View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1739-Insertion-13 (Length: 841)

Name: NF1739-Insertion-13
Description: NF1739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1739-Insertion-13
NF1739-Insertion-13
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-841)||(898344-899176)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 812; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 812; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 899176 - 898344
Alignment:
Q  7 acttctattttagtccgcaaaactgaaaaattaaaagatgatttttaaaacagttttacaaaattggatgaagctgaagatgaaaataaaatagttggat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  899176 acttctattttagtccgcaaaactgaaaaattaaaagatgatttttaaaacagttttacaaaattggatgaagctgaagatgaaaataaaatagttggat 899077  T
Q  107 ggtgaaaagattgatgaggaaattgctggtaacgataattatagaagtggaacaataagttcttgattataaaactcttggtatttgacaaaagctaaaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  899076 ggtgaaaagattgatgaggaaattgctggtaacgataattatagaagtggaacaataagttcttgattataaaactcttggtatttgacaaaagctaaaa 898977  T
Q  207 gtgattttatgataatgtcttgtcataatactttcattccacaaaagaaagtgcaataattttgataaggttacctaaatagctaccatcgacattaaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898976 gtgattttatgataatgtcttgtcacaatactttcattccacaaaagaaagtgcaataattttgataaggttacctaaatagctaccatcgacattaaaa 898877  T
Q  307 atggtgcaacaacgattagatgagttccattaaacccatacatcctcaagttttgttgtcagatatatagagatgcagggaatggagagtggcagacaac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898876 atggtgcaacaacgattagatgagttccattaaacccatacatcctcaagttttgttgtcagatatatagagatgcagggaatggagagtggcagacaac 898777  T
Q  407 atgcgagcctccagtgcaagacgatatataggggtcgtggtatttgacaatcaactagagcttctgcttcctggaggcagttgtgagcatcaagattaga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  898776 atgcgagcctccagtgcaagacgatatataggggtcgtggtatttgacaatcaactagagcttctgcttcctggaggcagttgcgagcatcaagattaga 898677  T
Q  507 ggagaaagaatcggtcgaacaaaatctcagagagtgacatcaaagacgagatgttgtgtaaactttaatgcattggagaaaggttttcttgggggaagag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898676 ggagaaagaatcggtcgaacaaaatctcagagagtgacatcaaagacgagatgttgtgtaaactttaatgcattggagaaaggttttcttgggggaagag 898577  T
Q  607 cactaagaacataggctagtaggaccaaggtttcaatgattcagaagagacagagtatgtgcataattattttaggccaatgaaggcaccaaatttgaga 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898576 cactaagaacataggctagtaggaccaaggtttcaatgattcagaagagacagagtatgtgcataattattttaggccaatgaaggcaccaaatttgaga 898477  T
Q  707 tcaagagatgggggtggtattggcacctctctatgtcaaaattcatgtaaaaccgaccttggttgtgtcgaaaaagttggaattgttcggccaaatataa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898476 tcaagagatgggggtggtattggcac--ctctatgtcaaaattcaggtaaaaccgaccttggttgtgtcgaaaaagttggaattgttcggccaaatataa 898379  T
Q  807 aacattttctctattgggattgaaatctggacaaa 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  898378 aacattttctctattgggattgaaatctggacaaa 898344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University