View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17413_high_1 (Length: 812)

Name: NF17413_high_1
Description: NF17413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17413_high_1
NF17413_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-798)||(6715308-6716080)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 6716080 - 6715308
Alignment:
Q  18 ctcctaacccaca---gtaataatacggcatttaagtcacatgtgtagttgctcttaatgtcatgatttactagctccgcaagtaacacaacgtttttaa 114  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6716080 ctcctaacccacaacggtaataatacggcatttaa-tcacatgtgtagttgctcttaatgtcatgatttactagctccgcaagtaacacaacgtttttaa 6715982  T
Q  115 atttgtgtttttatccttnnnnnnnnnnttgtgaacctttcttataatattttaatcattattagatgcaaagttctaccacttttcttgatggctaatt 214  Q
    |||||       ||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715981 atttg-------atccttaaaaaaa---ttgtgaacctttcttataatattttaatcattattagatgcaaagttctaccacttttcttgatggctaatt 6715892  T
Q  215 gttttaactatactttt-aattaaaaacattgaatatgaaatttgagctcaacttactccacttgtgaattaaaataatgattaccagtcttcctaatta 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715891 gttttaactatactttttaattaaaaacattgaatatgaaatttgagctcaacttactccacttgtgaattaaaataatgattaccagtcttcctaatta 6715792  T
Q  314 gatcaatgttacagtacatgtttnnnnnnnn-cagataaatccataatgttccttgaacccgacagaaggatagattccaatccatacattatccaaaat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715791 gatcaatgttacagtacatgtttaaaaaaaaacaggtaaatccataatgttccttgaacccgacagaaggatagattccaatccatacattatccaaaat 6715692  T
Q  413 gactcactcaatgcatgatttagtactactattttgttact---gttgattaattattcgataccatagttccattaaatttgtctctacgataagaaat 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715691 gactcactcaatgcatgatttagtactactattttgttactactgttgattaattattcgataccgtagttccattaaatttgtctctacgataagaaat 6715592  T
Q  510 gttgcaagtggcataagggtgattggatgtggggtagattctgcgtggacacaaagggacacaacacaacaaagtcataagttgtttagattcacaaaat 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  6715591 gttgcaagtggcataagggtgattggatgtggggtagattctgcgtggacacaaagggacacaacaca-----gtcataagttgtttagattcacaaaat 6715497  T
Q  610 gaaatgataggttgtggatggacatcacacgtggagtagtggcaaatggaagatgctgctttgtgtgtgctgagtcataatcaatattaaactatgtgcg 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715496 gaaatgataggttgtggatggacatcacacgtggagtagtggcaaatggaagatgctgctttgtgtgtgctgagtcataatcaatattaaactatgtgcg 6715397  T
Q  710 gtgtggtgaaaatatggtgccttcacaattcagaatcagattcatttcattggtccatgtttttaggatctttcttctgcttcttcttc 798  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6715396 gtgtggtgaaaatatggtgccttcacaattcagaatcagattcatttcattggtccatgtttttaggatctttcttctgcttcttcttc 6715308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University