View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17406_low_14 (Length: 227)

Name: NF17406_low_14
Description: NF17406
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17406_low_14
NF17406_low_14
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (15-218)||(16141009-16141212)
chr7 (15-218)||(46498427-46498630)
chr7 (15-218)||(5389996-5390199)
chr7 (15-218)||(9544065-9544268)
chr7 (15-218)||(26304869-26305072)
chr7 (15-218)||(26361746-26361949)
chr7 (15-218)||(32099693-32099896)
chr7 (15-218)||(8502362-8502565)
chr7 (15-218)||(44898612-44898815)
chr7 (15-218)||(6535797-6536000)
chr7 (15-173)||(42596700-42596858)
chr7 (41-218)||(13284254-13284432)
chr7 (104-218)||(7582477-7582591)
chr7 (104-174)||(15175386-15175456)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (15-218)||(18161378-18161581)
chr6 (18-218)||(29541763-29541963)
chr6 (15-218)||(16899259-16899462)
chr6 (15-218)||(31358874-31359077)
chr6 (15-218)||(34766669-34766872)
chr6 (15-218)||(18704868-18705071)
chr6 (15-218)||(18710803-18711006)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (15-218)||(18362590-18362793)
chr5 (15-218)||(26201150-26201353)
chr5 (15-218)||(27413461-27413664)
chr5 (15-218)||(33940633-33940836)
chr5 (15-218)||(20949168-20949371)
chr5 (15-197)||(23375743-23375925)
chr5 (104-218)||(24413672-24413786)
chr5 (104-218)||(30453421-30453535)
chr5 (104-218)||(30458499-30458613)
chr5 (103-174)||(5601579-5601650)
chr5 (15-86)||(19781876-19781947)
chr5 (103-176)||(24289950-24290023)
chr5 (103-176)||(24299457-24299530)
chr5 (103-197)||(21083139-21083233)
chr5 (103-175)||(22456711-22456783)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (15-218)||(8974159-8974362)
chr3 (15-218)||(6423620-6423823)
chr3 (15-218)||(9538448-9538651)
chr3 (15-200)||(12387301-12387485)
chr3 (103-174)||(48979673-48979744)
chr3 (104-218)||(28366896-28367010)
chr3 (104-162)||(28374773-28374831)
chr3 (104-162)||(28382595-28382653)
chr3 (103-174)||(4384458-4384529)
chr3 (15-69)||(11461138-11461192)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (15-218)||(16156196-16156399)
chr1 (15-218)||(1988014-1988217)
chr1 (71-218)||(22959697-22959844)
chr1 (103-173)||(14280922-14280992)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (15-218)||(21211795-21211998)
chr8 (15-218)||(14892577-14892780)
chr8 (84-218)||(22832121-22832255)
chr8 (103-176)||(18233759-18233832)
chr8 (103-176)||(18243210-18243283)
chr8 (103-218)||(25036173-25036288)
chr8 (103-218)||(25050210-25050325)
chr8 (103-173)||(12916388-12916458)
chr8 (103-175)||(33600768-33600840)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (15-218)||(6693531-6693734)
chr4 (15-218)||(17150686-17150889)
chr4 (15-188)||(16254551-16254724)
chr4 (15-218)||(520738-520941)
chr4 (15-210)||(7845291-7845486)
chr4 (104-218)||(54698596-54698710)
chr4 (104-218)||(26813334-26813448)
chr4 (18-48)||(13791747-13791777)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (15-218)||(18652531-18652734)
chr2 (15-218)||(9512589-9512792)
chr2 (18-218)||(45015669-45015869)
chr2 (15-218)||(27168811-27169014)
chr2 (15-220)||(22903457-22903657)
chr2 (103-174)||(1791955-1792026)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (15-218)||(53355-53558)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (15-218)||(148021-148224)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (15-218)||(7082-7285)
scaffold0313 (15-218)||(10864-11067)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (15-218)||(6393-6596)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (15-205)||(20088-20278)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (15-197)||(16540-16722)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (71-218)||(189351-189498)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (104-218)||(103110-103224)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (103-200)||(257898-257995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16141212 - 16141009
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16141212 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 16141113  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16141112 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 16141013  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  16141012 atga 16141009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 46498427 - 46498630
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  46498427 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 46498526  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46498527 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 46498626  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  46498627 atga 46498630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5390199 - 5389996
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  5390199 cacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 5390100  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5390099 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 5390000  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  5389999 atga 5389996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9544268 - 9544065
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  9544268 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 9544169  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9544168 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggataccctgaaaatacatc 9544069  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  9544068 atga 9544065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 26304869 - 26305072
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  26304869 cacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 26304968  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26304969 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 26305068  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  26305069 atga 26305072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26361949 - 26361746
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  26361949 cacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 26361850  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26361849 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 26361750  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  26361749 atga 26361746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 32099693 - 32099896
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  32099693 cacaaatggagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattattaaactctaaa 32099792  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32099793 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 32099892  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  32099893 atga 32099896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 8502362 - 8502565
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  8502362 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 8502461  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  8502462 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 8502561  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  8502562 atga 8502565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 44898612 - 44898815
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  44898612 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 44898711  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  44898712 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 44898811  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  44898812 atga 44898815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 6535797 - 6536000
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  6535797 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcagcagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 6535896  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  6535897 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 6535996  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  6535997 atga 6536000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 173
Target Start/End: Original strand, 42596700 - 42596858
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42596700 cacagatggagactttgttccaaagaccaaaaaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaactctaaa 42596799  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatg 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42596800 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagaggtgatgaatg 42596858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 41 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13284432 - 13284254
Alignment:
Q  41 ccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatg-gtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcac 139  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13284432 ccaaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatgtgtcaacagatgaaaaatctcaagtattgttaaattctaaagctagactctttctattatgtgcac 13284333  T
Q  140 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  13284332 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaagaatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 13284254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Original strand, 7582477 - 7582591
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  7582477 taaattctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtttgggacactct 7582576  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  7582577 aaaaattcatcatga 7582591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 104 - 174
Target Start/End: Original strand, 15175386 - 15175456
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 174  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15175386 taaactctaaagcttgactttttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 15175456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 18161378 - 18161581
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  18161378 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 18161477  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18161478 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 18161577  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  18161578 atga 18161581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 29541763 - 29541963
Alignment:
Q  18 agatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541763 agatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagct 29541862  T
Q  118 agactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||    
T  29541863 agactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatg 29541962  T
Q  218 a 218  Q
    |    
T  29541963 a 29541963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 16899259 - 16899462
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16899259 cacagatggagactatgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 16899358  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  16899359 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgagatactctgaaaatacatc 16899458  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  16899459 atga 16899462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 31358874 - 31359077
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  31358874 cacaaatgaagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 31358973  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31358974 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 31359073  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  31359074 atga 31359077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 34766669 - 34766872
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34766669 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 34766768  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  34766769 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 34766868  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  34766869 atga 34766872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18705071 - 18704868
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  18705071 cacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactctaaa 18704972  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| || ||||||| | |||||     
T  18704971 gctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgagacactctgagagtacatc 18704872  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  18704871 atga 18704868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18711006 - 18710803
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  18711006 cacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactctaaa 18710907  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| || ||||||| | |||||     
T  18710906 gctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgagacactctgagagtacatc 18710807  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  18710806 atga 18710803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 18362590 - 18362793
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  18362590 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 18362689  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18362690 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 18362789  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  18362790 atga 18362793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26201353 - 26201150
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  26201353 cacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 26201254  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26201253 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 26201154  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  26201153 atga 26201150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 27413461 - 27413664
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| | ||||    
T  27413461 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaaggtcaggtattactaaattttaaa 27413560  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27413561 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 27413660  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  27413661 atga 27413664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 33940633 - 33940836
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  33940633 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 33940732  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  33940733 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 33940832  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  33940833 atga 33940836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 20949168 - 20949371
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20949168 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 20949267  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  20949268 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 20949367  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  20949368 atga 20949371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23375925 - 23375743
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  23375925 cacaaatggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaa 23375826  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatggga 197  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  23375825 cctagactctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 23375743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Original strand, 24413672 - 24413786
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  24413672 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 24413771  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  24413772 aaaaattcatcatga 24413786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30453535 - 30453421
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  30453535 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 30453436  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  30453435 aaaaattcatcatga 30453421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30458613 - 30458499
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  30458613 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 30458514  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  30458513 aaaaattcatcatga 30458499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 5601579 - 5601650
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 174  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5601579 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 5601650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 86
Target Start/End: Original strand, 19781876 - 19781947
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatga 86  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  19781876 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtaaaggaaaatagtgcatggtccacagatga 19781947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 24290023 - 24289950
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtac 176  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  24290023 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtac 24289950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 24299530 - 24299457
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtac 176  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  24299530 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtac 24299457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 21083233 - 21083139
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatggga 197  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||| |||||||  ||| || |||||||  ||| ||||| || |||||||||| |||||||||  |||||||    
T  21083233 ttaaactctaaagctcaactttttctaacatgtgctttaagcagggaagaatatgatagagtagaagaatgtacaactgctaaagagatatggga 21083139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 22456783 - 22456711
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgta 175  Q
    ||||| || ||||||  ||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  22456783 ttaaattccaaagctcaactctttttacaatgttcattaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 22456711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 8974159 - 8974362
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  8974159 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 8974258  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8974259 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 8974358  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  8974359 atga 8974362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 6423620 - 6423823
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  6423620 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaaatgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 6423719  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6423720 gctagactctttctatcgtgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 6423819  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  6423820 atga 6423823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 9538448 - 9538651
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  9538448 cacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 9538547  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  9538548 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaacaagtatgggatactctgaaaatacatc 9538647  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  9538648 atga 9538651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 200
Target Start/End: Original strand, 12387301 - 12387485
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  12387301 cacagatggagactttgttccaaaaaccaaagaaggaactgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaagtattaataaactctaaa 12387400  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||    
T  12387401 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaactgaaagagtttatgaatttaagaatgc-aaagaggtatgggatac 12387485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 48979673 - 48979744
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 174  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48979673 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 48979744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 28367010 - 28366896
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  28367010 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtcactgcaaaagaagtttgggacactct 28366911  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  28366910 aaaaattcatcatga 28366896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 28374831 - 28374773
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 162  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28374831 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28374773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 28382653 - 28382595
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 162  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28382653 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28382595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 4384529 - 4384458
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 174  Q
    ||||| ||||||||| || ||| |||||||||   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4384529 ttaaattctaaagctcgagtctatctatcatgcagattaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 4384458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 69
Target Start/End: Original strand, 11461138 - 11461192
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagt 69  Q
    |||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11461138 cacatatggagattttgttcaaataaccaaagaaggagttgtcaaataaaagagt 11461192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 16156196 - 16156399
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16156196 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 16156295  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16156296 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatc 16156395  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  16156396 atga 16156399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1988217 - 1988014
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1988217 cacagatggagactttgttccattaaccaaagaaggaatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 1988118  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  1988117 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 1988018  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  1988017 atga 1988014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 71 - 218
Target Start/End: Original strand, 22959697 - 22959844
Alignment:
Q  71 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatga 170  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  22959697 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcattaaccttggaagaaagtgaaagggttgatga 22959796  T
Q  171 atgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatga 218  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||| ||||| ||||    
T  22959797 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 22959844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 14280992 - 14280922
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatg 173  Q
    ||||||||||||||   ||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  14280992 ttaaactctaaagcccaactctttttacaatgttcaataaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatg 14280922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 21211998 - 21211795
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  21211998 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 21211899  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  21211898 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 21211799  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  21211798 atga 21211795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 14892780 - 14892577
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14892780 cacatatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaa 14892681  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  | |||||||||     
T  14892680 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgataaagaggtatgggataccttaaaaatacatc 14892581  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  14892580 atga 14892577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 218
Target Start/End: Original strand, 22832121 - 22832255
Alignment:
Q  84 tgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgct 183  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  22832121 tgaaaaagctcaggtattactaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatgaaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgcc 22832220  T
Q  184 aaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatga 218  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| | ||||| ||||    
T  22832221 aaagaggtatgggacactttgagagtacatcatga 22832255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 176
Target Start/End: Original strand, 18233759 - 18233832
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtac 176  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  18233759 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtac 18233832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 176
Target Start/End: Original strand, 18243210 - 18243283
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtac 176  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  18243210 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtac 18243283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25036288 - 25036173
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactc 202  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | ||||||||      
T  25036288 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcaccacggcaaaagaaatttgggatacat 25036189  T
Q  203 tgaaaatacatgatga 218  Q
    | ||||||||| ||||    
T  25036188 taaaaatacatcatga 25036173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 25050325 - 25050210
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactc 202  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |  || |||||| | ||||||||      
T  25050325 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgcaccacggcaaaagaaatttgggatacat 25050226  T
Q  203 tgaaaatacatgatga 218  Q
    | ||||||||| ||||    
T  25050225 taaaaatacatcatga 25050210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 173
Target Start/End: Original strand, 12916388 - 12916458
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatg 173  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  12916388 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatg 12916458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 33600840 - 33600768
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgta 175  Q
    ||||| || ||||||  ||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33600840 ttaaattccaaagctcaactctttctacaatgttcattaaccatggaagaaagtgaaaggatttatgaatgta 33600768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 6693531 - 6693734
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  6693531 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 6693630  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  6693631 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 6693730  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  6693731 atga 6693734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 17150686 - 17150889
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  17150686 cacagatggagactttgttccaacaaccaacgaaggaactgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaatgctcaggtattgttaaactttaaa 17150785  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||     
T  17150786 gctagactctttctatcatttgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatc 17150885  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  17150886 atga 17150889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 188
Target Start/End: Original strand, 16254551 - 16254724
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  16254551 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtcacagaaaagagtacatggtcaacagatgaaaaagctcaagtattgttaaactctaaa 16254650  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaga 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  16254651 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaaga 16254724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 520941 - 520738
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  520941 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 520842  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  520841 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 520742  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  520741 atga 520738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 7845486 - 7845291
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  7845486 cacagatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctataaaggaaaagaaggcatggtcaacagatgaaaaggctcatgtattactaaactctaaa 7845387  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7845386 gctagactttttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgggacactctgaaaata 7845291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 54698710 - 54698596
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  54698710 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 54698611  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  54698610 aaaaattcatcatga 54698596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Original strand, 26813334 - 26813448
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  26813334 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgttactgcaaaagaagtttgggacactct 26813433  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  26813434 aaaaattcatcatga 26813448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 13791777 - 13791747
Alignment:
Q  18 agatggagactttgttccaacaaccaaagaa 48  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13791777 agatggagactttgttccaacaaccaaagaa 13791747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 18652531 - 18652734
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  18652531 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 18652630  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  18652631 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 18652730  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  18652731 atga 18652734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9512792 - 9512589
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  9512792 cacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactctaaa 9512693  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  9512692 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaatacatc 9512593  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  9512592 atga 9512589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 218
Target Start/End: Original strand, 45015669 - 45015869
Alignment:
Q  18 agatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagct 117  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||    
T  45015669 agatgaagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactatactctaaagct 45015768  T
Q  118 agactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatg 217  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||    
T  45015769 agagtctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatg 45015868  T
Q  218 a 218  Q
    |    
T  45015869 a 45015869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27169014 - 27168811
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27169014 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 27168915  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  27168914 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 27168815  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  27168814 atga 27168811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 22903457 - 22903657
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||     ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  22903457 cacagatagagactttgttccaa-----aaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaaactcaggtattgttaaactctaaa 22903551  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| | ||| | |||||     
T  22903552 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtattaatgctaaagatgtatgggatattttgatattacatc 22903651  T
Q  215 atgatg 220  Q
    ||||||    
T  22903652 atgatg 22903657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 1791955 - 1792026
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 174  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1791955 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 1792026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 53558 - 53355
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  53558 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaatagatgaaaaagctcaggtattgttaaattctaaa 53459  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  | |||||||||     
T  53458 gctagactctttctatcatgtgcattaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttaaaaatacatc 53359  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  53358 atga 53355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 148021 - 148224
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||| ||    
T  148021 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaggtattactaaactcttaa 148120  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||     
T  148121 gctagactctttctatcatgtgcacttaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgtgataccttaaaaatacatc 148220  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  148221 atga 148224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 7082 - 7285
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7082 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 7181  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  7182 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 7281  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  7282 atga 7285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 10864 - 11067
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10864 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 10963  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  10964 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 11063  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  11064 atga 11067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6596 - 6393
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6596 cacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactctaaa 6497  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||     
T  6496 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtacatc 6397  T
Q  215 atga 218  Q
    ||||    
T  6396 atga 6393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 205
Target Start/End: Original strand, 20088 - 20278
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||    
T  20088 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaatctcaggtattactaaactccaaa 20187  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctga 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  20188 gctagactctttctatcatgtgcactgactagggaagaaagtgaaagagttgatgtgtgtaaaaatgccaaagatgtatgggacactctga 20278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Original strand, 16540 - 16722
Alignment:
Q  15 cacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaa 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  16540 cacaaatggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaa 16639  T
Q  115 gctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatggga 197  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||| ||||||||    
T  16640 cctagactctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 16722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 71 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 189498 - 189351
Alignment:
Q  71 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatga 170  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||    
T  189498 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcactaaccttggaagaaattgaaagggttgatga 189399  T
Q  171 atgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaatacatgatga 218  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||| | ||| ||||| ||||    
T  189398 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 189351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 103224 - 103110
Alignment:
Q  104 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactct 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||| ||||| |||||    
T  103224 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgtgactgcaaaagaagtgtgggacactct 103125  T
Q  204 gaaaatacatgatga 218  Q
     ||||| ||| ||||    
T  103124 aaaaattcatcatga 103110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 103 - 200
Target Start/End: Original strand, 257898 - 257995
Alignment:
Q  103 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatac 200  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |  || |||||| ||||||||||    
T  257898 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatatgggatac 257995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University