View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17394_low_11 (Length: 294)

Name: NF17394_low_11
Description: NF17394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17394_low_11
NF17394_low_11
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-264)||(31576360-31576623)
chr7 (6-264)||(31605026-31605284)
chr7 (4-273)||(31595408-31595677)
chr7 (4-273)||(31608611-31608880)
chr7 (4-264)||(31614894-31615154)
chr7 (10-264)||(31618630-31618884)
chr7 (4-262)||(31541384-31541639)
chr7 (4-250)||(31585784-31586030)
chr7 (4-264)||(33304777-33305039)
chr7 (4-264)||(31572452-31572709)
chr7 (16-246)||(31532743-31532970)
chr7 (16-263)||(31438637-31438884)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-273)||(52173919-52174188)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-263)||(15062972-15063231)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31576623 - 31576360
Alignment:
Q  1 cgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  31576623 cgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaa 31576524  T
Q  101 atggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagc 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  31576523 atggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagc 31576424  T
Q  201 actaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31576423 actaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcct 31576360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31605284 - 31605026
Alignment:
Q  6 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  31605284 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatgga 31605185  T
Q  106 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31605184 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaa 31605085  T
Q  206 tatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31605084 tatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcct 31605026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31595677 - 31595408
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31595677 gataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatg 31595578  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||  || |||||||||||    
T  31595577 gggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgttacgaggcaaataaaagagcact 31595478  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtt 273  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  31595477 aatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtt 31595408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31608880 - 31608611
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31608880 gataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatg 31608781  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||    
T  31608780 gggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgttatgaggtgaataaaagagcgct 31608681  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtt 273  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  31608680 aatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtt 31608611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31615154 - 31614894
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||    
T  31615154 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatg 31615055  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31615054 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcact 31614955  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||    
T  31614954 aatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcct 31614894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31618884 - 31618630
Alignment:
Q  10 ttaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaag 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||    
T  31618884 ttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaag 31618785  T
Q  110 aattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  31618784 aattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatata 31618685  T
Q  210 tgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  31618684 tgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcct 31618630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 4 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 31541639 - 31541384
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || || || |||||||    
T  31541639 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatg 31541540  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   |||||||||||||||    
T  31541539 gagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga---gaacaaaagagcact 31541443  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttc 262  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  31541442 aatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttc 31541384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31586030 - 31585784
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  31586030 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatg 31585931  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  31585930 gagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcatt 31585831  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctata 250  Q
     |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||| |||||||    
T  31585830 gatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctata 31585784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 264
Target Start/End: Original strand, 33304777 - 33305039
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||    
T  33304777 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtccaagggaaatg 33304876  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatca---caca--cgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaaga 198  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   ||||||||||    
T  33304877 gagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatga---gaacaaaaga 33304973  T
Q  199 gcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    || || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  33304974 gctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcct 33305039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 264
Target Start/End: Original strand, 31572452 - 31572709
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| |||    
T  31572452 gataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatctaagggagatg 31572551  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || |  ||||||||   |||||||||||||||    
T  31572552 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga---gaacaaaagagcact 31572648  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcct 264  Q
    ||||||||| ||||||||  | || ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  31572649 aatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcct 31572709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 31532970 - 31532743
Alignment:
Q  16 caaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattca 115  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||    
T  31532970 caaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtcaaagggaaatagagaagaattca 31532871  T
Q  116 taaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatatatgagtt 215  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || || ||| | || | ||| |||||   |||||||||||||||||||||||| ||    
T  31532870 caaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatga---gaacaaaagagcactaatatatgaatt 31532774  T
Q  216 catgccccaaggatcattggataagttcatc 246  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||| ||||||    
T  31532773 catgtccagaggatcattagataaattcatc 31532743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Original strand, 31438637 - 31438884
Alignment:
Q  16 caaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattca 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||  || |  || ||| | || |||||||| |    
T  31438637 caaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagtgagtgcaagggagacggagaagaattta 31438736  T
Q  116 taaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatatatgagtt 215  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||   ||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  31438737 taaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaaagaacaaaagtgcattgatatatgaatt 31438836  T
Q  216 catgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcc 263  Q
    |||| || | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31438837 catgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttcc 31438884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Original strand, 52173919 - 52174188
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| ||  |||    
T  52173919 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatg 52174018  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52174019 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcact 52174118  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtt 273  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  52174119 aatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtt 52174188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 4 - 263
Target Start/End: Original strand, 15062972 - 15063231
Alignment:
Q  4 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 103  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| || || |||||||| |||| ||| |  || ||||| |    
T  15062972 gataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagcgagtgcaagggaaacg 15063071  T
Q  104 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 203  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| | |||| |||| || ||| | || | ||||||||||  ||||||||||||| |    
T  15063072 gagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgagaagaacaaaagagcatt 15063171  T
Q  204 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcc 263  Q
     |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  15063172 gatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttcc 15063231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University