View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17408_high_6 (Length: 749)

Name: NF17408_high_6
Description: NF17408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17408_high_6
NF17408_high_6
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (18-732)||(53059514-53060234)
chr3 (93-732)||(37418891-37419519)
chr3 (313-732)||(53071829-53072257)
chr3 (18-317)||(53068740-53069036)
chr3 (487-732)||(53062964-53063216)
chr3 (274-464)||(53062781-53062970)
chr3 (92-203)||(53062661-53062772)
chr3 (18-63)||(53062593-53062638)
chr3 (309-349)||(53985062-53985102)
chr3 (605-646)||(50815342-50815383)
chr3 (605-646)||(50860481-50860522)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (95-732)||(6687804-6688445)
chr2 (674-717)||(44253610-44253653)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (153-732)||(31014240-31014794)
chr7 (18-62)||(31014199-31014243)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (303-654)||(34036220-34036545)
chr4 (66-267)||(34036005-34036206)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (605-717)||(16162437-16162549)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 732
Target Start/End: Original strand, 53059514 - 53060234
Alignment:
Q  18 ctttcccattctagaggaattgcaaacaaataaagtaaaggtatttcctcctttgagggagtttgttcctaaaacagcagacaagatcaaatgcttgctc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  53059514 ctttcccattctggaggaattgcaaacaaataaagtaaaggtatttcct---ttgagggagtttgttcctaaaacagcagacaagatcaaatgcttgccc 53059610  T
Q  118 aatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagtataaatctggtaagtaagagtttgt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  53059611 aatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagtataactctggtaagtaagagtttgt 53059710  T
Q  218 ttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttttcccgtcattgtaattcatgcagacatggacccactatgtccaagtccccat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53059711 ttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttttcccgtctttgtaattcatgcagacatggacccactatttccaagtccccat 53059810  T
Q  318 tttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggatgctagaaatgcttcagcacactcca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53059811 tttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtggatgtggatgctagaaatgcttcagcacactcca 53059910  T
Q  418 aagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgtttaactctacctctacctatcttaac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53059911 aagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatctgattgatttcctgatatgttatttattttgtttaactctacctctacctatcttaac 53060010  T
Q  518 ttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaa---------atgatgatgaggacatttgg 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  53060011 ttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaatgatgacgatgatgatgaggacatttgg 53060110  T
Q  609 gaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgtgagcttcaatttgcagaat 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53060111 gaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgcgagcttcaatttgcagaat 53060210  T
Q  709 atgttatgcgcagttcaaaagtat 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  53060211 atgttatgcgcagttcaaaagtat 53060234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 93 - 732
Target Start/End: Original strand, 37418891 - 37419519
Alignment:
Q  93 agcagacaagatcaaatgcttgctcaatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagt 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||    
T  37418891 agcagacaagatcaaatgcttgcccaatttggtgacagccaagctttatgatagcgaacctattcctctcttcttgctttccagtgcagtcagtctcagt 37418990  T
Q  193 ataaatctggtaagtaagagtttgtttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttttcccgtcattgtaattcatgcagacat 292  Q
    |||||  |||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||   |||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||    
T  37418991 ataaagatggtcagtactagtttgtttcattttacaaaacaaatcacaatatgatcatagatttctaatgtttacttgtctttgtaattcatgcagacat 37419090  T
Q  293 ggacccactatgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggat 392  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  37419091 ggacccactatgtccaggtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagctggtaaaagttggcctaagaagtggacgtggat 37419190  T
Q  393 gctagaaatgcttcagcacactccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgtt 492  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||  ||||||| |     |||||||||||||    
T  37419191 gctagaaatgcttcaaaacagtccaaagcttcaacatcttatcatttacgaggtttcgcatataatttcatccatttcctca-----tatttattttgtt 37419285  T
Q  493 taactctacctctacctatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaatga 592  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||        ||||    
T  37419286 taactcttcctctgcatatcttaactcttgtttcttgttttgggtggaaatttacttattgtttacaggagattgaaaataggataga------cgatga 37419379  T
Q  593 tgatgaggacatttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgtgag 692  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  37419380 tgatgacgacatttgggaggacccaaaaattgttccggaatgcctttcatctaagctcaaaacttgcctgtttaaaaattacagaggcaaaaagtgcgag 37419479  T
Q  693 cttcaatttgcagaatatgttatgcgcagttcaaaagtat 732  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37419480 cttcaatttgcagattatgttatgcgcagttcaaaagtat 37419519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 313 - 732
Target Start/End: Original strand, 53071829 - 53072257
Alignment:
Q  313 cccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggatgctagaaatgcttcagcaca 412  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||   |||||||||||||||| ||||    
T  53071829 cccattttttacaatccaactcaaatggagctattctctaacttagagcataaaagttggcctaaaaagtggatgtcattgctagaaatgcttcaacaca 53071928  T
Q  413 ctccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgtttaactctacctctacctatc 512  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| |||    
T  53071929 gtccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatattttatttattttgtttaacattacctctaccgatc 53072028  T
Q  513 ttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatgga---------aatgatgatgaggaca 603  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||     
T  53072029 ttaacttttg-tttctgttttt-gtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaatgatgacaatgatgatgaggacg 53072126  T
Q  604 tttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgtgagcttcaatttgc 703  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53072127 tttgggagggcccaaagattgttcaagaatgtctttcatctcagctcaaaacttgcttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgcgagcttcaatttgc 53072226  T
Q  704 agaatatgttat--gcgcagttcaaaagtat 732  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  53072227 agaatatgtcatgcgcgcagttcaaaagtat 53072257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 317
Target Start/End: Original strand, 53068740 - 53069036
Alignment:
Q  18 ctttcccattctagaggaattgcaaacaaataaagtaaaggtatttcctcctttgagggagtttgttcctaaaacagcagacaagatcaaatgcttgctc 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  53068740 ctttccccttctagaggaattgcaaacaaataatgtaaatgtatatcct---ttgagggagtttgttcctaaaacagcagacaagatcaaatgcttgccc 53068836  T
Q  118 aatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagtataaatctggtaagtaagagtttgt 217  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  53068837 aatttggtgacatccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagagcacgtagtctcagtataaagatggtaagtaatagtttgt 53068936  T
Q  218 ttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttttcccgtcattgtaattcatgcagacatggacccactatgtccaagtccccat 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  53068937 ttcattttacaaaacaaatcacaatatcatgattgctttctaattttctctcgtctttgtaattcatgcagacatggccccattatatccaagtccccat 53069036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 487 - 732
Target Start/End: Original strand, 53062964 - 53063216
Alignment:
Q  487 tttgtttaactctac--ctctacctatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaat 584  Q
    |||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| || | ||||||| |||||| |||||||||||    
T  53062964 tttgattaactctactcctctacatatcttaacttttgtttcttgttttgggtggaaatttacttattatttacaggagattgaaaataggatagagaat 53063063  T
Q  585 ggaaatgatga---tgaggacatttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggca 681  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53063064 ggaaatgatgacgatgaggacatttgggaggacccaaagatcattccggaatgcctttcatctcagctcaaaacttgcttgtttaagaattatagaggca 53063163  T
Q  682 aaaagtgtgagcttcaatttgcagaatatgttatgc--gcagttcaaaagtat 732  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  53063164 aaaagtgcgagcttcaatttgcagaatatgtcatgcgtgcagttcaaaagtat 53063216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 274 - 464
Target Start/End: Original strand, 53062781 - 53062970
Alignment:
Q  274 ttgtaattcatgcagacatggacccactatgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggc 373  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||     
T  53062781 ttgtaattcatgcagacatggccccactatgatgaagtccccatttt-tacaatctatctcaaatggtgctattctctaagtttgagggtaaaagttgga 53062879  T
Q  374 ctaagaagtcgatgtggatgctagaaatgcttcagcacactccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgatt 464  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53062880 ctaagaagtggacgtggatgctagaaatgcttcagcacagtccaaagctttaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgatt 53062970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 203
Target Start/End: Original strand, 53062661 - 53062772
Alignment:
Q  92 cagcagacaagatcaaatgcttgctcaatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcag 191  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  53062661 cagcggacaagatcaaacacttgcccaatttagtgacagccaagctttctgatagcaaagctattcctttcttcttgctttccaaggcacagagtctcag 53062760  T
Q  192 tataaatctggt 203  Q
    |||||| |||||    
T  53062761 tataaagctggt 53062772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 63
Target Start/End: Original strand, 53062593 - 53062638
Alignment:
Q  18 ctttcccattctagaggaattgcaaacaaataaagtaaaggtattt 63  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  53062593 ctttcccattctagaggaattgcaaacaaataatgtatatgtattt 53062638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 53985102 - 53985062
Alignment:
Q  309 agtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattct 349  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53985102 agtcccaatgttttacaatctaactcaaatggagctattct 53985062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 605 - 646
Target Start/End: Original strand, 50815342 - 50815383
Alignment:
Q  605 ttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctca 646  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  50815342 ttgggaggacccaacaattgttccagaatgccttttatctca 50815383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 605 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 50860522 - 50860481
Alignment:
Q  605 ttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctca 646  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  50860522 ttgggaggacccaacaattgttccagaatgccttttatctca 50860481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 95 - 732
Target Start/End: Original strand, 6687804 - 6688445
Alignment:
Q  95 cagacaagatcaaatgcttgctcaatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagtat 194  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |    
T  6687804 cagacaagatcaaatgcttgcccaatttggtgacagccaagctttgtgataacgaacctattcctctcttcttgctttccaaggcactcagtctcagtct 6687903  T
Q  195 aaatctggtaagtaagagtttgtttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttttcccgtcattgtaattcatgcagacatgg 294  Q
    |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  6687904 aaagatggtaagtaagagtttgtttgattttacaaaacaaatcacaatatgatgattactttctaatgtcttcttgtctttgtaattcatgcagacatgg 6688003  T
Q  295 acccactatgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggatgc 394  Q
      || || |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||     
T  6688004 caccgctgtgtccatgtccccatttttcacaatttaactcaactggagctattctctaacttaaagggtaaaagttggcctgagaagtggaagtggatgg 6688103  T
Q  395 tagaaatgcttcagcacactccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgttta 494  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||    
T  6688104 tagaaatgcttcaacacagtcccaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatatactttgattgatttcatgata--ttagttattttgttta 6688201  T
Q  495 actctacctctacc----tatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaat 590  Q
    ||||||||| ||||    |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6688202 actctacctttacctatatatcttaactcttgttttgtgttttgggtggaaatttacttattgtttacaggagatagaaaatgggatagagaatggaaat 6688301  T
Q  591 gatg--atgaggacatttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtg 688  Q
    ||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  6688302 gatgatatgaggactattgggaggaaccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttgcttgtttaagaattatagagggaaaaggtg 6688401  T
Q  689 tgagcttcaatttgcagaatatgttatgcgcagttcaaaagtat 732  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  6688402 cgagcttcaatttgcagaatatgttatgcacaattcaaaagtat 6688445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 674 - 717
Target Start/End: Original strand, 44253610 - 44253653
Alignment:
Q  674 tagaggcaaaaagtgtgagcttcaatttgcagaatatgttatgc 717  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44253610 tagaggcagaaagtgtgagcttcaatttgcagagtatgttatgc 44253653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 153 - 732
Target Start/End: Original strand, 31014240 - 31014794
Alignment:
Q  153 tattcctctcttcctgctttccagggcacggagtctcagtataaatctggtaagtaagagtttgtttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattc 252  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||| ||     
T  31014240 tattcctcttttcttgctttccaaggcaca-aggctcagtataaagctggtaagtaagagtttgtttgattttacaaaacaaatcacaatctaatgtttt 31014338  T
Q  253 ctttctaatgttttcccgtcattgtaattcatgcagacatggacccactatgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctcta 352  Q
    |||    || ||||           |||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31014339 cttgtatatatttt-----------aattcatgcagacaagttcccactgtgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctcta 31014427  T
Q  353 acttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggatgctagaa------atgcttcagcacactccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggt 446  Q
    ||||| ||  ||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||      |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31014428 acttaaagcataaaacttggcctaacaagtggaagtggatgctagaagtagaaatgcttcaacacagtcccaagcttcaacatcttatcattcataaggt 31014527  T
Q  447 ttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgtttaactctacctctacctat--cttaacttttgttttctgtttttggtggaaatt 544  Q
    |||||||||||||| ||         ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31014528 ttcacatataatttcat---------gatgttttatttattttgtttaactctacctctacctatatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatt 31014618  T
Q  545 tacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaatgatgatgaggacatttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatct 644  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||             |||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  31014619 tacatattgttaacaggagatagaaaatgggatcgagaata------------aggacaattgggaggatccaaagattattccggaatgcctttcatct 31014706  T
Q  645 cagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgtgagcttcaatttgcagaatatgttatgcgcagttcaaaagtat 732  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31014707 cagctcaaaacttgcttgtttaagaattatagaggcaaaatgtgcgagcttcaatttgcagaatatgttatgggcagttcaaaagtat 31014794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 62
Target Start/End: Original strand, 31014199 - 31014243
Alignment:
Q  18 ctttcccattctagaggaattgcaaacaaataaagtaaaggtatt 62  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  31014199 ctttcccattctagaggaattgaaaacacattaagtaaaggtatt 31014243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 303 - 654
Target Start/End: Original strand, 34036220 - 34036545
Alignment:
Q  303 tgtccaagtccccattttttacaatctaactcaaatggagctattctctaacttagagggtaaaagttggcctaagaagtcgatgtggatgctagaaatg 402  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       ||||  ||  | ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  34036220 tgtccaagtccccattatttacaatctaactcaaatggagcta-------acttcaagcatcaaagttggcctaataagtggaggtggatgctagaaatg 34036312  T
Q  403 cttcagcacactccaaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataatttgattgatttcctgatatgttatttattttgtttaactctacc 502  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||    
T  34036313 cttcaacacagtcccaagcttcaacatcttatcattcatgaggtttcacatataattt-------------------tatttattttgtttaactctacc 34036393  T
Q  503 tctacctatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaataggagatagaaaatgggatagagaatggaaatgatgatgaggac 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34036394 tctacctatcttaacttttgttttctgtttttggtggaaatttacttattgttaacaggagatagaaaatgggatagagaatggaaatgctgatgaggac 34036493  T
Q  603 atttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaa 654  Q
    | |||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  34036494 aattggaaggacccaaatattgctccggaatgcctttcatctcagttcaaaa 34036545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 66 - 267
Target Start/End: Original strand, 34036005 - 34036206
Alignment:
Q  66 tcctttgagggagtttgttcctaaaacagcagacaagatcaaatgcttgctcaatttggtgacagccaagctttctgataacaaacctattcctctcttc 165  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||    
T  34036005 tcctttgagggagtttgttccaaaaacagcagacaagatcaaatgcttgcccaatttggtgacagccaagctttctagtagcaaagctattcctcttttc 34036104  T
Q  166 ctgctttccagggcacggagtctcagtataaatctggtaagtaagagtttgtttcattttacaaaacaattcacaatatcatgattcctttctaatgttt 265  Q
     ||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| || |||  ||||||||||||    
T  34036105 ttgctttccaaggcacgaaggctcagtataaagctggtatttaagagtttgtttgattttgcaaaacaaattacaatatgattattgatttctaatgttt 34036204  T
Q  266 tc 267  Q
    ||    
T  34036205 tc 34036206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 605 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 16162549 - 16162437
Alignment:
Q  605 ttgggaggacccaaagattgttccagaatgcctttcatctcagctcaaaacttacttgtttaagaattatagaggcaaaaagtgtgagcttcaatttgca 704  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||  |||| |||||||||||    
T  16162549 ttgggaagacccacagattgttccacattgcctttcatctcagctcaaaacttgcttgtttagagattttagaggcagaaagaatgagattcaatttgca 16162450  T
Q  705 gaatatgttatgc 717  Q
     ||||||| ||||    
T  16162449 aaatatgtaatgc 16162437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University