View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1746_low_5 (Length: 363)

Name: NF1746_low_5
Description: NF1746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1746_low_5
NF1746_low_5
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (16-353)||(35899968-35900305)
chr1 (17-282)||(44145856-44146127)
chr1 (17-268)||(17810658-17810912)
chr1 (17-296)||(44613592-44613874)
chr1 (17-267)||(44794493-44794746)
chr1 (17-241)||(11543460-11543687)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (20-282)||(28121-28386)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (20-282)||(170406-170671)
scaffold0017 (20-280)||(181493-181756)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-281)||(29506511-29506778)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-255)||(26729139-26729380)
chr3 (17-258)||(8343546-8343790)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (87-274)||(29227859-29228046)
chr2 (87-274)||(29341158-29341345)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 16 - 353
Target Start/End: Original strand, 35899968 - 35900305
Alignment:
16 gggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaacttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
35899968 gggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaacttggctttattggatcttggagaaaatatatttcatggtccattacctttatggattggagat 35900067  T
116 agtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttagatt 215  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35900068 agtttgcaccaattaataatcttaagccttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttagatt 35900167  T
216 tgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcaggagttcattaattcaacttcatcatttctacctgt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35900168 tgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcaggagttcattaattcaacttcatcatttctacctgt 35900267  T
316 ggtttcactcaacaactggtcttttaatttaccctatg 353  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35900268 gatttcactcaacaactggtcttttaatttaccctatg 35900305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 282
Target Start/End: Original strand, 44145856 - 44146127
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattaccttt---atggattg 110  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    ||||||||    
44145856 ggacaacttccttcttcattgaagaattgctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaatatgtttcatggtctgttaccttcttcatggattg 44145955  T
111 gagacagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaat-cttcatgtct 209  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||    
44145956 gagatagtttacaccaattagtaatcttaagcctccaattcaataacttcaatggaagtctaccttcaaatctctg-tatttgaaaaatcctccaagtct 44146054  T
210 tagatttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcagga 282  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||    
44146055 tggatctgtcactaaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaataattttacttcaatggatcagga 44146127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 17810912 - 17810658
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaact---tggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| |||||  ||    ||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
17810912 ggacaacttacttcctcattgaagaaatgctccgacaagctggctttgttggacctcggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatgggttggag 17810813  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||  || || ||    
17810812 acaatttacaccaattagtaatcttaagtcttcgattcaataatttaagtggaagtataccttcaaatgtatgttatttgagaaaacttcgagtattgga 17810713  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttact 268  Q
    | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
17810712 tctgtcactaaataacttatcaggaggaatcccaacttgtgtaatgaattttact 17810658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 296
Target Start/End: Original strand, 44613592 - 44613874
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
44613592 ggacaacttccttcctctttgaagaattgctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggag 44613691  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    | || |||||  | |||  ||||||||| ||||| | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||    
44613692 atagcttacaaaatttagaaatcttaagccttcgatccaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctgttacttgacaaaacttcaagtcttgga 44613791  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcaggagttcattaattcaa 296  Q
    ||||||||| || | | |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||| | |||| || |||| || |||| |||||    
44613792 tttgtcactgaacaacatatcaggaagaatcccaacttgtataaacaattttacatcaatgtcttaggacttgattagttcaa 44613874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 44794746 - 44794493
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
44794746 ggacaacttccttcctctttgaagaatttctcaaacaagttggctttgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggag 44794647  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    | || |||||  | |||  ||||||||| ||||| | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||    
44794646 atagcttacaaaatttagaaatcttaagccttcgatccaataacttctatggaagtttaccttcaaatctctgttacttgacaaaacttcaagtcttgga 44794547  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttac 267  Q
    ||||||||| || | | |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||    
44794546 tttgtcactgaacaacatatcaggaagaatcccaacttgtataaacaattttac 44794493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11543687 - 11543460
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||   |||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
11543687 ggacaacttccttcttcattgaagaattgctcagacaagttggctatcttggaccttggagaaaatacgtttcatggtccgttaccttcatggattggag 11543588  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
     ||||||||| ||| || |||||||||| ||| |   |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||    
11543587 gcagtttacaacaactagtaatcttaagcctttgagccaataacttcagtggaagtataccttcaaatctctgttatttaagaaaactgcatatcttaga 11543488  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggagga 241  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||    
11543487 tatgtcactaaatagcttatcaggagga 11543460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 28386 - 28121
Alignment:
20 caacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggagaca 116  Q
    |||||||||||||| || ||||||| |||||||   |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
28386 caacttccttcctctttgaagaatttctcaaacaagttggctatgttggatcttggagaaaatatgtttcaaggtccattaccttcatggattggagaca 28287  T
117 gtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttagattt 216  Q
      ||||  |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
28286 acttacgacaattagtaatcttaagccttcgattcaataacttcaatggaagtctaccttcaaatctatgttatttgacaaaacttcatgtcttagatat 28187  T
217 gtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcagga 282  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||    
28186 gtcactaaataatttatcaggaggaatccccacttgtgtaaacaatttaacttcaatggctcagga 28121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 282
Target Start/End: Original strand, 170406 - 170671
Alignment:
20 caacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggagaca 116  Q
    |||||||||||||| || ||||||| |||||||   |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
170406 caacttccttcctctttgaagaatttctcaaacaagttggctatgttggatcttggagaaaatatgtttcaaggtccattaccttcatggattggagaca 170505  T
117 gtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttagattt 216  Q
      ||||  |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
170506 acttacgacaattagtaatcttaagccttcgattcaataacttcaatggaagtctaccttcaaatctatgttatttgacaaaacttcatgtcttagatat 170605  T
217 gtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcagga 282  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||    
170606 gtcactaaataatttatcaggaggaatccccacttgtgtaaacaatttaacttcaatggctcagga 170671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 280
Target Start/End: Original strand, 181493 - 181756
Alignment:
20 caacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggagaca 116  Q
    |||||||||||||  || |||||||||| ||||   |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| | |    
181493 caacttccttcctgtttgaagaattgctaaaacaagttggctctgttggatcttggagaaaataagtttcatggtccattacctgcatggattggacaaa 181592  T
117 gtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttagattt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |    
181593 gtttacaccaattagtaatcttaagccttcgattcaacaacttcaatggaattcttccttcaaatctctgttatttgacaaaacttcatgtcttggatct 181692  T
217 gtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcag 280  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||    
181693 gtccgtaaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaattttacttcaatgactcag 181756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 29506778 - 29506511
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
29506778 ggacaatttccttcctccttgaagaattgttcaaacaaattggctttgttggaccttggagaaaatatgtttcatggtccaataccttcatggattggag 29506679  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||| | ||||| | ||| || |||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||| ||    
29506678 acagtttacaccagttaataatcttaagccttcgactcaatgatttcaacgaaagcctgccttcaaacctatgttatttgagagaacttcaagtcttgga 29506579  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatggctcagg 281  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
29506578 tttgtcactaaatagcttatcaggaggaatcccaacatgtgtaaagaattttacttcaatggctcagg 29506511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 255
Target Start/End: Original strand, 26729139 - 26729380
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
26729139 ggacaacttacttcctcattgaagaattgttcaaacaagttggctttgttggaccttggagaaaatatgtttcatggtccattacctgcatggattggag 26729238  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    | |||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||   ||||| ||    
26729239 agagtttacggcaattaataatattaagccttcggttcaataacttctatggaagtataccttcaaatatttgttatttgagaaaccttagagtcttgga 26729338  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgt 255  Q
    | | || || |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
26729339 tctttccctaaataacttatcaggaggaatcccaacatgtgt 26729380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 258
Target Start/End: Original strand, 8343546 - 8343790
Alignment:
17 ggacaacttccttcctcattaaagaattgctcaaac---ttggctttattggatcttggagaaaatatgtttcatggtccattacctttatggattggag 113  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||    ||| |||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
8343546 ggacaacttccttcctccttgaaaaattgctcaaaaaagttgactttgttggaaattggagaaaataagtttcatggtccattaccttcatggattggag 8343645  T
114 acagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctgttatttgagaaatcttcatgtcttaga 213  Q
    |||  ||||| |||||| ||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    
8343646 acaacttacatcaattagtaatcttaagcattcgagtcaataacttcaatggaagtataccttcaaatctttgttatttgagaaaacttcatgtcttgga 8343745  T
214 tttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaa 258  Q
    | |||| || |||| |||||||||||| || ||| | ||||||||    
8343746 tctgtcgctaaataacttatcaggagggattccaccatgtgtaaa 8343790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 87 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 29228046 - 29227859
Alignment:
87 atggtccattacctttatggattggagacagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctg 186  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||   || | |||||||||| ||||| |  || |  ||||||||||||||| |||||||||||||    
29228046 atggtgcattgcctttatggattggagacagtctacaaggatcactaatcttaagccttcgatctaacagcttcaatggaagtctagcttcaaatctctg 29227947  T
187 ttatttgagaaatcttcatgtcttagatttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatg 274  Q
    |||||||||| | ||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||| ||||    
29227946 ttatttgagagaacttcaagtattagatctgtcactaaatagcttctcaggaggaattccatcatgtgttaagaattttacttcaatg 29227859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 87 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 29341345 - 29341158
Alignment:
87 atggtccattacctttatggattggagacagtttacaccaattaataatcttaagtcttcggttcaataaattcaatggaagtctaccttcaaatctctg 186  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||   || | |||||||||| ||||| |  || |  ||||||||||||||| |||||||||||||    
29341345 atggtgcattgcctttatggattggagacagtctacaaggatcactaatcttaagccttcgatctaacagcttcaatggaagtctagcttcaaatctctg 29341246  T
187 ttatttgagaaatcttcatgtcttagatttgtcacttaatagcttatcaggaggaatcccaacttgtgtaaagaatcttactttaatg 274  Q
    |||||||||| | ||||| || |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||| ||||    
29341245 ttatttgagagaacttcaagtattagatctgtcactaaatagcttctcaggaggaattccatcatgtgttaagaattttacttcaatg 29341158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University