View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17413_high_7 (Length: 455)

Name: NF17413_high_7
Description: NF17413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17413_high_7
NF17413_high_7
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (12-441)||(23922263-23922692)
chr4 (12-441)||(23904292-23904721)
chr4 (10-274)||(23912246-23912510)
chr4 (356-439)||(23912628-23912711)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Original strand, 23922263 - 23922692
Alignment:
Q  12 atgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagcagtgattctcttggtgctaggtgaggaatagaatgtttgcgcacaagctctatcgcctacaaggcgc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23922263 atgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagcagtgattctcttggtgctaggtgaggaatagaatgtttgcgcacaagctctatcgcatacaaggcgc 23922362  T
Q  112 gcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaccctttgagatgcatctccaaagggtgaagaatgttgcctaatcttctttaaaagatcattagcatttc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23922363 gcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaccctttgagatgcttctccaaagggtgaagaatgttgcctaatctgctttaaaagatcattagcatttc 23922462  T
Q  212 tattgtcattggcatacatagtttgtgaacacataagcagaagattccttaagtctatcgttttgtttttgctatcatgtttcttaggacgaacctttcc 311  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23922463 tattgtcattggcatacatagcttgtgaacacataagcagaagattccttaagtctatcgttttgtttttgctatcacgtttcttgggacgaacctttcc 23922562  T
Q  312 ttcgttagatgaaggtggttgctcattctgcaaaaattcacgttccacgttaagcaaagctttatcaaacatttctgataattcatcctcatcaacaaca 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23922563 ttcgttagatgaaggtggttgctcattctgcaaaaattcacgttccacgttaagcaaagctttatcaaacatttctgataattcatcctcatcaacaaca 23922662  T
Q  412 ctaatagccgattgcttgttactactccct 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23922663 ctaatagccgattgcttgttactactccct 23922692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 23904721 - 23904292
Alignment:
Q  12 atgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagcagtgattctcttggtgctaggtgaggaatagaatgtttgcgcacaagctctatcgcctacaaggcgc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  23904721 atgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagcagtaattctcttagtgctcggcgaggaatagaatgtttgtgcaccagctctatcgcctacaaggcga 23904622  T
Q  112 gcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaccctttgagatgcatctccaaagggtgaagaatgttgcctaatcttctttaaaagatcattagcatttc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23904621 gcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaccctttgtgatgcatctccaaagggtgaagaatgttgcctaatctgctttaaaagatcattagcatttc 23904522  T
Q  212 tattgtcattggcatacatagtttgtgaacacataagcagaagattccttaagtctatcgttttgtttttgctatcatgtttcttaggacgaacctttcc 311  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23904521 tattgtcattggcatacatagcttgtgaacacataagcagaagattccttaagtctatcgttttgtttttgctatcacgtttcttcggacgaacctttcc 23904422  T
Q  312 ttcgttagatgaaggtggttgctcattctgcaaaaattcacgttccacgttaagcaaagctttatcaaacatttctgataattcatcctcatcaacaaca 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23904421 ttcattagatgaaggtggttgctcattctgcaaaggttcacggtccacattaagcaaagctttatcaaacatttctgataattcatcctcatcaacaaca 23904322  T
Q  412 ctaatagccgattgcttgttactactccct 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23904321 ctaatagccgattgcttgttactactccct 23904292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 274
Target Start/End: Original strand, 23912246 - 23912510
Alignment:
Q  10 agatgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagcagtgattctcttggtgctaggtgaggaatagaatgtttgcgcacaagctctatcgcctacaaggc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || | ||  |  ||||| |||| ||    
T  23912246 agatgaacttgatatgctttcaaaaactcagcagtagagatcctcttggtgctcggggaggaatagaatgtttgtgctctagtaccgtcgccgacaatgc 23912345  T
Q  110 gcgcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaccctttgagatgcatctccaaagggtgaagaatgttgcctaatcttctttaaaagatcattagcatt 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |  || |||||||||||    
T  23912346 gtgcctcaaggccattggcaaagtaatgagccaacctttgtggtccatccccagagggtgaagaatgttgcctaatctgcttcagtagctcattagcatt 23912445  T
Q  210 tctattgtcattggcatacatagtttgtgaacacataagcagaagattccttaagtctatcgttt 274  Q
     || |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23912446 cctgttgtcattggcatacacagattgtgaacacataagcagaagattccttaaatctattgttt 23912510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 356 - 439
Target Start/End: Original strand, 23912628 - 23912711
Alignment:
Q  356 ccacgttaagcaaagctttatcaaacatttctgataattcatcctcatcaacaacactaatagccgattgcttgttactactcc 439  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  23912628 ccacattaagcaaaaccttatcaaacatctctgataattcatcctcatcaacagcactaatagctgattgcttgctacttctcc 23912711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University