View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1745-Insertion-2 (Length: 828)

Name: NF1745-Insertion-2
Description: NF1745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1745-Insertion-2
NF1745-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-828)||(40824981-40825801)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 40825801 - 40824981
Alignment:
Q  7 agataggagtaattagtttccataaacagagaaacaaatnnnnnnnnngtgttatgagaggattcttagagtaaatgacaaacgtagaaatataaatgga 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825801 agataggagtaattagtttccataaacagagaaacaaataaaaaaaat-tgttatgagaggattcttagagtaaatgacaaacgtagaaatataaatgga 40825703  T
Q  107 cggtcatattctataaacatttagtgattgaaggaaacaaagctaaggggaaggaataatggatttttgttttaaaatgaaatgagaaagaaagtgaact 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825702 cggtcatattctataaacatttagtgattgaaggaaacaaagctaaggggaaggaataatggatttttgttttaaaatgaaatgagaaagaaagtgaact 40825603  T
Q  207 ctagcatatattggttaatttgtttcatttccaaccaccattgctttannnnnnnnnnnnnnaatgccaatgttgatagaaacatgtgaaagnnnnnnnn 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||            
T  40825602 ctagcatatattggttaatttgtttcatttccaaccaccattgctttattttttatttttttaatgccaatgttgatagaaacatgtgaaagaaaaaaa- 40825504  T
Q  307 tcctctcacataccaatatattggttaaagtgttatgagaggaatattcatagaataaatgacataaatataagtgtacttgaaaatcaggtagtgaggt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40825503 tcctctcacataccaatatattggttaaagtgttatgagaggaatattcatagaataaatgacataaatataagtgtacttgaaaatcaggtagtgaagt 40825404  T
Q  407 cctccctgtaagtgaacaccacacagtggtttatgccaatgttgatagaaacatatgaaaagtttacaaatctcaaggttaacatggtccattattttcg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825403 cctccctgtaagtgaacaccacacagtggtttatgccaatgttgatagaaacatatgaaaagtttacaaatctcaaggttaacatggtccattattttcg 40825304  T
Q  507 taacattaagtatttttatattcatcaatccttatagtataaaaagacattatgaaaattaaggtgacaattgatttgttgtttgttagatcata-gggg 605  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  40825303 taacattaagtatttttatgttcatcaatccttatagtataaaaagacattatgaaaattaaggtgacaattgatttgttg-ttgttagatcataggggg 40825205  T
Q  606 cctgtaaatcatcaacatttgatcaaaagtaaacacacaagtaattttgacgctacattttaacaaaattccttaagtcattagaattatactaagtttt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825204 cctgtaaatcatcaacatttgatcaaaagtaa--acacaagtaattttgacgctatattttaacaaaattccttaagtcattagaattatactaagtttt 40825107  T
Q  706 atggcttataaagtatttaaacctccacttttctaaacaatataat---taagttagaacatagaaactgacgtggttttcgttaaatacttttgtagtt 802  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  40825106 atcgcttataaagtatttaaacctccacttttctaaacaatataattaataagttagaacatagaaactgacgtgattttcgttaaatacttttgtagct 40825007  T
Q  803 agtaattagttggttagtatattata 828  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  40825006 agtaattagttggttagtatattata 40824981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University