View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17421_low_3 (Length: 620)
Name: NF17421_low_3
Description: NF17421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17421_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 20170804 - 20170237
Alignment:
| Q |
15 |
atgaatgatgatctgtcttgcttactcaatgtttttgaaagaacacttatattaatttaaacattcttaaattttcaacactcattcaacgcatcatttt |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
20170804 |
atgaatgatgatctgtcttgcttactcgatgtttttgaaagaacacttatatt----taaacattcttaaattttcaacactcattcaacgccttatttt |
20170709 |
T |
|
| Q |
115 |
atctccatctctcatttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagaagtagattgattgtttgggtgttta |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
20170708 |
atctccatctctcatttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagatgtagattgattgtttgggtattta |
20170609 |
T |
|
| Q |
215 |
aaaataaaactcctttgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatggttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagat |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20170608 |
aaaataaaactcctttgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatgcttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagat |
20170509 |
T |
|
| Q |
315 |
ttatgaatcatataagaaagcatggccacatatttaggagcttaatagagataatatataaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatc |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20170508 |
ttatgaatcatataagaaagtatggccacatatttaggagct----------------taaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatc |
20170425 |
T |
|
| Q |
415 |
aaaatgaactttgattctatatgtgaagggaagtggtaagtcactagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgtt |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20170424 |
aaaatgaactttgattctatatgtgaagggaagtggtaagtcgctagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgtt |
20170325 |
T |
|
| Q |
515 |
acaaggaaacctttgttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttatatggtatacgataagtgtatataca |
602 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20170324 |
acaaggaaacctttgttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttgtatggtatacgataagtgtatataca |
20170237 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 44392514 - 44391947
Alignment:
| Q |
15 |
atgaatgatgatctgtcttgcttactcaatgtttttgaaagaacacttatattaatttaaacattcttaaattttcaacactcattcaacgcatcatttt |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
44392514 |
atgaatgatgatctgtcttgcttactcgatgtttttgaaagaacacttatatt----taaacattcttaaattttcaacactcattcaacgccttatttt |
44392419 |
T |
|
| Q |
115 |
atctccatctctcatttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagaagtagattgattgtttgggtgttta |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
44392418 |
atctccatctctcatttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagatgtagattgattgtttgggtattta |
44392319 |
T |
|
| Q |
215 |
aaaataaaactcctttgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatggttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagat |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44392318 |
aaaataaaactcctttgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatgcttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagat |
44392219 |
T |
|
| Q |
315 |
ttatgaatcatataagaaagcatggccacatatttaggagcttaatagagataatatataaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatc |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44392218 |
ttatgaatcatataagaaagtatggccacatatttaggagct----------------taaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatc |
44392135 |
T |
|
| Q |
415 |
aaaatgaactttgattctatatgtgaagggaagtggtaagtcactagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgtt |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44392134 |
aaaatgaactttgattctatatgtgaagggaagtggtaagtcgctagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgtt |
44392035 |
T |
|
| Q |
515 |
acaaggaaacctttgttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttatatggtatacgataagtgtatataca |
602 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44392034 |
acaaggaaacctttgttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttgtatggtatacgataagtgtatataca |
44391947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University