View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17487_high_28 (Length: 248)

Name: NF17487_high_28
Description: NF17487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17487_high_28
NF17487_high_28
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-232)||(29870857-29871088)
chr5 (37-232)||(30339762-30339957)
chr5 (1-231)||(29851971-29852201)
chr5 (1-232)||(30243573-30243804)
chr5 (33-232)||(30434493-30434692)
chr5 (37-232)||(30748314-30748509)
chr5 (37-231)||(30058960-30059154)
chr5 (40-210)||(4380357-4380527)
chr5 (52-232)||(30398685-30398865)
chr5 (37-155)||(30678477-30678595)
chr5 (76-232)||(30482003-30482159)
chr5 (3-149)||(30482158-30482304)
chr5 (40-231)||(30205113-30205304)
chr5 (100-232)||(17419191-17419323)
chr5 (117-232)||(30202752-30202867)
chr5 (179-232)||(29710349-29710402)
chr5 (103-232)||(30429542-30429671)
chr5 (196-232)||(30678629-30678665)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-232)||(26705934-26706126)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (37-148)||(20297912-20298023)
chr4 (85-232)||(20298032-20298179)
chr4 (46-232)||(20303875-20304060)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 29871088 - 29870857
Alignment:
Q  1 tctcttcaatctctggaagtatatagtttccgacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttgga 100  Q
    ||||||| |||||||   |||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  29871088 tctcttctatctctgtttgtatattgtttctctcaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaattttaaggatttgga 29870989  T
Q  101 attgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29870988 attgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttcacttgagcttctggcaattgagggttgcccaacattagaggaacgatgcaa 29870889  T
Q  201 agagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29870888 agagggaacaggggaggattgggacaagatag 29870857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 37 - 232
Target Start/End: Original strand, 30339762 - 30339957
Alignment:
Q  37 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30339762 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctacagatttatagctgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattc 30339861  T
Q  137 gacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339862 gacacctcacttctcttgagcttctgactatcattaattgcccaacattagaggaacgatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 30339957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29852201 - 29851971
Alignment:
Q  1 tctcttcaatctctggaagtatatagtttccgacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttgga 100  Q
    ||||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||        
T  29852201 tctcttcaatctctggttgtaaattgtttcccacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctacggattatat 29852102  T
Q  101 attgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaa 200  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  29852101 attgtaaaggattgagatgcttgccggagggtattggacacctcacttctcttgagcttctgtcaattaaaaattgcccaacattagaggaacgatgcaa 29852002  T
Q  201 agagggaacaggggaggattgggacaagata 231  Q
    || ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  29852001 agtgggaacatgtgaggattgggacaagata 29851971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 30243573 - 30243804
Alignment:
Q  1 tctcttcaatctctggaagtatatagtttccgacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttgga 100  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   |    
T  30243573 tctcttcaatctctgtctgtaaatagtttcccacaattggagtccttaccagagacaaattgggaaggtcttcaatcccttcgatttctaaagattcata 30243672  T
Q  101 attgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaa 200  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| || |||  ||| |    || ||||||||||||||| |||||||    
T  30243673 gatgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgaggttttgaatatttataaatgtccaacattagaggaacgatgcaa 30243772  T
Q  201 agagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243773 agagggaacaggggaggattgggacaagatag 30243804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 33 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30434692 - 30434493
Alignment:
Q  33 acaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggt 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  30434692 acaattggagtccttaccagagcaaaactgggaaggtcttcaatcccttcgagctctactgatttggggttgtagaggattgcgatgcttgccggagggt 30434593  T
Q  133 atgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||  ||||||||||||| |||||||||||| | ||    | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434592 attcgacacctcacttctcttgagcttctgtctatcattgattgcccaacattaaaggaacgatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 30434493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 37 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30748509 - 30748314
Alignment:
Q  37 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatga 136  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||      
T  30748509 ttggagtccttaccagagcaaaactgggaaggtcttcaatcccttcgagctctacagatttggggttgtagaggattgcgatgcttgccggagggtattc 30748410  T
Q  137 gacacctcacttcacttgagcttc-tgaca--attgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30748409 gacacctcacttctcttgagcttcttgatatcattga---ttgcccaacattagaggaacgatgcaaagagggaacatgggaggattgggacaagatag 30748314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 37 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30059154 - 30058960
Alignment:
Q  37 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  30059154 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctacatatttatagctgtgaaggattgcgatgtttgccggagggtattc 30059055  T
Q  137 gacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagata 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||| ||||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30059054 gacacctcacttctcttgagcttctgactatcattggttgccgaacattaaaggaacgatgcaagaagcgaacaggggaggattgggacaagata 30058960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4380527 - 4380357
Alignment:
Q  40 gagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagac 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  4380527 gagtccttaccagagcaaaattgagaaggtcttcaatcccttaggactctaacgatttgggattgcaaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgac 4380428  T
Q  140 acctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaaca 210  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4380427 acctcacttctcttgaggttctgagaatcattggttgcccaacattagaggaacgatgcaaagagggaaca 4380357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 52 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30398865 - 30398685
Alignment:
Q  52 gagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcac 151  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| | ||||  |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  30398865 gagcaaaattgggaaggtctgcaatcccttcaatatctatatatttctaattgtaaagaattgcgatgctttccggagggtattagacacctcacttctc 30398766  T
Q  152 ttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||| ||||||||||  | | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30398765 ttgaggttctgacaatcaatgattgcccaacattaaaggaacgatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 30398685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 37 - 155
Target Start/End: Original strand, 30678477 - 30678595
Alignment:
Q  37 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30678477 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagattcgtaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtattc 30678576  T
Q  137 gacacctcacttcacttga 155  Q
    |||||||||| || |||||    
T  30678577 gacacctcacatctcttga 30678595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 76 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30482159 - 30482003
Alignment:
Q  76 tcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggtt 175  Q
    |||||||||| |||| ||||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||  |    
T  30482159 tcccttcgaaatctacagatttatagctgtaaaggattgcgatgcttgccggagggtattcgacacctcacttctcttgaggttctgacaatttgggaat 30482060  T
Q  176 gcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30482059 gcccaacattagaggaacgatgcaaagagggaacatgggaggattgggacaagatag 30482003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 3 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 30482304 - 30482158
Alignment:
Q  3 tcttcaatctctggaagtatatagtttccgacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaat 102  Q
    |||||||| |||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| || |    
T  30482304 tcttcaatatctggaagtagattggttcccacaattggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgagctctacacatttcgagt 30482205  T
Q  103 tgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttc 149  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  30482204 tgtagaggattgagatgcttgccggagggtattcgacacctcacttc 30482158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30205304 - 30205113
Alignment:
Q  40 gagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagac 139  Q
    ||||| |||||| || ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||   |||| ||| | || ||||||| ||||| |||||  |||    
T  30205304 gagtctttaccaaaggaaatttgggaaggtctgcaatccctccgaactctagatatttgtcgttgtaaagaactgagatgcttaccggaaggtattcgac 30205205  T
Q  140 acctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagata 231  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||   ||||| |||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  30205204 atctcacttctctggagcttctgacaattcgtggttgtccaacactagaagagcgatgcaaggagggaacaggagaggactggtacaagata 30205113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 100 - 232
Target Start/End: Original strand, 17419191 - 17419323
Alignment:
Q  100 aattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgca 199  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||  ||||||||||||| |  ||| ||||||  ||| | |  | |||||||||||||||| ||||||    
T  17419191 aattgtgaaggtttgagatgcttgctagagggtattcgacacctcacttctcccgagtttctgaacatttatgactccccaacattagaggaacgatgca 17419290  T
Q  200 aagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17419291 aggagggaaccggggaggattgggacaagatag 17419323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30202867 - 30202752
Alignment:
Q  117 atgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggag 216  Q
    ||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||   |||||||||| |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  30202867 atgcttgctagaaggtattagacacctcacttcacttgatttgctgacaattttcggttgcccaatattgaaggaacgatgcaaggagggaacaggggag 30202768  T
Q  217 gattgggacaagatag 232  Q
     | |||||||||||||    
T  30202767 aactgggacaagatag 30202752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 232
Target Start/End: Original strand, 29710349 - 29710402
Alignment:
Q  179 caacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  29710349 caacattagaggaacgatgcaaggagggagcaagggaggattaggacaagatag 29710402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30429671 - 30429542
Alignment:
Q  103 tgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaag 202  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || |||||    |||||||| ||||||||| ||||| ||||| | ||||||||| |  ||  |||  |||| || |    
T  30429671 tgtgaaagattgagatgcttgccagaaggtattctgcacctcacatcacttgaggttctggcaatttatggttgcccagctgtaacggagcgatgtaagg 30429572  T
Q  203 agggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  30429571 agggaataggagaggactgggacaagatag 30429542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 232
Target Start/End: Original strand, 30678629 - 30678665
Alignment:
Q  196 tgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  30678629 tgcaaagagggaatgggggaggattgggacaagatag 30678665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 40 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 26706126 - 26705934
Alignment:
Q  40 gagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagac 139  Q
    |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||  |||    
T  26706126 gagtccctaccagagaaaatgtgggaaggtcttcaatcccttaggactctagagatttgggattgtaaaggaatgcgatgcttgccagagggtattcgac 26706027  T
Q  140 acctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706026 acctcacttctcttgagtttctgagaatttggagttgcccaacattagaggaacgatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 26705934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 148
Target Start/End: Original strand, 20297912 - 20298023
Alignment:
Q  37 ttggagtccttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||      
T  20297912 ttggagtccttaccagagcaaatttgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaggaattagttattgtaaaggattgcaatgcttgccggagggtattc 20298011  T
Q  137 gacacctcactt 148  Q
     |||||||||||    
T  20298012 aacacctcactt 20298023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 85 - 232
Target Start/End: Original strand, 20298032 - 20298179
Alignment:
Q  85 actctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctcacttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacat 184  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || || ||   |||||||||||| |||||||||||||| || |    |||||| ||||    
T  20298032 actctaaagatttggggttgtgaaggattgcaatgcttgccagaaggcattcaacacctcacttctcttgagcttctgactatcggttattgccccacat 20298131  T
Q  185 tagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    || ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20298132 taaagttacgatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 20298179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 232
Target Start/End: Original strand, 20303875 - 20304060
Alignment:
Q  46 ttaccagagcaaaattgggaaggtcttcaatcccttcgaactctaaagatttggaattgtgaaggattgcgatgcttgccggagggtatgagacacctca 145  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||| ||||| | | |||| | | |||| |||||||| |||||||||| || |||||  ||  |||||    
T  20303875 ttaccagagaaaatttgggaaggtctgaaatcccttagaactatgatgattcgtagttgtaaaggattgagatgcttgcctgaaggtattcgattcctca 20303974  T
Q  146 cttcacttgagcttctgacaattgagggttgcccaacattagaggaaagatgcaaagagggaacaggggaggattgggacaagatag 232  Q
    ||||||||||| || |||  ||| | |  |||||||||||| ||||| | |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  20303975 cttcacttgaggttttgagtatttatgaatgcccaacattaaaggaacggtgcaagacgggaacaggcgaggatt-ggacaagatag 20304060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University