctcc 49866770  T
Q  270 tctcaaatatgtgcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 332  Q
    ||||| |          |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49866771 tctcata----------gtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcctt 49866823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 150 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 25956059 - 25955877
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  25956059 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 25955960  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25955959 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 25955877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 150 - 330
Target Start/End: Original strand, 42250116 - 42250298
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||  || |||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||    
T  42250116 gagtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctctt 42250215  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42250216 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 42250298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 1501471 - 1501287
Alignment:
Q  147 tttgagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctct 245  Q
    ||||||| |||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||  |||| ||||||| | ||   |||||||||||||    
T  1501471 tttgagtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctct 1501372  T
Q  246 cttccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt--gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1501371 cttctctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 1501287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 155 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 38280367 - 38280190
Alignment:
Q  155 gtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttt 253  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||  ||    
T  38280367 gtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 38280268  T
Q  254 tcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38280267 tcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 38280190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 172 - 324
Target Start/End: Original strand, 7886377 - 7886530
Alignment:
Q  172 ataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcct 270  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| |||  | | |||||||||||||| ||||||  ||||||||||     
T  7886377 ataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttccctttcatatatctctctccc 7886476  T
Q  271 ctcaaatatgtgcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatca 324  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  7886477 ctcaaatatgtagggtgtatgggtggtatgaaaatattagtggtctaccaatca 7886530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 267
Target Start/End: Original strand, 38951387 - 38951499
Alignment:
Q  156 tgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttcctttt 254  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| || || |||| |||||||| ||| | |||| | |    
T  38951387 tgatacatgcacattcatagatggcatatatacttaaatctcaacacaaatatgtgatatgtggcttaaatttcacaaacactttatcttttttccctat 38951486  T
Q  255 catccatctctct 267  Q
    |||||||||||||    
T  38951487 catccatctctct 38951499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 328
Target Start/End: Original strand, 38951527 - 38951570
Alignment:
Q  285 gtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38951527 gtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctatcaatcatttt 38951570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 149 - 331
Target Start/End: Original strand, 2286457 - 2286641
Alignment:
Q  149 tgagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctct 247  Q
    |||||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  2286457 tgagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctct 2286556  T
Q  248 tccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtg-cagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2286557 tccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 2286641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 155 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 7527358 - 7527179
Alignment:
Q  155 gtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttt 253  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||   ||  |||||||||||||| ||  |||    
T  7527358 gtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctcttttttttt 7527259  T
Q  254 tcatccatctctctcctctcaaatatgtgcag-tgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7527258 tcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 7527179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 149 - 330
Target Start/End: Original strand, 11765706 - 11765889
Alignment:
Q  149 tgagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctct 247  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| ||| || | ||| ||||||||||||||||    
T  11765706 tgagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctct 11765805  T
Q  248 tccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    ||  |||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  11765806 tctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 11765889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 157 - 330
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844817
Alignment:
Q  157 gatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttc 255  Q
    |||||||| |||| |||||||  |||||||||| ||| ||| ||| |||||||||  ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  256 atccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  |||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaaatatgagtggtttatcaatcattttcc 23844817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 150 - 330
Target Start/End: Original strand, 496683 - 496865
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  | ||| |||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  496683 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 496782  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |  |||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  496783 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 496865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 156 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 42535307 - 42535132
Alignment:
Q  156 tgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttcctttt 254  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| | || ||| ||| ||||||||||||||||||  |||    
T  42535307 tgatatatgtacactcataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttctcttt 42535208  T
Q  255 catccatctctctcctctcaaatatgtgcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  42535207 catccatctctctcctctagaatatgtggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 42535132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 150 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 25186032 - 25185899
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| ||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||    
T  25186032 gagtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctctt 25185933  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtg 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25185932 ccttttcatccatctctctcctcacaaatatgtg 25185899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 171 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 40855230 - 40855070
Alignment:
Q  171 cataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgta-tgtggc-ctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctc 268  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  40855230 catatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctcttttccctttcattcatctctctc 40855131  T
Q  269 ctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  40855130 ctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaacaatcatttt 40855070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 48057798 - 48057665
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||  | ||| |||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  48057798 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 48057699  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtg 282  Q
    |  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48057698 ctctttcatccatctctctcctctaaaatatgtg 48057665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 232 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 4649328 - 4649281
Alignment:
Q  232 aacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatat 279  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4649328 aacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatat 4649281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31427213 - 31427170
Alignment:
Q  285 gtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31427213 gtgtttgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 31427170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 150 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 33594618 - 33594434
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||| | ||| || ||||||||||||||    
T  33594618 gagtagtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctctt 33594519  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33594518 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 33594434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 171 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 4077022 - 4076861
Alignment:
Q  171 cataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcc 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4077022 cataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctctcttccttttcatccatctctctcc 4076923  T
Q  270 tctcaaatatgtgcag-tgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076922 tctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 4076861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 151 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 3780457 - 3780276
Alignment:
Q  151 agtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttc 249  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  |||| ||||| | |  |  ||||||||||||||||||    
T  3780457 agtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctcttc 3780358  T
Q  250 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3780357 cctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 3780276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 16141753 - 16141626
Alignment:
Q  18 ctaacaatagtgtcaggttatgtcgtgaaggtttacacaatttaagtataaagtggagataaagactggccttgagcatggatggacagaggggtatcat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  16141753 ctaacaatagtgtcaggttatgtcgtgaaggtttacacaatttaagtacaaagtggagataaagactggccttgagca----tggacagaggggtatcat 16141658  T
Q  118 tatttagggtatcaaatttattattgttattt 149  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16141657 tttttagggtatcaaatttattattgttattt 16141626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 150 - 331
Target Start/End: Original strand, 30339636 - 30339819
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||| |||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  30339636 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 30339735  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtg-cagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 331  Q
    |  |||||||||||||||||||||  ||||||||   ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30339736 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtataaaaatatgagtggtctaccaatcattttcct 30339819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 150 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 20186940 - 20186760
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  20186940 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctctt 20186841  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    |  ||||||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20186840 ctctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcatttt 20186760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 150 - 330
Target Start/End: Original strand, 51787272 - 51787453
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  | |||  ||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  51787272 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctctt 51787371  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |  |||||| ||||||||||||||  ||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  51787372 ctctttcatgcatctctctcctctagaatatgtggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 51787453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 172 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 9673046 - 9672887
Alignment:
Q  172 ataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcct 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9673046 ataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatc-cacaaacact--gtctctcttctctttcatccatctctctcct 9672950  T
Q  271 ctcaaatatgtgcag-tgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 332  Q
    ||  ||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9672949 ctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcctt 9672887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43740506 - 43740388
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| ||||| |||| |||| ||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  43740506 gagtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctctt 43740407  T
Q  249 ccttttcatccatctctct 267  Q
    |||| ||||||||| ||||    
T  43740406 ccttatcatccatcactct 43740388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 43740352 - 43740308
Alignment:
Q  286 tgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 331  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  43740352 tgtatgggtggtatgaaaatat-agtagtctaccaatcattttcct 43740308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 149 - 320
Target Start/End: Original strand, 47940825 - 47940998
Alignment:
Q  149 tgagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctct 247  Q
    |||||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  47940825 tgagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctct 47940924  T
Q  248 tccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47940925 tccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 47940998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 155 - 328
Target Start/End: Original strand, 49786398 - 49786573
Alignment:
Q  155 gtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttt 253  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||  ||    
T  49786398 gtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 49786497  T
Q  254 tcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcatttt 328  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49786498 tcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 49786573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 150 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 8436995 - 8436811
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||  | ||| | |||| | ||| |||||||||||||||||    
T  8436995 gagtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctctt 8436896  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgcag-tgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctt 332  Q
    |  |||||||||||||||||||||  ||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8436895 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcctt 8436811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 172 - 297
Target Start/End: Original strand, 8153001 - 8153128
Alignment:
Q  172 ataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttttcatccatctctctcct 270  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  8153001 ataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctcttctcttttatccatctctctcct 8153100  T
Q  271 ctcaaatatgtgca-gtgtatgggtggt 297  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||    
T  8153101 ctcaaatatgtggaggtgtatgggtggt 8153128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29836868 - 29836808
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgt 210  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  29836868 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgt 29836808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 155 - 330
Target Start/End: Original strand, 11828962 - 11829139
Alignment:
Q  155 gtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgt-atgtggcctagatctcacgaacactttgtctctcttccttt 253  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||  ||||| |||||| | ||| ||||||||| |||||| |  ||    
T  11828962 gtgagacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctctt 11829061  T
Q  254 tcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  11829062 tcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaccaatcattttcc 11829139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 150 - 330
Target Start/End: Original strand, 13922185 - 13922367
Alignment:
Q  150 gagtagtgatacatggacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtg-tatgtggcctagatctcacgaacactttgtctctctt 248  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  | ||| |||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  13922185 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 13922284  T
Q  249 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgt-gcagtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 330  Q
    |  |||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13922285 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 13922367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University