View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17452_high_5 (Length: 689)

Name: NF17452_high_5
Description: NF17452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17452_high_5
NF17452_high_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-684)||(44381685-44382354)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 684
Target Start/End: Original strand, 44381685 - 44382354
Alignment:
Q  19 tccatagcaccgacacttttcatcgaaagcatgtccgatatccaatgtcaatatccaacacctcgacacgacattgacacatgtggttatagttaattat 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44381685 tccatagcaccgacactattcatcgaaagcatgtccgatatccaatgtcaatatccaacacctcgacacaacattgacacatgtggttatagttaattat 44381784  T
Q  119 gttgttttctcaaattatagccgttgtggatgtgtgagtatcgtgtccagtatccgtgtttgtggccgtgcttcatagtagacaacaaatgaggctttta 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44381785 gttgttttctcaaattatagccgtcgtggatgtgtgagtatcgtgtccagtatccgtgtttgtggccgtgcttcatagtagacaacaaatgaggctttta 44381884  T
Q  219 tgtgttgattgca----atatgtggttggtattcaggttaaataactaatgaaactgatcccttcattccatatctttggtagctaaaggtttttagaaa 314  Q
    |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44381885 tgtgttgattgcatgcaatatgtggttggtattcaggttaaataactattgaaactgatcccttcattccatatctttggtagctaaaggtttttagaaa 44381984  T
Q  315 catggtaagaaatgttgtatatttgtactgcaatacctttaaatttataattaattttacaaattctcatgtttgactgaagaggtagagtcgtgtatta 414  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44381985 catgataagaaatgttgtatatttgtactgcaatacctttaaatttataattaattttacaaattctcatgtttgactgaagaggtagagtcgtgtatta 44382084  T
Q  415 atggagaggacaaagtgattcagtatcttaacctcgtcatctc--gtgttgtattggattggattcataagatgatgaaggaagggtcttccatggagaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44382085 atggagaggacaaagtgattcagtatcttaacctcgtcatctcttgtgttgtattggattggattcataagatgatgaaggaagggtcttccatggagaa 44382184  T
Q  513 gggggaaacactgaaatccattgattgttaaaggattttccattctattgaatgcacatgatttggctatggaggttggtgcaattcccatgatgacagt 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44382185 gggggaaacactgaaatccattgattgttaaa-gattttccattctattgaatgcacatgattt-gctatggaggttggtgcaattcccatgatgacagt 44382282  T
Q  613 agcaaagttgcatttagtgtgtgatattcaaatcacatttgactgctggagctaccattgattcatatcact 684  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  44382283 agcaaagttgcatttagtttgtgatattcaaatcacatttgactgctggagctacaattgattcatgtcact 44382354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University