View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17487_high_27 (Length: 249)

Name: NF17487_high_27
Description: NF17487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17487_high_27
NF17487_high_27
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (53-239)||(20297563-20297749)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (66-239)||(30434792-30434965)
chr5 (56-239)||(30059317-30059500)
chr5 (66-239)||(30748613-30748786)
chr5 (68-233)||(4380630-4380795)
chr5 (42-239)||(29871132-29871329)
chr5 (66-239)||(30243332-30243505)
chr5 (66-239)||(30339485-30339658)
chr5 (52-239)||(30399021-30399208)
chr5 (58-239)||(29852261-29852442)
chr5 (66-239)||(30482374-30482547)
chr5 (53-239)||(30678128-30678317)
chr5 (131-239)||(30714394-30714502)
chr5 (67-232)||(30205481-30205646)
chr5 (66-226)||(30203120-30203280)
chr5 (66-113)||(29709995-29710042)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (66-239)||(26706302-26706475)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (131-233)||(7582694-7582796)
chr1 (137-226)||(7098456-7098545)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 20297749 - 20297563
Alignment:
Q  53 taggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggt 152  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20297749 tagggaaagctgagtaagaccacggaaagtagagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggc 20297650  T
Q  153 agtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    | ||||||||||||||| |   |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20297649 attccaagtttagggcatttggagattttcaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 20297563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Original strand, 30434792 - 30434965
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30434792 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 30434891  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    |||| |   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30434892 ggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30434965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 56 - 239
Target Start/End: Original strand, 30059317 - 30059500
Alignment:
Q  56 gaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagt 155  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30059317 gaaaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagt 30059416  T
Q  156 ccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30059417 ccaagtttacggcattcagagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctctatg 30059500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Original strand, 30748613 - 30748786
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  30748613 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcag 30748712  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    |||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30748713 ggcaatcccagatatccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctctatg 30748786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 68 - 233
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4380795
Alignment:
Q  68 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttaggg 167  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  168 caatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccc 233  Q
    ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccc 4380795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 42 - 239
Target Start/End: Original strand, 29871132 - 29871329
Alignment:
Q  42 tcaccgtcacctaggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatg 141  Q
    |||||||||| ||||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||  |||||||||||    
T  29871132 tcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatg 29871231  T
Q  142 gaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |   | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  29871232 gaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctctatg 29871329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30243505 - 30243332
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30243505 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 30243406  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    |||| |   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30243405 ggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30243332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30339658 - 30339485
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  30339658 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttag 30339559  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||||   ||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30339558 ggcaataggagattgtcaagttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30339485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 30399021 - 30399208
Alignment:
Q  52 ctaggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatgg 151  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30399021 ctagggaaagctcagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatgg 30399120  T
Q  152 tagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
     | |||||||||||||||| |   |||   ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30399121 cactccaagtttagggcaagctgtgattctcaactcagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30399208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 58 - 239
Target Start/End: Original strand, 29852261 - 29852442
Alignment:
Q  58 aaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtcc 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||   ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  29852261 aaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtcc 29852360  T
Q  158 aagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||| ||||||||   |||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29852361 aagttcagggcaatatgagattttcaaattagaaagacaaggaaatatcttccctctttccactttcaataacccctctatg 29852442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Original strand, 30482374 - 30482547
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||||  || ||||||||||||| |||| ||||||||||||     
T  30482374 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttat 30482473  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||||   |||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30482474 ggcaatatgagatttccaagtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30482547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 53 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30678317 - 30678128
Alignment:
Q  53 taggaaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggt 152  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |  |||||   |||||||||||||||||||||     
T  30678317 tagggaaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggc 30678218  T
Q  153 agtccaag---tttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||||||   |||||||||||   |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30678217 agtccaagcagtttagggcaattccagatatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctctatg 30678128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 131 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30714502 - 30714394
Alignment:
Q  131 tttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 230  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714502 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaacaatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 30714403  T
Q  231 ccccctatg 239  Q
    ||| |||||    
T  30714402 cccactatg 30714394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 232
Target Start/End: Original strand, 30205481 - 30205646
Alignment:
Q  67 taagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagg 166  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||      ||||| |||  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  30205481 taagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagg 30205580  T
Q  167 gcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaccc 232  Q
    ||||    ||||    |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30205581 gcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataaccc 30205646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 66 - 226
Target Start/End: Original strand, 30203120 - 30203280
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  |||  ||||| | ||||||||||||  |||  ||||||||    
T  30203120 gtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagtttag 30203219  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 226  Q
    || ||     ||||| ||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30203220 ggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttccactttcaa 30203280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709995
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacat 113  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacat 29709995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Original strand, 26706302 - 26706475
Alignment:
Q  66 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggattgacatcgagggatttaagagatggaagacatggtagtccaagtttag 165  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  26706302 gtaagaccacgaaaggtagggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttag 26706401  T
Q  166 ggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccccctatg 239  Q
    ||||||  || ||   ||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26706402 ggcaatagtatattgtcaaacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctctatg 26706475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 131 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 7582796 - 7582694
Alignment:
Q  131 tttaagagatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 230  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||  | ||| | |||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  7582796 tttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttcaacaac 7582697  T
Q  231 ccc 233  Q
    |||    
T  7582696 ccc 7582694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 226
Target Start/End: Original strand, 7098456 - 7098545
Alignment:
Q  137 agatggaagacatggtagtccaagtttagggcaatcatagatatacaaattagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 226  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||  | ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  7098456 agatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttccaaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttccactttcaa 7098545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University