View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17452_low_4 (Length: 694)

Name: NF17452_low_4
Description: NF17452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17452_low_4
NF17452_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-680)||(3566462-3567127)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 680
Target Start/End: Original strand, 3566462 - 3567127
Alignment:
Q  17 agtttacagcttaaaatgtttgccttgaacaatagacctaataggctctctaatatctagtatttttgtaaaatctccatgaaccttgttattcttactc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3566462 agtttacagcttaaaatgtttgccttgaacaatagacctgataggctctctaatatctagtgtttttgtaaaatctccatgaaccttgttattcttattc 3566561  T
Q  117 ttgatgagcaacatgtttccttctcaattgttgatggacaccaaacttttgttatatctgttgtgtatgcttccacagattacagaaaaagaagacaatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566562 ttgatgagcaacatgtttccttctcaattgttgatggacaccaaacttttgttatatctgttgtgtatgcttccacagattacagaaaaagaagacaatt 3566661  T
Q  217 atggaannnnnnn-atctcttttgcaatctcaatatgccttcccatggtgcttcatatgtgattttaactctattattggagctcatgagcataggtgaa 315  Q
    ||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566662 atggaattttttttatctcttttgcaatctcaatatgccttcccatggtgcttcatatgtgattttaactctattattggagctcatgagcataggtgaa 3566761  T
Q  316 gaatcactcctacgaggtcacctatggaagagtttaagtcttggatcgacagaaatgctttagttcatttgcctgccaatggtgttgaatacacttgggc 415  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3566762 gaatcactcctaccaggtcacctatggaagagtttaagtcttgtatcgacagaaatgctttagttcatttgcctgccaatggtgttgaatacacttgagc 3566861  T
Q  416 caatggtaagggaatcaatataagcacataaagaaggttgaatagagacatcactaatcaatcatggttagattcttgtcattcccttacattatcaacc 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566862 caatggtaagggaatcaatataagcacataaagaaggttggatagagacatcactaatcagtcatggttagattcttgtcattcccttacattatcaacc 3566961  T
Q  516 ctcacaaaacatcattct-gacaactaatctcttttgctagatgttcaagttaataacatactttttgcttctcagttcaaattcatgagaatgtgggtt 614  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3566962 ctcacaaaacatcattctagacaactaatctcttttgctagatgttcaagttaataacatactttttgcttctcagttcaaattcatgagaatgtgggtt 3567061  T
Q  615 tctcatcctgattgttccacaattgttagagatagctggagttttaatgtgattggttgccctatg 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3567062 tctcatcctgattgttccacaattgttagagatagctggatttttaatgtgattggttgccctatg 3567127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University