View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1745-Insertion-3 (Length: 604)

Name: NF1745-Insertion-3
Description: NF1745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1745-Insertion-3
NF1745-Insertion-3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (8-604)||(4313930-4314526)
chr2 (15-594)||(4253967-4254546)
chr2 (15-430)||(4246848-4247263)
chr2 (15-267)||(4305405-4305657)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-600)||(41933410-41933995)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-567)||(34802043-34802595)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (65-425)||(6059532-6059901)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 4314526 - 4313930
Alignment:
Q  8 tggaagtcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattaccttta 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4314526 tggaaatcatgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatcttcaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattgccttta 4314427  T
Q  108 gcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4314426 gcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaatatca 4314327  T
Q  208 ttccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaaga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4314326 ttccagcactccgaattagttatcattatctctctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattacacatttcgtaaaga 4314227  T
Q  308 caatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314226 caatttgatcttgttatggatggccgaagatcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtt 4314127  T
Q  408 tcaaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctatt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314126 tcaaggtcattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagttttgttatgcatgacctggtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctatt 4314027  T
Q  508 acagagtagaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatga 604  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4314026 acagagtagaagaactcggaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaactatga 4313930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 594
Target Start/End: Original strand, 4253967 - 4254546
Alignment:
Q  15 catgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcac 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4253967 catgcatgcctttctccagaagaaaccactgagaacatggatctccaaaaaattggcaaagagattgttagaaaatgtaagggattgcctttagcagcac 4254066  T
Q  115 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 214  Q
    | ||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4254067 agtcatttgggggcttgttgcgacgtaaatgtgacataagggactggaataatatactcaatagtaacatctgggaaaatgagagtaagatcattccagc 4254166  T
Q  215 actccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttg 314  Q
    |||   |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  || |||  |||||    
T  4254167 actaaaaattagataccattatctccctccctgtttgaaacgttgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattacgaatttgatagagatgatttg 4254266  T
Q  315 atcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggt 414  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||   || | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||| || |    
T  4254267 atcttgttgtggatagctgaagatcttttaagaccttcaaaaaatgggaatactttagaagaagttggttatgggtattttaatgacttagcttctagat 4254366  T
Q  415 cattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctattacagagt 514  Q
    ||||||||||| |||| || | ||||||| ||||       |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||| ||||      
T  4254367 cattttttcaacgttccgggaatgagaaccagagttttgtgatgcatgatctggtgcatgatttagcaacatttcttgatggagaattctatttcagaac 4254466  T
Q  515 agaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgg 594  Q
    | |||| ||  | || ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||    ||||| ||||||||||||||    
T  4254467 ataagagcttgggaaagaaactaagattggtactaacactcgtcatttatcatttagtgagttcagtgatccaatcttgg 4254546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 430
Target Start/End: Original strand, 4246848 - 4247263
Alignment:
Q  15 catgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcac 114  Q
    |||||||||||||| ||  || ||| ||| ||||| | ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||     
T  4246848 catgcatgcctttcacccgaacaatccaccgagaagacggatctccaaaaaactggtagagagattgttagaaaatgtaagggattgccattagcagcaa 4246947  T
Q  115 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 214  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  4246948 aatcacttggaggccttttgcgaagtacacatgacatcagtgattggaataatctactacatagtaacatttgggaaactcagagtaagatcattccagc 4247047  T
Q  215 actccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttg 314  Q
    | |  |||||||||||||  |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| ||  ||||   | |||  |  ||    
T  4247048 attgagaattagttatcaacatctacccccttatttgaaacgctgctttgtttactgttcattgtttcctaaggatcatgaattttacagagaggaactg 4247147  T
Q  315 atcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggt 414  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||| || |||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |  |    
T  4247148 atcttgttgtggatggcagaagatcttttacagcctccaaaaactggtaagactttagaagcagttggtaatgatcattttaatgatttagtttccatat 4247247  T
Q  415 cattttttcaatgttc 430  Q
    ||||||||||| ||||    
T  4247248 cattttttcaacgttc 4247263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4305657 - 4305405
Alignment:
Q  15 catgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcac 114  Q
    |||||||||||||||| |||| | | || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  4305657 catgcatgcctttctctaaaacactccattgagaaaatggaactccaaaaaattggcaaagagattattagaaaatgtcaaggattgcctttagcagcac 4305558  T
Q  115 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  4305557 aatcacttgggggcttattgcgaagtaaacgtgacatcaaggattgcaataatatactaactagtaacatttgggaaactgagagtaagattattcctgc 4305458  T
Q  215 actccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgttt 267  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  4305457 actccaaatcagttaccattatctccctccctatttgaaatgttgctttgttt 4305405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 600
Target Start/End: Original strand, 41933410 - 41933995
Alignment:
Q  15 catgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcac 114  Q
    ||||| || ||| ||||| |||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41933410 catgcctgtcttcctccagaagaatcctttgagaaaatggatctccaaaaaattggcaaagagattgttagaaaatgtcagggattgcctttagcagcac 41933509  T
Q  115 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41933510 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgtaacctcaaggactgggatgatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 41933609  T
Q  215 actccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttg 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||    
T  41933610 actccgaatcagttatcattatctccttccttatttgaaacgttgctttgtttattgttccttatatcctaaggattatgaatttcataaagacaatttg 41933709  T
Q  315 atcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggt 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||   | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41933710 atcttgttatggatggccgaaggtcttttacagcctaaaagaagtgggatgactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagcttcaaggt 41933809  T
Q  415 cattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctattacagagt 514  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||       |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||      
T  41933810 cattttttcaatgttctggaaatgagaacaaaagttttgtgatgcatgatctagtgcacgatttagccacgttgctcggtggggaattctattacagaac 41933909  T
Q  515 agaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcatttaccacgttcattgatccaatcttgggaaact 600  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || |||||    
T  41933910 agaagaacttggaaatgaaacaaagattagtaccaagactcgtcatttatcatttagcacattcactgatccaatctcggaaaact 41933995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 34802595 - 34802043
Alignment:
Q  15 catgcatgcctttctccaaaagaatacactgagaatatggatctccaaataattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcac 114  Q
    |||||||| ||||||||| || |||   |||||||||||||| |||||| |   | ||| ||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  34802595 catgcatgtctttctccagaaaaatcttctgagaatatggatatccaaaaatacgccaaggagattgttagaaaatgcaagggactgcctttagcagcac 34802496  T
Q  115 aatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaataatatactaaatagtaacatttgggaaaatgagagtaagatcattccagc 214  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  34802495 aatcactcgggggtttgttgcgaggtaaacgtgacatcagggattggaataatatactaaataataacatttgggaaaatgagtgtaagatcattccggc 34802396  T
Q  215 actccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaacgctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttg 314  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  | ||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||  |||   ||||||| |||||    
T  34802395 actatgaattagttatcattatctccctccctgcttgaagggatgctttgtttattattcactgtatcctaaggattatgaattcgataaagacgatttg 34802296  T
Q  315 atcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaaaaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggt 414  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||  ||| |||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  34802295 atcttgttatggatggctgaagatcttttacagcctccggaaattgggaagactttagaagaagttagttatgggtattttaatgacttagcttcaagat 34802196  T
Q  415 cattttttcaatgttcaggaagtgagaacaagagnnnnnnnatgcatgacctagtgcatgatttggccacattgcttggtggagaattctattacagagt 514  Q
    ||||||||||  |||| || |||| |||  ||||       |||||||| |||||||||||||| || || ||| | |||||||| |||||||  |||      
T  34802195 cattttttcatcgttctgggagtgggaatgagagttttgtgatgcatgatctagtgcatgatttagcaacgttgataggtggagagttctattttagaac 34802096  T
Q  515 agaagaactcagaaatgaaacaaatattggtaccaagactcgacatttatcat 567  Q
     ||||||||  | || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  34802095 ggaagaactagggaaagaaacaaagattggtaccaagactcgtcacttatcat 34802043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 6059901 - 6059532
Alignment:
Q  65 aattggcaaagagattgctagaaaatgtaagggattacctttagcagcacaatcacttgggggcttgttgcgaagtaaacgggacatcaatgactggaat 164  Q
    |||||||  |||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||  | |||    || |||| |    
T  6059901 aattggccgagagattgttaaaaagtgcaagggattgcctttagcagcacaatcacttggaggcattctgcgaagaaaacatggcatattggattggagt 6059802  T
Q  165 aatatactaaatagtaacatttgggaa---------aatgagagtaagatcattccagcactccgaattagttatcattatctccctccctatttgaaac 255  Q
    ||| |||| || ||| |||||||||||         | ||| |||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||    
T  6059801 aatgtactgaagagtgacatttgggaattatctgaaagtgaaagtaaggtcattccggcattgagaattagttatcactatctccctccacatttgaaac 6059702  T
Q  256 gctgctttgtttattgttccttgtatcctaaagattatacatttcgtaaagacaatttgatcttgttatggatggccgaaggtcttttaaagtctcctaa 355  Q
    |||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||  ||||   ||| |  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||  | | || |     
T  6059701 gctgttttgtttattgttcgctatatcccaaagattatgaatttgagaaaaatgatttaatcttgttgtggatggccgaagatcttttattgccaccaat 6059602  T
Q  356 aaatgggaagactttagaagaagttggtaatgaatattttaatgacttagtttcaaggtcattttttcaa 425  Q
    ||| || | |||||| ||||| ||||||  ||| |||||| || | |||||||| || ||||||||||||    
T  6059601 aaaaggaatgacttttgaagaggttggttctgagtattttgattatttagtttcgagatcattttttcaa 6059532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University