View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17404_high_2 (Length: 731)

Name: NF17404_high_2
Description: NF17404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17404_high_2
NF17404_high_2
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (18-506)||(42975327-42975815)
chr7 (514-727)||(8081486-8081702)
chr7 (514-727)||(8832387-8832601)
chr7 (514-727)||(38595396-38595610)
chr7 (514-722)||(8082663-8082873)
chr7 (532-727)||(42974685-42974882)
chr7 (534-727)||(8833605-8833801)
chr7 (514-727)||(40303778-40303992)
chr7 (516-727)||(37107358-37107572)
chr7 (528-727)||(40304593-40304793)
chr7 (611-727)||(1065468-1065584)
chr7 (531-727)||(12621975-12622173)
chr7 (519-727)||(18798621-18798833)
chr7 (516-727)||(38592955-38593168)
chr7 (546-727)||(25270322-25270506)
chr7 (514-600)||(38875068-38875154)
chr7 (514-589)||(38198762-38198837)
chr7 (515-600)||(43830653-43830738)
chr7 (551-600)||(46330533-46330582)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (514-727)||(44893533-44893748)
chr8 (514-727)||(44894812-44895026)
chr8 (514-727)||(30133929-30134146)
chr8 (509-727)||(3865361-3865582)
chr8 (516-727)||(32243357-32243570)
chr8 (611-727)||(6243256-6243375)
chr8 (619-722)||(6244456-6244559)
chr8 (514-727)||(32244799-32245014)
chr8 (539-677)||(3866815-3866954)
chr8 (514-600)||(42816016-42816102)
chr8 (509-598)||(13324062-13324151)
chr8 (529-600)||(24451193-24451264)
chr8 (514-600)||(37707232-37707318)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (514-727)||(3407291-3407505)
chr5 (514-727)||(37811962-37812176)
chr5 (514-727)||(19333360-19333575)
chr5 (514-727)||(2263193-2263408)
chr5 (515-727)||(43211030-43211244)
chr5 (514-730)||(37813122-37813340)
chr5 (514-727)||(40272135-40272350)
chr5 (514-719)||(42258295-42258505)
chr5 (611-727)||(19332239-19332355)
chr5 (611-727)||(43209751-43209867)
chr5 (611-727)||(42645293-42645409)
chr5 (611-722)||(41617381-41617493)
chr5 (514-598)||(9168466-9168547)
chr5 (509-578)||(19332145-19332214)
chr5 (514-584)||(19193061-19193131)
chr5 (516-599)||(18951154-18951237)
chr5 (514-600)||(23318045-23318131)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (514-727)||(12251765-12251980)
chr1 (504-727)||(27551897-27552122)
chr1 (514-727)||(52010755-52010969)
chr1 (516-727)||(25352848-25353060)
chr1 (509-727)||(51841405-51841627)
chr1 (514-727)||(11396710-11396925)
chr1 (514-727)||(51339999-51340214)
chr1 (516-727)||(51839897-51840110)
chr1 (514-721)||(51338140-51338349)
chr1 (514-727)||(27550472-27550687)
chr1 (539-727)||(49768806-49768996)
chr1 (514-727)||(12896624-12896838)
chr1 (514-727)||(48218252-48218466)
chr1 (611-727)||(49767463-49767579)
chr1 (639-727)||(25351761-25351849)
chr1 (633-727)||(12897492-12897586)
chr1 (514-599)||(12898900-12898985)
chr1 (633-721)||(52881400-52881488)
chr1 (514-598)||(25351648-25351731)
chr1 (628-727)||(52882699-52882798)
chr1 (514-583)||(11397778-11397847)
chr1 (551-600)||(30982867-30982916)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (514-722)||(21108472-21108682)
chr6 (514-727)||(5086823-5087038)
chr6 (555-727)||(289761-289935)
chr6 (612-727)||(288777-288892)
chr6 (514-727)||(3912938-3913152)
chr6 (630-703)||(3914846-3914919)
chr6 (514-600)||(3914987-3915073)
chr6 (504-600)||(15119350-15119446)
chr6 (514-595)||(288677-288758)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (514-727)||(34512228-34512446)
chr4 (509-727)||(28162907-28163127)
chr4 (514-727)||(13508546-13508760)
chr4 (514-682)||(34513479-34513649)
chr4 (509-727)||(48738181-48738401)
chr4 (515-727)||(28164124-28164338)
chr4 (504-727)||(44451753-44451979)
chr4 (514-598)||(10322829-10322913)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (514-727)||(25233263-25233479)
chr3 (516-727)||(52702062-52702277)
chr3 (530-727)||(44557004-44557203)
chr3 (514-727)||(8574981-8575197)
chr3 (514-727)||(33476558-33476773)
chr3 (514-727)||(52700839-52701054)
chr3 (514-727)||(41926949-41927164)
chr3 (516-727)||(8576305-8576521)
chr3 (611-727)||(25353359-25353475)
chr3 (514-727)||(31992050-31992264)
chr3 (514-727)||(44555595-44555810)
chr3 (514-727)||(41928240-41928453)
chr3 (614-727)||(33475250-33475363)
chr3 (516-700)||(31990752-31990938)
chr3 (515-589)||(19831134-19831208)
chr3 (529-600)||(116638-116709)
chr3 (514-589)||(117953-118028)
chr3 (617-703)||(19831017-19831104)
chr3 (514-600)||(33475149-33475234)
chr3 (514-600)||(37180074-37180160)
chr3 (551-600)||(45234452-45234501)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (514-727)||(9112077-9112292)
chr2 (528-727)||(30982313-30982514)
chr2 (509-727)||(30982792-30983012)
chr2 (514-699)||(3117648-3117835)
chr2 (514-722)||(3118913-3119123)
chr2 (509-697)||(32317885-32318072)
chr2 (625-727)||(9111360-9111462)
chr2 (514-727)||(32319346-32319562)
chr2 (611-727)||(32319923-32320039)
chr2 (514-600)||(9111247-9111333)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (514-727)||(282612-282827)
scaffold0005 (514-722)||(283644-283853)
[»] scaffold0026 (2 HSPs)
scaffold0026 (509-600)||(100855-100946)
scaffold0026 (514-584)||(100959-101029)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 42975815 - 42975327
Alignment:
Q  18 atagatcatgtgaaagaacacacaaaatcaagggacgatcaataagtatcccaagttaggagcagaagtacnnnnnnnnnnnnnccaaagcaaaattaat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||    
T  42975815 atagatcatgtgaaagaacacacaaaatcaagggacgatcaataagtatcccaagttaggagcagaagtacaaaaataaaaaaaccaaagcaaaattaat 42975716  T
Q  118 gcacattttttaaaaggtcatggctgacgataaaggagccatggctagacggcaggagcttttgagagcactttaatctgttgtttaatgtggctgacga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42975715 gcacattttttaaaaggtcatggctgacgataaaggagccatggctagacggcaggagcttttgagagcactttaatcggttgtttaatgtggctgacga 42975616  T
Q  218 taaagaagcaatggtgggagatattttgtaaagtcgaaaatgagaggttagtatgaacctagagatggagtaggtgactcttttattgaagttgagagag 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  42975615 taaagaagcaatggtgggagatattttgtaaagtcgaaaatgagaggttagtatgaaactagagatggagtaggtgactgttttattgaagttgagagac 42975516  T
Q  318 tcgatatgtttcaatggaaggaacgattatcacatgacggttgtgagcagaatggagagattatggcatatggatatggatggaaggttcgatattgcaa 417  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42975515 tcgatatctttcaatggaaggaacgattatcacatgacggttgtgagcagaatggagagattatggcatatggatatggatggaaggttcgatattgcaa 42975416  T
Q  418 ttggcataacaatcagtttcaaaagagaaaagaaatggcactcccacacaatcgtgtatacaattcttataagaaatcagtcgtagttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  42975415 ttggcataacaatcagtttcaaaagagaaaagaaacggcaatcccaaacaaccgtgtatacatctcttattagaaatcagtcgtagttt 42975327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 8081486 - 8081702
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |         |       
T  8081486 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttcaaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaaagttttttttccgtt 8081585  T
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8081586 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 8081685  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  8081686 gtaaatgacatcatatg 8081702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 8832387 - 8832601
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |      
T  8832387 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagagagcttctaaaattggtccctattaaaattttattaaatttttcatcccgaacgtttttttccgttt 8832486  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  8832487 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg- 8832585  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    |||||| |||| ||||    
T  8832586 taaatggcatcatatg 8832601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 38595610 - 38595396
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-g 612  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||          | |    
T  38595610 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttccaacattgatccctattaaaattatattaaatttttcatccccaacgttttttccgtttg 38595511  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  38595510 taagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtggt 38595411  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  38595410 aaatgacatcatatg 38595396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 514 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 8082873 - 8082663
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  8082873 ggttaattatgtttaagatccctacaaataagcgagctttcaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 8082774  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  8082773 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaaaggaatgctgacccagacatgccacatggacattttaagtgacatggctgccatgtgg 8082674  T
Q  712 taaatgacatc 722  Q
    |||||||||||    
T  8082673 taaatgacatc 8082663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 532 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 42974882 - 42974685
Alignment:
Q  532 tccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttgcc 629  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           |  ||||||||||| ||||||    
T  42974882 tccctacaaataagcgagcttctaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacctttttttccgtttgtaagtttggtttttgcc 42974783  T
Q  630 gtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  42974782 gtcaaacagtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcatatg 42974685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 534 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 8833801 - 8833605
Alignment:
Q  534 cctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc---tgtaagtttggtctttgccg 630  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |   ||||||||||||| |||||     
T  8833801 cctacaaatatgtgagcttccaacattgatccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccgtttgtaagtttggtccttgcca 8833702  T
Q  631 tcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  8833701 tcaaactgtgctaactaggctaacggaatgctgacccaggcatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcatatg 8833605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 40303778 - 40303992
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctgt 613  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          | |    
T  40303778 ggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcaagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttccatttt 40303877  T
Q  614 -aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |    
T  40303878 taagtttggtccttgccgtcaaactgtgcagactaggctaacagaatgctgacccaggcatgccacatggacatttcaagtggcatggctaccatgtggt 40303977  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  40303978 aaatgacatcatatg 40303992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Original strand, 37107358 - 37107572
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc---tg 612  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||         |   ||    
T  37107358 ttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagtttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcattcccaacgttttttttccgtttg 37107457  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |    
T  37107458 taagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatgactgttatgtggt 37107557  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  37107558 aaatgacatcatatg 37107572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 528 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 40304793 - 40304593
Alignment:
Q  528 aaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctt 625  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||          |  |||||||||||| |    
T  40304793 aaggtccctacaaataagtggccttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttatccgtttgtaagtttggtcct 40304695  T
Q  626 tgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatccta 725  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||    
T  40304694 tgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgacccagaaatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgcggtaaatgacatcata 40304595  T
Q  726 tg 727  Q
    ||    
T  40304594 tg 40304593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Original strand, 1065468 - 1065584
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1065468 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 1065567  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  1065568 gtaaatgacatcatatg 1065584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 531 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12622173 - 12621975
Alignment:
Q  531 gtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttgc 628  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |          |  |||||||||||| ||||    
T  12622173 gtccctataaataagcgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaatgtttttttccgtttgtaagtttggtccttgc 12622074  T
Q  629 cgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  12622073 cgtcaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtcacatgcctgccatgtggtaaatgacatcatatg 12621975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 519 - 727
Target Start/End: Original strand, 18798621 - 18798833
Alignment:
Q  519 attaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac----gnnnnnnnnnctgta 614  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||               ||||    
T  18798621 attatgtttaaggtccctgcaaataagcaagcttccaacattggtctctatttaaattttattaaatttttcatccccaacattttttttttcatttgta 18798720  T
Q  615 agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataa 714  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |  ||||| |||    
T  18798721 agtttggtccttgccgttaaactgtgttgattaggctaacagaatgcggacccatacatgccacatgaacatttcaagtgacatgaccgtcatgtggtaa 18798820  T
Q  715 atgacatcctatg 727  Q
    |||||||| ||||    
T  18798821 atgacatcatatg 18798833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Original strand, 38592955 - 38593168
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 613  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||          |  ||    
T  38592955 ttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttttaatattgatccctgctaaaattttattaaaattttcatcctcaacgtttttttccgtttgt 38593054  T
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 713  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  38593055 aagtttggtccttaccgtcaaactgtgctaattaggctaacagaatgctgaccaagacaagccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtggta 38593154  T
Q  714 aatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||| ||||    
T  38593155 aatgacatcatatg 38593168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 546 - 727
Target Start/End: Original strand, 25270322 - 25270506
Alignment:
Q  546 agagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt-catccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgct 642  Q
    |||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||          |  |||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  25270322 agagcttccaacattgatccttatttaaattttattaaattttttcatccccaacgtttttatccgtttgtaagtttagttattgccgtcaaactgtgct 25270421  T
Q  643 gactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||  ||||  |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  25270422 gactaggttaacataatgctgatcaagacatgccgcatggacatttcaagtgacatggttgtcatgtggtaaatgacatcatatg 25270506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 38875154 - 38875068
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  38875154 ggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgtgcttccaacattagtctctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 38875068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 514 - 589
Target Start/End: Original strand, 38198762 - 38198837
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 589  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  38198762 ggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctatttaaattttattaaattttt 38198837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 515 - 600
Target Start/End: Original strand, 43830653 - 43830738
Alignment:
Q  515 gttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| ||||| | | | || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43830653 gttaattatgtttaaggcccctataaataggtgcgttttcaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 43830738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 551 - 600
Target Start/End: Original strand, 46330533 - 46330582
Alignment:
Q  551 ttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46330533 ttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 46330582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 44893533 - 44893748
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||         ||      
T  44893533 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccatattaaaattttattaaatttttcatccctaacgtttttttcccttt 44893632  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  44893633 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaactgaatgctgacccagacatgccacatggacattttaagtgacatggctgccatgtgg 44893732  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||| ||||| ||||    
T  44893733 taaataacatcatatg 44893748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 44895026 - 44894812
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||           |      
T  44895026 ggttaattatgtttaaggtcc-tacaaataaccgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccctaacatttttttccgttt 44894928  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  44894927 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgatgacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 44894828  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  44894827 taaatgacatcatatg 44894812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 30134146 - 30133929
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  30134146 ggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgagctttcaacattgatctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacattttttttttcgt 30134047  T
Q  611 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 709  Q
     ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  30134046 ttgtaagtttggtccttgctgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgccgactcagacatgccacattgacatttcaagtgacatgactgccatgt 30133947  T
Q  710 gataaatgacatcctatg 727  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  30133946 ggtaaatgacatcatatg 30133929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 509 - 727
Target Start/End: Original strand, 3865361 - 3865582
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||||| ||| || || |||| ||||||| |||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||            
T  3865361 tttagggttaattatgtttaaagttcctataaataagcgagctttcaacattggtcccaatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttt 3865460  T
Q  609 nc---tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 705  Q
         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3865461 ctgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcc 3865560  T
Q  706 atgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||| ||||||||||| ||||    
T  3865561 atgtgctaaatgacatcatatg 3865582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Original strand, 32243357 - 32243570
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 613  Q
    ||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |  ||    
T  32243357 ttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttcggtttgt 32243456  T
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 713  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  32243457 aagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggcgaacagaatgttgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggttgccatgtggta 32243556  T
Q  714 aatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||| ||||    
T  32243557 aatgacatcatatg 32243570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Original strand, 6243256 - 6243375
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccag---acatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctat 707  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6243256 tgtaaatttggtcattgccgtcaaactgtgctgactaggttaacagaatgctgatccagtcgacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccat 6243355  T
Q  708 gtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  6243356 gtggtaaatgacatcatatg 6243375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 619 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 6244559 - 6244456
Alignment:
Q  619 tggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatga 718  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6244559 tggtccttgccgtcaaactgtgatgactaggctaacaaaatgttgacccagacatgccacatggacatttcaggtgacatggctgccatgtggtaaatga 6244460  T
Q  719 catc 722  Q
    ||||    
T  6244459 catc 6244456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 32245014 - 32244799
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctgt 613  Q
    ||||||||| ||| || || | || ||||||  |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          | |    
T  32245014 ggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaatattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgttttttttcgttt 32244915  T
Q  614 a--agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||| |   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  32244914 acaagtttggtcattgccgtcaaattgtgctgactaggccaacagttagctgactcagacatgtcacattgacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 32244815  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  32244814 taaatgacatcatatg 32244799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 539 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 3866954 - 3866815
Alignment:
Q  539 aaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg-nnnnnnnnnctgtaagtttggtctttgccgtcaaact 637  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  3866954 aaataagtgagctttcaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaatt 3866855  T
Q  638 gtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgcca 677  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  3866854 gtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgcca 3866815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Original strand, 42816016 - 42816102
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| | | |||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  42816016 ggttaattatgtttaaggtccctataaatacgcgtgcttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 42816102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 509 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 13324151 - 13324062
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 598  Q
    |||| ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13324151 tttagggttaattatgttttaggtccctataaataggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaa 13324062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 529 - 600
Target Start/End: Original strand, 24451193 - 24451264
Alignment:
Q  529 aggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24451193 aggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 24451264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 37707318 - 37707232
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||| | | | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37707318 ggttaattatgttttaggtccctataaacaggcgcgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 37707232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 3407505 - 3407291
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||          |      
T  3407505 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttttccgttt 3407407  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  3407406 gtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgttgactaggctaaaggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 3407307  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  3407306 taaatgacatcatatg 3407291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 37811962 - 37812176
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  37811962 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 37812061  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  37812062 gtaagtttggtccttaccgtcaa-ctgtgctgactaggctaacagaatgctgagcaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtaatgtgg 37812160  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  37812161 taaatgacatcatatg 37812176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 19333575 - 19333360
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||          |      
T  19333575 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagctaccaacattgatccctattaaaattatattaaatttttcatcaccaacgtttttttccgttt 19333476  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19333475 gtaagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgcgg 19333376  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  19333375 taaatgacatcatatg 19333360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 2263408 - 2263193
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||          |      
T  2263408 ggttaattatgtttaaggtcccttcaaataagcaaacttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttctcatccccgacgtttttatccgtta 2263309  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |     
T  2263308 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacataatgctgactcagacatgccacatggacatttctagtgacatggctgccatgagg 2263209  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  2263208 taaatgacatcatatg 2263193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 515 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 43211244 - 43211030
Alignment:
Q  515 gttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--g 612  Q
    |||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||          |  |    
T  43211244 gttaattatgtttaagcttcctacaaataagcaagcttctaatattggtctctacttaaattttattaaatattttatccccaacgtttttttccgtttg 43211145  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  43211144 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgacccagacatgtcacatggatatttcaagtgacatggctgccatgtggt 43211045  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||| ||| ||||    
T  43211044 aaatgatatcatatg 43211030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 514 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 37813340 - 37813122
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||         |       
T  37813340 ggttaattatgtttaagatccttacaaataagcgagcttccaacattgtttcctattaaaattttattaaatttttcatccctaacgttttttttccgtt 37813241  T
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    || |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  37813240 tggaagttcagtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacgaaatgctaaccaagacatgacacatggacatttcaagtgacatggttgccatgtg 37813141  T
Q  711 ataaatgacatcctatgctt 730  Q
     |||| |||||| |||||||    
T  37813140 gtaaa-gacatcatatgctt 37813122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 40272135 - 40272350
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctgt 613  Q
    ||||||||| ||| || || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          | |    
T  40272135 ggttaattatgtttaaagttcttataaataaatgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgttttttttcgttt 40272234  T
Q  614 a--agtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |  |||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  40272235 acaagtttgatccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 40272334  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  40272335 taaatgacatcatatg 40272350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 514 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 42258505 - 42258295
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  42258505 ggttaattatgtttaaggttcctataaataagcgagcttccaacattggaccttactaaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttttccg 42258406  T
Q  611 --tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 708  Q
      |||||||||  || || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  42258405 tttgtaagtttaatccttaccgtcaaactgtactgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacttggctgtcatg 42258306  T
Q  709 tgataaatgac 719  Q
    || ||||||||    
T  42258305 tggtaaatgac 42258295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Original strand, 19332239 - 19332355
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  19332239 tgtaagtttggttcttaccgtcaaactctgctgactaggctaacggaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 19332338  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||| |||||| ||||    
T  19332339 ataaaagacatcatatg 19332355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Original strand, 43209751 - 43209867
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  43209751 tgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacataatgttaacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 43209850  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||||| ||||    
T  43209851 ataaatgacatcatatg 43209867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 42645409 - 42645293
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     
T  42645409 tgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgatgactaggctaacataatgctgacccatacatgccacatggacatttcaagtgacatgactgtcatgtc 42645310  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  42645309 gtaaatgacatcatatg 42645293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 611 - 722
Target Start/End: Original strand, 41617381 - 41617493
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggaca-tttcaagtgacatggctgctatgt 709  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |||| || |||  | || | ||||||||||||||||||  ||||    
T  41617381 tgtaagtttggtccttgccgtcaaattatgctgattagactaacagaatgctgactcagatataccatgtcgatattttcaagtgacatggctgtcatgt 41617480  T
Q  710 gataaatgacatc 722  Q
    |||||||||||||    
T  41617481 gataaatgacatc 41617493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 514 - 598
Target Start/End: Original strand, 9168466 - 9168547
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 598  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  9168466 ggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaatt---ttaaatttttcatccccaa 9168547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 509 - 578
Target Start/End: Original strand, 19332145 - 19332214
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaatttt 578  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19332145 tttagggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgaacttccaacattggtccctactaaaatttt 19332214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 514 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 19193131 - 19193061
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaa 584  Q
    ||||||||| ||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||    
T  19193131 ggttaattatgtttaaggatcctacaaataagcgagcttccaacattaatccctattaaaattatattaaa 19193061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 516 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 18951237 - 18951154
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 599  Q
    ||||||| |||  |||||| || ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  18951237 ttaattatgttttaggtccttataaataagcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaac 18951154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 23318131 - 23318045
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  23318131 ggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 23318045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12251980 - 12251765
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  12251980 ggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 12251881  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  12251880 gtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 12251781  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  12251780 taaatgacatcatatg 12251765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 504 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 27552122 - 27551897
Alignment:
Q  504 ttttgtttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnn 603  Q
    |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||       
T  27552122 ttttatttagggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttt 27552023  T
Q  604 nnnnnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggc 701  Q
           |  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27552022 ttttccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgcagactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgacatggc 27551923  T
Q  702 tgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  27551922 tgccatgtggtaaatgacatcatatg 27551897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 52010969 - 52010755
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||           |      
T  52010969 ggttatttatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttctaacattgctccctattaaaattttattaaatttttca-ccccaacatttttttcctttt 52010871  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||     
T  52010870 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgttgacccagacatgccgcatggacatttcaagtgacatggttgccatgtgg 52010771  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  52010770 taaatgacatcatatg 52010755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 25353060 - 25352848
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 613  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |          |  ||    
T  25353060 ttaattatgtttaaagtccctacaaataagcgagcttccaatattggtccctattaaaattttattaaatttttcatctccaatgtctttttccgtttgt 25352961  T
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 713  Q
    |||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  25352960 aagtttggtccttgccat-aaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagatatgtcacatgaacatttcaagtgacatggctgtcatgtggta 25352862  T
Q  714 aatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||| ||||    
T  25352861 aatgacatcatatg 25352848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 509 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 51841627 - 51841405
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||              
T  51841627 tttagggttaattatgtttaaggtccttacaaataagcaagctttcaacatttgtcactatttaaattttataaattttttcatccccaatatttttttt 51841528  T
Q  609 nc----tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgc 704  Q
     |    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  51841527 tccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatgactgt 51841428  T
Q  705 tatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||| ||||||||||| ||||    
T  51841427 tatgtggtaaatgacatcatatg 51841405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 11396710 - 11396925
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||          |      
T  11396710 ggttaattatgtttaaagtccctacaaacaagcgagcttctaatattggtctctactaaaattttaataaatttttcatccccaacgttttttttcattt 11396809  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  11396810 gtaagtttggtccttaccgtcaaattgtgctgcctaggctaacagaatgctgaccaagacatgctacatggacatttcaagtgacatggctgccatgcgg 11396909  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  11396910 taaatgacatcatatg 11396925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 51340214 - 51339999
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |          |      
T  51340214 ggttaattatgtttaaggtccttacatataagcgagttttcagcattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaatgttttttttcgttt 51340115  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||     
T  51340114 gtaagcttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagatatgccacatggacatttcaaatgacatggctgtcatgtgg 51340015  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  51340014 taaatgacatcatatg 51339999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Original strand, 51839897 - 51840110
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 613  Q
    ||||||| ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |          |  ||    
T  51839897 ttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaatgtttttttccgtttgt 51839996  T
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 713  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||    
T  51839997 aagtttgatccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacaaaatgctgactcagacataccacatggacatttcaagtgacatggctctcatgtggta 51840096  T
Q  714 aatgacatcctatg 727  Q
    ||||| ||| ||||    
T  51840097 aatgatatcatatg 51840110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 514 - 721
Target Start/End: Original strand, 51338140 - 51338349
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--t 611  Q
    |||||||||  || ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |            |    
T  51338140 ggttaattatatttaagatccctacaaataagcgagtttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatctccaatgttttttttcgatt 51338239  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||     
T  51338240 gtaagtctggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgtcacattgacatttcaagtgacatgactgtcatgtgg 51338339  T
Q  712 taaatgacat 721  Q
    ||||||||||    
T  51338340 taaatgacat 51338349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 27550472 - 27550687
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||           |      
T  27550472 ggttaattatgtttaaagtacctataaataagtgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaattttttatccctaacctttttttccattt 27550571  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  27550572 gtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctcactaggctaacagaatgttgactcagacatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 27550671  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  27550672 taaatgacatcatatg 27550687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 539 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 49768996 - 49768806
Alignment:
Q  539 aaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaac 636  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          |  |||||||||||| |||||||||||     
T  49768996 aaataagtgagcttctaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacgtttttttccgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaat 49768897  T
Q  637 tgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||||  ||||  ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  49768896 tgtgctgactaggttaacaaaatgctgactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgacatgactgtcatgtggtaaatgacatcatatg 49768806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 12896624 - 12896838
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccca-acgnnnnnnnnnctg 612  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| | |            ||    
T  12896624 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcaagcttttaacattggtccttatttaaattttattaaatttttcatcccaacatttttatctgtttg 12896723  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||| |    
T  12896724 taagtttgatccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacataatgctgacccaaacaagccacatagacatttcaagtgacatgagtgtcatgtggt 12896823  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  12896824 aaatgacatcatatg 12896838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 48218466 - 48218252
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||||||| || |||| | |||||||| ||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||| | |||           |      
T  48218466 ggttaattaagtttaaagtcc-tgcaaataagcgagcttccagcattggtccttatttaaattttattaaattttttatctcgaacattttttgctgttg 48218368  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||   |||||     
T  48218367 gtaagttaggtcattgccgtcaaactgtgctgactagactaacagaatgctgacttagacatgtcacattgacatttcaagtgacatgactctcatgtgg 48218268  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  48218267 taaatgacatcatatg 48218252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Original strand, 49767463 - 49767579
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  49767463 tgtaagtttggcctttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgttgactcagacatgtcacgtggacatttcaagtgatatggctgtcatgtg 49767562  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  49767563 gtaaatgacatcatatg 49767579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 639 - 727
Target Start/End: Original strand, 25351761 - 25351849
Alignment:
Q  639 tgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  25351761 tgctgactaggctaacggaatgcggaccctgacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacatcatatg 25351849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 633 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12897586 - 12897492
Alignment:
Q  633 aaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||    
T  12897586 aaactgtgctgactagactaacagaatgttcacccagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggttgccatgtggtaaatcacatcatatg 12897492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 514 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 12898985 - 12898900
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaac 599  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12898985 ggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaac 12898900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 633 - 721
Target Start/End: Original strand, 52881400 - 52881488
Alignment:
Q  633 aaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacat 721  Q
    |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  52881400 aaactgtgttgattaggctaacagaatgctgacctagacatgccacatagacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacat 52881488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 514 - 598
Target Start/End: Original strand, 25351648 - 25351731
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 598  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  25351648 ggttaattatgtttaag-tccctacaaataaacgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaattttttattcccaa 25351731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 628 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 52882798 - 52882699
Alignment:
Q  628 ccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| || ||||||  |||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  52882798 ccgtcaaactgcgccgactaggttaacagaatactgacttagacatgtcacattgacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacatcatatg 52882699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 514 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 11397847 - 11397778
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaa 583  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  11397847 ggttaattatgtttaaggtccctacaaatatgcgagcttccaacattggcccctattaaaattatattaa 11397778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 551 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 30982916 - 30982867
Alignment:
Q  551 ttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30982916 ttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttttatccccaacg 30982867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 5e-52; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 514 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 21108682 - 21108472
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||           |      
T  21108682 ggttaattatgtttaaggttcctacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatccccaacatttttttccgttt 21108583  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  21108582 gtaagtttggtctttaccgtcaagttgtgctgactaggctaacggaatgttgaccaagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 21108483  T
Q  712 taaatgacatc 722  Q
    |||||||||||    
T  21108482 taaatgacatc 21108472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 5087038 - 5086823
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||         |       
T  5087038 ggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattcgtc-ctttttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccgtt 5086940  T
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5086939 tgtaagtttgatccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgctgactcaggcatgacacgtggacatttcaagtgatatggctgccatgtg 5086840  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  5086839 gtaaatgacatcatatg 5086823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 555 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 289935 - 289761
Alignment:
Q  555 aacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnnnnctgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagacta 652  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||            ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  289935 aacattggtccctatttaaattttattaaattttttatctccaacgttttttttcgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggcta 289836  T
Q  653 acggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||    
T  289835 acagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtggtaaatgacatcatatg 289761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 612 - 727
Target Start/End: Original strand, 288777 - 288892
Alignment:
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  288777 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgacatgtgg 288876  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  288877 taaatgacatcatatg 288892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 3912938 - 3913152
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |   ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||          |      
T  3912938 ggttaattatgtttaagctccctacaaataagcggatttttaatattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccc-aacgtttttatccgttt 3913036  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  3913037 gtaagtttggtccttgcggtcaaactgtgctaactaggctaacagaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 3913136  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  3913137 taaatgacatcatatg 3913152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 630 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 3914919 - 3914846
Alignment:
Q  630 gtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 703  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3914919 gtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 3914846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 3915073 - 3914987
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||   |||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3915073 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataaacaagcttccatcattagtccctattttaattttattaaatttttcatccccaacg 3914987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 504 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 15119446 - 15119350
Alignment:
Q  504 ttttgtttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  15119446 ttttttttagggttaattatgtttaaggtccctataaataggtgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 15119350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 595
Target Start/End: Original strand, 288677 - 288758
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccc 595  Q
    ||||||||||||| || ||  |||  |||||| || |||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  288677 ggttaattaagtttaaagtttctatcaataagcgaacttccagcattagtccttattaaaattttattaaatttttcatccc 288758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 34512228 - 34512446
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |          |      
T  34512228 ggttagttatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattgttccctattaaaattttattaaatttttcatccccaatgtttttttttttcg 34512327  T
Q  612 ---gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatg 708  Q
       |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34512328 tttgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgctaacccagacatacgacatggacatttcaagtgacatggctgccatg 34512427  T
Q  709 tgataaatgacatcctatg 727  Q
    || ||||||||||| ||||    
T  34512428 tggtaaatgacatcatatg 34512446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 509 - 727
Target Start/End: Original strand, 28162907 - 28163127
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  28162907 tttagggttaattatgtttaaggtctctacaaataagcgagcttccaacattgatccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttc 28163006  T
Q  609 nct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 706  Q
      |  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||  |    
T  28163007 cgtttgtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctgactaggctaacagaatgttgacccagatataccacatggacatttcaagtgacatgactgtca 28163106  T
Q  707 tgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||| ||||||||||| ||||    
T  28163107 tgtggtaaatgacatcatatg 28163127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 13508546 - 13508760
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||          |      
T  13508546 ggttaattatgtttaaggtcc-tacaaataagcgagctttcaacattggtccctactaaaatttaattaaatttttcatccccaacgttttcttccgttt 13508644  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  13508645 gtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatcttgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 13508744  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  13508745 taaatgacatcatatg 13508760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 514 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 34513649 - 34513479
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg--nnnnnnnnnct 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  34513649 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 34513550  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatgg 682  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  34513549 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacggaatgttgatccagacatgccacatgg 34513479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 509 - 727
Target Start/End: Original strand, 48738181 - 48738401
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||            
T  48738181 tttagggttaatcatgtttaaggtccctacaaataagcgagctttcaacattgatccgtactaaaattttattaaatttttcttccccaacgtttttttc 48738280  T
Q  609 nctgt--aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcta 706  Q
      | |  |||||||||| || ||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  48738281 cgtttgaaagtttggtccttaccgtccaattgtgctgactaggctaacggattgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatagctgtca 48738380  T
Q  707 tgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||| ||||||||||| ||||    
T  48738381 tgtggtaaatgacatcatatg 48738401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 515 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 28164338 - 28164124
Alignment:
Q  515 gttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--g 612  Q
    |||||||| ||| || ||| ||||||||||  ||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |          |  |    
T  28164338 gttaattatgtttaacgtctctacaaataaacgagcttttaatattggtccctattaaaattttattaaattttttatccccaatgtttttttccgtttg 28164239  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  28164238 taagtttgatctttactgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgaccctgacatgccaaatggacatttcaagtgacatggctaacatgtgat 28164139  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  28164138 aaatgacatcatatg 28164124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 504 - 727
Target Start/End: Original strand, 44451753 - 44451979
Alignment:
Q  504 ttttgtttacggttaattaagttcaaggtccc-tacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnn 602  Q
    |||| |||| ||||||||| ||| |||||||| || ||| ||  ||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||       
T  44451753 ttttttttagggttaattatgtttaaggtcccctataaagaaacgagttttcaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaacatt 44451852  T
Q  603 nnnnnnnct--gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatgg 700  Q
            |  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44451853 tttttctgtttgtaagtttgatccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctaactcagacatgccacatgaacatttcaagtgacatgg 44451952  T
Q  701 ctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  44451953 ctgccatgtggtaaatgacatcatatg 44451979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 514 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 10322913 - 10322829
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaa 598  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | ||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||    
T  10322913 ggttaattatgttttaggtccctataaataggcgagtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaa 10322829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 25233479 - 25233263
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||         |       
T  25233479 ggttacttatgtttaaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatcttcgacgttttttttccgtt 25233380  T
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25233379 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgacttggctaacagaatattgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 25233280  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  25233279 ttaaatgacatcatatg 25233263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 52702277 - 52702062
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc----t 611  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||              |    
T  52702277 ttaattatgtttaaggtccctacaaataggtgagcttccaacattggtccctattaaaattatattaaatttttcatccccgacgttttttttttcattt 52702178  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  52702177 gtaagttcggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 52702078  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  52702077 taaatgacatcatatg 52702062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 530 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 44557203 - 44557004
Alignment:
Q  530 ggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctttg 627  Q
    |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |  |||||||||||| |||    
T  44557203 ggtccctataaataagcgagcttttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttcgtttgtaagtttggtccttg 44557104  T
Q  628 ccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  44557103 ccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcatatg 44557004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 8574981 - 8575197
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||         |       
T  8574981 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagtgagcttccaacattgatccatatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttccatt 8575080  T
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  8575081 tgtaagtttggtcattgccgttaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgacttagacatgcaacatggacatttcaagtgacatggctgtcatgtg 8575180  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||| ||||| ||||    
T  8575181 gtaaataacatcatatg 8575197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 33476773 - 33476558
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |      
T  33476773 ggttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaatattggtccctatttaaattttattaaatttttcctccccaacgtttttttcggttt 33476674  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||     
T  33476673 gtaagtttagtctttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgttgactcagacatgccacatagacatttcaagtgacatggttgccatgtgg 33476574  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  33476573 taaatgacatcatatg 33476558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 52700839 - 52701054
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  52700839 ggttaattatgtttaaggtccttacaaataagcgagcttccaacattgattcctactaaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 52700938  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||     
T  52700939 gtaagtttggtccttaccgtcaaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgaccaagacatgccacatagatatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 52701038  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  52701039 taaatgacatcatatg 52701054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 41926949 - 41927164
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||           |      
T  41926949 ggttaattatgtttaaggtccctataaataagcgagcttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcacccccaacatttttttccgttt 41927048  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||     
T  41927049 gtaagtttggtccttgccatcgaactgtgctgactaggctaacaaaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaaatgacatgactgtcatgtgg 41927148  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  41927149 taaatgacatcatatg 41927164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 516 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 8576521 - 8576305
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnctgt-- 613  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |||      
T  8576521 ttaattatgtttaaggtccgtacaaataagcaagcttccaacattagtccctatttaaattttattaaatttttcttccccaacgttttttcttttgttt 8576422  T
Q  614 --aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactaga-ctaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8576421 gtaagtttggtccttgccgtcaaactatgctgactaaagctaacagaaagctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 8576322  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  8576321 gtaaatgacatcatatg 8576305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 25353475 - 25353359
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25353475 tgtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtg 25353376  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  25353375 gtaaatgacatcatatg 25353359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 31992264 - 31992050
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatcccca-acgnnnnnnnnnctg 612  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||| | |            ||    
T  31992264 ggttaattatgtttatggtccctacaaataagcgagctttcaacattgattcctatttaaattttattaaatttttcatcccaacatttttatccgtttg 31992165  T
Q  613 taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgat 712  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  31992164 taagtttggtccttgctgtcaaattgtgctgactaggctaacagagtgctgacccagacatgacacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggt 31992065  T
Q  713 aaatgacatcctatg 727  Q
    |||||||||| ||||    
T  31992064 aaatgacatcatatg 31992050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 44555595 - 44555810
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    |||||||||  || || |||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||           |      
T  44555595 ggttaattatatttaaagtccatataaataagtgggcttccaacattggtctctatttaaattttattaagtttttcatccccaacatttttttccgttt 44555694  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  44555695 gtaagtttggtccttgccgtcaaattgtgctggctaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggctgtcatgtgg 44555794  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  44555795 taaatgacatcatatg 44555810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 41928453 - 41928240
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  41928453 ggttaattatgtttaaggttccta--aataagcgagcttttaacattggtccttatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttttttcgttt 41928356  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||     
T  41928355 gtaagtttggtcattgctgtcaaattgtgctgactaggctaacataatattgactcagacatgccacatggacatttcaagtgatatggctgtcatgtgg 41928256  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  41928255 taaatgacatcatatg 41928240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 614 - 727
Target Start/End: Original strand, 33475250 - 33475363
Alignment:
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgata 713  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| |   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  33475250 aagtctggtccttgccgtcaaattgtgttgactagactaacagttagctgactcagacatgccacattgacatttcaagtgacatggctgccatgtggta 33475349  T
Q  714 aatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||| ||||    
T  33475350 aatgacatcatatg 33475363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 516 - 700
Target Start/End: Original strand, 31990752 - 31990938
Alignment:
Q  516 ttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gt 613  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||  || ||  || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||          |  ||    
T  31990752 ttaattatgtttcaggtccctacaaataagcaagtttttaatattggtctctatttaaattttaataaattttttatcaccaacgtttttttttgtttgt 31990851  T
Q  614 aagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatgg 700  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31990852 aagtttggttcttgccgtcaaactgtggtgactaggctagcagaatgctgactcaaacatgccacatgaacatttcaagtgacatgg 31990938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 515 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 19831208 - 19831134
Alignment:
Q  515 gttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 589  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  19831208 gttaattatgtttaaggtccctataaataagtgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaattttt 19831134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 529 - 600
Target Start/End: Original strand, 116638 - 116709
Alignment:
Q  529 aggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||||||| | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  116638 aggtccctataaataagcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 116709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 514 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 118028 - 117953
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaattttt 589  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  118028 ggttaattatgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtctctacttaaattttattaaattttt 117953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 617 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 19831104 - 19831017
Alignment:
Q  617 tttggtctttgccgtcaaa-ctgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctg 703  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| |||  | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  19831104 tttggtccttgccgtcaaaactgtgtttactaggttaacggaatgatgatgcggacatgccacatgggcattttaaatgacatggctg 19831017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Original strand, 33475149 - 33475234
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||| || || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  33475149 ggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaacattgatccctatttaaattt-attaaatttttcatcctcaacg 33475234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 37180160 - 37180074
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||| | | | |||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37180160 ggttaattacgttttaggtccctataaataggcgtgtttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttggtccccaacg 37180074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 551 - 600
Target Start/End: Original strand, 45234452 - 45234501
Alignment:
Q  551 ttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45234452 ttccaacattagtccctacttaaattttattaaatttttgatccccaacg 45234501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 9112292 - 9112077
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  9112292 ggttaattatgtttaaggtctctataaataagcgagctttcaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttcggttt 9112193  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9112192 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacgtggacatttcaagtgacatggttgccatgtga 9112093  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  9112092 taaatgacatcatatg 9112077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 528 - 727
Target Start/End: Original strand, 30982313 - 30982514
Alignment:
Q  528 aaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct--gtaagtttggtctt 625  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||          |  ||||||| |||  |    
T  30982313 aaggtccctacaaataagcgagcttccaacattggtccctaataaaattatattaaatttttcattcccaacgtttttttccgtttgtaagttcggtact 30982412  T
Q  626 tgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatccta 725  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  30982413 tgccgttaaactgtgctgactaggctaacggaatgttgaccaagacatgccacatagacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcata 30982512  T
Q  726 tg 727  Q
    ||    
T  30982513 tg 30982514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 509 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 30983012 - 30982792
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |            
T  30983012 tttagggttaattatgtttaaggtca-tacaaataagcgagcttccaacattggtccctactaaaattttattaaatttttcatcctcaatgtttttttc 30982914  T
Q  609 nct--gtaagttt-ggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgct 705  Q
      |  |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30982913 cgtttgtaagttttggtccttcccgtcaaactgtgctgactaggttaacagaatgctgaccaagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgcc 30982814  T
Q  706 atgtgataaatgacatcctatg 727  Q
    ||||| ||||||||||| ||||    
T  30982813 atgtggtaaatgacatcatatg 30982792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 514 - 699
Target Start/End: Original strand, 3117648 - 3117835
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  3117648 ggttaattatgtttaaggtcccggcaaataagcaagctttcaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgttttgttccgttt 3117747  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatg 699  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3117748 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgctgattaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatg 3117835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 514 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 3119123 - 3118913
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| ||||| | || ||||||| ||||||  |||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||           |      
T  3119123 ggttaattatgtttaaggttcttataaataagcgagcttttaacatttgaccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacatttttttttgttt 3119024  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  3119023 gtaagtttggtccttgccgtcaaactgtgttgactaggttaacagaatgctgacttagacatgtcacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 3118924  T
Q  712 taaatgacatc 722  Q
    |||||||||||    
T  3118923 taaatgacatc 3118913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 509 - 697
Target Start/End: Original strand, 32317885 - 32318072
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnn 608  Q
    |||| ||||||||| ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | || |            
T  32317885 tttagggttaattaggtttaaagtccctataaataagcgagcttccaacattggttcctatttaaattttattaaatttttcatcgc-aatgttttttcc 32317983  T
Q  609 nctg-taagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgaca 697  Q
      || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32317984 gttggtaagtttggtcct-gccgtcaaactgtgctgactaggctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgaca 32318072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 625 - 727
Target Start/End: Original strand, 9111360 - 9111462
Alignment:
Q  625 ttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtgataaatgacatcct 724  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  9111360 ttgccgtcaaattgtgctgactaagctaacagaatgctgactcagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgccatgtggtaaatgacatcat 9111459  T
Q  725 atg 727  Q
    |||    
T  9111460 atg 9111462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 32319562 - 32319346
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnc--- 610  Q
    ||||||||| | | ||||||| || ||||||| |||| |  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||         |       
T  32319562 ggttaattatgcttaaggtccttataaataagcgagcatttaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttttcagt 32319463  T
Q  611 -tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgt 709  Q
     ||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  32319462 ttgtaagtttggtccttgccgttaaactgtagtgactaggctaacaaaatgctgactcaggcatgccacatggatatttcaagtgacatggttgc-atgt 32319364  T
Q  710 gataaatgacatcctatg 727  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  32319363 ggtaaatgacatcatatg 32319346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 611 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 32320039 - 32319923
Alignment:
Q  611 tgtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtg 710  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  32320039 tgtaagtttggttcttgccgtcaaactgtgttgactagactaacaaaatgctgactcagacatgccacgtgaacatttcaagtggcatggctgccatgtg 32319940  T
Q  711 ataaatgacatcctatg 727  Q
     ||||||||||| ||||    
T  32319939 gtaaatgacatcatatg 32319923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 600
Target Start/End: Original strand, 9111247 - 9111333
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    ||||||||| ||| || || | || ||||||  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9111247 ggttaattatgtttaaagttcttataaataaacgagcttccaacattgatccctatttaaattttattaaatttttcatcctcaacg 9111333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 514 - 727
Target Start/End: Original strand, 282612 - 282827
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  282612 ggttaattatgtttaaagtccctataaataagcgagtttccaacattggtccctatttaaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 282711  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| ||||| ||||  |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  282712 gtaagtttggtccttaccgtcaaattgtgttgactaggctaacagaattttgactcagaaatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 282811  T
Q  712 taaatgacatcctatg 727  Q
    ||||||||||| ||||    
T  282812 taaatgacatcatatg 282827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 514 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 283853 - 283644
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacgnnnnnnnnnct-- 611  Q
    ||||||||| ||| || |||| || ||||||| ||||||  || ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||          |      
T  283853 ggttaattatgtttaaagtccttataaataagcgagcttttaatattggtccctattttaattttattaaatttttcatccccaacgtttttttccgttt 283754  T
Q  612 gtaagtttggtctttgccgtcaaactgtgctgactagactaacggaatgctgacccagacatgccacatggacatttcaagtgacatggctgctatgtga 711  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| | |||||  ||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  283753 gtaagtttggtccttgctgtcaaactgtgttgactgg-ctaacaaaatgctgactctgacatgccatgtggacatttcaagtgacatggctgccatgtgg 283655  T
Q  712 taaatgacatc 722  Q
    |||||||||||    
T  283654 taaatgacatc 283644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 509 - 600
Target Start/End: Original strand, 100855 - 100946
Alignment:
Q  509 tttacggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaatttttcatccccaacg 600  Q
    |||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  100855 tttagggttaattatgtttaagatccctacaaataagagagcttccaatattggtccctatataaattttattaaatttttcatccccaacg 100946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 101029 - 100959
Alignment:
Q  514 ggttaattaagttcaaggtccctacaaataagagagcttccaacattggtctctattaaaattttattaaa 584  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  101029 ggttaattatgtttaaggtccctacaaataagcaagtttctaacattggtccctatttaaattttattaaa 100959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University