View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17434_low_67 (Length: 224)

Name: NF17434_low_67
Description: NF17434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17434_low_67
NF17434_low_67
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (17-224)||(24693253-24693460)
chr3 (17-224)||(24641884-24642091)
chr3 (27-222)||(24733205-24733406)
chr3 (17-104)||(24694459-24694546)
chr3 (23-222)||(24648653-24648853)
chr3 (151-224)||(24720799-24720872)
chr3 (82-224)||(24656420-24656562)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24693460 - 24693253
Alignment:
Q  17 aattacaaagcttattttattcttatgggtttgttggtgactttagcttcaactaagtatgaagctttaaacactaacccatttcaaccactatctccaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24693460 aattacaaagcttattttattttgatgggtttgttggtgaatttagcttcaactaagtatgaagctttaaacactaacccatttaaaccactatctccaa 24693361  T
Q  117 ctatgttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24693360 ctatgttgctgtttttgacatctctatgttgtcacgcagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgt 24693261  T
Q  217 tgttggat 224  Q
    ||||||||    
T  24693260 tgttggat 24693253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24642091 - 24641884
Alignment:
Q  17 aattacaaagcttattttattcttatgggtttgttggtgactttagcttcaactaagtatgaagctttaaacactaacccatttcaaccactatctccaa 116  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  24642091 aattacaaagcttacttttttctgatgggtttgttggtgactttagcttcaactaagtatgaagctttaaacaccaacccgtttcaaccactatccccaa 24641992  T
Q  117 ctatgttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgt 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641991 caatgttgctgtttttgacatctctatgttgtcacgcagtttcatccacagctgatatgagcttgtcagctactatatatatctttcacttttctggtgt 24641892  T
Q  217 tgttggat 224  Q
    ||||||||    
T  24641891 tgttggat 24641884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 27 - 222
Target Start/End: Original strand, 24733205 - 24733406
Alignment:
Q  27 cttattttattcttatgggtttgttggtgactttagcttcaactaagtatgaagctttaaacacta------acccatttcaaccactatctccaactat 120  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||      ||||||||||||||  ||| |||||| |    
T  24733205 cttattttattctaatgggcatgttggtggctttagctgcaacgaagtatgaagctttaaaaactagtactaacccatttcaaccatcatccccaacttt 24733304  T
Q  121 gttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgttgtt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24733305 gttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacatttctggtgttgtt 24733404  T
Q  221 gg 222  Q
    ||    
T  24733405 gg 24733406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 24694546 - 24694459
Alignment:
Q  17 aattacaaagcttattttattcttatgggtttgttggtgactttagcttcaactaagtatgaagctttaaacactaacccatttcaac 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24694546 aattacaaagcttattttattctgatgggtttgttggtgtctttagcttcaactaagtatgaagctttaaacactaacccgtttcaac 24694459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24648853 - 24648653
Alignment:
Q  23 aaagcttattttattcttatgggtttgttggtgactttagcttcaact-aagtatgaagctttaaacactaacccatttcaaccactatctccaactatg 121  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||   || ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| | |   ||| |||    
T  24648853 aaagtttattttattctgatgggtttgttggtgcctttagctgcaatggaaatatcaaggtttaaacactaacccattccaaccaccacccataacaatg 24648754  T
Q  122 ttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgttgttg 221  Q
     | ||||||||||||||||||| | ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||  | || ||||||||||    
T  24648753 ctactgtttttgacatctctatttagtcatgcagttgcattcacagctgacatgagcttcccaactactatatatatctttcatatctccggtgttgttg 24648654  T
Q  222 g 222  Q
    |    
T  24648653 g 24648653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 151 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24720872 - 24720799
Alignment:
Q  151 cacagtttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacttttctggtgttgttggat 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24720872 cacattttcatccacagctgatatgagcttgccagctactatatatatctttcacatttctggtgttgttggat 24720799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24656562 - 24656420
Alignment:
Q  82 tttaaacactaacccatttcaaccactatctccaactatgttgctgtttttgacatctctatgttgtcacacagtttcatccacagctgatatgagcttg 181  Q
    ||||||||| ||||| || |||| | |||| |||  ||||||||||||||||||  ||  || ||||||  ||||| || |||  ||||| ||||||||     
T  24656562 tttaaacaccaaccccttccaacaattatccccacttatgttgctgtttttgactgctagattttgtcatgcagttgcaaccatggctgacatgagcttc 24656463  T
Q  182 ccagctactatatatatctttcacttttctggtgttgttggat 224  Q
    | | ||||||| |  || |||||||||||||||||| ||||||    
T  24656462 ctaactactatgttcatatttcacttttctggtgttattggat 24656420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University