View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17474_high_10 (Length: 470)
Name: NF17474_high_10
Description: NF17474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17474_high_10 |
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| [»] chr1 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 470
Target Start/End: Original strand, 45369520 - 45369972
Alignment:
| Q |
17 |
ataaaatgccaaaaaataaatatatagaatgttcaatttttcaaatttaaattacaggctgtattaaattatagcattttccatatattgtttctttatt |
116 |
Q |
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| T |
45369520 |
ataaaatgccaaaaaataaatatatagaatgttcaatttttcaaatttaaattacaggctgtattaaattatagcattttccatatattgtttctttatt |
45369619 |
T |
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| Q |
117 |
tttatgttcataataatttgtattaattgaagtttaaattatttgcacaccctaatctattgttctagttacgccaccgaatactctaaa--ccaccaac |
214 |
Q |
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| T |
45369620 |
tttatgttcataataatttgtattaattgaagtttaaattatttgcacaccctaatcaattgttctagttacgccaccgaatactctaaaaaccaccaac |
45369719 |
T |
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| Q |
215 |
actaagtcatctttatgatccattggcataatgtgatatcgatattacacaataatgtctagtattattattttgctagcagcagcagcacttttctaat |
314 |
Q |
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| T |
45369720 |
actaagtcatctttatgatccattggcataatgagatatcgatattacacaataatgtctagtatt---attttgctagcagcagcagcacttttctaat |
45369816 |
T |
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| Q |
315 |
ttctactacttggtagtaaaatgtattggtaggtatttgggtgacactaacttagctcaattaattcttaacacttttgctgtagcaatggtccttgtaa |
414 |
Q |
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| T |
45369817 |
ttctactaattggtagtaaaatgtattggtaggtatttgggtgacactaacttagctcaattaattcttaacacttttgctgtagcaatggtccttgtaa |
45369916 |
T |
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| Q |
415 |
cacaactgttcttttgattttaaaatgaacggtccagtgacaaatatgtatgccca |
470 |
Q |
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| T |
45369917 |
cacaactgttcttttgattttaaaatgaacggtccagtgacaaatatgtatgccca |
45369972 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 470
Target Start/End: Original strand, 45386043 - 45386495
Alignment:
| Q |
17 |
ataaaatgccaaaaaataaatatatagaatgttcaatttttcaaatttaaattacaggctgtattaaattatagcattttccatatattgtttctttatt |
116 |
Q |
| |
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| T |
45386043 |
ataaaatgccaaaaaataaatatatagaatgttcaatttttcaaatttaaattacaggctgtattaaattatagcattttccatatattgtttctttatt |
45386142 |
T |
|
| Q |
117 |
tttatgttcataataatttgtattaattgaagtttaaattatttgcacaccctaatctattgttctagttacgccaccgaatactctaaa--ccaccaac |
214 |
Q |
| |
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| T |
45386143 |
tttatgttcataataatttgtattaattgaagtttaaattatttgcacaccctaatcaattgttctagttatgccaccgaatactctaaaaaccaccaac |
45386242 |
T |
|
| Q |
215 |
actaagtcatctttatgatccattggcataatgtgatatcgatattacacaataatgtctagtattattattttgctagcagcagcagcacttttctaat |
314 |
Q |
| |
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| T |
45386243 |
actaagtcatctttatgatccattggcataatgagatatcgatattacacaataatgtctagtatt---attttgctagcagcagcagcacttttctaat |
45386339 |
T |
|
| Q |
315 |
ttctactacttggtagtaaaatgtattggtaggtatttgggtgacactaacttagctcaattaattcttaacacttttgctgtagcaatggtccttgtaa |
414 |
Q |
| |
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| T |
45386340 |
ttctactaattggtagtaaaatgtattggtaggtatttgggtgacactaacttagctcaattaattcttaacactttttctgtagcaatggtccttgtaa |
45386439 |
T |
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| Q |
415 |
cacaactgttcttttgattttaaaatgaacggtccagtgacaaatatgtatgccca |
470 |
Q |
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| T |
45386440 |
cacaactgttcttttgattttaaaatgaacggtccagtgacaaatatgtatgccca |
45386495 |
T |
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