View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17380_low_1 (Length: 844)

Name: NF17380_low_1
Description: NF17380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17380_low_1
NF17380_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-827)||(326800-327637)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 327637 - 326800
Alignment:
Q  5 taagaaacttatatgcaaccttgaatctagcaaaacacaagtttatggagtaaacataaccaagtacaatttaaaagaagactgtaatacacttttaaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  327637 taagaaacttatatgcaaccttgaatctagcaaaacacaagtttagggagtaaacataaccaagtacagtttaaaagaagactgaaatacacttttaaga 327538  T
Q  105 aaatataatattgtaaagccaacaaaatacagttnnnnnnncataaccaaggagcataa---gatgcaggaaatataaacaaagtaaatcagaaatcaga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||           
T  327537 aaatataatattgtaaagccaacaaaatacagttaaaaaaacataaccaaggagcataataagatgcaggaaaaataaataaagtaaatcaga------- 327445  T
Q  202 gaccaacttattaaagaacacacatctaatgataagnnnnnnnncactttaaacaacataacaaaggagcataacatacatgaaaaacaatgataagaaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  327444 gaccaacttattaaagaacacacatccaatgataagaaaaaaa-cactttaaacaacataacaaaggagcataacatacatgaaaaacaatgataagaaa 327346  T
Q  302 taatgcatgaacatagaacaaaccacatgaacctaagtgtgagatgtatgtattagaatagaaacaatacatattgttaatttgaaaacatatgagtgag 401  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  327345 taatgcatgaacatagaacgaaccacatgaacctaagcgtgagatgtatgtattagaatagaaacaatacatattgtaaatttgaaaacatatgagtgag 327246  T
Q  402 cattgatgtatgagtaaatatgtgagaccttccctttcttgtatcnnnnnnnnta-----atgtgagacctaaagaagtttgagatttgagataaaatga 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  327245 cattgatgtatgagtaaatatgtgagaccttccctttcttgtatcaaaataaaaataaaaatgtgagacctaaagaagtttgagatttgagataaaatga 327146  T
Q  497 aagcatttaccagaactcaatgaaagctgnnnnnnnnnnctttagtgtagaggtttgaactttgaaaagtgtttgcagtg----------------ttat 580  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                ||||    
T  327145 aagcatttaccagaactcaatgaaagctgttttgttc--ctttagtgtagaggtttgaactttgaaaagtgtttgtagtgaaaagtgtttgtagtgttat 327048  T
Q  581 tgttggtataagatattatgagtgtcaaatattgagaagtgcgatctatttgattgattgggtcttggtcatgatagatatctaccaaaaccgtactttt 680  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  327047 cgttggtataagatattatgagtgtcaaatattgagaagtgtgatctatttgattgattggatcttggtcatgatagatatctaccaaaaccatactttt 326948  T
Q  681 cctttttcatgtaaaagaccatttagaaaatttagttggcattctaagttgagatgtaatgggtgtacatgtgatttaagccaaagtaaat-nnnnnnnc 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |    
T  326947 cctttttcatgtaaaagaccatttagaaaatttagttggcattctaagttgagatgtaatgggtgtacatgtgatttaagccaaagtaaataaaaaaaac 326848  T
Q  780 accaaattgtacttatatgacatcatgttagttagatgatgcaattta 827  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  326847 accaaactgtacttagatgacatcatgttagttagatgatgcaattta 326800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University