View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17384_high_1 (Length: 783)

Name: NF17384_high_1
Description: NF17384
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17384_high_1
NF17384_high_1
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (3-766)||(7128743-7129506)
chr4 (3-766)||(7481632-7482395)
chr4 (19-762)||(7527767-7528510)
chr4 (19-762)||(7494050-7494793)
chr4 (19-762)||(7519717-7520460)
chr4 (3-766)||(7722017-7722780)
chr4 (10-573)||(7713922-7714486)
chr4 (56-404)||(7506351-7506699)
chr4 (436-487)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (37-538)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (465-545)||(10126928-10127008)
chr3 (465-545)||(10363787-10363867)
chr3 (465-545)||(10663526-10663606)
chr3 (436-487)||(4497228-4497279)
chr3 (436-487)||(4528479-4528530)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 7129506 - 7128743
Alignment:
Q  3 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 102  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  7129506 gaggagcagcagggagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaaca 7129407  T
Q  103 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 202  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  7129406 ccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaat 7129307  T
Q  203 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7129306 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttg 7129207  T
Q  303 aaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaaca 402  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7129206 agagaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7129107  T
Q  403 atgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 502  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7129106 atgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaaca 7129007  T
Q  503 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||     
T  7129006 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaaaatcatagaatctaaaaataatgttgagatggat 7128907  T
Q  603 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 702  Q
     ||||||||||  |||||||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7128906 aaaatgcaatcgaaactccgcgaaaaagttgatggccgaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattga 7128807  T
Q  703 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggt 766  Q
    ||| | || ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128806 tgacattgttgaaagacggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggt 7128743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 766
Target Start/End: Original strand, 7481632 - 7482395
Alignment:
Q  3 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 102  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7481632 gaggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggctggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaaca 7481731  T
Q  103 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 202  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||| || | ||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  7481732 ctgaagacttgaggcgacaagtcatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaat 7481831  T
Q  203 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7481832 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttg 7481931  T
Q  303 aaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaaca 402  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7481932 aaacaacgagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7482031  T
Q  403 atgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 502  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7482032 atgtgaaagagaatgtttcaattatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacaaagaagtgcaaca 7482131  T
Q  503 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 602  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||     
T  7482132 acattttcagttgaaaaagtgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcatcaaagatcatagaatctaaaactaatgatgagatggat 7482231  T
Q  603 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 702  Q
     || ||||||  || |||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7482232 aaagtgcaattggagctccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttgaattga 7482331  T
Q  703 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggt 766  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7482332 tgagactgctgaaaggcggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggt 7482395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 762
Target Start/End: Original strand, 7527767 - 7528510
Alignment:
Q  19 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7527767 ccaacaaccatcaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgcttttgatgatgccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggcg 7527866  T
Q  119 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 218  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  7527867 acaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7527966  T
Q  219 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 318  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||   |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7527967 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7528066  T
Q  319 actcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgt 418  Q
    |||||||||||  ||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7528067 actcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgaaagagaatgt 7528166  T
Q  419 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7528167 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaa 7528266  T
Q  519 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 618  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||| || ||| ||||||  ||||    
T  7528267 aaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatggaagaagtgcaattggaac 7528366  T
Q  619 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 718  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7528367 tccgcaataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgagaaccgtaatctttggcttgaattgatgatactgctgaaaga 7528466  T
Q  719 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgaga 762  Q
     || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7528467 cggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgaga 7528510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 762
Target Start/End: Original strand, 7494050 - 7494793
Alignment:
Q  19 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  7494050 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgaggcg 7494149  T
Q  119 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 218  Q
    ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  7494150 acaggtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7494249  T
Q  219 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 318  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||   |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7494250 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7494349  T
Q  319 actcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgt 418  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7494350 actcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaatgtgaaagagaatgt 7494449  T
Q  419 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||    
T  7494450 ttcagttatttctataattggaatcggaggactggggaagactgcgcttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgaaacaacattttgagtttaaa 7494549  T
Q  519 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||  ||||    
T  7494550 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaaaagttattgctgcaaagatcataaaatctaacactacagctgagatagaagaagtgcaattggaac 7494649  T
Q  619 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 718  Q
    ||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7494650 tccgcgataaagttaaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaaga 7494749  T
Q  719 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgaga 762  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7494750 tggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgaga 7494793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 762
Target Start/End: Original strand, 7519717 - 7520460
Alignment:
Q  19 ccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  7519717 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcg 7519816  T
Q  119 acaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaag 218  Q
    ||||||||||| |  | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  7519817 acaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataattaag 7519916  T
Q  219 gaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 318  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7519917 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 7520016  T
Q  319 actcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgt 418  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  7520017 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacactagcaacaatgtgacagagaatgt 7520116  T
Q  419 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  7520117 ttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaatttgtatacaatgacaagaaagtgcaagaacattttgagtttaaa 7520216  T
Q  519 aaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagaggaaatgcaatccgaac 618  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||  || | ||||  ||||    
T  7520217 aaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgctgcaaagatcacagaatctcaaactaatgttgagatggataaagttcaattggaac 7520316  T
Q  619 tccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattgatgagactgctgaaagg 718  Q
    ||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  7520317 tccgtgaaaaagttgaaggaagaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtaatctttggcttgaattgatgacactgctgaaaga 7520416  T
Q  719 tggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgaga 762  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7520417 tggcgcagaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgaga 7520460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 7722780 - 7722017
Alignment:
Q  3 gaggaggagcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaaca 102  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||    
T  7722780 gaggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggcttgaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacgtgcttgatgactttaaca 7722681  T
Q  103 cggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaat 202  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  7722680 ctgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcatacaaaat 7722581  T
Q  203 ggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7722580 ggttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttg 7722481  T
Q  303 aaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaaca 402  Q
    | ||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7722480 agacaaagagaaactcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagttgttgtttaacaccggcaaca 7722381  T
Q  403 atgtgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaaca 502  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   |||| | ||||||||||    
T  7722380 atttgaaagagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggactcggaaagactgcgcttgctcaacttgtatacggcgacaaagaagtgcaaca 7722281  T
Q  503 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatcacaaaatctaaaactaatggtgagatagag 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||||| || |||||| ||     
T  7722280 acattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaaggtattgcttcaaagatcatagaatctaaaactagtgttgagatcgat 7722181  T
Q  603 gaaatgcaatccgaactccgcaaaacagttgaaggcaaaagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcatgatctttggcttgaattga 702  Q
     || |||||||   ||||||  ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  7722180 aaagtgcaatctatactccgtgaaaaagttgaagggataagatatttgcttgtcttggatgacaattggaatgaggatcgtgatctttggcttcaattga 7722081  T
Q  703 tgagactgctgaaaggtggagcaaaaggaagtaaaataattatcaccacaagaagtgagaaggt 766  Q
    ||| |||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7722080 tgacactgctgaaagacggcacggaaggaagtaaaataattatcaccgcaagaagtgagaaggt 7722017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 7714486 - 7713922
Alignment:
Q  10 agcagagagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaaga 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  7714486 agcagggagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctctttatgatgccgatgactttctcaattacttcaacacggaaga 7714387  T
Q  110 cctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcag 209  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7714386 cctgaggtgacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttctttcaaaatggttcag 7714287  T
Q  210 aaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714286 aaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaa 7714187  T
Q  310 gagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  7714186 gagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacgatgtgaa 7714087  T
Q  410 agagaatgtttcagttatttctataattggaattggaggacttggaaagac-tgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattt 508  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||||| | ||||| ||||||||||    
T  7714086 ggagaatgtttcagttatttctataattggaatcggaggacttggaaagacgtgcacttgctcaacttttatatggtgacaaagaagtgaaacaacattt 7713987  T
Q  509 tgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagattttaatgtaagagttattgctgcaaagatca 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  7713986 tgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgatgtaaaagatattgctgcaaagatca 7713922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 56 - 404
Target Start/End: Original strand, 7506351 - 7506699
Alignment:
Q  56 caaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatcacaagaaagctaaaaaggtt 155  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||    
T  7506351 caaagatgctcttgatgatgctgatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttt 7506450  T
Q  156 cgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaata 255  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||    
T  7506451 cacatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggta 7506550  T
Q  256 agagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagaga 355  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  7506551 agagaatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagaga 7506650  T
Q  356 tgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaat 404  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7506651 tgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtttaacaccggcaacaat 7506699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 18035241 - 18035190
Alignment:
Q  436 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 487  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18035241 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 18035190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 37 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 16750769 - 16750270
Alignment:
Q  37 aactatggctggaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgattacttcaacacggaagacctgaggcgacaagtgatgagcaatca 136  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |  |    || |||||| ||  ||| |||||  |||  ||  |    
T  16750769 aactatgggtggagaagctcaaagatactcttgatgatgctgatgacttgcttgatgatgtttttactgaagacttgtagcgtcaagtactgacaaaaga 16750670  T
Q  137 caagaaagctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttttaaaatggttcagaaaattaaggaactaagtaagagaatt 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||| |||||    
T  16750669 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaatt 16750570  T
Q  237 gaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcctttattcttgagg 336  Q
    ||||  ||||| | | ||| || || ||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||  || |||| |||||| ||||| |||| |||||    
T  16750569 gagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgagg 16750470  T
Q  337 aagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgtttaacactggcaacaatgtgaaagagaatgtttcagttatttctataat 436  Q
    || |||| || |||||||| || || |||||  | |||||| |||| ||||| ||||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||||| || ||    
T  16750469 aaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgttgaacactgacatcgatgtcaaaggaaatgtttcagttatttccatcat 16750370  T
Q  437 tggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttct 536  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| |  |  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||    
T  16750369 tggaattggaggacttggaaagaccgca-ttgctcaacttgtgtac-atgataagaccgttcaacaacattttgaattgaaaaagtgggtgtgtgttgct 16750272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 545
Target Start/End: Original strand, 10126928 - 10127008
Alignment:
Q  465 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 545  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10126928 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 10363867 - 10363787
Alignment:
Q  465 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 545  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10363867 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtctctgaggatttt 10363787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 545
Target Start/End: Original strand, 10663526 - 10663606
Alignment:
Q  465 cttgctcaacttgtatacaatgacacaaaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgaagatttt 545  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  10663526 cttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggatttt 10663606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 487
Target Start/End: Original strand, 4497228 - 4497279
Alignment:
Q  436 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 487  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4497228 ttggcattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4497279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 487
Target Start/End: Original strand, 4528479 - 4528530
Alignment:
Q  436 ttggaattggaggacttggaaagactgcacttgctcaacttgtatacaatga 487  Q
    |||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4528479 ttgggattggaggattaggtaagactgcacttgctcaacttgtctacaatga 4528530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University