View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17380_high_39 (Length: 347)

Name: NF17380_high_39
Description: NF17380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17380_high_39
NF17380_high_39
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-346)||(48475693-48476022)
chr1 (43-345)||(34588035-34588333)
chr1 (43-274)||(17304338-17304562)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (43-345)||(27857126-27857424)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (43-345)||(13857793-13858091)
chr3 (44-345)||(5931781-5932078)
chr3 (44-345)||(5937357-5937654)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (43-345)||(29091977-29092275)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (35-345)||(47997253-47997546)
chr4 (193-345)||(48813519-48813674)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 15 - 346
Target Start/End: Original strand, 48475693 - 48476022
Alignment:
Q  15 aatatggtaaagttttgctattaaaataccaattcacttcattcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaatattcatata 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  48475693 aatatggtaaagttttgctattaaaataccaattcacttcattcatgtctttttgttttggagggccaaca--atatgaatgctcaacaatattcatata 48475790  T
Q  115 gacaaggatcaactaggacttcaaggttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgt 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48475791 gacaaggatcaactagaacttcaaggttaaagttattagccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgt 48475890  T
Q  215 gttaccattataataattttacttggaaggatcttgatactattaacttatgcaagtatgtgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattcc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  48475891 gttaccattataataattttacttggaaggatcttgatactattaacttatgcaagtatgtgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttatact 48475990  T
Q  315 ttaatctgaagttcattatattgttacttaaa 346  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  48475991 ttaaactgaagttcattttattgttacttaaa 48476022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Original strand, 34588035 - 34588333
Alignment:
Q  43 ccaattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaagg 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||||||||| |    
T  34588035 ccaattcacttcaattcatgtctttttgttttgcagggcccataccatatgaatgatcaaacataattcataaagtcagagatcaatttggacttcaaag 34588134  T
Q  141 ttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgg 240  Q
    || ||||||||  | ||||||||| ||||    |||||||||||||      |||| ||||||||||||||||| ||   ||| ||||| ||||  ||||    
T  34588135 ttgaagttattaactacttgttgagagaa----gatgtctgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgttattgtaatagttttctttgg 34588225  T
Q  241 aaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattg 337  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  || ||||||||||  ||| ||||| ||||||||| | | ||  ||||||| ||| |||||    
T  34588226 aaggatgttgactctattaacttatgcaagtatgatgtattgtgagtaactaaggaattattgtgcatctttatgcttcaaaatgaagttgattttattg 34588325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 43 - 274
Target Start/End: Original strand, 17304338 - 17304562
Alignment:
Q  43 ccaattcacttcatt-catgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaagg 140  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||||||||| |    
T  17304338 ccaattcacttcatttcatgtctttttgttttgcagggcccataccatatgaatgatcaaacataattcataaagtcagagatcaatttggacttcaaag 17304437  T
Q  141 ttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgg 240  Q
    || ||||||||  | ||||||||| ||||    ||||||||||     ||| |||| ||||||||||||||||| ||   ||| ||||| ||||  ||||    
T  17304438 ttgaagttattaactacttgttgagagaa----gatgtctgct-----attataaacatttagctttattttgtcttgttattgtaatagttttctttgg 17304528  T
Q  241 aaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg 274  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  17304529 aaggatgttgactctattaacttatgcaagtatg 17304562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 27857424 - 27857126
Alignment:
Q  43 ccaattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaagg 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||||||||| |    
T  27857424 ccaattcacttcaattcatgtctttttgttttgcagggccaataccatatgaatgatcaaacataattcataaagtcagagatcaatttggacttcaaag 27857325  T
Q  141 ttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgg 240  Q
    || |||||||| || ||||||||| ||||    |||||||||||||      |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||    
T  27857324 ttgaagttattagctacttgttgagagaa----gatgtctgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgccattgtaatagttttctttgg 27857234  T
Q  241 aaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattg 337  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| | | || |||||||| ||| |||||    
T  27857233 aaggatgttgactctattaacttatgcaagtatgatctattgagagtaactaaggaattattgtgcatctttatacttcaaactgaagttgattttattg 27857134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13858091 - 13857793
Alignment:
Q  43 ccaattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaagg 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | | ||||||| |    
T  13858091 ccaattcacttcaattcatgtctttttgttttgcagggcccataccatatgaatgatcaaacataattcataaagtcagagatcaatttgaacttcaaag 13857992  T
Q  141 ttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgg 240  Q
    || ||||||||  | ||||||||| ||||    |||||||||||||      |||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||  ||||    
T  13857991 ttgaagttattaactacttgttgagagaa----gatgtctgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgtcattgtaatagttttctttgg 13857901  T
Q  241 aaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattg 337  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| | | || |||||||| ||| |||||    
T  13857900 aaggatgttgactctattaacttatgcaagtatgatgtattgagagtaactaaggaattattgtgcatctttatgcttcaaactgaagttgattttattg 13857801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5932078 - 5931781
Alignment:
Q  44 caattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaaggt 141  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||| | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||||||||| ||    
T  5932078 caattcacttcaattcatgtctttttgttatgcagggtcaataccatatgaatgatcaaacataattcataaagtcagagatcaatttggacttcaaagt 5931979  T
Q  142 taaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgga 241  Q
    | |||||||| || ||||||||| ||||    ||| |||||||||      |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||    
T  5931978 tgaagttattagctacttgttgagagaa----gatatctgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgccattgtaatagttttctttgga 5931888  T
Q  242 aggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattgt 338  Q
    ||||| ||||  |||||||||||| ||||||||   |  |||||||||||||  ||| ||||  ||||||||| | | || |||||||| ||| ||||||    
T  5931887 aggatgttgactctattaacttatccaagtatgatgtattgagagtaactaaggaattattgggcatctttatgcttcaaactgaagttgattttattgt 5931788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 44 - 345
Target Start/End: Original strand, 5937357 - 5937654
Alignment:
Q  44 caattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaaggt 141  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||  | |||||| | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||||| |||  |    
T  5937357 caattcacttcaattcttgtctttttgttttacaaggccaataccatatgaatgatcaaacataattcataaagccagagatcaatttggactgcaaaat 5937456  T
Q  142 taaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgga 241  Q
    | |||||||| || ||||||||| ||||    |||||||||||||      |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||    
T  5937457 tgaagttattagctacttgttgagagaa----gatgtctgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgccattgtaatagttttctttgga 5937547  T
Q  242 aggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattgt 338  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  |||||||||||||  ||| ||||| ||| ||||| | | || |||||||| ||| ||||||    
T  5937548 aggatgttgactctattaacttatgcaagtatgatgtattgagagtaactaaggaattattgtgcatttttatgcttcaaactgaagttgattttattgt 5937647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Original strand, 29091977 - 29092275
Alignment:
Q  43 ccaattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaata-ttcatatagacaaggatcaactaggacttcaagg 140  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| || | |||||||||| ||||  ||| |||||| || ||  |||||| | ||| ||||| |    
T  29091977 ccaattcacttcaattcatatctttttgttttgcagggctaataccatatgaatgatcaaacataattcataaagccagagatcaatttggatttcaaag 29092076  T
Q  141 ttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttgg 240  Q
    || |||||||| || ||||||    ||| ||||||||| |||||||      |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||    
T  29092077 ttgaagttattagctacttgt----agagagaagatgtttgctatta-----taaacatttagctttattttgttttgccattgtaatagttttctttgg 29092167  T
Q  241 aaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattg 337  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  |||||||||||||  ||  ||||| ||||||||| | | || |||||||| ||| |||||    
T  29092168 aaggatgttgactctattaacttatgcaagtatgatgtattgagagtaactaaggaactattgtgcatctttatacttcaaactgaagttgattttattg 29092267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 47997546 - 47997253
Alignment:
Q  35 ttaaaataccaattcacttca-ttcatgtctttttgttttggagggccaacagcatatgaatgctcaacaatattcatatagacaaggatcaactaggac 133  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||            || || |||||| |||||| | ||||    
T  47997546 ttaaaatactaattcacttcaatttatgtctttttgttttgtagggccaataccatatgaat------------tcgtaaagacaaagatcaatttggac 47997459  T
Q  134 ttcaaggttaaagttatttgccacttgttgaaagaaagaagatgtctgctatttcattttaaatatttagctttattttgtgttaccattataataattt 233  Q
    || || ||| |||||||| || |||| |||| ||||    |||||||||||||      |||| ||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| |||    
T  47997458 tttaaagttgaagttattagctacttattgagagaa----gatgtctgctatta-----taaacatttaactttattttgtttagccattgtaatagttt 47997368  T
Q  234 tacttggaaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaactaaataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcat 330  Q
    || ||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||   |  |||||||||||||  ||||||||| ||||||||| | | || |||||||| ||    
T  47997367 tatttgaaaggatgttgaccctattaacttatgcaagtatgatgtattgagagtaactaaggaatgattgtgcatctttatacttcaaactgaagttgat 47997268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 193 - 345
Target Start/End: Original strand, 48813519 - 48813674
Alignment:
Q  193 taaatatttagctttattttgtgttaccattataataattttacttggaaggatcttgatactattaacttatgcaagtatg---tgctgagagtaacta 289  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||   |  ||||||||| ||    
T  48813519 taaacatttagctttattttgttttgctattgtaatagttttatttggaaggatgttgaccctatttacttatgcaagtatgatgtattgagagtaagta 48813618  T
Q  290 aataatgattgtacatctttattccttaatctgaagttcattatattgttacttaa 345  Q
    |  ||||||||| ||||||||| | | || |||||||| ||| |||||||||||||    
T  48813619 aggaatgattgtgcatctttatacttcaaactgaagttgattttattgttacttaa 48813674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University