View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17400_low_1 (Length: 562)

Name: NF17400_low_1
Description: NF17400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17400_low_1
NF17400_low_1
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-544)||(14283278-14283821)
chr2 (10-544)||(14305045-14305579)
chr2 (1-544)||(14321427-14321970)
chr2 (374-496)||(14270875-14270997)
chr2 (514-544)||(14271003-14271033)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (40-544)||(25886148-25886640)
chr8 (40-544)||(44349992-44350488)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 544
Target Start/End: Original strand, 14283278 - 14283821
Alignment:
Q  1 tcaccaacggttatcattcgaacaatagctgaagcagtgaacaaagaagcaatcacaatgtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283278 tcaccaacggttatcattcgaacaatagctgaagcagtgaacaaagaagcaatcacaaagtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtgg 14283377  T
Q  101 aagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcactatgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283378 aagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcactatgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaaga 14283477  T
Q  201 aaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14283478 aaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaacttatagccaaaagggtagttaacaaaaaggctagtttgaaccaaaaggtgatt 14283577  T
Q  301 ttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggttttgtgattgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaag 400  Q
     ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14283578 ctatagtcagaatcgttcttttgcagaagtggttttgtgattaaggaggtagagttggaacttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgaaaaag 14283677  T
Q  401 ctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagtagaagtctctgaggacatggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattg 500  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283678 ctaagagggagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagaagaagtctctgaggacaaggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattg 14283777  T
Q  501 tggtgtagaggaagatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283778 tggtgtagaggaagatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 14283821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 544
Target Start/End: Original strand, 14305045 - 14305579
Alignment:
Q  10 gttatcattcgaacaatagctgaagcagtgaacaaagaagcaatcacaatgtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtggaagctttca 109  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||  ||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||| |    
T  14305045 gttatcaatcgaacaatagccgaaacagcaaacaaagtagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttga 14305144  T
Q  110 actttatctcatgtaccattagaatcactatgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttatt 209  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305145 actttttctcatgtaacattagaatcactataactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttatt 14305244  T
Q  210 ggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305245 ggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaacttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtca 14305344  T
Q  310 gaatctttctcttgcagaagtggttttgtgattgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaagctaagagaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  14305345 gaatctttctcttgcagaagtggttttgtgattgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaagctaagaggg 14305444  T
Q  410 agagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagtagaagtctctgaggacatggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattgtggtgtaga 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14305445 agagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagtagaagtctctgaggacaaggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagaatgaattgtggtgtaga 14305544  T
Q  510 ggaagatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 544  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14305545 agaagatgaatgtaaaggtaaaagggtgcatgaag 14305579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 544
Target Start/End: Original strand, 14321427 - 14321970
Alignment:
Q  1 tcaccaacggttatcattcgaacaatagctgaagcagtgaacaaagaagcaatcacaatgtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtgg 100  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||||| |||| |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||| |||    
T  14321427 tcaccgacagttatcaatcgaacaatagctgaagcagcaaacaaagttgcaattacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttgg 14321526  T
Q  101 aagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcactatgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaaga 200  Q
    ||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321527 aagatttgaactttttctcatgtaccattagtatcactatcactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaaga 14321626  T
Q  201 aaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgatt 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14321627 aagtttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaacagtgtaacttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaaccaaaaggtgatt 14321726  T
Q  301 ttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggttttgtgattgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaag 400  Q
     |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321727 ctatagtcagaatctttgtcctgcagaagtggttttgtgattgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaag 14321826  T
Q  401 ctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagtagaagtctctgaggacatggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  14321827 ctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaacaagaagtctctgaggacatggagatagcaaaatgaaccttaaccattgaattatgagttc 14321926  T
Q  501 tggtgtagaggaagatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 544  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  14321927 tggtgtagaggaagatgaatctacaggtaaaagggtgcatgaag 14321970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 374 - 496
Target Start/End: Original strand, 14270875 - 14270997
Alignment:
Q  374 ttgaatagagtttttgagctgcaaaagctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaagtagaagtctctgaggacatggagataggaaaat 473  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  14270875 ttgaatagagtttgtgagctgcaaaagctaagagggagagcaaaaacaaggaatcaagagaagaaagaagaagcctctgaggacatggagatcggaaaat 14270974  T
Q  474 gaaccttaaccattgaagtatga 496  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  14270975 gaaccttaaccattgaagaatga 14270997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 514 - 544
Target Start/End: Original strand, 14271003 - 14271033
Alignment:
Q  514 gatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14271003 gatgaatgtataggtaaaagggtgcatgaag 14271033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 40 - 544
Target Start/End: Original strand, 25886148 - 25886640
Alignment:
Q  40 aacaaagaagcaatcacaatgtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtggaagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcacta 139  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |    
T  25886148 aacaaagaagcaatcacaaagtttgctatccaatagattcttagtgataaagggtgtttggaagatttgaactttttctcatgtaacattagaatcacaa 25886247  T
Q  140 tgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaac 239  Q
    | || ||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886248 tcacaatgttgactactgcttgaaacaaccgaaaaggtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaac 25886347  T
Q  240 agtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggttttgtg 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  25886348 agtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaacaaggttagcttgaaccaaagagtgactctatagtcagaatctttctctttcagaagtggctttgtg 25886447  T
Q  340 attgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaagctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaa 439  Q
    ||||||||| ||||||||||            ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886448 attgaggaggtagtgtttgc------------tcttgaatagagtttgtgaactgcagaagctaagagggagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaa 25886535  T
Q  440 gtagaagtctctgaggacatggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattgtggtgtagaggaagatgaatgtataggtaaaagggtgca 539  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25886536 ggagaagtctttgaggacatggagataggaaaagaaaggttaaccattgaagtatgagttgtggtgtagaggaagatgaatctataggtaaaagggtgca 25886635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 40 - 544
Target Start/End: Original strand, 44349992 - 44350488
Alignment:
Q  40 aacaaagaagcaatcacaatgtttgctgcccaataaattctaagtggtaaagggtgtgtggaagctttcaactttatctcatgtaccattagaatcacta 139  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  |||||| ||||| || | |||||||||| |||||| ||| ||||||  ||| |||| ||||||||||||||    
T  44349992 aacaaagaagcaatcacaaagtttactatccaatagattcttagggataaagggtgtttggaagatttgaacttttcctcgtgtaacattagaatcacta 44350091  T
Q  140 tgactatgttggttattgcttgaaacaaccgaaaaagtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaagattcctagaac 239  Q
    | |||||||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44350092 ttactatgttgactacagcttgaaacaaccgaaaaggtgcttctatttgtttccatgaagaaaggttattggtttgagtaaaagccaatattcctagaac 44350191  T
Q  240 agtgtaagttatagccaaaagggtagttaccaaaaaggctagtttgaacaaaaaggtgattttatagtcagaatctttctcttgcagaagtggttttgtg 339  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||  |||| | |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  44350192 agtttaagttatagccaaaatggtagttaccaacaagggtagtttgaaccaaagagtgactctatagttagagtctttctctttcagaagtggttttgtg 44350291  T
Q  340 attgaggagctagtgtttgctcttgaatagaatcttgaatagagtttttgagctgcaaaagctaagagaaagagcaaaaacaaggaatcaagagcagaaa 439  Q
    ||||| ||| || |||| |   |||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||         |||||||||||||||||    
T  44350292 attgaagagttattgttggaatttgagttgattcttgaatagagtttgtgagctgcaaaagctaagagggagag---------ggaatcaagagcagaaa 44350382  T
Q  440 gtagaagtctctgaggaca-tggagataggaaaatgaaccttaaccattgaagtatgaattgtggtgtagaggaagatgaatgtataggtaaaagggtgc 538  Q
    | |||||||| |||||||| |  |||||||||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  44350383 ggagaagtctttgaggacatttcagataggaaaagaaaggttaaccattgaagtatgagttgtggtgtagaggaagatggatctgtaggtaaaagggtgc 44350482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University