View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17473_high_1 (Length: 959)

Name: NF17473_high_1
Description: NF17473
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17473_high_1
NF17473_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-946)||(1057511-1058441)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (66-225)||(50580854-50581010)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 1058441 - 1057511
Alignment:
Q  18 tcaagtgaatcttcaattaaacaaaa-gatccatgcatatataaaattttacctggaagctcccatggctcgcatttgttgagatctacatcacctattg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058441 tcaagtgaatcttcaattaaacaaaaagatccatgcatatataaaattttacctggaagctcccatggctcgcatttgttgagatctacatcacctattg 1058342  T
Q  117 ctttgcatgtaaaatttacagaatctgaaatcttgtttacaagatagtaagtgatgagttcttcatcggtaggatgaaatcgaaatccaggaggtagggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058341 ctttgcatgtaaaatttacagaatctgaaatcttgtttacaagatagtaagtgatgagttcttcatcggtaggatgaaatcgaaatccaggaggtagggt 1058242  T
Q  217 ttcctctttctcacgatttccttccatttccatatccttcctttctttactaacaacttctttgtccttctggaataacacacaaaaagtgtcatgatgt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058241 ttcctctttctcacgatttccttccatttccatatccttcctttctttactaacaacttctttgtccttctggaataacacacaaaaagtgtcatgatgt 1058142  T
Q  317 acaaatagttgttgttttatgaacgagcttcaaaattgtcaaaatttaaaagaatatataaagggttaagaaaattaaatatagggttttataaattttt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058141 acaaatagttgttgttttatgaacgagctttaaaattgtcaaaatttaaaagaatatataaagggttaagaaaattaaatatagggttttataaattttt 1058042  T
Q  417 caaacaataaaagctatgtgcaaaagtttgtttgattgatgatgactttgcttacttgcacggagagacaaactttttctttgattcaagttttgttgat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058041 caaacaataaaagctatgtgcaaaagtttgtttgattgatgatgactttgcttacttgcatggagagacaaactttttctttgattcaagttttgttgat 1057942  T
Q  517 ttataggagctaccttatttgcaagaaacactaaacttgagggtaactgcaattgagttgaagtatagaggagatagatctttctagttagtaatcacca 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1057941 ttataggagctaccttatttgcaagaaacactaaacttgagggtaactgcaattgagttgaagtatagaggagatagatctttctagttagtaatcacca 1057842  T
Q  617 tgcattatatgttgaagaatttatatttaagtacaaagtcatggaagaaaacaaggtcaagtgtgtttgtgaagttttcaccaaatgtgggtctttacct 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1057841 tgcattatatgttgaagaatttatatttaagtacaaagtcatggaagaaaacaaggtcaagtgtgtttgtgaagttttcaccaaatgtgggtctttacct 1057742  T
Q  717 tcaagttgagtcgtacagctgtaatttccaagaaagacacctagcgaattgagttgtttattttattcttgagatagtaaagattttgtcaagtttttca 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1057741 tcaagttgagtcgtacagctgtaatttccaagaaagacacctagcgaattgagttgtttattttattcttgagatagtaaagattttgtcaagtttttca 1057642  T
Q  817 tttttaaccatagttcttgcccatataaaccaacatgctttagtcacnnnnnnnnnnnnnnntccaacatgctgtgaac-attaatgacatataaccggc 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1057641 tttttaaccatagttcttgcccatataaaccaacatgctttagtcacaaaaaataaaaaaaattcaacatgctgtgaacaattaatgacatataaccggc 1057542  T
Q  916 cggtaaaagctcatgtttaggggttcatttc 946  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  1057541 cggtaaaagctcatggttagggcttcatttc 1057511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 66 - 225
Target Start/End: Original strand, 50580854 - 50581010
Alignment:
Q  66 tacctggaagctcccatggctcgcatttgttgagatctacatcacctattgctttgcatgtaaaatttacagaatctgaaatcttgtttacaagatagta 165  Q
    ||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |   ||||||||| ||||||||||  |||||| |    
T  50580854 tacctggtagctcccatggttcagatttgttgagatctatatcagttattgctttgcctgtaaaact---agaatctgatatcttgtttatgagatagca 50580950  T
Q  166 agtgatgagttcttcatcggtaggatgaaatcgaaatccaggaggtagggtttcctcttt 225  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  50580951 agtgatgagttcttcatctgtaggatgaaatcgaaatcccggtggtagggtttcctcttt 50581010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University