View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17421_low_1 (Length: 889)

Name: NF17421_low_1
Description: NF17421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17421_low_1
NF17421_low_1
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (517-873)||(17657402-17657760)
chr2 (16-852)||(17612728-17613553)
chr2 (16-393)||(17626359-17626738)
chr2 (16-393)||(17670755-17671134)
chr2 (588-873)||(17690119-17690406)
chr2 (245-498)||(17692727-17692977)
chr2 (398-731)||(17670331-17670667)
chr2 (398-731)||(17625938-17626271)
chr2 (13-211)||(17693091-17693289)
chr2 (726-873)||(17625590-17625740)
chr2 (726-873)||(17669977-17670127)
chr2 (512-560)||(17690405-17690453)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 517 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 17657760 - 17657402
Alignment:
Q  517 tagacaaatatttgaaagattaaaaccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaagcaaaacaaaaatatacagagactaaaag 616  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17657760 tagacaaatatttgaaagattaaagccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaagcaaaacaaaaatatacagagactaaaag 17657661  T
Q  617 caaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtctacaaaagtttagcacgatcacgttagac 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17657660 caaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtctacaaaagtttagcacgatcacgttagac 17657561  T
Q  717 cacaccattataggttacatcagattgacacatac--gtcaagcaatgcaatcaattttgtctagttaagaccaatttgatgacattaaccgacaattac 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17657560 cacaccattataggttacatcagattgacacatatatgttgagcaatgcaatcagtttcgtctacttaagaccaatttgatgacattaaccgacaattac 17657461  T
Q  815 ggacaggtatacttggggagcaccaacaataacatgtgaagtataggtttggatgatca 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  17657460 ggacaggtatacttggggagcaccaagaataacatgtgaagtatagctttggataatca 17657402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 17613553 - 17612728
Alignment:
Q  16 tcacaagcaccataaggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactggttg 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17613553 tcacaagcaccatagggtgcaaccacctatgctttggtgatgcccattgagtatcaggtggagtagtttactacagaatcacctagaacaaaactggttg 17613454  T
Q  116 gttagaattgcataacttaataaacttataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgtggagtcgattgatgatcgtggtgagacact 215  Q
    |||||||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||    
T  17613453 gttagaatcgcataactgaatacacatataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgttgagtcgattgatgatcgtggtgacaagct 17613354  T
Q  216 tcccttttctgtatcaagtgcnnnnnnnngtggtaggatatcattagct-ataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatca-agaaggtatttaaa 313  Q
    ||||||||||||||||||| |        ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17613353 tcccttttctgtatcaagtccaaaaaaaagtggtagaatatcattagcttataaaggataaaggaatgtattaactgaaatatctgagaaggtatttaaa 17613254  T
Q  314 tatcgtgatagggatagatatccttaaatatttcaatttcacctttagtccttgtaatttgtttttctagtccgtgatactacgtacacagttttgtgtt 413  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   ||  ||| |||||| ||    
T  17613253 tatcgtgatactgatagatatccttaaatatttcaaattcacctttagtccttgtaatttgtttttttagtccctgatac---gtgaacaattttgtttt 17613157  T
Q  414 tggtccttgttattttaattttagttcttgt---------------tgattaaagtcttgtaatatgtagaccttattgatcttagtacctaaattatat 498  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| |||               || ||||||||||||||||||||||||||||  ||    | |||       |||    
T  17613156 tggtcattgttattttaattctagttcatgtgatatttgttcatgttggttaaagtcttgtaatatgtagaccttat--at----ggacc------gtat 17613069  T
Q  499 aaggtctaattccaacattagacaaatatttgaaagattaaaaccaaaa-aaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaagcaaaacaaa 597  Q
    |||  |||||||| ||   | | |||||||  |||||||||| | |||| |||| ||||| || |||||||||   ||||||||| ||||||||||||||    
T  17613068 aagaactaattccgac---acagaaatattccaaagattaaagctaaaacaaggcctaaaagcaaattttctt---cttcagagtctaaagcaaaacaaa 17612975  T
Q  598 aatatacagagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatat-taagcagagtgaacatgcattctagtctacaaaagt 696  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||          ||||| |||||||||| || |||  |  ||||||  |||| |    
T  17612974 aatttacagagacgaaaagcaaagactggtataacacaagtgcgcatg----------tatatgtaagcagagtaaatatgtgtcatagtctgaaaaaat 17612885  T
Q  697 ttagcacgatcacgttagaccacaccattataggttacatcagattgacacatac--gtcaagcaatgcaatcaattttgtctagttaa-gaccaatttg 793  Q
     ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||  ||| | |||||| |||||  | ||| | | || ||||||||||    
T  17612884 gtagcaggatcacgtaagtccacaccattataggctacatcagattgactcgtacatgtcgaacaatgctatcaa--tcgtccactaaaggaccaatttg 17612787  T
Q  794 atgacattaaccgacaattacggacaggtatacttggggagcaccaacaataacatgtg 852  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  17612786 atgaaattaactgacaattacggacagctatacatgaggagcaccaagaataacatgtg 17612728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 17626738 - 17626359
Alignment:
Q  16 tcacaagcaccataaggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactggttg 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17626738 tcacaagcaccatagggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactggttg 17626639  T
Q  116 gttagaattgcataacttaataaacttataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgtggagtcgattgatgatcgtggtgagacact 215  Q
    |||||| |  ||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||    
T  17626638 gttagagtcccataactgaatagacatataagtagttatcaaagctgaaaaaggttttattactgtgtgtcgagtcgactgatgatcgtggtgacacgct 17626539  T
Q  216 tcccttttctgtatcaagtgcnnnnnnnngtggtaggatatcattagctataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatcaagaaggtatttaaata 315  Q
    ||||||||||||||||||| |        ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17626538 tcccttttctgtatcaagtccaaaaaaaagtggtacaatatcattagccataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatccagaaggtatttaaata 17626439  T
Q  316 tcgtgatag--ggatagatatccttaaatatttcaatttcacctttagtccttgtaatttgtttttctagtccgtgatac 393  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17626438 tcgtgataggcgcatagatatccttaaatatttcaatttcacctctagtctttgtaatttgtttttctagtccctgatac 17626359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 17671134 - 17670755
Alignment:
Q  16 tcacaagcaccataaggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactggttg 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17671134 tcacaagcaccatagggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactggttg 17671035  T
Q  116 gttagaattgcataacttaataaacttataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgtggagtcgattgatgatcgtggtgagacact 215  Q
    ||| || |  ||||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||    
T  17671034 gtttgagtcccataactgaatagacatagaagtagttatcaaagctgaaaaaggttttattactgtgtgtagagtcgactgatgatcgtggtgacacgct 17670935  T
Q  216 tcccttttctgtatcaagtgcnnnnnnnngtggtaggatatcattagctataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatcaagaaggtatttaaata 315  Q
    ||||||||||||||||||| |        ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17670934 tcccttttctgtatcaagtccaaaaaaaagtggtacagtatcattagccataaaggataaagaaatgtataaactgaaatatccagaaggtatttaaata 17670835  T
Q  316 tcgtgatag--ggatagatatccttaaatatttcaatttcacctttagtccttgtaatttgtttttctagtccgtgatac 393  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17670834 tcgtgataggcgcatagatatccttaaatatttcaatttcacctctagtctttgtaatttgtttttctagtccctgatac 17670755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 588 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 17690406 - 17690119
Alignment:
Q  588 gcaaaacaaaaatatacagagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtc 687  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17690406 gcaaaacaaaaatatactgagactaaaagcaaagattgatataacacaagtgtgaatgaagatgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtc 17690307  T
Q  688 tacaaaagtttagcacgatcacgttagaccacaccattataggttacatcagattgacac--atacgtcaagcaatgcaatcaattttgtctagttaaga 785  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17690306 gacaaaagtttagcacgatcacgttagaccacaccattataggttacatcagattgacacatatatgtcgagcaatgcaatcaatttcgtctacttaaga 17690207  T
Q  786 ccaatttgatgacattaaccgacaattacggacaggtatacttggggagcaccaacaataacatgtgaagtataggtttggatgatca 873  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17690206 ccaatttgatgacattaaccgacaattacggacaggtatacttggggagcaccaacaataacatgtgaagtataggtttggattatca 17690119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 245 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 17692977 - 17692727
Alignment:
Q  245 gtggtaggatatcattagctataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatcaagaaggtatttaaatatcgtgatagggatagatatccttaaatat 344  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692977 gtggtagaatatcattagctataaaggataaagaaatgtattaactgaaatatcaagaaggtatttaaatatcgtgatagggatagatatccttaaatat 17692878  T
Q  345 ttcaatttcacctttagtccttgtaatttgtttttctagtccgtgatactacgtacacagttttgtgtttggtccttgttattttaattttagttcttgt 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692877 ttcaatttcacctttagtccttgtaatttgtttttctagtccgtga---ttcgtacacaattttgtgtttggtccttgttattttaattttagttcttgt 17692781  T
Q  445 tgattaaagtcttgtaatatgtagaccttattgatcttagtacctaaattatat 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692780 tgattaaagtcttgtaatatgtagaccttattgatcttagtacctaaattatat 17692727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 398 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 17670667 - 17670331
Alignment:
Q  398 tacacagttttgtgtttggtccttgttattttaattttagttcttgttgattaaagtcttgtaatatgtagaccttattgatcttagtacctaaat---- 493  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |        
T  17670667 tacacaattttgtttttggtccttgttattttaattctagttcatgttggttaaagtcttgtattatgtagaccttattgatcttagcacctaattatat 17670568  T
Q  494 ----tatataaggtctaattccaacattagacaaatatttgaaagattaaaaccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaagc 589  Q
        ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17670567 ggagtatataaggacgaattccaacat-agacaaatatttgaaagattaaagccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaaac 17670469  T
Q  590 aaaacaaaaatatacagagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtcta 689  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17670468 aaaacaaaaatat--agagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagatgtta--atattaagcagaatgaacatgcattctagtcta 17670373  T
Q  690 caaaagtttagcacgatcacgttagaccacaccattataggt 731  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17670372 ccaaagtttagcacgatcacgttagtccacaccattataggt 17670331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 398 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 17626271 - 17625938
Alignment:
Q  398 tacacagttttgtgtttggtccttgttattttaattttagttcttgttgattaaagtcttgtaatatgtagaccttattgatcttagtacctaa------ 491  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||          
T  17626271 tacacaattttgtttttggtccttgttattttaattctagttcatgttggttaaagtcttgtattatgtagaccttattgatcttagcacctaatcatat 17626172  T
Q  492 --attatataaggtctaattccaacattagacaaatatttgaaagattaaaaccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttcagagtataaagc 589  Q
      | |||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  17626171 ggagtatacaaggacgaattccaacat-agacaaatatttgaaagattaaagccaaaaaaggactaaatgctaattttcttatgcttc-gagtataaaac 17626074  T
Q  590 aaaacaaaaatatacagagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagctgtcaatatattaagcagagtgaacatgcattctagtcta 689  Q
    ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17626073 aaaacaaaaata----gagactaaaagcaaagactgatataacacaagtgtgaatgaagatgttaatat--taagcagaatgaacatgcattctagtcta 17625980  T
Q  690 caaaagtttagcacgatcacgttagaccacaccattataggt 731  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17625979 caaaagtttagcacgatcaccttagtccacaccattataggt 17625938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17693289 - 17693091
Alignment:
Q  13 tcatcacaagcaccataaggtgcaaccacctatgctttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactgg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17693289 tcatcacaagcaccataaggtgcaaccacctatggtttggtgatgtccattgagtatcaggtggaatagtttattacagaatcacctagaacaaaactgg 17693190  T
Q  113 ttggttagaattgcataacttaataaacttataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgtggagtcgattgatgatcgtggtgaga 211  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17693189 ttggttagaatcgcataactgaataaacatataagtagttatcaaagttgaaaaaggttttattactgtgtgtggagtcgattgatgatcgtggtgaga 17693091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 726 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 17625740 - 17625590
Alignment:
Q  726 ataggttacatcagattgacacatac--gtcaagcaatgcaatcaattttgtctagttaag-accaatttgatgacattaaccgacaattacggacaggt 822  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17625740 ataggttacatcagattgacacatatatgtcgagcaatgcaatcaatttcgtctacttaaggaccaatttgatgacattaaccgacaattacggacagct 17625641  T
Q  823 atacttggggagcaccaacaataacatgtgaagtataggtttggatgatca 873  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  17625640 atacatggggagcaccaagaataatatgtgaagtatagctttggatgatca 17625590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 726 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 17670127 - 17669977
Alignment:
Q  726 ataggttacatcagattgacacatacgt--caagcaatgcaatcaattttgtctagttaag-accaatttgatgacattaaccgacaattacggacaggt 822  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17670127 ataggttacatcagattgacacatatatgccgagcaatgcaatcaatttcgtctacttaaggaccaatttgatgacattaaccgacaattacggacagct 17670028  T
Q  823 atacttggggagcaccaacaataacatgtgaagtataggtttggatgatca 873  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  17670027 atacatggggagcaccaagaataatatgtgaagtatagctttggatgatca 17669977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 512 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 17690453 - 17690405
Alignment:
Q  512 aacattagacaaatatttgaaagattaaaaccaaaaaaggactaaatgc 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17690453 aacattagacaaatatttgaaagattaaagccaaaaaaggactaaatgc 17690405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University