View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17422_low_4 (Length: 631)

Name: NF17422_low_4
Description: NF17422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17422_low_4
NF17422_low_4
[»] scaffold0515 (1 HSPs)
scaffold0515 (20-624)||(125-727)
[»] scaffold0317 (1 HSPs)
scaffold0317 (20-624)||(18480-19082)
[»] scaffold0306 (1 HSPs)
scaffold0306 (20-624)||(127-729)


Alignment Details
Target: scaffold0515 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0515
Description:

Target: scaffold0515; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 727 - 125
Alignment:
Q  20 aggttatatgttctgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatgatcgactgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  727 aggttatatgttttgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatcagt---tgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 631  T
Q  120 cacaactggctcctaaatccaaatgtctcatccttcaaacaaaggttaatttgttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 219  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  630 cacaacaggctcctaaatccaaatgcctcatccttcaaacaaaggttacttggttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 531  T
Q  220 atatagaccaaaagaacaagtgaatgaacatagggaacttgtgatagcacagaggaataagtgttctcatgtcattgagaaagtcatagttaagtataca 319  Q
    ||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  530 atacaaaccaaaagagcaagttaatgaacatagggaacttgtgatatcacagagggataattgttctcatttcattgagaaagtcatagttaagtataca 431  T
Q  320 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttttt-cccactttccttctgcgccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  430 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttttttcccactttccttctgcaccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 331  T
Q  419 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatactgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatattgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 231  T
Q  519 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtcgaggcattgaataggagcagaaaatccatcttaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtccagacattgaataggagcagaaaatccatcttaa 131  T
Q  619 gtgaag 624  Q
    | ||||    
T  130 gcgaag 125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Original strand, 18480 - 19082
Alignment:
Q  20 aggttatatgttctgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatgatcgactgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18480 aggttatatgttctgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatcagt---tgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 18576  T
Q  120 cacaactggctcctaaatccaaatgtctcatccttcaaacaaaggttaatttgttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 219  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18577 cacaacaggctcctaaatccaaatgcctcatccttcaaacaaaggttacttggttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 18676  T
Q  220 atatagaccaaaagaacaagtgaatgaacatagggaacttgtgatagcacagaggaataagtgttctcatgtcattgagaaagtcatagttaagtataca 319  Q
    ||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18677 atacaaaccaaaagagcaagttaaagaacatagggaacttgtgatatcacagagggataattgttctcatttcattgagaaagtcatagttaagtataca 18776  T
Q  320 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttt-ttcccactttccttctgcgccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18777 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttttttcccactttccttctgcaccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 18876  T
Q  419 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatactgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18877 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatattgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 18976  T
Q  519 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtcgaggcattgaataggagcagaaaatccatcttaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18977 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtccagacattgaataggagcagaaaatccatcttaa 19076  T
Q  619 gtgaag 624  Q
    | ||||    
T  19077 gcgaag 19082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0306 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0306
Description:

Target: scaffold0306; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 729 - 127
Alignment:
Q  20 aggttatatgttctgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatgatcgactgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  729 aggttatatgttttgtaggtacaaattacaatacaaatcgaaacgttcctcttgcttgatcagt---tgagcgcgcatcacatatcgttcatcgttgata 633  T
Q  120 cacaactggctcctaaatccaaatgtctcatccttcaaacaaaggttaatttgttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 219  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  632 cacaacaggctcctaaatccaaatgcctcatccttcaaacaaaggttacttggttatcaagagagtcacaacttatttcataattacgttaaaaataagt 533  T
Q  220 atatagaccaaaagaacaagtgaatgaacatagggaacttgtgatagcacagaggaataagtgttctcatgtcattgagaaagtcatagttaagtataca 319  Q
    ||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  532 atacaaaccaaaagagcaagttaatgaacatagggaacttgtgatatcacagagggataattgttctcatttcattgagaaagtcatagttaagtataca 433  T
Q  320 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttttt-cccactttccttctgcgccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  432 aagagaccttatgtggttaacttgttctctttttttcccactttccttctgcaccattatactcaaagtcataaaatatatatgaatagttctctatatc 333  T
Q  419 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatactgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  332 acaaatttaaatacattacgattgatcaagacaattgtatgaagaatattgaatctaaagtaactgaaaatttcaaagtggatgattctttttagtcatt 233  T
Q  519 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtcgaggcattgaataggagcagaaaatccatcttaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  232 acagttttgcaacatgaaaatgaaatcaaacttaaaatcaaacctcaaaacagtccagcagctgtccagacattgaataggagcagaaaatccatcttaa 133  T
Q  619 gtgaag 624  Q
    | ||||    
T  132 gcgaag 127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University