View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17440_low_1 (Length: 944)

Name: NF17440_low_1
Description: NF17440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17440_low_1
NF17440_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (86-928)||(36398012-36398824)
chr7 (15-89)||(36397895-36397969)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 928
Target Start/End: Original strand, 36398012 - 36398824
Alignment:
Q  86 ttgaatatataggcatcattgcatcaagtaaacaagctacctgaactgagcatgaaggtcttaattctccaggtgaagtggaacattaacgtattaatca 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36398012 ttgaatatataggcatcattgcatcaagtaaacaagctacctgaactgagcatgaaggtcttaattctccaggtgaagtggaacattaacgtattaatca 36398111  T
Q  186 gctagctgcttaaagaagcaaataacataaaacaaaccaaagctgcttttaaattctatgtgacaattttgttaggcttttgattttgttcattaactag 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36398112 gctagctgcttaaagaagcaaataacataaaacaaaccaaagctgcttttacattctatgtgacaattttgttaggcttttgattttgttcattaactag 36398211  T
Q  286 atttcatgttcttaattatgcagtatttctgcaagtggattgcttttccctaacagttttgctttcaaggatttggagtttctgtctatcaagatattct 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  36398212 atttcatgttcttaattatgcagtatatctgcaagtggattgcttttccctaacagttttgctttcaaggatttggagtttctgtctatcaagat----- 36398306  T
Q  386 aagtactaattctaagttctaacaaaagagtagaatgtgaaaatttcaaaccggaagctaccccatttaacacccaggagcgtcaattctatgaagcgct 485  Q
            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36398307 --------attctaagttctaac-aaagagtagaatgtgaaaatttcgaaccggaagctaccccatttaacacccaggagcgtcaattcaatgaagcgct 36398397  T
Q  486 cgggtatattcattttacatgatacactcacgtctagaccgataataaatttagaaaatgacaaatcattctaattacttgtgtcgctatgttgacggta 585  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||            
T  36398398 cgggtatattcattgtacatgatacactcacgtctagaccgataataaatttagaaaatgataaatcattctaattacttgtgtcgctacgt-------- 36398489  T
Q  586 tcgctatgatgacggtgtctgaatctgacacatatcagatatctgacacatcttcaatcagaagtgtcggtgctacaaacaacgtcattataacttctta 685  Q
             | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36398490 ---------taacggtgtctgaatctgacacatatcaaatatctgacacatcttcaatcagaagtgtcggtgctacaaacaacgtcattataacttctta 36398580  T
Q  686 tttagaacctgctttttaattatttttatacattcaacacacacatatacatatata--taatgacaccatctcatctcatacatttagagactataaag 783  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  | |||  || | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36398581 tttagaacctactttttaattattttaataatttttatacattca-acacatatatatgtaatgacaccatctcatctcatacatttagagactataaag 36398679  T
Q  784 taactgtttactctcaaaagttaaatgcggcccctgagagtgatgagttaaacaagaatattatagccttgtcttggatgaaattagatacaatattatt 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36398680 taactgtttactctcaaaagttaaatgcggctcctgagagtgatgagttaaacaagaatattatagcattgtcttggatgaaattagatacaatattatt 36398779  T
Q  884 gatttagtacactgcttgacagaaatatgttgttggacaacttga 928  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36398780 gatttagtacactgcttgacataaatatgttgttggacaacttga 36398824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Original strand, 36397895 - 36397969
Alignment:
Q  15 ttatactgatccaaaacttgagattaattgaataaaaaagaagaatagcaatatgcttaatttgcaattcattga 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36397895 ttatactgatccaaaacttgagattaattgactaaaaaagaagaatagcaatatgcttaatttgcaattcattga 36397969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University