View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1740_low_1 (Length: 1884)

Name: NF1740_low_1
Description: NF1740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1740_low_1
NF1740_low_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (18-1251)||(34894756-34895989)
chr3 (1456-1884)||(34896221-34896642)
chr3 (1313-1439)||(34896051-34896177)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 940; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 940; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1251
Target Start/End: Original strand, 34894756 - 34895989
Alignment:
Q  18 gtttttctcttccactaccatttctagctgaaacatttcttgaacgtttttcatacttccatagaagcaatgatgagaaaatgattgaaagcaaaaccca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894756 gtttttctcttccactaccatttctagctgaaacatttcttgaacgtttttcatacttccatagaagcaatgatgagaaaatgattgaaagcaaaaccca 34894855  T
Q  118 aatagcacaaagcaaaaccctccaattaatccaataactctgagtatttgtcttaacagtcataatgggttcccatgagcctttaggagagcctgttaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894856 aatagcacaaagcaaaaccctccaattaatccaataactctgagtatttgtcttaacagtcataatgggttcccatgagcctttaggagagcctgttaga 34894955  T
Q  218 aaactcatgatgaataaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnn---cttcttctgatttttcacagtaaaaatggcaagagaatgaacaaaatgaatgctt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34894956 aaactcatgatgaataaaaatcactttttttacttttttttttttcttcttctgatttttcacagtaaaaatggcaagagaatgaacaaaatgaatgctt 34895055  T
Q  315 ttttctgttattttactgatcacacaaaacaaaacaagcccagaaagaaaagatataaactttgaaatgggtttaatcaaaatctctgttttatgcactt 414  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895056 tt-tctgttattttactgatcacacaaaacaaaacaagcccagaaagaaaagatataaactttgaaatgggtttaatcaaaatctctgttttatgcactt 34895154  T
Q  415 caatgataaactactcatatcatgaggtttacatgcatcacaaaataggaacaagaagtgctcaaatttaggagaccaaaaagtatgaactcttgacaca 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895155 caatgataaactactcatatcatgaggtttacatgcatcacaaaataggaacaagaagtgctcaaatttaggagaccaaaaagtatgaactcttgacaca 34895254  T
Q  515 tactgactacattaaatgnnnnnnngattaaaactaaaaagatacgaaacttagatgaattttttaacnnnnnnnntacaccgacagttacaatagtaga 614  Q
    || |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||    
T  34895255 tattgactacattaaatgtttttttgattaaaactaaaaagatacgaaacttagatgaatttttgaacaaaaaaaatacaccgacagttacaatagtaga 34895354  T
Q  615 ttgaaacttgcaaggaaaagaaagagaatgtgaagagaggatgctttgcttttgtttttgtatgtagaaatttaaaactgttgaagaggttatagagaag 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895355 ttgaaacttgcaaggaaaagaaagagaatgtgaagagaagatgctttgcttttgtttttgtatgtagaaatttaaaactgttgaagaggttatagagaag 34895454  T
Q  715 aagaagggaaggaaagaaaaggatagtgtgctttgggagcaagtttctttcttctacactctttgc-----nnnnnnnnnnnnnnnattatatatatgat 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||| |    
T  34895455 aagaagggaaggaaagaaaaggatagtgtgctttgggagcaagtttctttcttctacactctttgctttttttattttatttttttattatatatatgct 34895554  T
Q  810 gtctaatatttgattgacacatatcatatgtacattttaaattattccaaaactactaacatgaatgtttgttgttgtcgttattaacttgtttattacc 909  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  34895555 gtctaatatttgattgacacatatcatatgtacattttaaattattccaaaactactaacatgaatgtttgttgttgttgttattaatttgtttattacc 34895654  T
Q  910 aaccttgttgtatttattgagtgagcagagagagactcagaatgaaaaggacagggcatagtattattttgggtttatttgcatttgaatgtttgtatag 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895655 aaccttgttgtatttattgagtgacttgagagagactcagaatgaaaaggacagggcatagtattattttgggtttatttgcatttgaatgtttgtatag 34895754  T
Q  1010 tgaagatcaagatgttacttgtttgttttggttgcaattatgnnnnnnnacatgagttgcatttgcatattttggactgtccaatctaaatcgtacggtt 1109  Q
    ||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  34895755 tg------gagatgttgcttgtttgttttggttgcaattatgtttttttacatgagttgcatttgcatattttggaccgttcaatctaaatcgtatggtt 34895848  T
Q  1110 tgtaatttaatgttatataccgactcaaatcacgtcgttaaaaatgtgagctatttgattttgatcaaaccacttataattttcaacaaatgatattgtt 1209  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895849 tgtaatttaatgttatata-ctactcaaatcacgtcgttaaaaatgtgagctatttgattttgatcaaacgacttataattttcaacaaatgatattgtt 34895947  T
Q  1210 ttaaattggctttgggttttggtatgagtttttgttgctaat 1251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34895948 ttaaattggctttgggttttggtatgagtttttgttgctaat 34895989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1456 - 1884
Target Start/End: Original strand, 34896221 - 34896642
Alignment:
Q  1456 actagatgattagtatttcaactttgcaatatgtttcaaatatagactgaaaaataggaaggtctagatcaataatgtgattattttttagagatagaca 1555  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  34896221 actagatgattagtatttcaactttgcaatatgtttcaaatatagactaaaaaataggaaggtctagatcaataatgtgattatttt--agagatagaca 34896318  T
Q  1556 attcattaccaagtgatttgagaaatgaaattaagtttggtgagaaattagaataatattactattattggtaaaacagcaactgttttgtcgtgtccga 1655  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     |    
T  34896319 attcattaccaagtgatttgaggaatgaaattaagtttgatgagaaattagaataatattactattattgttaaaacagcaactgttttgtcct-----a 34896413  T
Q  1656 tgggtgtcttgcagtggaagcatgagaatgttgtttttgttgcttttttggggtcatgtaatggggcccactagtgagaccacacatagactggactcct 1755  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34896414 ggggtgtcttgcagtggaagcatgagaatgttgtttttgttgcttttttggggtcatgtaatggggcccactagtgagaccacacatagactggactcct 34896513  T
Q  1756 tggagtagggacaacattgacagctatgagatcagaccattgaattgaaatggccgcatccacaggcacaacttgtacttaactacacaatgcattttta 1855  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||  ||||| |||||||||||||    
T  34896514 tggagtagggacaacattgacagctatgagatgagaccattgaattgaaatggccaaatccacaggcacaactggcactgtactacgcaatgcattttta 34896613  T
Q  1856 cagctacgtaattcaaaattcctaatcag 1884  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34896614 cagctacgtaattcaaaattcctaatcag 34896642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1313 - 1439
Target Start/End: Original strand, 34896051 - 34896177
Alignment:
Q  1313 tacctcctttgaggttaatatatgggtacattaaagtgtagaaaacattgatatgtaggagtactcnnnnnnnnnnnnnttgatgtgtaggagtgaacaa 1412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||    
T  34896051 tacctcctttgaggttaatatatgggtacattaaagtgtagaaaacattgatatgtaggagtactcaaaaaagaaaaaattgatgtgtaggagtgaacaa 34896150  T
Q  1413 tgatttggaacatgatggttgatttta 1439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  34896151 tgatttggaacatgatggttgatttta 34896177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University