View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17453_high_1 (Length: 673)

Name: NF17453_high_1
Description: NF17453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17453_high_1
NF17453_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-655)||(8375873-8376514)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-655)||(7095287-7095929)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-572)||(15420472-15421029)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 655
Target Start/End: Original strand, 8375873 - 8376514
Alignment:
Q  13 agcagagagaagatagggaagcagattcaaggggattggcagatttccgtcgtcacaatccacctcaattccatggagaattagacccagagaaggctga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8375873 agcagagagaagatagggaagcagattcaaggggattggcagatttccgtcgtcacaatccacctcaattccatggagaattagacccagagaaggctga 8375972  T
Q  113 tttgtggctacaagaagtggagaagattttgaaagtgattaactgtcctgaagaatcaaaggtgaaatatgccacatatttgttgcttggtgatgcagag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8375973 tttgtggctacaagaagtggagaagattttgaaagtgattaactgtcctgaagaatcaaaggtgaaatatgccacacatttgttgcttggtgatgcagag 8376072  T
Q  213 tattggtggaaaaatgctaaaaatatgttagaaaatgcgcaagaggaaatcagttgggaggtttttcagaccaagttcttggaaagatattttcctcaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8376073 tattggtggaaaaatgctaaaaatatgttagaaaatgcgcaagaggaaatcagttgggaggtttttcagaccaagttcttggaaagatattttcctcaga 8376172  T
Q  313 gtgcaagaactaaattgggtgatgattttctaaagttacaacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacattgtccaggtactt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8376173 gtgcaagaactaaattgggtgatgattttctaaagttacaacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacactgtccaggtactt 8376272  T
Q  413 caagttctttcgtcagactgtggatgaggcctacatgtgccaccgattccaagaagggctcaaggatgaaattcaagacatggtaatgccattgggaatt 512  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8376273 caagttc-ttcgtcagactgtggatgaggcctacatgtgccaccgattccaagaagggctcaaggatgaaattcaagacatggtaatgccattgggaatt 8376371  T
Q  513 caacaattccatcctttggtagaaaagtgtagagaaatagaagcgatgaagaataagagacttgctcgagggaataacaataactgtgggggaccaactc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8376372 caacaattccatcctttggtagaaaagtgtagagaaatagaagcgatgaagaataagagacttgctcgagggaataacaataactgtgggggaccaactc 8376471  T
Q  613 gttccagcaatcaaaatcgtggacgaggaggaaatgggaagaa 655  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8376472 gttccagcaatcaaaatcgtggacgaggaggaaatgggaagaa 8376514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 7095929 - 7095287
Alignment:
Q  13 agcagagagaagatagggaagcagattcaaggggattggcagatttccgtcgtcacaatccacctcaattccatggagaattagacccagagaaggctga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7095929 agcagagagaagatagggaagcagattcaaggggattggcagatttccgtcgtcacaatccacctcaattccatggagaattagacccagagagggctga 7095830  T
Q  113 tttgtggctacaagaagtggagaagattttgaaagtgattaactgtcctgaagaatcaaaggtgaaatatgccacatatttgttgcttggtgatgcagag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7095829 tttgtggctacaagaagtggagaagattttgaaagtgattaactgtcctgaagaatcaaaggtgaaatatgccacatatttgttgcttggtgatgcagat 7095730  T
Q  213 tattggtggaaaaatgctaaaaatatgttagaaaatgcgcaagaggaaatcagttgggaggtttttcagaccaagttcttggaaagatattttcctcaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7095729 tattggtggaaaaatgctaaaaatatgttagaaaatgcgcaagaggaaatcagttgggaggtttttcagaccaagttcttggaaagatattttcctcaga 7095630  T
Q  313 gtgcaagaactaaattgggtgatgattttctaaagttacaacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacattgtccaggtactt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7095629 gtgcaagaactaaattgggtgatgattttctgaagttacaacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacattgtccaggtactt 7095530  T
Q  413 caagttctttcgtcagactgtggatgaggcctacatgtgccaccgattccaagaagggctcaaggatgaaattcaagacatggtaatgccattgggaatt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7095529 caagttctttcgtcagactgtggattaggcctacatgtgccaccgattccaagaagggctcaaggatgaaattcaagacatggtaatgccattgggaatt 7095430  T
Q  513 caacaattccatcctttggtagaaaagtgtagagaaatagaagcgatgaagaataagagacttgctcgagggaataacaataactgtgggggaccaactc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7095429 caacaattccatcctttggtagaaaaatgtagagaaatagaagcgatgaagaataagagacttgctcgagggaataacaataactgtgggggaccaactc 7095330  T
Q  613 gttccagcaatcaaaatcgtggacgaggaggaaatgggaagaa 655  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7095329 gttccagcaatcaaaatcgtggacgaggaggaaatgggaagaa 7095287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 572
Target Start/End: Original strand, 15420472 - 15421029
Alignment:
Q  15 cagagagaagatagggaagcagattcaaggggattggcagatttccgtcgtcacaatccacctcaattccatggagaattagacccagagaaggctgatt 114  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||||||    
T  15420472 cagagagaagatagggcagcagattcaaggggcttggctgattttcgtcgtcacaatccaccccaattccacggggaagtggacccagagaaggctgatt 15420571  T
Q  115 tgtggctacaagaagtggagaagattttgaaagtgattaactgtcctgaagaatcaaaggtgaaatatgccacatatttgttgcttggtgatgcagagta 214  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15420572 tgtggctacaagaagttgaaaagattttgaatgtgattaactgtcctgaagattctaaggtgaaatatgccacttatctgttgcttggtgatgcagagta 15420671  T
Q  215 ttggtggaaaaatgctaaaaatatgttagaaaatgcgcaagaggaaatcagttgggaggtttttcagaccaagttcttggaaagatattttcctcagagt 314  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  15420672 ttggtggaaaaatgccaaaagtatgttagagaatgctcaagaggaaatcacttgggaggtttttcaagccaagttcttggaaagatttttccctcagagt 15420771  T
Q  315 gcaagaactaaattgggtgatgattttctaaagttacaacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacattgtccaggtacttca 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||    
T  15420772 gcaagaactaaattgggtgatgattttctgaagttacgacagggcaacatgacggtaggagcatatgcagcaaggtttgagacgctatctaggtacttca 15420871  T
Q  415 agttctttcgtcagactgtggatgaggcctacatgtgccaccgattccaagaagggctcaaggatgaaattcaagacatggtaatgccattgggaattca 514  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  15420872 agttcttccgtcagaccgtggatgaagcctacatgtgccatcgattccaagaggggcttaaggatgaaattcaagacatggtgatgcctttgggaattca 15420971  T
Q  515 acaattccatcctttggtagaaaagtgtagagaaatagaagcgatgaagaataagaga 572  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15420972 acaattccagcctttggttgaaaagtgcagagaaatagaggcgatgaagaataagaga 15421029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University