View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17452_high_1 (Length: 954)

Name: NF17452_high_1
Description: NF17452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17452_high_1
NF17452_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-954)||(29006066-29007019)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 922; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 922; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 29007019 - 29006066
Alignment:
Q  1 ttgagaatttgattgtagactctttgctccttttttgttcaattagatttctcatgttatgagttcattacttttctggaagtacattttaaagaagtgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29007019 ttgagaatttgattgtagactctttgctccttttttgttcaattagatttctcatgttatgagttcattacttttctggaggtacattttaaagaagtgt 29006920  T
Q  101 ttatttgagctatccattcttattaaataattgaatcaaattacaattgatgttataattttaattagccaaaaattccatgctagtctgagtggcatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006919 ttatttgagctatccattcttattaaataattgaatcaaattacaattggtgttataattttaattagccaaaaattccatgctagtctgagtggcatgt 29006820  T
Q  201 acttgaaatggtttcatcagagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaaactggtctaaaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29006819 acttgaaatggtttcatcaaagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaatctggtctaaaatt 29006720  T
Q  301 tcaacaatgttaaaactcataaggagtattttgcagtcaattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaattt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006719 tcaacaatgttaaaactcataaggagtattttgcagtcaattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaattt 29006620  T
Q  401 ttgaagaaaaaattgtttcacctaatgaaatgaacttctccaaatcatttttaatgggtatacatgtaacatataggtaggtttaattgataaatagttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29006619 ttgaagaaaaaattgtttcacctaatgaaatgaaattctccaaatcatttttaatgggtaaacatgtaacatataggttggtttaattgataaatagttg 29006520  T
Q  501 attcatggtccttaaagggagtaggttcaactcccatccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttccta 600  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006519 attcatggtccttaaagggagtagattcaactcccatccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttccta 29006420  T
Q  601 ttctatagcttcaggtccacacaacatacttgtgccataacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006419 ttctatagcttcaggtccacacaacatacttgtgccataacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatg 29006320  T
Q  701 tcatttataatggcaaacatgattgagtcttattcttaggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaac 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006319 tcatttataatggcaaacatgattgagtcttattcttaggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaac 29006220  T
Q  801 aggtatgtagacaactggtgtcaattaaagctccaacttgcttcttgaccccctgacccttgtctttggattcattatttattttttatgtcggggccac 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006219 aggtatgtagacaactggtgtcaattaaagctccaacttgcttcttgaccccctgacccttgtctttggattcattatttattttttatgtcggggccac 29006120  T
Q  901 taggaatcagagttacatttgtttgctttatgtgacaacttctcattcttagtt 954  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006119 taggaatcagagttacatttgtttgctttatgtgacaacttctcattcttagtt 29006066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University