View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17425_low_2 (Length: 413)

Name: NF17425_low_2
Description: NF17425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17425_low_2
NF17425_low_2
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (18-395)||(11126737-11127113)
chr6 (72-396)||(25456098-25456422)
chr6 (72-396)||(24409018-24409342)
chr6 (72-396)||(14968273-14968598)
chr6 (44-385)||(12981342-12981684)
chr6 (18-396)||(28108797-28109180)
chr6 (18-396)||(23379946-23380328)
chr6 (95-396)||(22300755-22301059)
chr6 (22-256)||(12745581-12745813)
chr6 (76-372)||(21633068-21633362)
chr6 (101-291)||(32111836-32112025)
chr6 (80-159)||(7836896-7836976)
chr6 (271-383)||(22959657-22959769)
chr6 (271-383)||(23828623-23828735)
chr6 (209-256)||(7836819-7836866)
chr6 (284-386)||(12745461-12745564)
chr6 (351-391)||(23895458-23895498)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (78-396)||(27943-28259)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (18-396)||(20595389-20595768)
chr7 (18-396)||(45288270-45288651)
chr7 (18-396)||(22255942-22256323)
chr7 (18-396)||(4544419-4544799)
chr7 (18-395)||(9274166-9274543)
chr7 (18-306)||(13810538-13810825)
chr7 (213-372)||(16222745-16222904)
chr7 (18-147)||(26137173-26137301)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (18-396)||(17929717-17930098)
chr8 (72-396)||(12584959-12585287)
chr8 (22-396)||(8910348-8910725)
chr8 (74-396)||(38249547-38249873)
chr8 (18-396)||(33878370-33878750)
chr8 (41-396)||(23944973-23945331)
chr8 (41-395)||(22175046-22175403)
chr8 (18-396)||(23645766-23646145)
chr8 (19-396)||(25592633-25593014)
chr8 (72-371)||(22223515-22223813)
chr8 (72-371)||(22229857-22230155)
chr8 (72-266)||(31983729-31983923)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (18-396)||(1504449-1504830)
chr2 (18-396)||(45455787-45456168)
chr2 (18-396)||(9186475-9186855)
chr2 (18-396)||(31428569-31428950)
chr2 (18-365)||(24237075-24237422)
chr2 (74-396)||(25872690-25873016)
chr2 (17-396)||(13972944-13973326)
chr2 (18-365)||(25957495-25957844)
chr2 (18-372)||(11058542-11058898)
chr2 (295-396)||(16788842-16788942)
chr2 (296-396)||(30151185-30151285)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (18-376)||(33411094-33411451)
chr4 (18-396)||(3798928-3799309)
chr4 (96-396)||(15162888-15163188)
chr4 (18-385)||(56197527-56197897)
chr4 (20-396)||(39500370-39500752)
chr4 (72-396)||(27678151-27678479)
chr4 (18-266)||(19861419-19861666)
chr4 (18-396)||(49637630-49638009)
chr4 (72-372)||(53894984-53895282)
chr4 (18-238)||(15430898-15431116)
chr4 (18-238)||(15437512-15437730)
chr4 (80-255)||(26061004-26061179)
chr4 (18-165)||(19826421-19826569)
chr4 (284-385)||(19826273-19826375)
chr4 (312-396)||(15432436-15432518)
chr4 (101-151)||(22090970-22091020)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (19-395)||(7832280-7832657)
chr3 (18-396)||(10883503-10883886)
chr3 (18-396)||(47053453-47053829)
chr3 (18-396)||(2777502-2777883)
chr3 (83-396)||(55032834-55033151)
chr3 (18-294)||(15196329-15196604)
chr3 (18-396)||(24127553-24127932)
chr3 (72-396)||(28329385-28329712)
chr3 (18-372)||(9157024-9157376)
chr3 (53-395)||(19302530-19302873)
chr3 (72-265)||(36533884-36534077)
chr3 (116-396)||(13558423-13558705)
chr3 (74-380)||(10961931-10962244)
chr3 (74-380)||(10965440-10965753)
chr3 (18-197)||(3839478-3839658)
chr3 (206-396)||(22026247-22026442)
chr3 (80-257)||(22994786-22994963)
chr3 (101-266)||(30159230-30159394)
chr3 (160-298)||(12541300-12541436)
chr3 (72-366)||(11635637-11635925)
chr3 (80-306)||(18541392-18541620)
chr3 (343-396)||(15196616-15196669)
chr3 (351-393)||(11757993-11758035)
chr3 (156-184)||(17140631-17140659)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (18-396)||(2837822-2838202)
chr5 (18-380)||(34134007-34134375)
chr5 (18-341)||(22938187-22938513)
chr5 (18-372)||(26550320-26550676)
chr5 (18-372)||(28563454-28563810)
chr5 (72-372)||(19688270-19688569)
chr5 (72-291)||(2455586-2455805)
chr5 (109-266)||(30763599-30763756)
chr5 (284-396)||(21333763-21333876)
chr5 (309-372)||(35382068-35382131)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (53-385)||(22454482-22454815)
chr1 (18-396)||(21019498-21019878)
chr1 (18-396)||(45940108-45940489)
chr1 (18-372)||(49718338-49718694)
chr1 (95-396)||(13640218-13640522)
[»] scaffold0048 (3 HSPs)
scaffold0048 (18-380)||(27771-28139)
scaffold0048 (211-396)||(23558-23741)
scaffold0048 (18-180)||(23739-23903)
[»] scaffold0126 (1 HSPs)
scaffold0126 (18-396)||(706-1087)
[»] scaffold0270 (1 HSPs)
scaffold0270 (76-396)||(1253-1577)
[»] scaffold0321 (1 HSPs)
scaffold0321 (74-396)||(4035-4362)
[»] scaffold0214 (2 HSPs)
scaffold0214 (72-396)||(12173-12499)
scaffold0214 (72-396)||(26189-26515)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (74-396)||(28073-28392)
[»] scaffold0037 (1 HSPs)
scaffold0037 (18-396)||(96060-96425)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (72-291)||(9307-9526)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (72-372)||(99373-99670)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (72-266)||(226087-226281)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (80-256)||(49513-49689)
[»] scaffold1785 (1 HSPs)
scaffold1785 (145-266)||(468-587)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (145-266)||(63078-63197)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 395
Target Start/End: Original strand, 11126737 - 11127113
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11126737 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacaaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacaatcgacatgcaatccacatattaccatacact 11126836  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||    
T  11126837 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgtggtctttcagggttataacggggcttagatgaagg---tgggataatattt 11126933  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11126934 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaaaacataaattcaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagg 11127033  T
Q  316 gtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 395  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11127034 gtactagagattacttgtaacaattgagacaatcgagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 11127113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 25456422 - 25456098
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  25456422 agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtct 25456323  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    |  ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  25456322 taaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatttggataagtaggctacataaaattttgagttaggcactcctacggaagttaaagc 25456226  T
Q  269 ataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcaga 368  Q
    | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| |    
T  25456225 acaaatttaatccatcattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagagattatttataacaattgggacaattgagtttaaagttactcata 25456126  T
Q  369 ttttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25456125 ttttcaatgttttgtcccgttttcattc 25456098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 24409342 - 24409018
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  24409342 agggttcacacacagtcgacatgaaatttacatattaccatatgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatccatgtcaatgcacactttgaggtct 24409243  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaaca 269  Q
    || |||||||||| || |||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  24409242 ttaagggttataatggggcttaggtgaagg---tgggatattatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaaagca 24409146  T
Q  270 taaattgaatccaacattcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcaga 368  Q
     ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||  |||||||| ||||||  ||||||||||||||| |     
T  24409145 caaattcaatccatcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttaaaacaattgggacaattgagtttgaagttactcggt 24409046  T
Q  369 ttttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  24409045 ttttcaatgtcttgtccctttttcattc 24409018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 14968598 - 14968273
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtc 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  14968598 agggttcacacacagtcgacatgcaggtctacatattatcatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtc 14968499  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaa 267  Q
    ||  | ||||||||||| |||||| ||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||     
T  14968498 ttaaatggttataacggggcttaggtgaagg---tgcgataatatttggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctacaaaagttaaag 14968402  T
Q  268 cataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    || ||||| |||  | |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||      
T  14968401 cacaaattcaatatatcattcacctttggaacaacaatacttgcacgggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcga 14968302  T
Q  368 attttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14968301 attttcaatgttttgtccctttttcattc 14968273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 44 - 385
Target Start/End: Original strand, 12981342 - 12981684
Alignment:
Q  44 attcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaa 142  Q
    |||||| | |||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || |||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  12981342 attcacaactccacacaacaatatgataagggttcacactcaatcaacatgcaaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacatcaatcaa 12981441  T
Q  143 aatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttt 240  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  12981442 aatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttgaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatttcgataagtaggctatacaaaatttt 12981538  T
Q  241 -agttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaat 339  Q
     ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  12981539 gagttaggcattcctacgaaagttaaagcacaaattcattccattattcacctttggaacaacaattcttgtaagggaactagagattatttgtaacaat 12981638  T
Q  340 tgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcc 385  Q
    || ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  12981639 tgggacaatcgagtttgaagttacttggattttcaatattttgtcc 12981684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 28108797 - 28109180
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatcc-acattttaccatacac 116  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| | ||| | |||||  || || ||||||||| |||||||||||| |||||||||  | |||| ||||||||| |    
T  28108797 ctagtttgacttgttagcatccaccattacacaactccacgcaaaaatatgaataggtttcacacacagttgacatgcaagactacatattaccatacgc 28108896  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaata-------cactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggata 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||  |||||||||| || |||||  ||||||   |||||||    
T  28108897 ttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgttaatataatgcacactttgaggtcttaaagggttataatggggcttaagtgaagg---tgggata 28108993  T
Q  210 atatttggataagtaggctacacaaaatttta-gttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattct 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| | || |||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  28108994 atatttggataagtaggctacacaaaattttgtgttaggaactcatgcggaagttaaagcacaaattcaatccatcattcacctttggaaca-caattct 28109092  T
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  28109093 tgtaagggtactagagattatttgttacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggattttcaatattttgtccctttttcattc 28109180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 23379946 - 23380328
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | | |||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||    
T  23379946 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaacttcacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgtaatctacatattaccataagct 23380044  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||     |||||||| |||||    
T  23380045 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtga---ttgtgggatattattt 23380141  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatcca----acattcaccttt--ggaacaacaattct 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||| ||| ||     |||||||||||  | || |||||||||    
T  23380142 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaagcaca-aaattcaattcatcgttcattcaccttttggaaaaaacaattct 23380240  T
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  23380241 tgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagcttgaagttactcggtttttcaatgttttgtccctttttcattc 23380328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 95 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22301059 - 22300755
Alignment:
Q  95 caatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttag 192  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  22301059 caatctacatattaccataagcttaaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttttagggttataacagagcttat 22300960  T
Q  193 atgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca--- 289  Q
     ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||     ||||| |||  | ||||||       
T  22300959 gtgaagg---tgggataatatttggataagtaggctacataaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcgcaaaattcaatatatcattcatca 22300863  T
Q  290 -cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgt 388  Q
     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |    
T  22300862 ccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttataataattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctt 22300763  T
Q  389 tttcattc 396  Q
    ||||||||    
T  22300762 tttcattc 22300755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 12745813 - 12745581
Alignment:
Q  22 tttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaa 121  Q
    ||||||||||||||| |   |||||| | | |||||| ||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  12745813 tttgacttgttagcaacaatcaattcccaactccacacaacaatatgaaaagg-ttaacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacacttgaa 12745715  T
Q  122 aagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggat 219  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||||||    
T  12745714 aaatttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggat 12745618  T
Q  220 aagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctac 256  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  12745617 aagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctac 12745581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 76 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 21633362 - 21633068
Alignment:
Q  76 ttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctttc 172  Q
    ||||||||||||||||||| |  || | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||     
T  21633362 ttcacacacagtcgacatgtaggtctatatattaccatacacttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcattgtcattacacactttgaggtcttta 21633263  T
Q  173 agggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataa 272  Q
    ||||||||||||  |||||  | || |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || |     
T  21633262 agggttataacgaggcttatgtaaatg---tgggataatatttggataagtaggctacacgaaatttgagttaggaactcctacggaaattaaagcaaag 21633166  T
Q  273 attgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattt 371  Q
    ||| |||||  |||||| |||||| ||||||||   |||||| ||||||||| |||| ||||||| || | ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  21633165 attaaatccctcattcaccctttgaaacaacaa---ttgtaaaggtactagagattatttgtaactatcgggacaatcgagtttgaaattactcagattt 21633069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 101 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 32112025 - 32111836
Alignment:
Q  101 acattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaag 198  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||| | |||||||| || |||||| | |||    
T  32112025 acatattatcatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaacgtcattacacactttgaggtctttaaaggttataatggggcttaggtaaag 32111926  T
Q  199 gccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacc 291  Q
    |   ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||  ||| |||||  ||||||||    
T  32111925 g---tgggatattatttagataagtaggctatacaaaatttgagttagacactcctacggaaattaaagcatggattcaatccctcattcacc 32111836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7836976 - 7836896
Alignment:
Q  80 cacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac 159  Q
    |||| ||||||||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7836976 cacaaagtcgacatgcaagtctacatattaccatatgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac 7836896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 271 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 22959769 - 22959657
Alignment:
Q  271 aaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagatt 370  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | | ||||||| | ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||   ||    
T  22959769 aaattcaatccatcattcacctttgaaacaacaattcttttgaagatactagagaatacttgtaaaaattggggcaatcgagtttgaagttactcgattt 22959670  T
Q  371 ttcaatgttttgt 383  Q
    || ||||||||||    
T  22959669 tttaatgttttgt 22959657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 271 - 383
Target Start/End: Original strand, 23828623 - 23828735
Alignment:
Q  271 aaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagatt 370  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | | ||||||| | ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||   ||    
T  23828623 aaattcaatccatcattcacctttgaaacaacaattcttttgaagatactagagaatacttgtaaaaattggggcaatcgagtttgaagttactcgattt 23828722  T
Q  371 ttcaatgttttgt 383  Q
    || ||||||||||    
T  23828723 tttaatgttttgt 23828735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 7836866 - 7836819
Alignment:
Q  209 aatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctac 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7836866 aatatttggataactaggctacacaaaatttgagttaggcactcctac 7836819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 12745564 - 12745461
Alignment:
Q  284 cattcaccttt-ggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttg 382  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| |||| || |||||||||  | |||| |||||||||||| || | |||||||||| |||    
T  12745564 cattcaccttttggaacaacaattcttgcaagagtaccagagattatttataacaattggaagaatcgagtttgaagttaatcggtttttcaatgtcttg 12745465  T
Q  383 tccc 386  Q
    ||||    
T  12745464 tccc 12745461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 351 - 391
Target Start/End: Original strand, 23895458 - 23895498
Alignment:
Q  351 agtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgtttt 391  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  23895458 agtttgaagttactcggattttgaatgttttgtcccctttt 23895498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 78 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 28259 - 27943
Alignment:
Q  78 cacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagg 175  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  28259 cacacatagtcgacatgcaatctacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaattcacactttgaggtctttaagg 28160  T
Q  176 gttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaatt 275  Q
    ||||||| || |||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || ||    
T  28159 gttataatggggcttaggtgaagg---tgggataatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttagacactcctacgaaagttaaagcacaa-tt 28064  T
Q  276 gaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaa 375  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  28063 caatccatcattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagagattatttgtaacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggattttcaa 27964  T
Q  376 tgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  27963 tgttttgtcccattttcattc 27943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 20595768 - 20595389
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaat--gaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccataca 115  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  || |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||      
T  20595768 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaaaaaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataag 20595670  T
Q  116 cttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaat-gtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataata 212  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||    
T  20595669 cttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaattgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataata 20595573  T
Q  213 tttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20595572 tttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacaaaagttaaagcacaaatttgatccatcattcacctttggaacaacaattcttgca 20595473  T
Q  313 agggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||| || |||||||||    
T  20595472 agggtactagagattatttctaataattgggacaatcgagtttgaagttactcgggttttcaatgtcttgtacctttttcattc 20595389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 45288270 - 45288651
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  45288270 ctagtttgacttgttagcaatcaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacaatcgacatgcaatctacatattaccatacgct 45288368  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||    
T  45288369 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggagcttaggtgaag---gtgggataatattt 45288465  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| ||| || ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  45288466 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 45288564  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | ||| |||||||| |||| || ||||||||| ||||||| | ||| ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  45288565 gcaagagtactagagattatttataacaattgggacaatcgaatttaaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 45288651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22256323 - 22255942
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  22256323 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 22256225  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||   | | |||||| |||||    
T  22256224 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtga---ctgagggatattattt 22256128  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa-acataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| || ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  22256127 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacgaaagttaaacaca-aaattcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 22256029  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | || | ||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  22256028 gcaaagatactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaattctttgtccctttttcattc 22255942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4544799 - 4544419
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  4544799 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 4544701  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||| ||| ||||||    
T  4544700 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgagat-atattt 4544605  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  4544604 ggataaataggctacacaaaatttgagttaggcattcctatggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 4544506  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||  | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  |||||||||    
T  4544505 gcaagggtactagagattatttataacaaccgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccttttttcattc 4544419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 395
Target Start/End: Original strand, 9274166 - 9274543
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||| ||  |||||  ||||||||| | |||||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||| |    
T  9274166 ctagtttgactcgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaataaattgaataggattcacacacagtcgacatgcaggtctacatattaccatacgc 9274265  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||   ||||||||||||    
T  9274266 ttgaagagtttctaaacatcaatcaaaatcaatatcactacacactttgaggtctttcagggttatcacgggtcttaggtgaagg---tgggataatatt 9274362  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa--aacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||| |||||  | | | ||||||||||| |||  ||| ||    
T  9274363 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcatacgaaagttaaagaaca-aaattcaatcc-tcttgcccctttggaacatcaaaacttcta 9274460  T
Q  313 agggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 395  Q
      ||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||  ||||||||    
T  9274461 taggtactagagaatacttgtaactgttgggacaatcgagtttaaagttactcggattttcaatgatatgtccttttttcatt 9274543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 13810538 - 13810825
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||| ||||| | |||||  ||||||||||  ||||||||||||  |||||||| ||| || |||| ||||||||| |    
T  13810538 ctagtttgacttgtttgcatcgaccatttcacaactccactcaacaaaatgataagggttcacaca--gtcgacatacaagtctacatattaccatactc 13810635  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | |||   |||||||||||||    
T  13810636 ttgaaaagtctctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtctttcagggttataacgtgtcttaggtaaag---gtgggataatatt 13810732  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaatt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||  |||||| |||||| ||||||||||    
T  13810733 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaaattaaagcacgaattcaatccctcattcaccctttgaaacaacaatt 13810825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 213 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 16222904 - 16222745
Alignment:
Q  213 tttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcac-ctttggaacaacaattcttgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||  ||| ||||| |||||||| | ||| || ||||||  ||||    
T  16222904 tttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaaagcatggattcaatcccacattcacaccttgaaataacaat--ttgt 16222807  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    || ||||||||| | || |||||||   ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16222806 aaaggtactagagaatatttgtaacttgttgggacaatcgagtttaaagttactcagatttt 16222745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 147
Target Start/End: Original strand, 26137173 - 26137301
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  26137173 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacaaatgaa-agggttcacacacagacgacatgcaatctacatattaccataagct 26137271  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatca 147  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  26137272 tgaaaggtttctaaacgtcaatcaaaatca 26137301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 17930098 - 17929717
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||  |||||   |||||||| | |||||  || || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  17930098 ctagtttgacttgtatgcatccatcaattcacaactccacgcaaaaatatgaa-agggttcacagacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 17930000  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||    
T  17929999 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgagataatattt 17929903  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctac-gaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17929902 ggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctacggaattttaaagcataaattcaatccatcattcacctttggaacaacaattcttgtaa 17929803  T
Q  314 gggtactaga---tattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||   | ||  |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17929802 gggtactagagatttttttttgtaacaattgggacaatcgagcttgaagttactcggattttcaatgttttgtccctttttcattc 17929717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 12585287 - 12584959
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |    
T  12585287 agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccttacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcgatgcacactttgaggtat 12585188  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aac 268  Q
    |  ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  12585187 taaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacgaaagttaagcac 12585091  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
    | ||||| |||||| ||||||     | ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12585090 a-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaataacaattcttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcaagtttgaagttac 12584992  T
Q  364 tcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  12584991 tcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 12584959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 22 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 8910725 - 8910348
Alignment:
Q  22 tttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaa 121  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||| ||||||    
T  8910725 tttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcattctatatattaccatacgcttgaa 8910627  T
Q  122 aagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggat 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||||||    
T  8910626 aagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgtgataatatttggat 8910530  T
Q  220 aagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaa 313  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||| ||    
T  8910529 aagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaa 8910431  T
Q  314 gggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||||||    
T  8910430 gggtactagagattatttataataattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcatgtccctttttcattc 8910348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 74 - 396
Target Start/End: Original strand, 38249547 - 38249873
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtcttt 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  38249547 ggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgatgtcttt 38249646  T
Q  172 cagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacata 271  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| || |    
T  38249647 cagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaaattaaagcaca 38249743  T
Q  272 aattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactca 366  Q
    || | |  ||| ||||||     | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||  |  ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||     
T  38249744 aaatcacaccatcattcattcaccttttggaacaacaattctcgtaaaggtactagagatttttcataacaattgggacaatcgagttttaagttactcg 38249843  T
Q  367 gattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38249844 gattttcaatgttttgtccctttttcattc 38249873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 33878370 - 33878750
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||| || | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  33878370 ctagtttgacttgttagcaaccaccaatttacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 33878468  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggata-atatt 214  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||  ||||    
T  33878469 tgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggatatttatt 33878565  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||  ||| ||||| |||||| | ||||     | |||||||||||||||||    
T  33878566 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggca--cctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcgttcattccccttttggaacaacaattct 33878662  T
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || |||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  33878663 tgcaagggtactagagattatctataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 33878750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 396
Target Start/End: Original strand, 23944973 - 23945331
Alignment:
Q  41 ccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatc 140  Q
    ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  23944973 ccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacagagtcgacatgcaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatc 23945071  T
Q  141 aaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatt 238  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||  ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23945072 aaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacgggacttaggtgaag---gtgggataatatttggataagtaggttacacaaaatt 23945168  T
Q  239 ttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaaca----ttcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttg 332  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| |||||| ||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||     
T  23945169 tgagttaggcattcctacgaaagttaagcaca-aaattcaatccatcattctttcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattattta 23945267  T
Q  333 taacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| || || | |||||||||    
T  23945268 taacaattgggacaatcgagtttaaagttactcggtttttcaatgtcttctctctttttcattc 23945331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 41 - 395
Target Start/End: Original strand, 22175046 - 22175403
Alignment:
Q  41 ccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatc 140  Q
    ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  22175046 ccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacaatcgacatgcaatctacatattaccacacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatc 22175144  T
Q  141 aaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatt 238  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  22175145 aaaatcaatgtcaatgcacactttgaggttttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggacaatatttcgataagtaggctacacaatatt 22175241  T
Q  239 ttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgt 333  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||| | | ||||| ||| || ||||||     | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| || |    
T  22175242 tgagttaggcattcctacggaagttaagaaaaaaattcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtcctagagattatttat 22175341  T
Q  334 aacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 395  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  22175342 aacaattgggacaatcgagtttgaagttactcgatttttcaacgttttgtccctttttcatt 22175403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 23646145 - 23645766
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||  | |||||  ||||| || || | |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  23646145 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcataactccacgcaacaatataaa-atggttcacacacagttgacatgcaatctacatattaccatacgct 23646047  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  23646046 taaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttgtaacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 23645950  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     ||||||||||||||||||||    
T  23645949 ggataagtaggctatacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccctttggaacaacaattctt 23645851  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  23645850 gcaagggtactagagattatttataac--ttgggacaatcgagtttaaagttacttggtttttcaatgtcttgtcccttttttattc 23645766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 396
Target Start/End: Original strand, 25592633 - 25593014
Alignment:
Q  19 tagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacactt 118  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||    
T  25592633 tagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggtttacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagctt 25592731  T
Q  119 gaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaa-tgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||||   ||||||| ||||||    
T  25592732 gaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaattgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacagggcttaggtgaag---gtgggat-atattt 25592827  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatcca----acattcacct-ttggaac-aacaattct 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||| |||||||  ||| ||||| ||||||     ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25592828 ggataagtaggctacacaaaatttgagtttggcattcatacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcacctattggaacaaacaattct 25592926  T
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || |||||||||||| |||| || ||||||  | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25592927 tgcaagggtactagagattatttataacaaccgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 25593014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 72 - 371
Target Start/End: Original strand, 22223515 - 22223813
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtc 168  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  22223515 agggttcacacacagtctacgtgcaggtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 22223614  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| | |||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |    
T  22223615 tttaagggttataacggggcttaggtaaag---gtgagataatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttagggactccttcgaaaattaaagc 22223711  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    | | ||| |||||  |||||| |||||| |||||||||  |   || | ||||||| | || ||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |    
T  22223712 aaagattcaatccctcattcaccctttgaaacaacaatggt--aaaagttactagagaatatttgtaactattgggacaatcgagtttgaaattactcgg 22223809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 72 - 371
Target Start/End: Original strand, 22229857 - 22230155
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtc 168  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  22229857 agggttcacacacagtctacgtgcaggtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 22229956  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| | |||   ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |    
T  22229957 tttaagggttataacggggcttaggtaaag---gtgagataatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttagggactccttcgaaaattaaagc 22230053  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    | | ||| |||||  |||||| |||||| |||||||||  |   || | ||||||| | || ||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |    
T  22230054 aaagattcaatccctcattcaccctttgaaacaacaatggt--aaaagttactagagaatatttgtaactattgggacaatcgagtttgaaattactcgg 22230151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31983923 - 31983729
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtc 168  Q
    |||||||||||||||||||||||    || |||| |||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  31983923 agggttcacacacagtcgacatgttggtctacatattacaatatgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacattttgaggtc 31983824  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    ||| ||||||||||||| | |||| | |||   ||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  31983823 tttaagggttataacggggtttaggtaaag---gtatgatattatttggataagtagactacacaaaatttgagttaggcactcctaggaaaattaaa 31983729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 1504449 - 1504830
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  1504449 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 1504547  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||    
T  1504548 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaacggttataacggggcttaggtgaag---gtgagataatattt 1504644  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  1504645 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 1504743  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||| | ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||||||    
T  1504744 gcaagggtactagaaattatttataacaatcgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcatgtccctttttcattc 1504830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 45456168 - 45455787
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||| ||||| |||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||    
T  45456168 ctagttagacttattagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatacaatctacatattaccataagct 45456070  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  45456069 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 45455973  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  45455972 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacgaaaattaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 45455874  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  45455873 gcaagggtactagagattatttatagcaattgggacaatcaagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 45455787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 9186475 - 9186855
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  9186475 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 9186573  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaataca-ctttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttg 216  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  9186574 tggaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcagctttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaaggc---gggataatatttg 9186670  T
Q  217 gataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| ||| || ||||||     | |||||||||||||||||||    
T  9186671 gataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaattcttg 9186769  T
Q  311 taagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
     |||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||  |||| ||||||||| | |||||||| | ||||||| |||||||||    
T  9186770 caagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgtgtttaaagttactcggtttttcaatatcttgtccctttttcattc 9186855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 31428569 - 31428950
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  31428569 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 31428667  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||||   |||| |||||||||    
T  31428668 tgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatatcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacagggcttaggtgaag---gtggaataatattt 31428764  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatcca----acattcaccttt-ggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||  ||| ||| | ||||||     ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31428765 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcatttctacggaagttaagcaca-aaaatcaatccatcattcattcacctttaggaacaacaattctt 31428863  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  31428864 gcaagggtactagagattatttataataattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgttttgtccctttttcattc 31428950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 24237422 - 24237075
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  24237422 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 24237324  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggata-atatt 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||  ||||    
T  24237323 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggatatttatt 24237227  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttg-gaacaacaattcttgtaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||||||||||  || |||||||| || ||    
T  24237226 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacgaaagttaaagcacaatttcaatccatcattcacctttgaaaaaaacaattcatgcaa 24237127  T
Q  314 gggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactc 365  Q
    || ||||||| |||   | ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  24237126 ggatactagagattttatctaacaattgggacaatcgagtatgaagttactc 24237075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 74 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 25873016 - 25872690
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtcttt 171  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||     
T  25873016 ggttcacacacaatcgacatgcaatccacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacattttgaggtctta 25872917  T
Q  172 cagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacat 270  Q
     ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||  |||     
T  25872916 aagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcatacggaagttaagcaca- 25872821  T
Q  271 aaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactc 365  Q
    ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | |||||||    
T  25872820 aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttaatgttactc 25872721  T
Q  366 agattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
     | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25872720 ggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 25872690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 396
Target Start/End: Original strand, 13972944 - 13973326
Alignment:
Q  17 actagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacac 116  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  || || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  13972944 actagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaataatatgaa-agggttcccacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgc 13973042  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||    
T  13973043 ttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcagttcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatt 13973139  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattct 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || |||| |||||||  ||| | ||| |||||| ||||||     | |||||||||||||||||    
T  13973140 tggataagtaggctacaaaaaatttgagttagacattcatacggaagttaagcaca-atattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattct 13973238  T
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || |||||| ||||| |||| || ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  13973239 tgcaagggtgctagagattatttataacaatttggacaatcgagtttgaagttacttggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 13973326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 25957495 - 25957844
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  25957495 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 25957593  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggata---ata 212  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||    ||    
T  25957594 ggaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggatatattta 25957690  T
Q  213 tttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttgg-aacaacaattcttgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||     
T  25957691 tttggataagtaggctacacaaaatttgagttgggcactcctacgaaagttaaagcacaatttcaatccatcattcacctttggaaaaaacaattcgtgc 25957790  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactc 365  Q
    |||| ||||||| |||   | ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  25957791 aaggatactagagattttatctaacaattgggacaatcgagtatgaagttactc 25957844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 11058898 - 11058542
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgc-aatccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |    
T  11058898 ctagtttgacttgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaacaaaatgaatagggttcactcacagtcgacatgcaaatctacatattaccatacgc 11058799  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||    
T  11058798 ttgaaaaatttctaaacgtcaataaaaatcaatatcaatgcacactttaaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatt 11058702  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggc--actcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||  ||  ||| |||||  |||||||| ||| || ||||||  ||||    
T  11058701 tggataagtaggctacacaaaattttgagttaggccaactcctacggaagttaaagaatggattcaatccctcattcacccttgaaataacaat--ttgt 11058604  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    || ||||||||| |||| |||||||   ||| ||||||| ||||| || ||||||| |||||    
T  11058603 aaaggtactagagattatttgtaacttgttgggacaatcgagtttaaatttactcaaatttt 11058542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 295 - 396
Target Start/End: Original strand, 16788842 - 16788942
Alignment:
Q  295 ggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcat 394  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| |||||||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||    
T  16788842 ggaacaacaattcttgcaagg-tactagagattatttataataattgggacaatcgagtttgaagttattcggtttttcaatattttgtcccattttcat 16788940  T
Q  395 tc 396  Q
    ||    
T  16788941 tc 16788942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30151285 - 30151185
Alignment:
Q  296 gaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 395  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||  || |||||| |||||| || |||||||||||    |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30151285 gaacaacaattcttgcaaggatactagagattatttaaaataattgaaacaatcgagcttgaagttacttgatttttcaatgttttgtcccttttccatt 30151186  T
Q  396 c 396  Q
    |    
T  30151185 c 30151185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Original strand, 33411094 - 33411451
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  33411094 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaaaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 33411192  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||| || |||||| ||||||   |||||||||||||    
T  33411193 tgaaaagtttctaaacgtcgatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttttaatggggcttaggtgaagg---tgggataatattt 33411289  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  33411290 ggataagtaggctacacaaaattttgagttagacactcctacggaagttaaagcacaaattcaatccatcattcacctttggaacaacaattattgcaag 33411389  T
Q  315 ggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaat 376  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||  ||||||||    
T  33411390 ggtactagaggttatttataacaattgggaccatcgagtttgaagtaactcaatttttcaat 33411451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 3798928 - 3799309
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||| | |||||  ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||| |||| ||| ||||  ||    
T  3798928 ctagtttgacttgtttgcatcaaccaattcacaactccacgcaacaaaatgaa-agggttcacacacaatggacatacaatctacatattatcataagct 3799026  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||   || |||| |||||    
T  3799027 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacgggacttaggtgaagg---tgagatattattt 3799123  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttg 310  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||| |||||||    
T  3799124 ggataagtagggtacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaaagcacaaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaaccattcttg 3799223  T
Q  311 taagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
     |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  |||||||||    
T  3799224 caagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccgtttttcattc 3799309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 96 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 15163188 - 15162888
Alignment:
Q  96 aatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttaga 193  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||     
T  15163188 aatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcatttcacactttgaggactttcagggttataactgggcttagg 15163089  T
Q  194 tgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaa-ttgaatccaacattcacct 292  Q
     |||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||| ||| || ||| || |||||| |||||||||    
T  15163088 cgaagg---tgagataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaagcactcatacggaagtgaaagcacaaaattcaatccatcattcacct 15162992  T
Q  293 ttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttc 392  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  15162991 ttggaacaacaattattgtgaaggtactagataatacttgtaacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggattttcaatgttttgtccccttttc 15162892  T
Q  393 attc 396  Q
    ||||    
T  15162891 attc 15162888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 56197897 - 56197527
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  56197897 ctagtttgacttgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatatgct 56197799  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  56197798 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaaaggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 56197702  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  56197701 ggataagtaggttacacaaaatttgagttaggcattcctacagaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 56197603  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcc 385  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | ||||||    
T  56197602 gcaagggtactagagattatttataacaattaggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatatcttgtcc 56197527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 39500752 - 39500370
Alignment:
Q  20 agtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaa-caaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacactt 118  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  || ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  39500752 agtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaatcaatatgaaaagggttcacacacaatcgacatgcaatctacatattaccatacgctt 39500653  T
Q  119 gaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggata-atattt 215  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| |||||   ||||||||  |||||    
T  39500652 gaaaagtttctaaacttcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcattaagggttataactgggcttaggtgaag---gtgggatatttattt 39500556  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  39500555 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 39500457  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| ||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  39500456 gcaagggtactagagattatttaaaacaattgggacaatcgagcttgaagttactcggtttttcaatgttttgtccctttttcattc 39500370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Original strand, 27678151 - 27678479
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27678151 agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtct 27678250  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaaca 269  Q
    || |||||||||| || |||||| |||||   |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||    
T  27678251 ttaagggttataagggggcttaggtgaag---gtgaaataatatttggataagtaggctacataaaatttgagttaggcaatcctacggaagtt-aagca 27678346  T
Q  270 t-aaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
    | ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27678347 taaaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttac 27678446  T
Q  364 tcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || | ||||||||||  |||||| |||||||||    
T  27678447 tcggtttttcaatgtcgtgtccctttttcattc 27678479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 266
Target Start/End: Original strand, 19861419 - 19861666
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||  ||    
T  19861419 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacacaacaatataaa-agggttcacacacagtcgacatgcattctacatattaccatatgct 19861517  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  19861518 tgaaaagtttttaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 19861614  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  19861615 ggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctatgaaaattaaa 19861666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 49637630 - 49638009
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||||| || ||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||    
T  49637630 ctagtttgacttattcgcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatacaatctacatattaccatacgct 49637728  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||     |||||||||||    
T  49637729 tgaagagtttctatacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggtaacaacggggcttaggtgaagg----tggataatattt 49637824  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaa-----cattcacc-tttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||     |||||||| |||||||| |||||||||    
T  49637825 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacataagttaaaacacaaattgaa-ccaattattcattcaccttttggaac-acaattctt 49637922  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaa-ttgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | || ||||||||| || | |  |||||| ||| ||||||| |||||  || ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  49637923 gcaaaggtactagagatcattcttaacaatttgggacaatcgagttt-tagatactcggattttcaatgttatgtccctttttcattc 49638009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 72 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 53895282 - 53894984
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtc 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  53895282 agggttcacacacagtcgacatgcaggtctacatattaccatacgcttgaagagtttctaaacgttaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 53895183  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||| |    
T  53895182 tttcagggttataacggggcttaggtaaagg---tgagataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagtaaggaactcctacgaaaattaaagc 53895086  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    | | ||| |||||  ||| || |||||| ||||||||   |||||| ||||||||| |||| ||||||| || | ||||||| |||||||| ||||||||    
T  53895085 aaagattaaatccctcatccaccctttgaaacaacaa---ttgtaaaggtactagagattatttgtaactatcgggacaatcgagtttgaaattactcag 53894989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 15430898 - 15431116
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||    
T  15430898 ctagtttgacttgttagcaaccactaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaacctacatattaccatacgct 15430996  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||  ||| |||||| || |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  15430997 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacattttgaggtcttaaaggattataatggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 15431093  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatt 238  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15431094 ggataagtaggctacacaaaatt 15431116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Original strand, 15437512 - 15437730
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||    
T  15437512 ctagtttgacttgttagcaaccactaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaacctacatattaccatacgct 15437610  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||  ||| |||||| || |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  15437611 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacattttgaggtcttaaaggattataatggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 15437707  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatt 238  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15437708 ggataagtaggctacacaaaatt 15437730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 255
Target Start/End: Original strand, 26061004 - 26061179
Alignment:
Q  80 cacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtctttcaggg 176  Q
    ||||||||||||||| |  || |||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||    
T  26061004 cacacagtcgacatgtaggtctacatattaccatgcgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtctttaaggg 26061103  T
Q  177 ttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactccta 255  Q
    ||||||||| |||||| | |||   ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  26061104 ttataacggggcttaggtaaag---gtgtgatattatttggataagtagactacataaaatttgagttaggcactccta 26061179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 19826569 - 19826421
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||  ||    
T  19826569 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagttgacatgcaatctacatattactataagct 19826471  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgag 165  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19826470 tgaaaaatttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgag 19826421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 284 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 19826375 - 19826273
Alignment:
Q  284 cattcaccttt-ggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttg 382  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||    
T  19826375 cattcaccttttggaacaacaattcttgaaagggtactagagattatttataacatttgggacaatcgagtttgaagttactcgggttttcaatgtcttg 19826276  T
Q  383 tcc 385  Q
    |||    
T  19826275 tcc 19826273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 396
Target Start/End: Original strand, 15432436 - 15432518
Alignment:
Q  312 aagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||  || |||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15432436 aagggtactagatattattt--aacaatttggataatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 15432518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 151
Target Start/End: Original strand, 22090970 - 22091020
Alignment:
Q  101 acattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgt 151  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  22090970 acatattaccatacacttgaaaattttctaaatatcgatcaaaatccatgt 22091020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 7832657 - 7832280
Alignment:
Q  19 tagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacactt 118  Q
    |||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  || || ||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||  |||||||| |||    
T  7832657 tagtttgacttgtatgcatccaccaattcacaactccacgcaaaaatatgaa-agggttcacacttagtcgatatgcaatctacatactaccatacgctt 7832559  T
Q  119 gaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttg 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||    
T  7832558 gaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtaaagg---tgggataatatttg 7832462  T
Q  217 gataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaa-cataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |     
T  7832461 gataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctacggaagtttaaagcacaaattcaatccatcatgcacctttggaacaacaatacttgtgaa 7832362  T
Q  315 ggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatg-ttttgtcccgttttcatt 395  Q
    ||||||||| | |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  7832361 ggtactagagaatacttgtaatcattgggacaatcgagtttgaagttactcggattttcaatgtttttgtccctttttcatt 7832280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 10883886 - 10883503
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatc--tgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccataca 115  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||     
T  10883886 ctagtttgacttgttagcaaccataccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacaatcgacatgcaatctacatattaccatacg 10883788  T
Q  116 cttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatat 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||    |||||||||||    
T  10883787 cttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---atgggataatat 10883691  T
Q  214 ttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||| ||| || ||||||     | ||||||||||||||||    
T  10883690 ttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaatttaagcaca-aaattcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaattc 10883592  T
Q  308 ttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||| |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  10883591 ttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttaaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 10883503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 47053829 - 47053453
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  47053829 ctagtttgacatgttagcaaccaccaattcacaactccacacaacaatatgaa-agggttcacacatagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 47053731  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  47053730 ttaaaagttgctaaacgtcaatcaaaatcaatgttaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 47053634  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattcacc-tttggaacaacaattcttgtaa 313  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||  ||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  47053633 gaataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattgatacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcaccttttggaacaacaattcttgcaa 47053535  T
Q  314 gggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||  ||||||| |||||||||    
T  47053534 gggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagttt-aagttactcggtttttcaatgacttgtccccttttcattc 47053453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 2777883 - 2777502
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||| || | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  2777883 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattaacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 2777785  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  2777784 tgaaaagtttctagacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgatgtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 2777688  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaac----attcacc-tttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||  ||| ||||| ||| || |    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  2777687 ggataagtaggctacacaaaatttgaagtaggcactcctacggaagttaagtaca-aaattcaattcatcatttattcaccttttggaacaacaattctt 2777589  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | ||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2777588 gcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttaatgttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 2777502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 83 - 396
Target Start/End: Original strand, 55032834 - 55033151
Alignment:
Q  83 acagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttat 180  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||    
T  55032834 acagtcgatatgcaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttat 55032933  T
Q  181 aacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaat 279  Q
    ||||| |||||| |||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||    
T  55032934 aacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttcgataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaat 55033029  T
Q  280 ccaac----attcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttca 374  Q
    ||| |    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  55033030 ccatcattaattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttca 55033129  T
Q  375 atgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||  |||||| |||||||||    
T  55033130 atgtcatgtccctttttcattc 55033151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 294
Target Start/End: Original strand, 15196329 - 15196604
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||| ||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||  ||    
T  15196329 ctagtttcacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatttacatattaccatatgct 15196427  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  15196428 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgatgtctttaatggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 15196524  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcaccttt 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  15196525 ggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctacggaagttaaaacataaattcaatccatcattcaccttt 15196604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 24127932 - 24127553
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  || || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  24127932 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaaaatatgaaaagg-ttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 24127834  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||| ||||||    
T  24127833 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggat-atattt 24127738  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||| ||    
T  24127737 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacagaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcaatcaccttttggaacaacaatt-tt 24127640  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||| ||||||| |||| || ||||||  | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  24127639 gcaaggatactagagattatttataacaaccgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctttttcattc 24127553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 28329712 - 28329385
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  28329712 agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatgtcaatgcacaccttgaggtct 28329613  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa-ac 268  Q
    |  |||||||||| || |||||| |||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  28329612 taaagggttataatggggcttaggtgaag---ttgggat-atatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacggaagttaaacac 28329517  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
    | ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  28329516 a-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaactcttgcaaggatactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttac 28329418  T
Q  364 tcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || | ||||||||  |||||||| |||||||||    
T  28329417 tcggtttttcaattctttgtccctttttcattc 28329385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 9157376 - 9157024
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||||| | ||||||  | ||||||| | |||||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  9157376 ctagtttgacttttaagcatccactaattcacaactccacgcaaaaatatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 9157278  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||   ||||||||||||    
T  9157277 tgaaaaatttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgatgtctttaagggttataacggggcttaggtaaaggc---gggataatattt 9157181  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattc-acctttggaacaacaattcttgtaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| || | ||| ||||| |||||| | | ||| |||||| ||  ||||||     
T  9157180 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacataaattaaagcaaagattcaatcccacattcaaaccttgaaacaaccat--ttgtaaa 9157083  T
Q  315 ggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    ||||||||| |||| |||||||   ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9157082 ggtactagagattatttgtaacttgttgggacaatcgagtttaaagttactcagatttt 9157024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 53 - 395
Target Start/End: Original strand, 19302530 - 19302873
Alignment:
Q  53 tccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgt 151  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||  || |||| |||| ||| ||||||| | |||||||| |||||||||| ||||| |    
T  19302530 tccacacaacaaattgaataggtttcacacacaatcgacatgcaggtctacatattacgatagacttgaagattttctaaacgtcaatcaaagtcaatat 19302629  T
Q  152 caatacac--tttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggca 249  Q
    || |||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19302630 cactacacactttgaggtctttcaaggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttaggca 19302726  T
Q  250 ctcctacgaaagttaaaaca-taaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaat 348  Q
     ||||||| |||||||| ||  ||||| |||||  | | | ||||||||||| |||  ||||||| ||||||||| | ||||||||||  ||| ||||||    
T  19302727 ttcctacggaagttaaagcacaaaattcaatccctcttccccctttggaacatcaaaacttgtaaaggtactagagaatacttgtaactgttgggacaat 19302826  T
Q  349 caagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcatt 395  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  19302827 cgagtttaaagttactcggattttcaatgatttgtccctttttcatt 19302873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 72 - 265
Target Start/End: Original strand, 36533884 - 36534077
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36533884 agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacacttaaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtct 36533983  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaa 265  Q
    |  ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  36533984 taaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggataagcaggctacacaaaattttgagttaggcattcctacggaagttaa 36534077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 116 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 13558705 - 13558423
Alignment:
Q  116 cttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatat 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||| |||    
T  13558705 cttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggata-tat 13558610  T
Q  214 ttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | |||||||||||||||     
T  13558609 ttggataagtaggctacacaaaatttgagttagacattcctacagaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcaatcaccttttggaacaacaatt- 13558512  T
Q  308 ttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||| |||| ||||||| |||| ||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  13558511 ttgcaaggatactagagattatttaaaacaattgggacaatcgagcttgaagttactcggtttttcaatgttttgtccctttttcattc 13558423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 10962244 - 10961931
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctt 170  Q
    |||||||||||| || |||||||  || |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  10962244 ggttcacacacaatcaacatgcaggtctacatattatcatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtctt 10962145  T
Q  171 tcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aaca 269  Q
      ||| ||||||||| |||||| ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||  |||    
T  10962144 aaaggattataacggggcttaggtgaagg---tggaataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcatacggaagttaagcaca 10962048  T
Q  270 taaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
     ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  |||| ||||||| |||||| | ||||    
T  10962047 -aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttgtaacttattgggacaatcgagtttggaattac 10961949  T
Q  364 tcaga-ttttcaatgttt 380  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  10961948 tcagatttttcaatgttt 10961931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 74 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 10965753 - 10965440
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctt 170  Q
    |||||||||||| || |||||||  || |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  10965753 ggttcacacacaatcaacatgcaggtctacatattatcatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtctt 10965654  T
Q  171 tcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aaca 269  Q
      ||| ||||||||| |||||| ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||  |||    
T  10965653 aaaggattataacggggcttaggtgaagg---tggaataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcatacggaagttaagcaca 10965557  T
Q  270 taaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
     ||||| |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  |||| ||||||| |||||| | ||||    
T  10965556 -aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttgtaacttattgggacaatcgagtttggaattac 10965458  T
Q  364 tcaga-ttttcaatgttt 380  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  10965457 tcagatttttcaatgttt 10965440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 3839658 - 3839478
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  3839658 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcatcaatatgaa-agagttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 3839560  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaa 197  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||    
T  3839559 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgaacactttgaggtcttaaagagttataacggagcttaggtgaa 3839478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 206 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22026442 - 22026247
Alignment:
Q  206 gataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa-acataaattgaatccaacattca-----cctttggaac 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | ||||||||    
T  22026442 gataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaac 22026344  T
Q  300 aacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  22026343 aacaattcttgcaaggataccagagattatttataacaattgggacaatcgagcttgaagttactcggtttttcaatgttttgtccctttttcattc 22026247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 80 - 257
Target Start/End: Original strand, 22994786 - 22994963
Alignment:
Q  80 cacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtctttcaggg 176  Q
    |||||||||| ||| ||| || |||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  22994786 cacacagtcgccattcaagtctacatattaccaaacgcttgaaaagtttctaaatgccaatcaaaaccaatgtcattacacactttgaggtcttttaggg 22994885  T
Q  177 ttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacg 257  Q
    ||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  22994886 ttataacggggcttaggtaaagg---tgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttgaggtcggcactcctacg 22994963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 101 - 266
Target Start/End: Original strand, 30159230 - 30159394
Alignment:
Q  101 acattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaag 198  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | |||    
T  30159230 acatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatatcattacacactttgaggtctttcagggttataacgaggtttaggttaag 30159329  T
Q  199 gccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||    
T  30159330 ---gtgagataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaaattaaa 30159394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 160 - 298
Target Start/End: Original strand, 12541300 - 12541436
Alignment:
Q  160 tttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataat-atttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacga 258  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12541300 tttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggatatttatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacga 12541396  T
Q  259 aagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaa 298  Q
    |||||||| || || || |||||| |||||||||||||||    
T  12541397 aagttaaagcacaatttcaatccatcattcacctttggaa 12541436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 72 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 11635925 - 11635637
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtc 168  Q
    |||||||||||||| || || ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||     
T  11635925 agggttcacacacaatcaacgtgcaagtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggta 11635826  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| || |||||||||  |||||| | |||    ||||||| |||||||||||      |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |    
T  11635825 tttaagagttataacgaggcttaggtaaag---atgggatattatttggataa------tacacaaaatttgagttaggcactcctacggaaattaaatc 11635735  T
Q  269 ataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactca 366  Q
    ||  ||| |||||  |||||| || ||| |||||||||  |||||| ||||||||| | || ||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  11635734 atggattcaatccctcattcaccccttgaaacaacaat--ttgtaaaggtactagagaatatttgtaactagttgggacaatcgagtttaaagttactca 11635637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 18541620 - 18541392
Alignment:
Q  80 cacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaata--cactttgaggtctttcaggg 176  Q
    |||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||| ||  |||||| ||||||||  |||    
T  18541620 cacacagtcgacatgcaggtctacatattaccatacacttgaaaattttctaaatgttaatcaaagtccatgtcattagacactttaaggtctttttggg 18541521  T
Q  177 -ttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaatt 275  Q
     |||||| || |||||| | |||    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| | |||    
T  18541520 gttataatggggcttaggtaaagc---tgggataatatttggataagttggctgcacaaaatttaagttatgcactcctacgaaattttaaacacagatt 18541424  T
Q  276 gaat-ccaacattcacctttggaacaacaatt 306  Q
     ||| ||  |||||||| ||| ||||||||||    
T  18541423 caatcccctcattcacccttgaaacaacaatt 18541392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 343 - 396
Target Start/End: Original strand, 15196616 - 15196669
Alignment:
Q  343 gacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15196616 gacaatctagtttgaagttactcggattttcaatgttttgtccctttttcattc 15196669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 351 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 11758035 - 11757993
Alignment:
Q  351 agtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttca 393  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  11758035 agtttgaagttactcggattttcaatgttttgtccctttttca 11757993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 156 - 184
Target Start/End: Original strand, 17140631 - 17140659
Alignment:
Q  156 acactttgaggtctttcagggttataacg 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17140631 acactttgaggtctttcagggttataacg 17140659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 2837822 - 2838202
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacac 116  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| | ||| | |||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||     
T  2837822 ctagtttgacttgttagcatccaccattacacaactccacgcaaaaatatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaagtctacatattaccatacat 2837921  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaata--cactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||    
T  2837922 ttgaaaaatttataaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgtccactttgagatctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatt 2838018  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaacataaa-ttgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgta 312  Q
    | | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2838019 ttgttaagtaggctacacaaaattttgagttatgcactcctacggaagttaaagcacaaaattcaatccatcattcacctttggaacaacacctcttgta 2838118  T
Q  313 agggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | ||| | ||| | ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  2838119 aaggtgccagagaatacttgtaactgttgggacaatcaagtttaaagttactcaaatttttaatgttttgtccctttttcattc 2838202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Original strand, 34134007 - 34134375
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  34134007 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacaaatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 34134105  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaat-gtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||    
T  34134106 tgaaaggtttctaaacgtcaatcaaaatcatttgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatt 34134202  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa--acataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || || || |||||| ||||||     | ||||||||||||||||    
T  34134203 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacgaaagtttaagcgcaaaatttcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattc 34134302  T
Q  308 ttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttt 380  Q
     || |||||||||||| |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  34134303 atgcaagggtactagagattatttataacaattaggacaatcaagcttgaagttactcggtttttcaatgttt 34134375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 22938187 - 22938513
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||  |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  22938187 ctagtttgacttgttagccaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggttcacacatagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 22938285  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  || |||||| ||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  22938286 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagagttatagcggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 22938382  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||  ||| ||||| |||||| ||||||     | |||||||||||||||| |    
T  22938383 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcatccctacggaagttaagcaca-aaattcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattcat 22938481  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattg 341  Q
    | ||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  22938482 gcaagggtactagagtttatttataacaattg 22938513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 26550676 - 26550320
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||||||| |    
T  26550676 ctagtttgacttgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaacaaattgaatagggttcactcatagtcgacatgcaaatctacatattaccatacgc 26550577  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||    
T  26550576 ttgaaaaatttctaaacgtcaataaaaatcaatatcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatt 26550480  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggc-actcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||  ||  ||| |||||  |||||| || ||| || ||||||  ||||    
T  26550479 tggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcaattcctacggaagttaaagaatggattcaatccctcattcaccccttgaaataacaat--ttgt 26550382  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    || ||||||||| |||| |||||||   ||  ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  26550381 aaaggtactagagattatttgtaacttgttaggacaatcgagtttaaagttactcaaatttt 26550320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Original strand, 28563454 - 28563810
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||||||| |    
T  28563454 ctagtttgacttgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaacaaaatcaatagggttcactcatagtcgacatgcaaatctacatattaccatacgc 28563553  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||    
T  28563554 ttgaaaaatttctaaacgtcaataaaaatcaatatcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatt 28563650  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggc-actcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||  ||  ||| ||||   |||||| || ||| || ||||||  ||||    
T  28563651 tggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcaattcctacggaagttaaagaatggattcaatcactcattcaccccttgaaataacaat--ttgt 28563748  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    || ||||||||| |||| |||||||   ||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  28563749 aaaggtactagagattatttgtaacttgttgggacaatcgagtttaaagttactcaaatttt 28563810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 72 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 19688569 - 19688270
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtc 168  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  19688569 agggttcacactcaatcgacgtgcaagtctacatattaccatacgcttgaaaaatttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 19688470  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| | ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||   || ||||| |    
T  19688469 tttaagggttataacggggcttaggtaaagg---tgggataatatttggataagtaagctacacaaaatttgagttaggcactcctatagaaattaaagc 19688373  T
Q  269 ataaattgaatccaacattcac-ctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    | | ||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||  ||||||  ||||||||  ||| |||||||  ||  ||||||| ||||| |||||||||||    
T  19688372 aaagattcaatcccacattcacaccttgaaacaacaat--ttgtaaaagtactagagcttatttgtaacttttaggacaatcgagtttaaagttactcag 19688275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 72 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 2455805 - 2455586
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtc 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||   || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  2455805 agggttcacacacagtcgacatgctggtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 2455706  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||   ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |    
T  2455705 tttaagggttataacggagcttaggtaaag---gtgtgatattatttggataaataggctacacaaaatttgagttaggcactcatacgaaaattaaagc 2455609  T
Q  269 ataaattgaatccaacattcacc 291  Q
    ||  ||| |||||  ||||||||    
T  2455608 atggattcaatccctcattcacc 2455586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 109 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30763756 - 30763599
Alignment:
Q  109 ccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtggg 206  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||   ||| |    
T  30763756 ccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatatcattacacactttgaggtctttcagggttataacggggtttaggtaaag---gtgag 30763660  T
Q  207 a-taatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||    
T  30763659 attaatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaaattaaa 30763599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 284 - 396
Target Start/End: Original strand, 21333763 - 21333876
Alignment:
Q  284 cattcaccttt-ggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttg 382  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||| || ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| |||    
T  21333763 cattcaccttttggaacaacaattcttgcaagggtactatagattatttataacaattaggacaatcgagtttaaagttactcggtttttcaatgtcttg 21333862  T
Q  383 tcccgttttcattc 396  Q
    |||| |||||||||    
T  21333863 tccctttttcattc 21333876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 372
Target Start/End: Original strand, 35382068 - 35382131
Alignment:
Q  309 tgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  35382068 tgtaaaggtactagagattatttgtaacaattgggacaatcgagtttgaaattactcaaatttt 35382131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 53 - 385
Target Start/End: Original strand, 22454482 - 22454815
Alignment:
Q  53 tccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgt 151  Q
    |||||| ||||| ||||  | ||||||||| || || |||||||  || |||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22454482 tccacacaacaatatgatcaaggttcacactcaatcaacatgcaggtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatgt 22454581  T
Q  152 caat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggc 248  Q
    ||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22454582 caatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatacttggataaataggctacacaaaattttgagttaggc 22454678  T
Q  249 actcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaat 348  Q
    | |||||   |||||||| || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||    
T  22454679 attcctatcgaagttaaagcacaaattcattccatcattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagagattatttgaaacaattgggacaat 22454778  T
Q  349 caagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcc 385  Q
    | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22454779 cgaatttgaagttactcggattttcaatgttttgtcc 22454815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 21019498 - 21019878
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  21019498 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaatatgaa-agggtttacgcacaatcgacatgcaatctacatattaccatatgct 21019596  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaa--tacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||||||    
T  21019597 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgtacactttgaggtctttaatggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatattt 21019693  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||  ||| ||| | |||||| ||||||     | ||||||||||||||| ||    
T  21019694 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcttacggaagttaagcaca-aaactcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattatt 21019792  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21019793 gcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagttttaagttactcggtttttcaatgtcttgtccc-ttttcattc 21019878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 45940489 - 45940108
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  | ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||    
T  45940489 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatatgaa-agggttcgcacacagtcgacatgtaatctacatattaccataagct 45940391  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||    
T  45940390 tgaaaagtttttaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatattt 45940294  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||| | |||||| ||||||     | ||||||||||||||||||    
T  45940293 gaataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacgaaagttaagcaca-aaactcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattctt 45940195  T
Q  310 gtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||  | ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||||||    
T  45940194 gcaagggtactagagattatttataacaaccgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcctgtccctttttcattc 45940108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 49718694 - 49718338
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgc-aatccacattttaccatacac 116  Q
    ||||||||||||||  |||||  ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| |    
T  49718694 ctagtttgacttgtacgcatccaccaattcacaactccacgcaacaaaatgaatagggttcacacacaatcgacatgcaaatctacatattaccatacgc 49718595  T
Q  117 ttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||||    
T  49718594 ttgaaaaatttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggataatatt 49718498  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaatttt-agttaggcactcctacgaaagttaaaaca-taaattgaatccaacattca-cctttggaacaacaattcttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||||  |||||| || ||| |||||||||  ||||    
T  49718497 tggataagtaggctacacaaaattttgagttaggcactcctacggaagttaaagcacaaaattcaatccctcattcaccccttgaaacaacaat--ttgt 49718400  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaac-aattgagacaatcaagtttgaagttactcagatttt 372  Q
    || ||||||||| | || |||||||   ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  49718399 aaaggtactagagaatatttgtaacttgttgggacaatcgagtttaaagttactaagatttt 49718338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 95 - 396
Target Start/End: Original strand, 13640218 - 13640522
Alignment:
Q  95 caatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttag 192  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  13640218 caatctacatattaccataagcttaaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttttagggttataacagagcttat 13640317  T
Q  193 atgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattca--- 289  Q
     ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||     ||||| |||  | ||||||       
T  13640318 gtgaagg---tgggataatatttggataagtaggctacataaaatttgagttaggcattcctacggaagttaagcgcaaaattcaatatatcattcatca 13640414  T
Q  290 -cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgt 388  Q
     | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |    
T  13640415 ccttttggaacaacaattcttgcaagggtactagagattatttataataattgggacaatcgagtttgaagttactcggtttttcaatgtcttgtccctt 13640514  T
Q  389 tttcattc 396  Q
    ||||||||    
T  13640515 tttcattc 13640522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 3)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 28139 - 27771
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  28139 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacaaatgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 28041  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaat-gtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatt 214  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||    
T  28040 tgaaaggtttctaaacgtcaatcaaaatcatttgtcaatgcacactttgaggtctttaagggttataacggggcttaggtgaagg---tgggataatatt 27944  T
Q  215 tggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa--acataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || || || |||||| ||||||     | ||||||||||||||||    
T  27943 tggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacgaaagtttaagcgcaaaatttcaatccatcattcattcaccttttggaacaacaattc 27844  T
Q  308 ttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttt 380  Q
     || |||||||||||| |||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  27843 atgcaagggtactagagattatttataacaattaggacaatcaagcttgaagttactcggtttttcaatgttt 27771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 211 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 23741 - 23558
Alignment:
Q  211 tatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacataaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttg 310  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||  | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  23741 tatttggataagtaggctaca-aaaatttgagttagacactcctacgaaagttaaagcagaatatcaatccatcattcacctttggaaaaacaattcttg 23643  T
Q  311 taagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
     |||| ||||||| |||   | ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  23642 caaggatactagagatt-tatctaacaattgggacaatagagtatgaagttactcgggtttttaatgtcttgtccctttttcattc 23558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 23903 - 23739
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||  ||  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  23903 ctagtttgacttgttagcaaccaccaattcacaactccacgcaaacatttgaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagct 23805  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaa-tgtcaat--acactttgaggtctttcagggttat 180  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||||    
T  23804 tgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaattgtcaatgcacactttgaggtcttgaagggttat 23739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0126 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0126
Description:

Target: scaffold0126; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 706 - 1087
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||| ||||||||| ||    
T  706 ctagcttgacttgtttgcatctaccaatacacaactccacacaacaaaatgaatagggttcaca--cagtcgacatgcaatttacatattaccatacgct 803  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatattt 215  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||   |||  |||||||||    
T  804 tgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagggttataacggggcttaggtgaag---gtgcaataatattt 900  T
Q  216 ggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataaattgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||  |||| |||| |||||| ||||||     | |||||| |||||||||||    
T  901 ggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggtagtaaagcacat-aattcaatccatcattcattcaccttttggaccaacaattctt 999  T
Q  310 gtaagggtactagata-ttacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    | |||||||||||| | ||  || ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1000 gcaagggtactagagatttttttataagaattgggacaatcgagtttgaagttactcggcttttcaatgtcttgtccctttttcattc 1087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0270 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0270
Description:

Target: scaffold0270; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 76 - 396
Target Start/End: Original strand, 1253 - 1577
Alignment:
Q  76 ttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtctttca 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |    
T  1253 ttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacatcaatcaaaatcaatgtcaatgcacacattgaggtcttaaa 1352  T
Q  174 gggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaa-aacataa 272  Q
     |||||||| || |||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||  ||| ||    
T  1353 aggttataaaggggcttaggtgaag---gtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattcgagttaggcattcctacggaagttaagcaca-aa 1448  T
Q  273 attgaatccaacattca-----cctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    ||| ||| || ||||||     | |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  1449 attcaattcatcattcattcaccttttggaacaacaatccttgcaagggtactagagattatttataacaattgggacaatcgagtttgaagttactcgg 1548  T
Q  368 attttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
     |||||||||| |||| || |||||||||    
T  1549 tttttcaatgtcttgttcctttttcattc 1577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0321 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0321
Description:

Target: scaffold0321; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 74 - 396
Target Start/End: Original strand, 4035 - 4362
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtcttt 171  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4035 ggttcaaacacagtcgacatgcaatctacatattaccataagcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtcttt 4134  T
Q  172 cagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacat- 270  Q
     ||||||||||||| |||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||     
T  4135 aagggttataacggggcttaggtgaag---gtgggatattatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcattcctacggaagtt-aagcata 4230  T
Q  271 aaattgaatcca-----acattcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttact 364  Q
    ||||| ||||||      |||||||| |||||||||| |||||| | |  ||||||||| |||| || ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  4231 aaattcaatccattcattcattcaccttttggaacaaaaattctcgcagaggtactagagattatttataacagttgggacaatcgagtttgaagttact 4330  T
Q  365 cagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |   |||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  4331 cgattttttaatgtcttgtccctttttcattc 4362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 12499 - 12173
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  12499 agggttcacacacagtcgacatacaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtct 12400  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaaca 269  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | ||||     ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  12399 ttcaaggttataacggggcttaggttaagg----tggagaatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacagaagttaaaaca 12304  T
Q  270 taaattgaatcca----acattcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaa-ttgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
     || ||||| |||     |||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||| || | |  |||||| ||| ||||||| |||||  || |||    
T  12303 caatttgaacccattattcattcaccttttggaac-acaattcttgcaaaggtactagagatcattcttaacaatttgggacaatcgagttt-tagatac 12206  T
Q  364 tcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  12205 tcagattttcaatgttatgtccctttttcattc 12173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 26515 - 26189
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaat--acactttgaggtct 169  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  26515 agggttcacacacagtcgacatacaatctacatattaccatacgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcaatgcacactttgaggtct 26416  T
Q  170 ttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaaca 269  Q
    || | ||||||||||| |||||| | ||||     ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26415 tttatggttataacggggcttaggttaagg----tggagaatatttgaataagtaggctacacaaaatttgagttaggcactcctacagaagttaaaaca 26320  T
Q  270 taaattgaatcca----acattcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaa-ttgagacaatcaagtttgaagttac 363  Q
     || ||||| |||     |||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||| || | |  |||||| ||| ||||||| |||||  || |||    
T  26319 caatttgaacccattattcattcaccttttggaac-acaattcttgcaaaggtactagagatcattcttaacaatttgggacaatcgagttt-tagatac 26222  T
Q  364 tcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  26221 tcggattttcaatgttatgtccctttttcattc 26189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 74 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 28392 - 28073
Alignment:
Q  74 ggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaat-gtcaat--acactttgaggtctt 170  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  28392 ggttcacacacaatcgacatgcaatctagatattaccataagcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaattgtcaatgcacactttgaggtctt 28293  T
Q  171 tcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaacat 270  Q
    | ||||||||||||| ||| || ||||||   || ||||   ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  28292 taagggttataacggggctaaggtgaagg---tgagata---tttggataagtaggctacaaaaaatttgagttaggcactcctacgaaagttaaagcac 28199  T
Q  271 aaattgaatccaacattcacctttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagatt 370  Q
    ||  | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||   | ||||||||| || |||  ||| ||||||||||| | ||    
T  28198 aatctcaatccatcattcacctttggaaaaacaattcttgcaaggatactagagattttatctaacaattgggataatagagtatgaagttactcgggtt 28099  T
Q  371 ttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    || ||||| ||||||| |||||||||    
T  28098 tttaatgtcttgtccctttttcattc 28073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0037 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0037
Description:

Target: scaffold0037; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 96060 - 96425
Alignment:
Q  18 ctagtttgacttgttagcatctgccaattcacgaatccacagaacaaaatgaatagggttcacacacagtcgacatgcaatccacattttaccatacact 117  Q
    |||||||||||| |||||| |  ||||||||| | |||||  ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  96060 ctagtttgacttattagcaaccaccaattcacaactccacgcaacaataagaa-agggttcacacacagtcgacatgcaatctacatattaccatacgct 96158  T
Q  118 tgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttgg 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||                |||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  96159 tgaaaagtttctaaacgtcaat--------------gcacacattgaggtcttaaagggttataacgggacttaggtgaag---gtgggataatatttgg 96241  T
Q  218 ataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa-acataaattga----atccaacattcacc-tttggaacaacaattcttgt 311  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||| |||||||| ||| || || |    ||||  |||||||| |||||||||||||||||||     
T  96242 ataagtaggctacacaacaattgagttaggcattcctacggaagttaaacacaaaatttcaattcatccttcattcaccttttggaacaacaattcttgc 96341  T
Q  312 aagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcagattttcaatgttttgtcccgttttcattc 396  Q
    |||||||||||| |||  ||  |||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  96342 aagggtactagagatttatt-caacaattgggacaatcgagttttaaattactcggattttcaatgttttgtccctttttcattc 96425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 72 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 9526 - 9307
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtc 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||   || |||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  9526 agggttcacacacagtcgacatgctggtctacatattaccatgcgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacactttgaggtc 9427  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| |||||||||| || |||||| | ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  9426 tttaagggttataatggggcttaggtaaagg---tgggatattatttggataagtaggctacacaaaatttgagttaggcacgcctacgaaaattaaagc 9330  T
Q  269 ataaattgaatccaacattcacc 291  Q
    ||  ||| |||||  ||||||||    
T  9329 atggattcaatccctcattcacc 9307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 72 - 372
Target Start/End: Original strand, 99373 - 99670
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtca--atacactttgaggtc 168  Q
    ||||||||||| || || || ||||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||  | |||||||||||||    
T  99373 agggttcacactcaatcaacgtgcaaatctacatattaccatacacttgaaaagtttgtaaacgttaatcaaaattaatgtcattacacactttgaggtc 99472  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaaac 268  Q
    ||| ||||||||||| | |||||| | |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  || |||||||    
T  99473 tttaagggttataacag-gcttaggtaaag---gtgggataatatttggataagtaggctacacaaaatttgagttagacactcctacagaaattaaaac 99568  T
Q  269 ataaattgaatccaacattcacc-tttggaacaacaattcttgtaagggtactagatattacttgtaacaattgagacaatcaagtttgaagttactcag 367  Q
    ||  ||| |||||  |||||||| |||| ||||||||   | |||  ||||||||| |  | |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  99569 atggatttaatccctcattcaccttttgaaacaacaa---tggtacaggtactagagaacatttgtaactgttgggacaatcgagtttgaatttactcag 99665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 226281 - 226087
Alignment:
Q  72 agggttcacacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacac--tttgaggtc 168  Q
    |||||||||||||||||||||||    || |||| |||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  226281 agggttcacacacagtcgacatgttggtctacatattacaatatgcttgaaaagtttctaaacgtcaatcaaaatcaatgtcattacacattttgaggtc 226182  T
Q  169 tttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    ||| ||||||||||||| | |||| | |||   ||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  226181 tttaagggttataacggggtttaggtaaag---gtatgatattatttggataagtagactacacaaaatttgagttaggcactcctaggaaaattaaa 226087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 80 - 256
Target Start/End: Original strand, 49513 - 49689
Alignment:
Q  80 cacacagtcgacatgcaa-tccacattttaccatacacttgaaaagtttctaaatgtcaatcaaaatcaatgtcaatacactttg---aggtctttcagg 175  Q
    |||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||||  |||| ||    |||||||| |||    
T  49513 cacacagtcgacgtgcaagtctacatattaccatacgcttgaaaagtttctagacgtcaatcaaagtacatgtcatcacacattttaaaggtcttt-agg 49611  T
Q  176 gttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttagttaggcactcctac 256  Q
    |||||||||||| |||| | ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  49612 gttataacggagtttaggtaaagg---tgggataatatttggataagtaagctacacaaaatttgagttaggcattcctac 49689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1785 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1785
Description:

Target: scaffold1785; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 587 - 468
Alignment:
Q  145 tcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttag 242  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||| | | || ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  587 tcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagg-ttataacggggatcaggtgaagg---tggaataatatttggataagtaggctacacaacatttgag 492  T
Q  243 ttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||    
T  491 ttaggcatttctacggaagttaaa 468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 63197 - 63078
Alignment:
Q  145 tcaatgtcaat--acactttgaggtctttcagggttataacggagcttagatgaaggccgtgggataatatttggataagtaggctacacaaaattttag 242  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||| | | || ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  63197 tcaatgtcaatgcacactttgaggtcttaaagg-ttataacggggatcaggtgaagg---tggaataatatttggataagtaggctacacaacatttgag 63102  T
Q  243 ttaggcactcctacgaaagttaaa 266  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||    
T  63101 ttaggcatttctacggaagttaaa 63078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University