View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17427_low_22 (Length: 250)

Name: NF17427_low_22
Description: NF17427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17427_low_22
NF17427_low_22
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-235)||(32206851-32207085)
chr2 (1-236)||(32110375-32110610)
chr2 (1-236)||(32174335-32174570)
chr2 (1-236)||(32211925-32212160)
chr2 (1-224)||(32182421-32182644)
chr2 (1-236)||(32156559-32156794)
chr2 (1-236)||(32118639-32118874)
chr2 (1-224)||(32157669-32157892)
chr2 (1-154)||(32152486-32152639)
chr2 (1-126)||(2821156-2821281)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 32207085 - 32206851
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32207085 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttcaaagcagaaaagttgca 32206986  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32206985 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcttgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 32206886  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32206885 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaa 32206851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32110375 - 32110610
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32110375 cttgaacttctcctaaaagaacttcaatcttttcaaagagttcatgttcagtaatacaaaggtagttaacaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgca 32110474  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32110475 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttagcagagcaggatcaagtctgtctttgtgatttgttgtgaaaacaattatgtgttcttct 32110574  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32110575 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 32110610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32174335 - 32174570
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32174335 cttgaacttctcctagaagcacttcaatcttatcaaagagttcatgttgagtaacgcagaggtagttgacaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgca 32174434  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174435 atatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 32174534  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32174535 ccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaat 32174570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 32212160 - 32211925
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32212160 cttgaacttctcctagaagcagttcaatcttttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaataaccaattgcttaaaagcagaaaagttgca 32212061  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  32212060 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctttctttgtgatttgttgtgacaacaattatgtgttcttct 32211961  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 236  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32211960 ccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaat 32211925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 32182421 - 32182644
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  32182421 cttgaacttctcctagaagcacttcaatcttttcaaagagttcatgttcagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttaaaaccagaaaagttgca 32182520  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  32182521 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttagcagagcaggatcaagcctttctttgtgatttgttgtgaaaacaattatgtgttcctct 32182620  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatct 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  32182621 ccacaacatgaccaaagaccatct 32182644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32156559 - 32156794
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  32156559 cttgaacttctcctagaagcacttcaatcttatcaaagagttcatgttcagtaatgcaaaggtagttaataatcaatttcttaaaagcagaaaagttgca 32156658  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32156659 atatgacaagtgaatctgcttgtctattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctttctttgtgatttgttgtgaaaacaattatgtgttcttct 32156758  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32156759 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 32156794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32118639 - 32118874
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  32118639 cttgaacttgtcctagaagctgttcaatcttttcaaagagttcatgttcagtaatgcagaggtagttaataaccaatttcttaaaagcagaaaagttgca 32118738  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32118739 atatgacaagtgaatgtgcttgtccattctaccaggtcttaatagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 32118838  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaat 236  Q
    || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  32118839 ccgcagcatgaccaaagaccatcaacagcattcaat 32118874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 32157669 - 32157892
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  32157669 cttgaacttctcctagaagcacttcaatcttttcaaagagttcatgttcagtaatgcaaaggtagttagtaaccaatttcttaaaagcagaaaagttgca 32157768  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32157769 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctgtctttgtgatttgttgtgaaaacaattatgtgttcttct 32157868  T
Q  201 ccacagcatgaccaaagaccatct 224  Q
    |||||||| ||||| |||||||||    
T  32157869 ccacagcacgaccagagaccatct 32157892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 32152486 - 32152639
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32152486 cttgaacttctcctaaaagaacttcaatcttttcaaagagttcatgttcagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgca 32152585  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatc 154  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||    
T  32152586 atatgacaaatgaatttgcttgtccattttaccaggccttaacagagcatgatc 32152639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 2821281 - 2821156
Alignment:
Q  1 cttgaacttctcctagaagcacttcaatctcttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaacaaccaattgcttgaaagcagaaaagttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2821281 cttgaacttctcctagaagaacttcaatcttttcaaagagttcatgttgagtaatgcaaaggtagttaataaccaattgcttaaaagcagaaaagttgca 2821182  T
Q  101 atatgacaagtgaatttgcttgtcca 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  2821181 atatgacaagtgaatttgcttgtcca 2821156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University