View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17452_low_22 (Length: 463)
Name: NF17452_low_22
Description: NF17452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17452_low_22 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24070844 - 24070411
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |
|
|
| T |
24070844 |
aatattcacagatgctattaaaaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacgtata--cctctgcatg |
24070747 |
T |
|
| Q |
113 |
gatatacaaatattacattgatgtttcactatgat---acttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcacagagcaacttccaaac |
209 |
Q |
| |
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||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
24070746 |
gatatacaaattttatattgatgtatcactctgactacacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaatcactggcactgagcaacttccaaac |
24070647 |
T |
|
| Q |
210 |
ttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaa |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24070646 |
ttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaa |
24070547 |
T |
|
| Q |
310 |
aatcggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatatgaatgattttttcaaatgactcagtctatataaaactatttgggtgaaacagtgg |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24070546 |
aatcggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatataaattaatttttcaaatgactgagtctatataaaactatttgggtgaaacagtgg |
24070447 |
T |
|
| Q |
410 |
atacgcttattgaacgctttcatggaagaggctcgt |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24070446 |
atacgcttattgaacgctttcatggaagaggctcgt |
24070411 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Original strand, 24079892 - 24080325
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatg |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| |
|
|
| T |
24079892 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatatacacacacgtata--cctctgcatg |
24079989 |
T |
|
| Q |
113 |
gatatacaaatattacattgatgtttcactatgat---acttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcacagagcaacttccaaac |
209 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
24079990 |
gatatacaaattttatattgatgtatcactctgactacacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaatcactggcactgagcaacttccaaac |
24080089 |
T |
|
| Q |
210 |
ttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaa |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24080090 |
ttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaa |
24080189 |
T |
|
| Q |
310 |
aatcggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatatgaatgattttttcaaatgactcagtctatataaaactatttgggtgaaacagtgg |
409 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24080190 |
aatgggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatataaattattttttcaaatgactgagtctatataaaactatttgggtgaaacagtgg |
24080289 |
T |
|
| Q |
410 |
atacgcttattgaacgctttcatggaagaggctcgt |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24080290 |
atacgcttattgaacgctttcatggaagaggctcgt |
24080325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 28567402 - 28566983
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
28567402 |
aatattcacagatgctattaacaggtattcaattttgaataaatttatacatctcattagttagttaatacataca----------tatacctatgcaaa |
28567313 |
T |
|
| Q |
113 |
gatatacaaatattacattgatgtttcactatgatacttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcacagagcaacttccaaacttc |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28567312 |
gatatacaaatattacattgatgcttcactctaatacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaaccactggcacagagcaacttccaaacttc |
28567213 |
T |
|
| Q |
213 |
atgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaaaat |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
28567212 |
atgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataaatttgctgaaaatgtctacaagaagcatggatttaaccctatagacacactcaaaaaat |
28567113 |
T |
|
| Q |
313 |
cggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatatgaatga-ttttttcaaatgactcagtctatataaaactatttgggtgaaacagtggat |
411 |
Q |
| |
|
||||| ||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| | || | ||||||| | |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
28567112 |
cggtacacttactatccgtcttttttatttcatcatatatataaattatttttttcaaacggct--gattatataataatatttgcgtgaaacagtggat |
28567015 |
T |
|
| Q |
412 |
acgcttattgaacgctttcatggaagaggctc |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28567014 |
acgcttattgaacgctttcatggaagaggctc |
28566983 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 96 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 26315221 - 26314871
Alignment:
| Q |
96 |
atatatacctgtgcatggatatacaaatattacattgatgtttcactatgatacttactacgaaataaatt-ttcattcaggtgggaaatcaatggcaca |
194 |
Q |
| |
|
|||||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| | || || ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26315221 |
atatatacctttgaaaagatatacaaatattacattgattcttcactctgatacttactat-aaatgatttcttgattcaggtgggaaatcactggcaca |
26315123 |
T |
|
| Q |
195 |
gagcaacttccaaacttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaacccta |
294 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26315122 |
gagcaacttccaaacttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgaaattactagtaattttgctgatatggtctacaaaaagcatggattcaacccta |
26315023 |
T |
|
| Q |
295 |
tagacactcttaaaaaatcggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatat--atgaatgattttttcaaatgactcagtctatataaaact- |
391 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||| ||||||||| || ||| ||| ||||| | |
|
|
| T |
26315022 |
tagacactcttaaaaaatcggtacactaactagccgtcttttttatttcatcatatatacataaattattctttcaaatggctgagtatatgtaaaaatg |
26314923 |
T |
|
| Q |
392 |
atttgggtgaaacagtggatacgcttattgaacgctttcatggaagaggctc |
443 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26314922 |
atttgggtgaaacagtggatacgcttattgaacgctttcatggaagaggctc |
26314871 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 124 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 28585282 - 28584958
Alignment:
| Q |
124 |
attacattgatgtttcactatgatacttactacgaaataaatt-ttcattcaggtgggaaatcaatggcacagagcaacttccaaacttcatgaaaatat |
222 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||||| | |||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28585282 |
attacactgatgcttcactctcatacttactatgaaatgatttcttcattcaggtgggaaatcactggaacagagcaacttccaaacttcatgaaaatag |
28585183 |
T |
|
| Q |
223 |
ctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaaaatcggtatacta |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28585182 |
ctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaatggtctacaaaaagcatggattcaaccctatagacacacttaaaaaatcggtacacta |
28585083 |
T |
|
| Q |
323 |
actaaccgtcttttatatttt----atcatatatatgaatgattttttcaaatgactcagtctatataaaactatttgggtgaaacagtggatacgctta |
418 |
Q |
| |
|
|||| || | |||| | |||| ||||||||||| ||| || |||||||||| || ||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
28585082 |
actagcctttttttttcttttttccatcatatatataaattatgttttcaaatggctgagtatatataaaattatttgcgtgaaacagtgggtactctta |
28584983 |
T |
|
| Q |
419 |
ttgaacgctttcatggaagaggctc |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
28584982 |
ttgaacgctttcatggaggaggctc |
28584958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 165 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 28574005 - 28573731
Alignment:
| Q |
165 |
ttttcattcaggtgggaaatcaatggcacagagcaacttccaaacttcatgaaaatatctttgaatgcactttacgacattaccaataattttgctgaaa |
264 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28574005 |
ttttaattcaggtgggaattcactggtacagagcaacttccaaacttcatgaaaatagctttgaatgcactttacgacattaccaatagttttgctgaaa |
28573906 |
T |
|
| Q |
265 |
aggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaaaatcggtatactaactaaccgtcttttatattttatcatatatatgaatgatttt |
364 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | ||||| | ||||| ||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
28573905 |
tggtctacaaaaagcatggatttaaccctatagacactctcaaaaaatcggtacactagctatctgtcttctttatttcatcatatatataaattatttt |
28573806 |
T |
|
| Q |
365 |
ttcaaatgactcagtctatataaaactatttgggtgaaacagtggatacgcttattgaacgctttcatggaagaggc |
441 |
Q |
| |
|
|||||| ||| || ||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28573805 |
ttcaaacaactgag--tatataaaaatatttgtgcgaaacagtggatactcttattgaacgctttcatggaagaggc |
28573731 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 244 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 20616321 - 20616242
Alignment:
| Q |
244 |
ttaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaaaatcggtatactaa |
323 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||| |
|
|
| T |
20616321 |
ttaccaataattttgctgaaatggtctacaaaaagcatggattcaaccctatagatacacttaaaatatcggtaaactaa |
20616242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 26315280 - 26315222
Alignment:
| Q |
17 |
ttcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgtta |
75 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
26315280 |
ttcacagacgctattaacaggtattaaattttgaataaatatatacatcttattagtta |
26315222 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 28574230 - 28574157
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacata |
86 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
28574230 |
aatattcacagacgctgttaacaggtattcaattttgaataaatatatacatctcataatttagttaattcata |
28574157 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 28585429 - 28585391
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcacagatgctattaacaggtattaaattttgaa |
51 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28585429 |
aatactcacagatgctgttaacaggtattaaattttgaa |
28585391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 317
Target Start/End: Original strand, 2602439 - 2602513
Alignment:
| Q |
243 |
attaccaataattttgctgaaaaggtctacaagaagcatggattcaaccctatagacactcttaaaaaatcggta |
317 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
2602439 |
attaccaatgatttcgctgaaaaggtctacaaaaagcatggattgaaccctatcaaaacacttaaaaaatcggta |
2602513 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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