View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17410_high_4 (Length: 251)

Name: NF17410_high_4
Description: NF17410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17410_high_4
NF17410_high_4
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (1-235)||(8859140-8859374)
chr4 (1-235)||(26971413-26971647)
chr4 (3-235)||(869569-869801)
chr4 (3-235)||(18270021-18270253)
chr4 (3-235)||(5708285-5708517)
chr4 (3-235)||(18263160-18263392)
chr4 (3-235)||(19919533-19919765)
chr4 (3-235)||(19925762-19925994)
chr4 (1-235)||(55613657-55613890)
chr4 (3-235)||(5714920-5715153)
chr4 (3-235)||(4425642-4425874)
chr4 (3-235)||(28392169-28392401)
chr4 (1-235)||(10620333-10620567)
chr4 (1-235)||(10627415-10627649)
chr4 (1-164)||(26964590-26964753)
chr4 (3-225)||(47387957-47388179)
chr4 (104-235)||(8846151-8846282)
chr4 (106-225)||(5667198-5667317)
chr4 (3-134)||(35224601-35224732)
chr4 (3-118)||(10676591-10676706)
chr4 (3-118)||(10890231-10890346)
chr4 (54-118)||(10690359-10690423)
chr4 (54-118)||(10903999-10904063)
chr4 (4-52)||(20579440-20579488)
chr4 (1-40)||(10825352-10825391)
chr4 (187-224)||(35224516-35224553)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (3-235)||(17690467-17690699)
chr6 (3-235)||(27297607-27297839)
chr6 (3-235)||(27380254-27380486)
chr6 (3-235)||(27470637-27470869)
chr6 (3-235)||(29309838-29310070)
chr6 (3-235)||(29316797-29317029)
chr6 (3-235)||(17683484-17683717)
chr6 (3-235)||(11652646-11652878)
chr6 (3-143)||(27278407-27278547)
chr6 (3-143)||(27303298-27303438)
chr6 (104-224)||(25536292-25536412)
chr6 (3-225)||(18336550-18336769)
chr6 (3-108)||(28755282-28755386)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (3-235)||(18252978-18253210)
chr1 (3-235)||(18531540-18531773)
chr1 (3-225)||(27309580-27309801)
chr1 (34-235)||(27130442-27130643)
chr1 (3-235)||(9075904-9076136)
chr1 (18-235)||(16358076-16358294)
chr1 (126-225)||(36815747-36815846)
chr1 (3-139)||(22640878-22641014)
chr1 (3-67)||(21169436-21169500)
chr1 (130-163)||(27276691-27276724)
chr1 (184-224)||(23509839-23509879)
chr1 (187-224)||(25662053-25662090)
[»] scaffold0390 (2 HSPs)
scaffold0390 (1-235)||(5934-6168)
scaffold0390 (1-235)||(12950-13184)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (1-235)||(10571591-10571825)
chr3 (1-235)||(15599909-15600143)
chr3 (3-235)||(10578359-10578591)
chr3 (1-235)||(15606454-15606688)
chr3 (3-235)||(15341246-15341478)
chr3 (3-235)||(15356613-15356845)
chr3 (1-235)||(16481483-16481716)
chr3 (3-235)||(6111037-6111280)
chr3 (1-235)||(18537943-18538177)
chr3 (3-235)||(17196775-17197007)
chr3 (1-224)||(32056070-32056293)
chr3 (3-225)||(13517767-13517989)
chr3 (3-235)||(1646523-1646755)
chr3 (3-152)||(13212331-13212480)
chr3 (3-139)||(8491428-8491564)
chr3 (101-235)||(17780243-17780377)
chr3 (101-235)||(19081544-19081678)
chr3 (3-225)||(16201177-16201399)
chr3 (57-235)||(17137326-17137505)
chr3 (7-225)||(23014374-23014592)
chr3 (3-67)||(13258661-13258725)
chr3 (3-134)||(25801243-25801373)
chr3 (181-235)||(13212276-13212330)
chr3 (3-59)||(17780190-17780246)
chr3 (3-59)||(19081491-19081547)
chr3 (8-72)||(54333200-54333264)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (3-235)||(5223-5455)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (3-235)||(22172433-22172665)
chr8 (1-235)||(21941613-21941849)
chr8 (3-235)||(6095094-6095326)
chr8 (3-235)||(15327171-15327403)
chr8 (3-235)||(15507540-15507772)
chr8 (28-219)||(28549011-28549203)
chr8 (28-225)||(29230375-29230568)
chr8 (3-139)||(24643993-24644128)
chr8 (17-164)||(24796028-24796170)
chr8 (182-233)||(24643573-24643624)
chr8 (184-217)||(32872123-32872156)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (3-235)||(8056-8288)
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (3-235)||(10239-10471)
scaffold0234 (3-235)||(1346-1580)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-235)||(11535087-11535321)
chr7 (1-235)||(11542005-11542239)
chr7 (3-235)||(29328732-29328968)
chr7 (3-235)||(12739490-12739722)
chr7 (3-235)||(12751807-12752039)
chr7 (7-223)||(18561993-18562209)
chr7 (3-235)||(15153416-15153648)
chr7 (3-177)||(9978834-9979008)
chr7 (1-174)||(2653013-2653186)
chr7 (95-235)||(11557192-11557326)
chr7 (136-225)||(24850719-24850808)
chr7 (128-225)||(13393120-13393217)
chr7 (3-55)||(18256845-18256897)
chr7 (182-234)||(30926078-30926130)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-235)||(24694485-24694717)
chr5 (3-225)||(19713527-19713749)
chr5 (1-235)||(24701254-24701481)
chr5 (34-235)||(19706230-19706431)
chr5 (3-235)||(18565483-18565725)
chr5 (28-225)||(938602-938795)
chr5 (3-59)||(39539653-39539709)
chr5 (187-221)||(39539549-39539583)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (3-235)||(19260-19493)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (3-235)||(22790860-22791092)
chr2 (108-235)||(21329374-21329503)
chr2 (3-210)||(41664739-41664945)
chr2 (7-213)||(18620805-18621012)
chr2 (3-108)||(27353433-27353538)
chr2 (191-224)||(18822934-18822967)
[»] scaffold1199 (1 HSPs)
scaffold1199 (3-235)||(68-305)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (3-235)||(6470-6708)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (3-234)||(229414-229649)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (8-225)||(107279-107497)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (3-110)||(4313-4420)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (3-118)||(26278-26393)
[»] scaffold1303 (1 HSPs)
scaffold1303 (3-108)||(1008-1113)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (1-94)||(29209-29302)
[»] scaffold0502 (1 HSPs)
scaffold0502 (3-225)||(7-226)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8859374 - 8859140
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8859374 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 8859275  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8859274 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 8859175  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8859174 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 8859140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 26971647 - 26971413
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26971647 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 26971548  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  26971547 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggt 26971448  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26971447 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 26971413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 869801 - 869569
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  869801 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 869702  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  869701 gagagaactatgtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgtttcaacacaagggttc 869602  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  869601 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 869569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18270253 - 18270021
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18270253 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 18270154  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18270153 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtcatgtttcaacacaagggttc 18270054  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18270053 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 18270021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5708517 - 5708285
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5708517 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 5708418  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5708417 gagagaactacgtttagagagcagcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgtttcaacacaagggttc 5708318  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5708317 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 5708285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18263392 - 18263160
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18263392 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttatccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 18263293  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  18263292 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtcatgtttcaacacaagggttc 18263193  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18263192 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 18263160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 19919533 - 19919765
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19919533 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaatttcaacggagattca 19919632  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  19919633 gagagaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaaggtagtaatgcttcaacacaagggttc 19919732  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19919733 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 19919765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 19925762 - 19925994
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19925762 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcaatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 19925861  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  19925862 gagagaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaaggtagtaatgcttcaacacaagggttc 19925961  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19925962 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 19925994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 55613890 - 55613657
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55613890 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgactggtgctagccaattccaacgaagatt 55613791  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  55613790 cagagagaacaaggtttagagagcggcggct-gagtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagtaagtaatgcttcaacacaagggt 55613692  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55613691 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 55613657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 5715153 - 5714920
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  5715153 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccagtgctagccaattccaacggagattca 5715054  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactc-acaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5715053 gagagaactacgtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaacaaaaggttagtaatgtttcaacacaagggtt 5714954  T
Q  202 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714953 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 5714920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 4425642 - 4425874
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4425642 tttctaatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctacttagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 4425741  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4425742 aagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcacttacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 4425841  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  4425842 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 4425874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 28392169 - 28392401
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  28392169 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagtacttctccgatgactggtgctagccaattccaacggagattca 28392268  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28392269 gagagaagaaggtttaaagagcggcagctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 28392368  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  28392369 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 28392401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 10620333 - 10620567
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  10620333 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctattcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacagagatt 10620432  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10620433 cagagagaacaaggtttagagagcgacggctagggtttcacaacttttgtgaattaggtcaagcactcacaaaaagtcagtaatgcttcaacacaagggt 10620532  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10620533 tctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 10620567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 10627415 - 10627649
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  10627415 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctattcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaatggagatt 10627514  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10627515 cagagagaacaaggtttagagagcgacggctagggtttcacaacttttgtgaattaggtcaagcactcacaaaaagtcagtaatgcttcaacacaagggt 10627614  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10627615 tctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 10627649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 26964753 - 26964590
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26964753 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 26964654  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagc 164  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26964653 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagc 26964590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Original strand, 47387957 - 47388179
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47387957 tttctgatcacgagcaaagcaacatagcgatgcctctacttagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 47388056  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    | ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||| |||| ||||| |||||    
T  47388057 gtgagaaaaaggtttagagagtggcggctagggtttcacgccttttgtgaattaggttaagcactcaacaaaagtcagtaatgtttcagcacaatggttc 47388156  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    |||||||  ||||||||||||||    
T  47388157 tatttatcaaatcacttgtgtgg 47388179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 104 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8846282 - 8846151
Alignment:
Q  104 agagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttct 203  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  8846282 agagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaatacaagggttct 8846183  T
Q  204 atttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  8846182 atttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 8846151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 106 - 225
Target Start/End: Original strand, 5667198 - 5667317
Alignment:
Q  106 agaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctat 205  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5667198 agaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaataaggttaagcactcacaaaaaatatgtaatgcttcagcacaagggttctat 5667297  T
Q  206 ttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  5667298 ttatagaatcacttgtgtgg 5667317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 35224732 - 35224601
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||    
T  35224732 tttctgatcacgagcaaagcaagatatcgatgcctctactcagtccacacgaacagagcttcttcgatgacccgtgctagtcaattccaacggatattca 35224633  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagg 134  Q
    || |||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  35224632 gaaagaatagggtttagagagaggcggctagg 35224601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 118
Target Start/End: Original strand, 10676591 - 10676706
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  10676591 tttctgatcacgagcaaagtaacgtagcgatgcctctatttagtccacacaaacagaacttctccgatgaccggttctagccaataccaacagagattca 10676690  T
Q  103 gagagaacaaggttta 118  Q
    ||||||| | ||||||    
T  10676691 gagagaatagggttta 10676706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 118
Target Start/End: Original strand, 10890231 - 10890346
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  10890231 tttctgatcacgagcaaagtaacgtagcgatgcctctatttagtccacacaaacagaacttctccgatgaccggttctagccaataccaacagagattca 10890330  T
Q  103 gagagaacaaggttta 118  Q
    ||||||| | ||||||    
T  10890331 gagagaatagggttta 10890346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10690423 - 10690359
Alignment:
Q  54 aacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggttta 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  10690423 aacagaacttctccgatgaccgatgctagccaataccaacagagattcagagagaatagggttta 10690359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 10904063 - 10903999
Alignment:
Q  54 aacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggttta 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  10904063 aacagaacttctccgatgaccgatgctagccaataccaacagagattcagagagaatagggttta 10903999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 52
Target Start/End: Original strand, 20579440 - 20579488
Alignment:
Q  4 ttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacac 52  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  20579440 ttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctattcagtccacac 20579488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 40
Target Start/End: Original strand, 10825352 - 10825391
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctcta 40  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10825352 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctcta 10825391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 187 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35224553 - 35224516
Alignment:
Q  187 ttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35224553 ttcagcacaagggttctatttatagaaccacttgtgtg 35224516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 17690467 - 17690699
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17690467 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 17690566  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17690567 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 17690666  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17690667 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 17690699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 27297839 - 27297607
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27297839 tttctaatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 27297740  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27297739 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 27297640  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27297639 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 27297607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 27380254 - 27380486
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27380254 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 27380353  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27380354 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaccaaaggttaataatgtttcaacacaagggttc 27380453  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27380454 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 27380486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 27470637 - 27470869
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27470637 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 27470736  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27470737 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaccaaaggttaataatgtttcaacacaagggttc 27470836  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27470837 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 27470869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29310070 - 29309838
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29310070 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagctatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 29309971  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29309970 gagataacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaccaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 29309871  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29309870 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 29309838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29317029 - 29316797
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  29317029 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagctatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacagagattca 29316930  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29316929 gagataacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaccaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 29316830  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29316829 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 29316797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 17683484 - 17683717
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17683484 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 17683583  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcac-aaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
     ||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683584 aagagaacaatgtttagagagcggtgactagggtttcacaacttttgtgaattaagttaagcactcacaaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 17683683  T
Q  202 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  17683684 ctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 17683717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11652878 - 11652646
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11652878 tttctgatcacgagtaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacaaactgtacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 11652779  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    || |||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  11652778 gaaagaagaaggtttagagagcggcatctagggtttcacaacttttgtgaattaggttcagcattcacaaaaaattagtaatgcttcaacacaagggttc 11652679  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11652678 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 11652646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 27278547 - 27278407
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27278547 tttctaatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 27278448  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaa 143  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27278447 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaa 27278407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 27303438 - 27303298
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27303438 tttctaatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 27303339  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaa 143  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27303338 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaa 27303298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 104 - 224
Target Start/End: Original strand, 25536292 - 25536412
Alignment:
Q  104 agagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttct 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25536292 agagaacaaggtttagagagcggcggcttgggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttct 25536391  T
Q  204 atttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  25536392 atttatagaatcacttgtgtg 25536412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 18336769 - 18336550
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||| |||| ||    
T  18336769 tttctgatcacaagcaaagcaacatagcgatgtctctactcagtccacacgaacataacttctctaatgactggtgctagccaacttcaacggagatcca 18336670  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||  |||||  |  |  |||||| | |||||| ||||    
T  18336669 gagagaacaaggtttagagagcggcagatattgtttcaccacttttatgaattaggtaaagcact-tcaaaa--tcggacatgctttagcacaagagttc 18336573  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  18336572 tatttatagaaccacttgtgtgg 18336550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 108
Target Start/End: Original strand, 28755282 - 28755386
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| || |    
T  28755282 tttctgatcacgagcaaatcaaagtagcaatgtctctactcagtccacacgaatagaactt-tctaatgatcggtgctagccaattccaacgaaggttga 28755380  T
Q  103 gagaga 108  Q
    ||||||    
T  28755381 gagaga 28755386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18253210 - 18252978
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253210 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 18253111  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18253110 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 18253011  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253010 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 18252978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 18531540 - 18531773
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18531540 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctacttagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 18531639  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcac-aaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18531640 gagagaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaaggttcgtaatgcttcaacacaagggtt 18531739  T
Q  202 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  18531740 ctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 18531773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Original strand, 27309580 - 27309801
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  27309580 tttctgatcacgagcaaagcaaagtagcgatgcctctactcagtccacacgaaaagaacctctccgatgaccggtgctagccaatttcaacggagattca 27309679  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  27309680 aagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgttaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaa-ggttc 27309778  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  27309779 tatttatagaatcacttgtgtgg 27309801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 34 - 235
Target Start/End: Original strand, 27130442 - 27130643
Alignment:
Q  34 gcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagcggcggctag 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  27130442 gcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgaagaccggtgctagccaattccaacggagattcagagagaacaaggtttagagagcggaggctag 27130541  T
Q  134 ggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaag 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  27130542 ggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcacttacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaag 27130641  T
Q  234 ac 235  Q
    ||    
T  27130642 ac 27130643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 9075904 - 9076136
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9075904 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgttgcctctactcattccacatgaacagaacgtctcctatgatcggtgctagccaattccaacggagattca 9076003  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9076004 aagagaacgaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 9076103  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||  |||||||| || ||||||    
T  9076104 tatttatagaatcgtttgtgtggtcagcaagac 9076136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 235
Target Start/End: Original strand, 16358076 - 16358294
Alignment:
Q  18 aaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctag-ccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtt 116  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| |||    
T  16358076 aaagaaaagcagcgatgcctctactcagtccacaagaacagaacttctccgaagaccggtgatagaccaattccaacggggattcaaagagaacaacgtt 16358175  T
Q  117 tacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatca 216  Q
    || |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16358176 tagagagcgacagctatggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatca 16358275  T
Q  217 cttgtgtggacaacaagac 235  Q
     |||||||| || ||||||    
T  16358276 tttgtgtggtcagcaagac 16358294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 126 - 225
Target Start/End: Original strand, 36815747 - 36815846
Alignment:
Q  126 gcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36815747 gcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaagaagtctgtcatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 36815846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 139
Target Start/End: Original strand, 22640878 - 22641014
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||  |||||||    
T  22640878 tttctgatcacgagcaaagcaacgtagcgatgcctctactctgtccagacgttcagaacttctcttatgactagtgctagccaattccaacagagattca 22640977  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttc 139  Q
    |||||||   |||||  ||||||||||||||||||||    
T  22640978 gagagaatggggttttgagagcggcggctagggtttc 22641014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 67
Target Start/End: Original strand, 21169436 - 21169500
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctcc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21169436 tttctgatcacgagcaaagcaaagcaacgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctcc 21169500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 163
Target Start/End: Original strand, 27276691 - 27276724
Alignment:
Q  130 ctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaag 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27276691 ctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaag 27276724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 23509879 - 23509839
Alignment:
Q  184 tgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  23509879 tgcttcaacacaagggttctattaatagaaccacttgtgtg 23509839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 187 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 25662090 - 25662053
Alignment:
Q  187 ttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  25662090 ttcaacacaagggttctatttataaaaccacttgtgtg 25662053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 5934 - 6168
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5934 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 6033  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6034 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 6133  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6134 tctatttatagaatcacttgtatggacaacaagac 6168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 12950 - 13184
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12950 tctttctcatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 13049  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13050 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaactgttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 13149  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13150 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 13184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 10571591 - 10571825
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10571591 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagtcaattccaacgaagatt 10571690  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10571691 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 10571790  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10571791 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 10571825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 15599909 - 15600143
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15599909 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 15600008  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15600009 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggt 15600108  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15600109 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 15600143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 10578359 - 10578591
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10578359 tttctgatcacgagcaaaacaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 10578458  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10578459 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 10578558  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10578559 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 10578591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 15606454 - 15606688
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15606454 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttcttcgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 15606553  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15606554 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggt 15606653  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15606654 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 15606688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 15341246 - 15341478
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15341246 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacatgaacagaacttctccgatgatcggtgctagccaattccaacgaagattca 15341345  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15341346 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 15341445  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15341446 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 15341478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 15356613 - 15356845
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15356613 tttctgatcatgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgatcggtgctagccaattccaacgaagattca 15356712  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15356713 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 15356812  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15356813 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 15356845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 16481483 - 16481716
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16481483 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgactggtgctagccaattccaacgaagatt 16481582  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  16481583 cagagagaacaaggtttagagagcggcggct-gagtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagtaagtaatgcttcaacacaagggt 16481681  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16481682 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 16481716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 6111280 - 6111037
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6111280 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 6111181  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaagg-----------ttagtaatgcttcaa 191  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |           || ||||||||||||    
T  6111180 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagtttttttttttttggtaatgcttcaa 6111081  T
Q  192 cacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6111080 cacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 6111037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18538177 - 18537943
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  18538177 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattcaaacggagatt 18538078  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||    
T  18538077 cagagagaccaaggtttagagagcgacggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttcataatgcttcagcacaagagt 18537978  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  18537977 tctatttatagaatcacttgtgcggtcagcaagac 18537943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 17196775 - 17197007
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17196775 tttctgatcacgagtaaagcaaaacagtgatgcttctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 17196874  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17196875 aagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaagttaagcacaaacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 17196974  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  17196975 tatttatagaatcacttgtctggtcagcaagac 17197007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 32056070 - 32056293
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  32056070 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcggtccacacgaacagaacttctctgatgaccggtgctagccaatttcaacggaaatt 32056169  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  32056170 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggcttcacaacttttgtgaattaggttaagcaatcacaaaaagttagtaatgcttgaacacaagggt 32056269  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  32056270 tctatttatagaatcacttgtgtg 32056293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13517989 - 13517767
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13517989 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacataacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 13517890  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  13517889 aagagaacaatgtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggtttagcactcacattaagttagtcatgcttcaacacaagggttc 13517790  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    |||||||||||  ||||||||||    
T  13517789 tatttatagaaatacttgtgtgg 13517767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 1646523 - 1646755
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  1646523 tttctaatcacgagcaaagcaaagtagcgatacctctacttagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgcaagccaattctaacggagattca 1646622  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  1646623 aagagaacaaggtttagagagcgacgactagggtttcacaacttttgttaattaggttaagcactcacaaaaaattagtaatgcttcaacacaagggttc 1646722  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  1646723 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 1646755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 13212480 - 13212331
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13212480 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacaaaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 13212381  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtga 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13212380 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtga 13212331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 8491564 - 8491428
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8491564 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgatcggtgctagccaattccaacggagattca 8491465  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttc 139  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8491464 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttc 8491428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 101 - 235
Target Start/End: Original strand, 17780243 - 17780377
Alignment:
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17780243 cagagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 17780342  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17780343 tctatttatagaatcacttgtgtggtcaacaagac 17780377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 101 - 235
Target Start/End: Original strand, 19081544 - 19081678
Alignment:
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19081544 cagagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 19081643  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19081644 tctatttatagaatcacttgtgtggtcaacaagac 19081678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 16201399 - 16201177
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||  | ||| |    
T  16201399 tttctgatcacgagaaaagcaaagcagtgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttatccgatgaccagtgcaagccaattccaacagaaattta 16201300  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcact--cacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    ||| | || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  || |||| ||||| |||||||||    
T  16201299 gagcg-actagctttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcacttcaacaaaagtcta-taatacttcagcacaagggt 16201202  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  16201201 tcaatttatagaatcacttgtgtgg 16201177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 57 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 17137505 - 17137326
Alignment:
Q  57 agaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaatta 156  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||  |||| |||||||||||||||| |||||    
T  17137505 agaacttctccgatgactggtgctagccaattccaacggagattcaaagagaacaaagtttagagagaggcaactagtgtttcacaacttttgttaatta 17137406  T
Q  157 ggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcac-ttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||    
T  17137405 ggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttctatttataaaatcactttgtgtggtcagcaagac 17137326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 225
Target Start/End: Original strand, 23014374 - 23014592
Alignment:
Q  7 tgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagaga 106  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  23014374 tgatcacgagcaaagcaaagcggcgatgtctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgatcggtgcaagccaattccaacagagattcagaga 23014473  T
Q  107 gaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaag-cactca--caaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttct 203  Q
    | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||    |||  ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  23014474 g-actaggtttagagagcggcggctagggtttc-taactttt-agaattaggttaagtgtttcaaccaaaaagttactaatgcttcagcacaagggttct 23014570  T
Q  204 atttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  23014571 atttatagaaccacttgtgtgg 23014592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 13258725 - 13258661
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctcc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13258725 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacaaaacttctcc 13258661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 25801373 - 25801243
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||| |||||||||||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||  |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  25801373 tttctgattacgagcaaagcaatgtagcgacgcctctacccagtccacacgaacataacttatccggtga-tggtgctaggcaatttcaacggagattca 25801275  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagg 134  Q
    ||||||| | |||||| ||||| ||| |||||    
T  25801274 gagagaatagggtttagagagcagcgactagg 25801243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 181 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 13212330 - 13212276
Alignment:
Q  181 taatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13212330 taatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgaacaacaagac 13212276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 59
Target Start/End: Original strand, 17780190 - 17780246
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacaga 59  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17780190 tttctgatcacgagcaaaccaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacaga 17780246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 59
Target Start/End: Original strand, 19081491 - 19081547
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacaga 59  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19081491 tttctgatcacgagcaaaccaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacaga 19081547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 72
Target Start/End: Original strand, 54333200 - 54333264
Alignment:
Q  8 gatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatga 72  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  54333200 gatcacgagcaaaacaaagtaacgatgtctctactcagtctacacgaacagaccttctctgatga 54333264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 5223 - 5455
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5223 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 5322  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5323 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 5422  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5423 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 5455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 22172665 - 22172433
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22172665 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccagtgctagccaattccaacgaagattca 22172566  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22172565 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaagattagtaatgcttcaacacaagggttc 22172466  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22172465 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 22172433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 21941849 - 21941613
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21941849 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccagtgctagctaattccaacgaagatt 21941750  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaa--ggttagtaatgcttcaacacaagg 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  21941749 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagggttagtaatgcttcaacacaagg 21941650  T
Q  199 gttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21941649 gttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 21941613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 6095326 - 6095094
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6095326 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacaaaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaatgaagattca 6095227  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6095226 gagagaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 6095127  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  6095126 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 6095094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 15327403 - 15327171
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15327403 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacatgaacataaattctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 15327304  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15327303 aagagaacaagttttagagagcggcagctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaaaggttc 15327204  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15327203 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 15327171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 15507772 - 15507540
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15507772 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacatgaacataaattctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 15507673  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15507672 aagagaacaagttttagagagcggcagctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaaaggttc 15507573  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15507572 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 15507540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28549203 - 28549011
Alignment:
Q  28 agcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagcggc 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  28549203 agcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccagtgctagccaattccaacagagattcagagagaaccaggtttagagagcggc 28549104  T
Q  128 ggctagggtttcacaac-ttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcactt 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28549103 ggctagggtttcacaactttttgtgaattaggttaagcactcacaaaatgttagtcatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcactt 28549011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29230568 - 29230375
Alignment:
Q  28 agcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagcggc 127  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| || | | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  29230568 agcgatgcctctacttagtccacacgaaaagaacttctctgataacag-tactagccaattccaacggagattaagagagaacaaggtttaaggagcggc 29230470  T
Q  128 ggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcac--tcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  | |||||| || |||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  29230469 ggctagggtttcacaacttttgttagttaggttaagcactttaacaaaa-gtcagtaatgcttcatcac----gttctatttatagaatcacttgtgtgg 29230375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 24644128 - 24643993
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  24644128 tttctgatcacgagcaaagcagagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccgatgctagccaattacaacggagattca 24644029  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttc 139  Q
    ||||| || ||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  24644028 gagag-actaggtttagagagcagcggctggggtttc 24643993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 164
Target Start/End: Original strand, 24796028 - 24796170
Alignment:
Q  17 caaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtt 116  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || || ||| |    
T  24796028 caaagcaacatagcgatgcctctactgagtccac-cgaacagaacttctccgatgaccggtgctagctaatttcaacgaagattcagaaag-actaggat 24796125  T
Q  117 tacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagc 164  Q
    || ||||||||| |||||  || | ||| |||||||||||||||||||    
T  24796126 tagagagcggcgtctagg--tttataac-tttgtgaattaggttaagc 24796170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 24643624 - 24643573
Alignment:
Q  182 aatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaag 233  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  24643624 aatgcttcagcataagggttctatttatagaaccacttgtgtgatcaacaag 24643573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 217
Target Start/End: Original strand, 32872123 - 32872156
Alignment:
Q  184 tgcttcaacacaagggttctatttatagaatcac 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32872123 tgcttcaacacaagggttctctttatagaatcac 32872156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8288 - 8056
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8288 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 8189  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  8188 gagagaacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggttc 8089  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8088 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 8056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 10239 - 10471
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10239 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 10338  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10339 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtcatgtttcaacacaagggttc 10438  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10439 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 10471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 1346 - 1580
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1346 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 1445  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  1446 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtcatgtttcaacacaagggttc 1545  T
Q  203 ta--tttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1546 tatttttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 1580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 11535087 - 11535321
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11535087 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgtctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgatcggtgctagccaattccaacgaagatt 11535186  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11535187 aagagagaacaaggtttagagagcggtggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactaacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 11535286  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11535287 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 11535321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 11542005 - 11542239
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11542005 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatacctctactcagtccacacgaacagaacttctccggtgatcggtgctagccaattccaacgaagatt 11542104  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
     ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11542105 aagagagaacaaggtttagagaacggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 11542204  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11542205 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 11542239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29328968 - 29328732
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29328968 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagttcacacgaacataacttctctgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 29328869  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29328868 gagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggttc 29328769  T
Q  203 ta----tttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29328768 tatttttttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 29328732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 12739722 - 12739490
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  12739722 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacaaaaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattaa 12739623  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||    
T  12739622 gagagaacaaggtttagagagcggcggctacggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgctacaaaacaaaggttc 12739523  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  12739522 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 12739490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 12752039 - 12751807
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  12752039 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactccgtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattta 12751940  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  12751939 gagagaacaaggtttagagagcggcggctacggtttcacaacttttgtaaatgaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgcttcaacacaatggttc 12751840  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  12751839 catttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 12751807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18562209 - 18561993
Alignment:
Q  7 tgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagaga 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18562209 tgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctacttagtctacacgaacataacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattcagaga 18562110  T
Q  107 gaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatt 206  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18562109 gaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggtttagcactcacaaaaagttagtaatacttcaacacaagggttctatt 18562010  T
Q  207 tatagaatcacttgtgt 223  Q
    |||||||| ||||||||    
T  18562009 tatagaattacttgtgt 18561993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 15153648 - 15153416
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15153648 tttctgatcacgagcaaagcaaagaagcgatgcctctactcagtccacacgaacaaaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 15153549  T
Q  103 gagagaac-aaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15153548 gagagaacaaatgtttagagagcggcggcta-ggtttcacaacttttgtgaatgaggtttagcactcacaaaaagtttgtaatgcttcaacacaagggtt 15153450  T
Q  202 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15153449 ctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 15153416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 3 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 9979008 - 9978834
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9979008 tttctgatcacgagcaaagcaaaatagcgatgcctctacttagtccacacgaacagaactttttcgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 9978909  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggt 177  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9978908 gagagaagaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgcgaattaggttaagcactcacaaaaggt 9978834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 2653013 - 2653186
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  2653013 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgactggtgctagccaattccaacagagaat 2653112  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaa 174  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2653113 cagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcataaaa 2653186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 95 - 235
Target Start/End: Original strand, 11557192 - 11557326
Alignment:
Q  95 aagattcagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacac 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       | ||||||||||     
T  11557192 aagattcagagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcaccaaa------aagtgcttcaacat 11557285  T
Q  195 aagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11557286 aagggttctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 11557326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 136 - 225
Target Start/End: Original strand, 24850719 - 24850808
Alignment:
Q  136 tttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24850719 tttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcccaaaaagttcgtaatgcttcaacataagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 24850808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13393217 - 13393120
Alignment:
Q  128 ggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||  |  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13393217 ggctagggtttcacaacttttgtaaattaggttaagtgttcacaaaaactatgtaatgtttcagcacaagggttctatttatagaatcacttgtgtgg 13393120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 55
Target Start/End: Original strand, 18256845 - 18256897
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaa 55  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  18256845 tttctgatcacgagcaaagcaacgtagcgatacctatacttagtccacacgaa 18256897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 30926130 - 30926078
Alignment:
Q  182 aatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaaga 234  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  30926130 aatgcttcagcataaaggttctatttatagaaccatttgtgtggtcaacaaga 30926078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 24694485 - 24694717
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24694485 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagatt 24694584  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24694585 cagagagaacgaggtttagagaacggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagca--cccaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 24694682  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24694683 tctatttatggaatcacttgtgtggacaacaagac 24694717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Original strand, 19713527 - 19713749
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19713527 tttctgatcacgagcaaagcaaaacaacgatgcctctacttagtccacatgaacagaacttctccgatgactggtgctagccaattccaacggagattca 19713626  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  19713627 gagagaaaaaggtttagagagcggcagctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcactaaaagttagttatgcttcaacacaagggttc 19713726  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19713727 tatttatagaatcacttgtgtgg 19713749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 24701254 - 24701481
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24701254 tctttctgatcacgagcaaagca-----gcgatgcctctactcagtccacacgaatagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagatt 24701348  T
Q  101 cagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggt 200  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24701349 cagagagaacgaggtttagagaacggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagca--cccaaaaagttagtaatgcttcaacacaagggt 24701446  T
Q  201 tctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24701447 tctatttatggaatcacttgtgtggacaacaagac 24701481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 34 - 235
Target Start/End: Original strand, 19706230 - 19706431
Alignment:
Q  34 gcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagcggcggctag 133  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  19706230 gcctctacttagtccacacgaacataacttctccgatgaccggtgctagccaatttcaacagatatttagagagaagaaggtttagagagcggcggctag 19706329  T
Q  134 ggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaag 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19706330 ggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcactaaaagttagttatgcttcaacataagggttctatttatagaatcacttgtgtggtcaacaag 19706429  T
Q  234 ac 235  Q
    ||    
T  19706430 ac 19706431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 18565483 - 18565725
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcga--tgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatg--accggtgctagccaattccaacgaaga 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  18565483 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgagatgcctctactcagtccacacaaacaaaacttctctgatgtgaccggtgctagccaattccaacggaga 18565582  T
Q  99 ttcagagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcac-aaaaggttagtaatgctt-----caac 192  Q
    |||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||     ||||    
T  18565583 ttcaaatagaacaaggtttagagaccggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaaagtttgtaatgcttcaacacaac 18565682  T
Q  193 acaagggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  18565683 acaagggttctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 18565725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 225
Target Start/End: Original strand, 938602 - 938795
Alignment:
Q  28 agcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctcc---gatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagagaacaaggtttacagagc 124  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  938602 agcgatgcttctactcaatccacacgaacagaacttctacgatgatgaccggtgctagccgattccaacggagatt-agagagaataaggtttagagagc 938700  T
Q  125 ggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    ||||||||||  || | ||| ||||||||||||||| ||||||  ||| |  | ||  || |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  938701 ggcggctagg--tttataac-tttgtgaattaggtttagcact-tcaacaactaag--atccttccacacaagggttcaatttataaaatcacttgtgtg 938794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 39539709 - 39539653
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacaga 59  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  39539709 tttctgatcacaagcaaagcaacgtagcgatgtctctactcagtccacacaaacaga 39539653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 39539583 - 39539549
Alignment:
Q  187 ttcaacacaagggttctatttatagaatcacttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39539583 ttcaacacaagggttctatttatagaaccacttgt 39539549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 19493 - 19260
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19493 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacatgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattacaacggagattca 19394  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcac-tcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
    |||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19393 gagagaactacgtttagagagtggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcacttcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggtt 19294  T
Q  202 ctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19293 ctatttatagaatcacttgtgtgggcaacaagac 19260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Original strand, 22790860 - 22791092
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22790860 tttctgatgacgagcaaagcaaagaagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattcccacggagattca 22790959  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
     ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  22790960 aagagaacaaagtatagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgctacaaaacaagggttc 22791059  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22791060 tatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 22791092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 108 - 235
Target Start/End: Original strand, 21329374 - 21329503
Alignment:
Q  108 aacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttcta--t 205  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  21329374 aacaaagtttagagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaagttagtaatgtttcaacacaagggttctattt 21329473  T
Q  206 ttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21329474 ttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 21329503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 41664945 - 41664739
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||| |||||   |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  41664945 tttctgatcacgagcatagcaacgtagcgatgcttctacttagtccacacgaacagaa-ttccccgatgatcggtgctagccaattccaacggagattcg 41664847  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactc-acaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggtt 201  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  41664846 gagagaacaaggtttagagaacgacggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaaatgttcaacataaatttaataatgcttcaacacaagggtt 41664747  T
Q  202 ctatttata 210  Q
     ||||||||    
T  41664746 -tatttata 41664739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 18621012 - 18620805
Alignment:
Q  7 tgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagaga 106  Q
    |||||||||| ||||||| |  | |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  18621012 tgatcacgagtaaagcaacatggtgatgtctccactcagtccacacgaacagaatttctccgatgactggtgctagccaattccaacagagattcagata 18620913  T
Q  107 gaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactc-acaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctat 205  Q
    |||||| ||||| |||| |||  ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||   || |||||| || |||||||||| | ||||||||||||||    
T  18620912 gaacaaagtttagagagtggcaactaggatttcacaacttctttgaattaggttaagtgttcaacaaaaagtcagtaatgctttagcacaagggttctat 18620813  T
Q  206 ttatagaa 213  Q
    ||||||||    
T  18620812 ttatagaa 18620805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 3 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 27353538 - 27353433
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  27353538 tttctgatcacgagcaaagcaacgtagcgatgcctctactcagtccacacgtagagaacttctctgatgaccggtacgagccaattccagcggagattca 27353439  T
Q  103 gagaga 108  Q
    ||||||    
T  27353438 gagaga 27353433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 191 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 18822967 - 18822934
Alignment:
Q  191 acacaagggttctatttatagaatcacttgtgtg 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18822967 acacaagggttctatttatagaatcccttgtgtg 18822934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1199 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold1199
Description:

Target: scaffold1199; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 305 - 68
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  305 tttctgatcacaagcaaagcaaagcagcgatgtctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 206  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactca-----caaaaggttagtaatgcttcaacacaag 197  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| |||  |||||||||||||||||    
T  205 gagagaacaaggtttagatagcggcggctatggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacttttcaaaaagttcataatgcttcaacacaag 106  T
Q  198 ggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  105 ggttctatttatagaataacttgtgtggtcagcaagac 68  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 6708 - 6470
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  6708 tttcagatcacgagcaaagcaaaatagcgatgcctctacttagtccacacgaacagaacttctccgatgactggtgctagccaattccaatggagattca 6609  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcact------cacaaaaggttagtaatgcttcaacacaa 196  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||       | |||| ||| || ||||||||||||||    
T  6608 aagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcaccacttttgtgaattaggttaagcactaaaaaaaaaaaaaagttcgtcatgcttcaacacaa 6509  T
Q  197 gggttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaagac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  6508 gggttctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaagac 6470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 234
Target Start/End: Original strand, 229414 - 229649
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||    
T  229414 tttctgatcacgagcaaagcaaaatagcgatgcctatacttagtccacatgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccagtttcaatggagattca 229513  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcact----cacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagg 198  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     | |||| ||| || ||||||||||| ||||    
T  229514 aagagaacaaggtttagagagcggcggctagggtttcaccacttttgtgaattaggttaagcactaaaaaaaaaaaagttcgtcatgcttcaacagaagg 229613  T
Q  199 gttctatttatagaatcacttgtgtggacaacaaga 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  229614 gttctatttatagaatcacttgtgtggtcagcaaga 229649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 225
Target Start/End: Original strand, 107279 - 107497
Alignment:
Q  8 gatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattcagagag 107  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  107279 gatcacaagcaaagcaacgtagcaatgcctctacatagtccaaacgaacagaacttctccgatgaccagtgtcagccaattccaacggagattcagagag 107378  T
Q  108 aacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactc-acaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttctatt 206  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||   || ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  107379 aacaagatttaaagagtggcggctagggtttcacaacttttgtgaattatcttaagtgttcaacaaaaacttagtaatgcttcagcacaagggttctatt 107478  T
Q  207 tatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    || |||| |||||||||||    
T  107479 tacagaaccacttgtgtgg 107497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 3 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 4420 - 4313
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4420 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggagattca 4321  T
Q  103 gagagaac 110  Q
    ||||||||    
T  4320 gagagaac 4313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 26393 - 26278
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26393 tttcttatcatgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacaaaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacaaagattca 26294  T
Q  103 gagagaacaaggttta 118  Q
    |||||||||| |||||    
T  26293 gagagaacaaagttta 26278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1303 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold1303
Description:

Target: scaffold1303; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 108
Target Start/End: Original strand, 1008 - 1113
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  1008 tttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgtctctactcagtccacacgaacataacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacggtgattca 1107  T
Q  103 gagaga 108  Q
    ||||||    
T  1108 gagaga 1113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Original strand, 29209 - 29302
Alignment:
Q  1 tctttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacg 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29209 tctttctgatcacgagcaaagcaaagcagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatggccggtgctagccaattccaacg 29302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 226 - 7
Alignment:
Q  3 tttctgatcacgagcaaagcaaaacagcgatgcctctactcagtccacacgaacagaacttctccgatgaccggtgctagccaattccaacgaagattca 102  Q
    ||||| ||||| ||||||  || | ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||| |||| ||    
T  226 tttctaatcacaagcaaacaaacatagcgatgtctctactcagtccatacgaacataacttctctaatgactggtgctagccaacttcaacggagatcca 127  T
Q  103 gagagaacaaggtttacagagcggcggctagggtttcacaacttttgtgaattaggttaagcactcacaaaaggttagtaatgcttcaacacaagggttc 202  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| |||||| |||||||||| |||||||  |||||  |  |  |||||| | |||||| ||||    
T  126 gagagaacaaggtttagagagcggcggatactgtttcaccacttttatgaattaggtaaagcact-tcaaaa--tcggacatgctttagcacaagagttc 30  T
Q  203 tatttatagaatcacttgtgtgg 225  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  29 tatttatagaaccacttgtgtgg 7  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University