View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1743_low_1 (Length: 695)

Name: NF1743_low_1
Description: NF1743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1743_low_1
NF1743_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-680)||(33780497-33781157)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 33781157 - 33780497
Alignment:
Q  20 ggtgtgtagatattcttccaggatggagggagacaatggaaaagtttcacagagaagcattgtaagtacaagtgatgatatgtttctgtaataagattat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33781157 ggtgtgtagatattcttccaggatggagggagacaatggaaaagtttcacagagaagcattgtaagtacaagtgatgatatgtttctgtaataagattat 33781058  T
Q  120 aagatgcagtatgtagcacggcactttaaattaaaggcgtctctggtatccacatgtgttggtgtcagacacgacaatgacacgtgtgatgatatattat 219  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33781057 aagatgcagtatgtagcacagcactttaaattaaaggcgtctctggtatccacatgtgttggtgtcagacacgacaatgacacgtgtgatgatatattat 33780958  T
Q  220 tattccatttttgcaaattattggggctgtctacgtgtcaatgttgtgacctacgtcttgtgtcggtgcttcataggatggaacatgcaacttggttact 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33780957 tattccatttttgcaaattattggggctgtctacgtgtcaatgttgtgacctacgtcttgtgtcggtgcttcataggatggaacatgcaactttgttact 33780858  T
Q  320 gtttcaatcatttgtgtttcaaattggaagtgtgttaccaacttattgatctttataggaaaacctgattgtcttacataaaccatgtgcttggtttcaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33780857 gtttcaatcatttgtgtttcaaattggaagtgtgttaccaacttattgatctttataggaaaacctgattgtcttacataaaccatgtgcttggtttcaa 33780758  T
Q  420 catagaatgatttcatttgagtccttgtcatgtgaccattgtgcttcatattactattagggtttgaaaacggtcgacgaccacacttgtcaatataatt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33780757 catagaatgatttcatttgagtccttgtcatgtgaccattgtgcttcatattactattagggtttgaaaacggtcgacgaccacacttgtcaatataatt 33780658  T
Q  520 gttagggtttttaaaacggtcgaagaccaaacttgtggccgtgacgtcgatggtttgtatgtttctgcaactgcattggaatcacaatagcagccacatc 619  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33780657 gttagggtttttaaaacggttgaagaccaaacttgtggccgtgacgtcgatggtttgtatgtttctgcaactgcattggaatcacaatagcagccacatc 33780558  T
Q  620 aacctaatttgatcccaatttttcttataccaatcaagcatagtgacgtggctgcaacaac 680  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33780557 aacctgatttgatcccaatttttcttataccaatcaagcatagtgacgtggctgcaacaac 33780497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University