View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17469_low_12 (Length: 364)

Name: NF17469_low_12
Description: NF17469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17469_low_12
NF17469_low_12
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-350)||(20812090-20812439)
chr5 (1-350)||(20838445-20838794)
chr5 (1-350)||(15802724-15803073)
chr5 (1-350)||(30417633-30417982)
chr5 (2-350)||(12599091-12599439)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-342)||(3398567-3398908)
chr8 (1-348)||(31175660-31176007)
chr8 (1-344)||(3363982-3364325)
chr8 (1-344)||(3391581-3391924)
chr8 (1-350)||(3314671-3315020)
chr8 (1-350)||(3407362-3407711)
chr8 (1-350)||(3262666-3263014)
chr8 (2-350)||(3286554-3286902)
chr8 (1-343)||(3267244-3267586)
chr8 (2-241)||(3374892-3375131)
chr8 (1-342)||(7164699-7165041)
chr8 (1-339)||(13808518-13808856)
chr8 (5-344)||(3325045-3325384)
chr8 (1-127)||(13787259-13787385)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-349)||(6905846-6906194)
chr3 (32-344)||(32411128-32411437)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (1-350)||(6185-6534)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-342)||(14766994-14767335)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-344)||(8371704-8372047)
chr7 (167-213)||(36213885-36213931)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (257-350)||(4320538-4320631)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (165-201)||(5447564-5447600)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 20812090 - 20812439
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20812090 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatatcgttctg 20812189  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812190 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctataaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 20812289  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  20812290 agaagttggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaa 20812389  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20812390 aagcattgcatatatatcactatgtggatacgaaggattatcacgtgatg 20812439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 20838445 - 20838794
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20838445 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgatggaatgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatatcgttctg 20838544  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838545 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaagagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 20838644  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  20838645 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaa 20838744  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20838745 aagcattggatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacatgatg 20838794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 15802724 - 15803073
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  ||  || | |||||||||| ||||||||| || ||||| |||||  |||||    
T  15802724 cttttcaaaattaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaacaatcttcttctg 15802823  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  15802824 ataaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatctcccaagagagatctatcaattgagaacagtgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattg 15802923  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||| | ||| || |  |||||||     
T  15802924 acaaattagacgaagatatattgcaaatggaatccttgaaaactctaatggcagcaaatactagagtcaaacaagtgcctttttcgatcgtcagatcaaa 15803023  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  15803024 aagcattggatatatatctctatgtggatataaaggattatcacatgatg 15803073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 30417633 - 30417982
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   |||||||||| ||||||||| || ||||| |||||  |||||    
T  30417633 cttttcattattaccgagtctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccattggagatctcaataatcttcttctg 30417732  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||| | ||| |||| |||||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||| || |||| |||||| || |||  |||||||||||| |||     
T  30417733 ataaattttaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagagagatatctcaattgatgtctgtgacaactctcatacttgatggttgttcaaacatta 30417832  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
       |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||  || |||  || | ||| ||||  || || |     
T  30417833 ctgaattggaagaagatgtagtgcaaatgaaatccttgaaaactctaatggcagcaagaactggtatagaaaaagcacctttttccatagttagttcgaa 30417932  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||||| |||||||||  |||||||||    
T  30417933 aagcattgtttatatatccctgtgtggatttgaaggatttgcacgtgatg 30417982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 12599439 - 12599091
Alignment:
Q  2 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || | ||| ||| | |||||  | |||  ||||||| ||||||||||||| || || | ||||||  |||||     
T  12599439 ttttcaaaattgccgaatctagaaaaacttactatcaagaattgtccatgtttgtatgaggtataccagtccattggagatcttaggaatctacttctgt 12599340  T
Q  102 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattga 201  Q
    | ||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||      
T  12599339 tgaatttcaaggactgtacaagtcttaccaatctcccacgggagatctatcaattgaaaactttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattag 12599240  T
Q  202 gaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaaca 301  Q
     || ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| | || |||||   ||||||   ||| ||||||||  || ||||||||  ||||   | |    
T  12599239 caagttggaagaagacatagtacagatggaatccttgacaacactgattgccaaaaatacatctataaaagaagtttcccattcaatactaagactgaaa 12599140  T
Q  302 agcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12599139 agcattggatatatatccttgtgtggatatgaaggattatcacgtgatg 12599091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 3398908 - 3398567
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3398908 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgtctgaggtacaccagtccattggggacctcaagagtctcgttctg 3398809  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  3398808 ataaatttgagggactgtacaagtcttgccaatctcccaagagagatctatcaattgaaatcagtgaaaactctcattatttctggttgttcaaagattg 3398709  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || | ||| || |  |||||||     
T  3398708 acaaattggaagaagatatattgcaaatggaatccttgacaactctaattgcagcaaatactggtgtcaaacaagttcctttttcgattgttagatcaaa 3398609  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatc 342  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  3398608 aagcattgcatatatatctctatgtggatataaaggattatc 3398567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 348
Target Start/End: Original strand, 31175660 - 31176007
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||   ||||| |||  ||||||||| || |||||||||||  || ||    
T  31175660 ctttgcaaaattaccaaatctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtttgtccgaggtgcacacgtccattggagatctcaagaatcttcttttg 31175759  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  31175760 ataaattttaaggactgtacaagtcttggcaatctcccaaaagaggtctataaagtgagatcagtgaaaagtctcattctttctggttgttcaatgattg 31175859  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  31175860 acaaattggaagaagatatattgcaaatggaatccttgacaactttaattgcagcaaatactggtatcaaacaagtgccctattcaatagcaagatcaaa 31175959  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtga 348  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31175960 aagcattgcatatatatctctatgtggatatgaaggattatcatgtga 31176007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 3363982 - 3364325
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||  || ||    
T  3363982 cttttcaaaattaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtttgctggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttatg 3364081  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
     ||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3364082 ttaaatttgaaggactgtacgagtcttggcaatctcccaagagagatctatcaattgagaagagtggaaactctcatcctttctggttgttcaaagattg 3364181  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||   || | ||| ||||  |||||||     
T  3364182 acaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatccttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtgagatcaaa 3364281  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcac 344  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3364282 aagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcac 3364325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 3391924 - 3391581
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||  ||  || | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||  |||||    
T  3391924 cttttcaaagttaccaaacctagaaaagctaattatgaaggattgtcaaagtctgttggaggtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctg 3391825  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
     ||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3391824 ttaaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatctcccaagagagatctatcaattgagaacagtggaaactctcatcctttctggttgttcaaagattg 3391725  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||   || | ||| ||||  |||||||     
T  3391724 acaaattggaagaagatatagtgcaaatggaatccttgacaactctaatggcagcaaatactggagtcaaacaaccaccattttcgatagtgagatcaaa 3391625  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcac 344  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3391624 aagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcac 3391581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 3314671 - 3315020
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||  || ||| |||| ||||||  ||||||||| || |||||||| ||  | |||    
T  3314671 cttttcaaaattaccgaacctagaaaatctcattatgaaagattgtcaaagtttgtttgaagtacactcgtccattggagatctcaagaagcttctcctg 3314770  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  3314771 ataaatttcaaggactgtacaagtcttagaaatctcccaagagagatctatcaattgacatcggtgaaaactttcattctttctggttgttcaaagattg 3314870  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||| |||| || | ||| || |  | |||||     
T  3314871 aaaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatcattgacaaccctaattgcagcaaaaactggtgtcaaacaagttcctttttcgattgttaaatcaaa 3314970  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3314971 aaacattggatatatatccctatgtgaatatgaaggtttatcacgtgatg 3315020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 3407711 - 3407362
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  || ||    ||  |||||| ||||||||| || |||||||||||  ||||     
T  3407711 cttttcaaaattaccgaatctagaaaaactcattatgaaggattgtcaaagtttatccgacatacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctc 3407612  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||| ||| |||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3407611 ataaatttgaaggattgtgcaagtcttgttaatctcccaagagagatctatcgattgagatcagtgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattg 3407512  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| | ||| || |  |||||||     
T  3407511 tcaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatccttgacaactctaattgcagaaaatgctggtgtcaaacaagtgcctttttcgattgttagatcaaa 3407412  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
     | |||  |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3407411 gaacatcacccatatatctctatgtggatatcaaggattatcacgtgatg 3407362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 3263014 - 3262666
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||  |||||  | ||||||||||||||||||| || |||||   |||   | ||    
T  3263014 cttttcaaaatcaccgaatctagaaaagctcatcatgaagaattgtccatgcttgtctaaggtacaccagtccattggagatctcaatcgtcttcatatg 3262915  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||   |||||||||||  | || || ||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  3262914 ataaatttgaaggactgtagaagtcttcaaaatctcccaaagaatatataccaattgaaatctttgaaaactctcatactttctggttgctcaaagattg 3262815  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||    |||| ||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  3262814 acaaattggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaaggatacaggtgtgaaagaggtgccctattcaatagtaagatcaaa 3262715  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  3262714 aagcattggatatatatccctatgtggatatg-aggattttcacgtgatg 3262666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 3286902 - 3286554
Alignment:
Q  2 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 101  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||  |||||||||||  |||||||| || ||||| || ||  || ||     
T  3286902 ttttcaaaattaccaaatcttgaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtctgaggtacacccatccattggagatctcaataaacttcttatgt 3286803  T
Q  102 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagag-atctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||  ||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3286802 taaatttgaaggactgtataggtcttagcaatctccc-aaagagtatctatcaactgaaatctttgaacactctcatcctttctggttgttcaaagattg 3286704  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | || ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||   ||||| | | | ||||||||||||| |||||| | ||||||||     
T  3286703 acaagttggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaataatacagctgttaaagaagtgcccttttcaattgtaagatcaaa 3286604  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    ||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3286603 aagcatcagatatatatccctatgtggatatgaaggattatcacatgatg 3286554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 3267586 - 3267244
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||  || | ||||||  |||||    
T  3267586 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccaagcttgtctgaggtacaccagtcaattgggggtctgaggaatcttcttctg 3267487  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    ||||||||||  || |||| |||||||  ||||||||||||  ||||  |||||||||  ||  ||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  3267486 ataaatttgaaagattgtacaagtcttagcaatctcccaaagaagataaatcaattgaagtctttgacaactctcatcatttctggttgttcaaagattg 3267387  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | || || |||||||  ||| |||| ||||||||||| ||| | ||  |   |  | |||| ||| | ||||| ||||| |||||| | | |||||  |     
T  3267386 acaagttagaagaaggcatagtgcagatggaatccttaacaacactggtcataaaagatacaggtgtgaaagaggtgccgtattcagtggtaagattgaa 3267287  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatca 343  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3267286 aagcatcggatatatatctctatgtggatatgaaggattatca 3267244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 241
Target Start/End: Original strand, 3374892 - 3375131
Alignment:
Q  2 ttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||  | |||  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||||     
T  3374892 ttttcaaaattaccgaatctagaaaaacttattatgaagaattatccatgtttgtatgaggtacaccagtccattggagaccttaggaatctacttctgt 3374991  T
Q  102 taaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattga 201  Q
    | ||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||| |||| |    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  3374992 tgaatttcaaagactgtacaagtcttaccaatctcccaagggtgatctatcatttgaaacttttgaaaactcttatactttctggttgttcaaagattaa 3375091  T
Q  202 gaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgaca 241  Q
     || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  3375092 caagttggaagaagacataatgcagatggaatccttgaca 3375131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 7165041 - 7164699
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||   ||||| || ||||||||||| || ||||||||| |  | ||     
T  7165041 cttttcaaaattaccaaatctagaaaagcttattatgaaagattgtccaagtttgtccgaggtgcatcagtccattggagatctcaagaatgttctacta 7164942  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaa-ttgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagatt 199  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||   | ||||||||| |||| |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7164941 ataaatttgaaggactgtacaagtcttagcaatctcccaaggaatatctatcaagttgaaatcattgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagatt 7164842  T
Q  200 gagaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaa 299  Q
    |   | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | || || |||    |||| | | | ||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  7164841 gcctagttggaagaagacataatgcagatgaaatccttgacaacactgatcgcaaatgatacagctgtaaaagaagtgccctgtttattagtaagatcaa 7164742  T
Q  300 caagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatc 342  Q
     |||||||| |||  |||| |||||| |||||||||| |||||    
T  7164741 aaagcattggatacttatccctatgtagatatgaagggttatc 7164699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 13808518 - 13808856
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||    || ||||||| || |||||||| ||||||||| |  | |||    
T  13808518 cttttcaaaattaccaaatctagaaaagctcattatgaagaactgtccaaacttgtccaagttacaccactcgattggggatctcaagaatattctactg 13808617  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
     | ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| | | ||| ||||| |||| |||  |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  13808618 ctcaatctgaaggactgtacaagtcttgccagtctcccagaggtgatatatcagttgaaatcattgaaaactctaatcttttctggttgttcaaagattg 13808717  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | || ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| | || || |||  | |||| ||| | |||||  |||| || ||||||  | |||  |     
T  13808718 acaagttggaagaagacatagtccagatggaatccttgacaacactgatcgcaaaagatacaggtgtaaaagagatgccatactcaatactaggattgaa 13808817  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggatt 339  Q
    | |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  13808818 aggcatcgcatatatatccctatgtggatgtgaaggatt 13808856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 3325384 - 3325045
Alignment:
Q  5 tcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctgataa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| | |  ||| | |||||  ||||||||||||| || |||||||| ||  || || | |    
T  3325384 tcaaaattaccgaatctagaaaagcttataatgaagaattgttccaatttgttcgaggtggaccagtccattggagatctcaagaaccttcttttgttga 3325285  T
Q  105 atttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaa 204  Q
    |||||| |||||||  |||||||   |||||||||   |||||||||||||||| |||  || ||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||    
T  3325284 atttgaaggactgtgcaagtcttagaaatctcccaggggagatctatcaattgaaatctttggaaactcttatattatctggttgttcaaagattgacaa 3325185  T
Q  205 attggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaacaagc 304  Q
     |||||||||| | |   ||| ||||||||||||||| | || |||||   | ||||   | | ||| |||| || |||||||||  ||||| || ||||    
T  3325184 gttggaagaaggtttcgggcagatggaatccttgacaacgctgattgctaaagatacatctgtaaaacaagttccttattcaatactaagattaaaaagc 3325085  T
Q  305 attgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcac 344  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  3325084 attggatatatatccctctgtggatatgaaggactatcac 3325045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Original strand, 13787259 - 13787385
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||  | |||  |||| ||||||  |||||||| || ||||| ||| |   ||||    
T  13787259 cttttcaaaattacccaatcttgaaaagctcatcatgaacgattgtccatgtttgtctgagatacacccttccattggagatctcaataatattcatctg 13787358  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtctt 127  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||    
T  13787359 ataaatttgaagaactgtataagtctt 13787385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 6906194 - 6905846
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   ||| |||||| ||||||||| |  |||||||| ||  |||||    
T  6906194 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgagatacacccgtccattggagttctcaagaagcttcttctg 6906095  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  6906094 ataaatttgaaggactgtacaagtcttggcaatctaccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactctcattctttttggttgttcaaagattg 6905995  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||  |||| ||| || |  |||||||     
T  6905994 acaaattggaggaagatatagtgcaaatgaaatccttgacaactctagttgcagcaaatactggcgtcaaacaagcacccttttccattgttagatcaaa 6905895  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgat 349  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6905894 aagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgat 6905846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 32411437 - 32411128
Alignment:
Q  32 attatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctgataaatttgagggactgtaaaagtcttgcca 131  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||  |||  ||||||||||||||||  | ||||| | |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||    
T  32411437 attatgaaggattgtccaaacttgtctgatatacaccagtccattggaaatctcaatagtcttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttaaca 32411338  T
Q  132 atctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaagaagatataatgcaaatgga 231  Q
     |||||||||  |||| |||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||   ||| ||||||||||    
T  32411337 gtctcccaaagaagatatatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgaaaacttggaagaa---atagtgcaaatgga 32411241  T
Q  232 atccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaacaagcattgcatatatatcactatgtggatat 331  Q
    ||| |||||| | || ||||||  | |||| ||| | ||||| ||||||| |||||||| |||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  32411240 atcgttgacaacactgattgcaaaagatacaggtgtaaaagaggtgccctgttcaatagtaagatcgaaaagcatcgcatatatatctctatgtggatat 32411141  T
Q  332 gaaggattatcac 344  Q
    |||||||||||||    
T  32411140 gaaggattatcac 32411128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 6534 - 6185
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   |||||||||| |||||| || |  ||||||||| |  |||||    
T  6534 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggattgtccaagtttgtccgaggtacacccgtccataggagtgctcaagaatattcttctg 6435  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    || ||||||| ||| |||| |||||||| |||||| ||||  |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  6434 attaatttgaaggattgtacaagtcttggcaatctaccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactcttatcctttttggttgttcaaagatcg 6335  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  || || |||||||||||||||| |||||| |||  |||| ||| |||   |||||||     
T  6334 acaaattggaagaagatatagtgcaaatgaaatctttgacgactttagttgcagcaaatactggcatcaaacaagcacccttttccatatttagatcaaa 6235  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6234 aagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgatg 6185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14767335 - 14766994
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||     | ||||| ||||||||||| || ||||||||| |  ||||     
T  14767335 cttttcaaaattaccaaatctagaaaagctcattatgaaggattgtcaaagtttatccaacgtacatcagtccattggagatctcaagaatgttcttctc 14767236  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||| || ||||| || |||||||||||||    
T  14767235 ataaatttgaaggactgtacaagtcttgaaaatctcccaagagagatctatcaattgaaatctttgaaaactctcatcctttccggctgttcaaagattg 14767136  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||   ||| |||||||| || |||||||||  ||||| ||     
T  14767135 acaaattggaagaagatattgtgcaaatggaatccttgacatcactgattgcaacaaatacatctataaaagaagttccatattcaatactaagattaaa 14767036  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatc 342  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  14767035 aagcattggatatatatccctatgtggttatgaaggattatc 14766994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 8372047 - 8371704
Alignment:
Q  1 cttttcaaaattaccgaatctagaaaagctcattatgaaggactgtccgagcttgattgaggtacaccagtccattggggacctcaagaatctcgttctg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||  ||  ||    | ||||||| ||||||||| || |||||||||||  ||||     
T  8372047 cttttcaaaattaccaaatctggaaaagctagttatgaaggattgtcaaagtctgtccaacgtacacccgtccattggagatctcaagaatcttcttctc 8371948  T
Q  101 ataaatttgagggactgtaaaagtcttgccaatctcccaaaagagatctatcaattgatatcggtgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattg 200  Q
    |||||||| | |||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| | || ||||||| |||||    
T  8371947 ataaatttaaaggactgtataattcttgaaaatctcccaagagagatctatcaattgaaatcggtgaaaactctcatccttacgggctgttcaacgattg 8371848  T
Q  201 agaaattggaagaagatataatgcaaatggaatccttgacagctctaattgcagcaaatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaac 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | || ||  || |   |||   ||| |||||||| ||||||||||||  ||||| ||     
T  8371847 acaaattggaagaagatatagtgcagatggagtccttgacatcactgataacaactggtacatctataaaagaagttccctattcaatactaagattaag 8371748  T
Q  301 aagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcac 344  Q
    ||| |||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  8371747 aagtattgtatatatatccatatgtggttatgaaggattatcac 8371704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 36213931 - 36213885
Alignment:
Q  167 aaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaaattggaaga 213  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  36213931 aaaactctcattctttctggatgttcaaagattgacaaattggaaga 36213885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 4320631 - 4320538
Alignment:
Q  257 aatactggtatcaaagaagtgccctattcaatagcaagatcaacaagcattgcatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacgtgatg 350  Q
    ||||||||||| | | |||| |||| |||| ||| ||| |||| |||||||| || ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4320631 aatactggtataacaaaagttcccttttcattagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaaggattctcacgtgatg 4320538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 201
Target Start/End: Original strand, 5447564 - 5447600
Alignment:
Q  165 tgaaaactcttattctttctggttgttcaaagattga 201  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  5447564 tgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattga 5447600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University