View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17449_low_1 (Length: 663)

Name: NF17449_low_1
Description: NF17449
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17449_low_1
NF17449_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-649)||(54472579-54473227)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 649
Target Start/End: Original strand, 54472579 - 54473227
Alignment:
Q  1 atttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54472579 atttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtggg 54472678  T
Q  101 agagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54472679 agagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcc 54472778  T
Q  201 tgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctaatcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472779 tgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctattcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttacc 54472878  T
Q  301 aaacatatgtgttctctgcttatggaatttcttgcttctactctaccgatatatagtgtacagaaaatgactagtattataaacatgcaggtgcaaatca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472879 aaacatatgtgttctctgcttatggaatttcttgcttctactctaccgatatatagtgtacagaaaatgactagtattataaacatgcaggtgcaaatca 54472978  T
Q  401 gtatatgtacaacaatggtgagcatgtgcttaatattcctccaccagctcaaggtggtggttggactccaacacctccaaaaaagacacctccaaaaatg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54472979 gtatatgtacaacaatggtgagcatgtgcttaatattcctccaccagctcaaggtggtggttggactccaacacctccaaaaaaaacacctccaaaaatg 54473078  T
Q  501 acaccttcaaaaaagacacctccgcaccaggttagtagcagtgagttgaccaactccagttactctggcccagtagatcctgtattgccaccaccacacc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473079 acaccttcaaaaaagacacctccgcaccaggttagtagcagtgagttgaccaactccagttactctggcccagtagatcctgtattgccaccaccacacc 54473178  T
Q  601 caacggttgcacttgggttcaaccagagctcattcagttatgaagagtt 649  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473179 caacggttgcacttgggttcaaccagagctcattcagttatgaagagtt 54473227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University