View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17487_low_2 (Length: 586)

Name: NF17487_low_2
Description: NF17487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17487_low_2
NF17487_low_2
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (3-570)||(6244396-6244963)
chr3 (3-570)||(13270912-13271479)
chr3 (3-570)||(6258305-6258872)
chr3 (3-570)||(6141389-6141956)
chr3 (3-570)||(6167994-6168561)
chr3 (34-559)||(6591723-6592248)
chr3 (3-555)||(6916204-6916756)
chr3 (3-559)||(6899191-6899747)
chr3 (3-477)||(6264788-6265262)
chr3 (34-517)||(6722491-6722974)
chr3 (35-559)||(7749137-7749661)
chr3 (34-454)||(6881650-6882070)
chr3 (3-294)||(6237856-6238150)
chr3 (75-555)||(5279828-5280308)
chr3 (34-226)||(5262911-5263100)
chr3 (75-305)||(6555102-6555332)
chr3 (75-245)||(6480679-6480846)
chr3 (77-305)||(6735127-6735355)
chr3 (75-305)||(6520796-6521026)
chr3 (34-480)||(8569416-8569865)
chr3 (130-260)||(6946495-6946625)
chr3 (172-231)||(6850245-6850304)
chr3 (150-260)||(8588978-8589088)
chr3 (75-312)||(8453822-8454059)
chr3 (34-120)||(6839729-6839815)
chr3 (200-290)||(6449439-6449529)
chr3 (418-479)||(5298236-5298297)
chr3 (396-481)||(8471047-8471132)
chr3 (191-231)||(6850199-6850239)
chr3 (35-106)||(5297859-5297930)
chr3 (75-120)||(6527721-6527766)
chr3 (165-245)||(5267311-5267391)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-570)||(35140731-35141295)
[»] scaffold0425 (3 HSPs)
scaffold0425 (75-305)||(8141-8371)
scaffold0425 (172-231)||(13353-13412)
scaffold0425 (194-231)||(13307-13344)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (415-481)||(6573762-6573828)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Original strand, 6244396 - 6244963
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| |  |||||||||||||||| | |||||| ||    
T  6244396 atctcaaggttgattaaccctctcatctcctttggcatcttcttaatatgggtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagtttgcaaaaatttg 6244495  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
      ||||| |||   | ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6244496 gcgggagctcaagtagtttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgtaatctcggtgtaaga 6244595  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  6244596 aaggtctagatagcgcagaagctttaagtttcttatctcatcagctagctctgagagattgcaaccattgaaagataacttccgtaaatattgtactctt 6244695  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  6244696 gaatacaaattatactgcacattggtggatatcttaaagcgtttatcaccatagccttgtgcttctaccatcagactccgtactcctttaatgttatgaa 6244795  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6244796 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacaccctctattcgtaa 6244895  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6244896 gcagaattctcctgacattgatgtcgctaaatcatggacaagatcatgcatgatgaaattgtacttac 6244963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 13271479 - 13270912
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||||||||||||  | |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| |  |||||||||||||||| | |||||| ||    
T  13271479 atctcaagattgattaattcacttatctcctttggcatcttcttaatatgcgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagtttgcaaaaatttg 13271380  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
      ||||| |||   | ||||||||| |||| ||  |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13271379 gcgggagctcaagtagtttaaaacattctttcagcaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaatcaggtaagcttgtaatctcggtgtaaga 13271280  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13271279 aaggtctagatagcgcagaagctttaagtttcttatctcatcagctagctctgagagattgcaacctttgaaagataacatccgtaaatattgtagtctt 13271180  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13271179 gaatacaaattatactgcacattggtggatatcttaaagcgtttatcaccatagccttgtgcttctaccatcagactccgtagtcctttaatgttatgaa 13271080  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13271079 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatattgcactttcacaccctctattcgtaa 13270980  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
     |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13270979 gcagaattcccctgacattgatgtcgctaaatcatggacaagatcatgcatgatgaaatagtacttac 13270912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Original strand, 6258305 - 6258872
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| |  | |||||||||||| | || ||||| ||    
T  6258305 atctcaagattgattaattctcttatcttctttggcatcttcttaatatgcgtgcctttcaaattaagatgacataaattgatgagattgtgaaaatttg 6258404  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||| |||| || |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  6258405 atgggagctcagtcagtttaaaacattcttccagtaagagtgtatgcaaattatacaacatacaaatggaatcaggtaaacttgtaatctcggtgtaaga 6258504  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  6258505 aaggtctagatagcgcagaagctttaagtttcttatctcatcagctagctctaagagattgcaaccagagaaagacaatatccgcaaatattttagtctt 6258604  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    ||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  6258605 gaaaacaaactctgctgcacattggtggatatcttaaagcgtttctcaccatatccttgttcttctaccatcagactctgtagtcctttaatgttatgaa 6258704  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6258705 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcggcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacaccctctattcgtaa 6258804  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6258805 gcagaattctcctgacattgatgtcgctaaatcattgataagatcatgcatgatgaaatagtacttac 6258872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Original strand, 6141389 - 6141956
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| |  |||||||||| ||||| | |||||| ||    
T  6141389 atctcaggattgattaaccctcttatctcctttggcatcttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgacgagtttgcaaaaatttg 6141488  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||| |||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6141489 atgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagggtatgcaaattatacagcttacaaatggaattaggtaagcttgtaatctccgtgtaaga 6141588  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  6141589 aaggtctagatagcgcagaagctttaaatttcttatctcatcagctagctctaagagattgcaaccattgaaagacaacatccgcaaatattttagtcta 6141688  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
     || ||||||||  |||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  6141689 aaaaacaaattaagctgcacatcggtgcttatcttaaagcgttggtcaccatagccttgtgcttctaccatcagactctgtagtcctttaatgttatgaa 6141788  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||  | || || ||||||||    
T  6141789 tatgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcaacaccaaatgtgacgtgtcctttcattgatatcttgcacgttatcaccttcgattcgtaa 6141888  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
     | | |||||| ||  | |||| || ||||||||| ||||  |||||||||  |||| | ||||||||    
T  6141889 gcgggattctcttgtcaatgatttcgctaaatcattgacaagatcatgcatagtgaagtagtacttac 6141956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Original strand, 6167994 - 6168561
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||  |  ||||| |  |||||||||||||||| |  ||||| ||    
T  6167994 atctcaagattgattaatactcttatctcctttggcatcttcttgatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgatgagtttgccaaaatttg 6168093  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6168094 atgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacagcatacaaatggaattaggtaagcttgtaatgtcggtgtaaga 6168193  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||     
T  6168194 aaggtctagatatcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagctagctctaagagattgcaaccattgaaagacaaccttcgcaaatattttagtcta 6168293  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
     || ||||||||  ||| || | ||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| | |||    
T  6168294 aaaaacaaattaagctgaacatcggtgcttatctgaaagcgctggtcaccatagccttgtgcttctaccatcagactctgtagtcctttaatgtcacgaa 6168393  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||    
T  6168394 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcacgttatcaccctctattcgtaa 6168493  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
       | |||||||||  | |||| || ||||||||  | ||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6168494 gtgggattctcctgtcaatgatttcgctaaatcactggcaagatcatgcatgatgaaatagtacttac 6168561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 34 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 6592248 - 6591723
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttg 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  6592248 ttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagatggcgcaaattgatgagtttgtgaaaatctgaagggagttcggtcaatttaaaacattcttc 6592149  T
Q  134 caataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaattt 233  Q
    ||||||||  || | |||||| |||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6592148 caataagaatgtttgcaaattatacagcgtacaaatggaattaggtaagcttgcaatctcagttttagaaaggtctagatagcgcagaagctttaaattt 6592049  T
Q  234 cttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggata 333  Q
    ||||||||||||   |||| |  |||||||||||||   |  || |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||  |||||  ||    
T  6592048 cttatctcatcatctagctttacgagattgcaaccagaaagggacaacatccgcaaatattttattcttgaaaacaaattatgctgcacactggtgctta 6591949  T
Q  334 tcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaa 433  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6591948 tcttaaagcgtttttcaccatagccttgtgcttctaccatcagactgtgtagtcctttaattttatgaatctgcttcagttttctatcaccatcttccaa 6591849  T
Q  434 atcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaaccagaattctcctgaaattgatgtcactaaa 533  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||  | |||||||||  ||| |||||||||||||| | |||| |  |||||    
T  6591848 atcaaggcagcaccaaatatgacgtgtcctattagggatatcttgcacgttgccaccctctatttctaagcagaattctcctgacactgattttgctaaa 6591749  T
Q  534 tcatggacataatcatgcatgatgaa 559  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||    
T  6591748 tcattgacaagatcatgcatgatgaa 6591723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 3 - 555
Target Start/End: Original strand, 6916204 - 6916756
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||     |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||| |||| ||||| |  |||||||     
T  6916204 atctcaagattgtttaaccctcctatttttgttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagatggcgtaagttgacgagtttgccaaaatcta 6916303  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    ||||||| |||||||||||  |||| |||| ||||||||| || |  ||||| || | ||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  6916304 aagggagctcagtcaatttccaacattcttccaataagagtgtctgtaaattatatatcatacaaacggaaatcggtaagcttgtaatctcagtgtacga 6916403  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6916404 aagatctagatagcgcagaagctttaaatttcttatctcatctgctagctccgagagactgcaaccatggaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 6916503  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    ||||||||||||   ||||| | | ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||    
T  6916504 gaatacaaattacgttgcacatcgatgcctatcttatagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagactgtgtagtcctttaattttatgaa 6916603  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | | ||||||||| ||    
T  6916604 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatatgacgtgtccttttagggatatcttgcacgttttcactctctattcggaa 6916703  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatga 555  Q
     | ||||||||| || | |||| |  ||||||||| ||||  |||||||||||    
T  6916704 gcggaattctcccgacactgattttgctaaatcattgacaagatcatgcatga 6916756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 3 - 559
Target Start/End: Original strand, 6899191 - 6899747
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||||| | |||||||||||||  || ||||| |  |||| ||||| ||||| | |||||||||    
T  6899191 atctcaagattgtttaaccctcctatcttcattggcatcttcattatatgagtgccttgcagattaagatgacgtagattgacgagtttgcaaaaatctg 6899290  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||| || | |||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  6899291 aagggagctcagtcagtttaaaacaaccttgcagtaagagtgtctgcaaattatacagcatacaaatggaatcaggtaagcttgcaatctcggtgtaaga 6899390  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  6899391 aaggtctagatagcgcagaagctttaaatttcttatctcatcagctagctctatgagattgcaaccagagaaagacaacacccgcaaatattttactctt 6899490  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    ||| ||||||||| |||||| ||||||  |||| |||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| |   |||||| ||||| ||| |||    
T  6899491 gaaaacaaattatgctgcacattggtgcttatcctaaaacgttggttgccatagccttgtgcttctaccatcagactgtgtagtcccttaattttaagaa 6899590  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||  ||  | |||||||||| |||    
T  6899591 tatgctctagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatctggcgcgtcctttcagggatatcttgcaggttatcaccctctattcttaa 6899690  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaa 559  Q
     |  ||||||||||| | | || || |||||||||  |||  |||||||||||||||    
T  6899691 gcgaaattctcctgacactaatttcgctaaatcatatacaagatcatgcatgatgaa 6899747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 3 - 477
Target Start/End: Original strand, 6264788 - 6265262
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||| |  |||||||||| ||||| | |||||| ||    
T  6264788 atctcaaggtttattaaccctctcatctcctttggcatcttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacgtaaattgacgagtttgcaaaaatttg 6264887  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||| |||| | |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6264888 atgggagctcagtcaatttaaaacattcttccagtaagagggtatgcaaactatacagcttacaaatggaattaggtaagcttgtaatctctgtgtaaga 6264987  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  6264988 aaggtctagatagcgcagaagctttaaatttcttatctcatcagctagctctaagagattgcaacccgagaaagacaacattcgcaaatattttagtctt 6265087  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
     || ||||||||  |||||| | ||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||| || || || | ||    
T  6265088 aaaaacaaattaagctgcacatcggtgcgtaccttaaagcgttggtcaccatagccttgtgcttctaccatcagactgtgtagtcccttgatttttttaa 6265187  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatctt 477  Q
      | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||||    
T  6265188 cattctctagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccatacgtgacgtgtccttttaggtatatctt 6265262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 34 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 6722974 - 6722491
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttg 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |  |||||||||| ||||| ||| | ||||||||| || | |||||||||||| || ||||     
T  6722974 ttggcatcttcttaatatgagtgcctttcagattaagataacgtaaattgacgagtttgtagatatctgaaggtagcttagtcaatttaaagcactcttc 6722875  T
Q  134 caataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaattt 233  Q
    ||||||||| || | |||||| || | ||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  6722874 caataagagtgtctgcaaattatatagcatacaaatggaattaggtaagcttacaatgtcagtgtaggaaaggtctagatagcgcaaaagctttaaattc 6722775  T
Q  234 cttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggata 333  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||  |||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  ||    
T  6722774 cttatctcatcggatagctctaagaggttgcaaccagagaaagacagcatccgcaaatattttagtcttgaaaacaaattatgctgcacattggtgctta 6722675  T
Q  334 tcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaa 433  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| | | ||||||  |||  || ||||| |||| ||||||||| |||||||| | |||    
T  6722674 tcttaaagcgttggtcaccgtagccctgtgcttctaccatcagactgcgtagtccagtaactttgtgaatatgctctagttttctgtcaccatccttcaa 6722575  T
Q  434 atcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaaccagaattctcctga 517  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||| ||  | || ||||| || || ||||||||||||||    
T  6722574 atcaaggcagcaccaaatgttacgtgtcctttctgagatatcttgcacattttcaccttctatacggaaacagaattctcctga 6722491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 35 - 559
Target Start/End: Original strand, 7749137 - 7749661
Alignment:
Q  35 tggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgc 134  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || ||||| |  |||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||| |||| | ||||| | || |    
T  7749137 tggcatcttcttaatatgagtgccgtttagattaagatgacgtaaattgatgagtttgcaaaaatctgaaggcagctcagccaatctgaaacattgttcc 7749236  T
Q  135 aataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttc 234  Q
    || ||||| || | |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7749237 aacaagagtgtctgcaaattatacagcatacaaatggaattgggtaagcttgcaatctcagtgtgagaaaggtctagatagcgcagaagctttaaatttc 7749336  T
Q  235 ttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggatat 334  Q
    |||||||||| |  ||||||  |||||||||||||  ||  || |||| | ||||||||| |||||||||| ||||| | | ||| ||  ||| |  |||    
T  7749337 ttatctcatcggctagctctacgagattgcaaccagagagggacaacacctgcaaatattttagtcttgaaaacaaaattttctgtacactggggcttat 7749436  T
Q  335 cttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaaa 434  Q
    ||||||||||| ||||||| | || || ||||||||||||||| |    ||||| ||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  7749437 cttaaagcgttggtcaccacaaccctgcgcttctaccatcagactgtgcagtcccttaattttatgaatatgatctagttttctatcaccatcttccaaa 7749536  T
Q  435 tcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaaccagaattctcctgaaattgatgtcactaaat 534  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||  |  ||||||||| ||| ||||||||||| || | |||| |  ||||||    
T  7749537 tcaaggcagcaccaaatgtgacgcgtccttttagggatttcttgcacattaccatcctctattcttaagcagaattctcccgacactgattttgctaaat 7749636  T
Q  535 catggacataatcatgcatgatgaa 559  Q
    ||| ||||  ||| | |||||||||    
T  7749637 cattgacaagatcgttcatgatgaa 7749661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 454
Target Start/End: Original strand, 6881650 - 6882070
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttg 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   || ||||| |  |||||| ||||||| | | |||||||||  || ||||||  |||||| ||||| ||||     
T  6881650 ttggcatcttcttaatatgagtgcctgtcagattaagatgacgtaaactgatgagcttgcaaaaatctgttggaagttcaagcaatttgaaacattcttc 6881749  T
Q  134 caataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaattt 233  Q
    ||||||||| || |  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  6881750 caataagagtgtctgtaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgcaatctcagtgtgcgaaaggtccagatagcgcagaagctttaaattt 6881849  T
Q  234 cttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggata 333  Q
    |||||| |||||   |||  | |||| |||||||||  ||| || ||||||||||||  || || ||||||| |||||||||  |||||   ||||  ||    
T  6881850 cttatcccatcatctagcagtaagaggttgcaaccagagaaggacaacatccgcaaaagttttactcttgaaaacaaattatgttgcacaacggtgctta 6881949  T
Q  334 tcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaa 433  Q
    |||||||||| | |  ||||||||| ||||| ||||| |||| | | | |||||| |||    ||||||  | || ||||||||||||||||||||| ||    
T  6881950 tcttaaagcggtggggaccatagccctgtgcgtctactatcaaactgcgtagtccattacatctatgaagatactctagttttctatcaccatcttcaaa 6882049  T
Q  434 atcaaggcagcaccaaatgtg 454  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  6882050 atcaaggcagcaccaaatgtg 6882070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 294
Target Start/End: Original strand, 6237856 - 6238150
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||| || ||||||||||||||||||| || ||||  |  ||||| |  ||||||||||| |||| | |||||| ||    
T  6237856 atctcaagattgaataattctcgtatctcctttggcatcttcttaatatgcgttcctttcaaattaagatgacgtaaattgataagtttgcaaaaatttg 6237955  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| | ||||||||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6237956 atgggagcttagtcaatttaaaacattcttccggtaagagcgtatgcaaattatacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatttcagtgtaaga 6238055  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatc---tcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatatt 294  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||   |||||||  |||||| | |||||| |||||  || ||| ||||||||||||||||    
T  6238056 aaggtctagatagcacaaaagctttaaatttcttatcagatcatcagctagctctaaaagattggaaccagagatagacaacatccgcaaatatt 6238150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 555
Target Start/End: Original strand, 5279828 - 5280308
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    ||||||||||  |||| |||||||| ||||||||| ||||||||| || | |   || |||||||||| || | |||||| |||||||  ||||||||||    
T  5279828 cgtaaattgacaagtttgtaaaaatttgaagggagctcagtcaatctacatc---ctagcaataagagtgtctgcaaattatacaacacacaaatggaat 5279924  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagag---attgcaaccatt 271  Q
     ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| |||||   ||| |||||||     
T  5279925 caggtaggcttgtaattccagtgtaagaaaggtctagataacacagaagctttaagttgcttatctcgtcagctagctcggagagattattacaaccata 5280024  T
Q  272 gaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctacc 371  Q
    ||| | |||||| |||||||||| ||| |||||| |||  | |   ||||| ||  || ||||||| |||| ||  ||| ||||||||||| ||||||||    
T  5280025 gaatgttaacatacgcaaatattttagacttgaaaacagttcaatttgcacattcttgcatatcttgaagcattgctcatcatagccttgttcttctacc 5280124  T
Q  372 atcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgaggga 471  Q
     ||| | | | || ||| ||||| |||  ||| | || || |||||||| ||||| || | |||||||  |||||||||| || ||||  |||| |||||    
T  5280125 ttcaaactgcgtaatcccttaatcttacaaatattctctaattttctataaccatatttccaatcaagagagcaccaaatatggcgtgctctttcaggga 5280224  T
Q  472 tatcttgcactttcacgccctctattcgtaaccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatga 555  Q
    ||||||||||  |  | ||||||||||||||  | ||||||||||| | |||| |  ||||||||  ||||  |||||||||||    
T  5280225 tatcttgcaccctatcaccctctattcgtaaagaaaattctcctgacactgatcttgctaaatcaatgacaagatcatgcatga 5280308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Original strand, 5262911 - 5263100
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttg 133  Q
    |||||||||||   ||| |||||| ||| || ||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| || ||||||||| | |   || |    
T  5262911 ttggcatcttcgagataagagtgctttctagattaagatggcgtaaattgacgagtttataaaaatctgaagggagctccgtcaatttacatc---ctag 5263007  T
Q  134 caataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctt 226  Q
    ||||||||| || | |||||| |||||||   ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5263008 caataagagtgtctgcaaattatacaacacataaatggaatcaggtaggcttgtaatcccagtgtaagaaaggtctagataacgcagaagctt 5263100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 6555332 - 6555102
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| | |||| ||||  || ||||| || | |||||| |||||||| ||||||| ||    
T  6555332 cgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgataacagtcttttaacaagagtgtttgcaaattatacaacatacaaatggtat 6555233  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaa 274  Q
     |||||||||| ||||  ||||||| | |||||||||||| || | ||| ||||  |||| |||||||||    |||||||||||||  |||||| | ||    
T  6555232 caggtaagcttttaataccagtgtatgtaaggtctagataacgcaaaagttttagctttcctatctcatccacaagctctgagagatgccaaccactaaa 6555133  T
Q  275 agataacatccgcaaatattgtagtcttgaa 305  Q
     | || |||||||||| ||| ||||||||||    
T  6555132 tgttagcatccgcaaaaattttagtcttgaa 6555102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 6480846 - 6480679
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| | | |   ||||||| ||||  || | |||||| |||||||| ||||||  ||    
T  6480846 cgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattcacacc---cttgcaacaagattgtttgcaaattatacaacatacaaatgctat 6480750  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatca 245  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6480749 caggtaagcttgtaatctcagtgaaagaaaggtcaagatagcgcaaaagttttatattgcttatctcatca 6480679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 77 - 305
Target Start/End: Original strand, 6735127 - 6735355
Alignment:
Q  77 taaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaatta 176  Q
    |||||||| ||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |  |||| |||  || ||||| || |  ||||| |||||||| ||||||| || |    
T  6735127 taaattgacgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgacgacaaccttttaacaagagtgtttgtaaattatacaacatacaaatggtatca 6735226  T
Q  177 ggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaag 276  Q
    ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||||||    ||||||||||||| ||||||  | || |    
T  6735227 ggtaagcttctaatcttagtgtatgaaaggtctagataacgcaaaagttttaaattgcttatctcatccacaagctctgagagatagcaacctctaaatg 6735326  T
Q  277 ataacatccgcaaatattgtagtcttgaa 305  Q
     || |||||||| | ||| ||||||||||    
T  6735327 ttagcatccgcagacattttagtcttgaa 6735355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 6521026 - 6520796
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |   ||  |||  || ||||| || |  ||||| |||| ||| ||||||| ||    
T  6521026 cgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgatggcagccttttaacaagagtgtttgtaaattatacagcatacaaatggtat 6520927  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaa 274  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||||||    ||||||||||||  ||||||| | ||    
T  6520926 caggtaagcttgcaatcttattgtaagaaaggtctagataacgcaaaagttttaaattgcttatctcatccacaagctctgagagaaggcaaccactaaa 6520827  T
Q  275 agataacatccgcaaatattgtagtcttgaa 305  Q
     | || |||||||||| ||| ||||||||||    
T  6520826 tgttagcatccgcaaacattttagtcttgaa 6520796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 8569865 - 8569416
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttg 133  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| | ||||||||||   |||| |||||||| ||||||||| |  ||||||| | |||| ||||     
T  8569865 ttggcatcttcttaatatcagtgccttttagattaagatggcgtaaattggcaagtttgtaaaaatatgaagggagcttggtcaattcagaacattcttc 8569766  T
Q  134 caataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaattt 233  Q
    |||||  || || |  ||||| |||||| | |||||||||| ||| || ||| ||||||| |||  ||  || ||||||||||| | ||||||||||||     
T  8569765 caatattagtgtttgtaaattatacaacttacaaatggaatcaggcaaccttttaatctctgtgcgagtcagatctagatagcgcaaaagctttaaattg 8569666  T
Q  234 cttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaattatactgcaccttggtggata 333  Q
    | ||||||||| || ||||||| |||||  ||| ||   || ||||||||||| || |||| |||| ||||| | |  | ||  || || ||| ||  ||    
T  8569665 catatctcatctgacagctctgtgagatcacaatcacaaaatgataacatccgtaagtattttagttttgaaaaaatttcatgttgaacattgttgctta 8569566  T
Q  334 tcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaa 433  Q
    |||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||||  |||   | || ||| ||||| |||| ||| ||| ||| | ||||  ||||||||| |||    
T  8569565 tcttcaagcattcgtcataatagccttgtgcttctaccagtagaccgcgtaatcccttaatcttataaatgtgccttaatattcttgcaccatctttcaa 8569466  T
Q  434 atcaag---gcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgca 480  Q
    ||||||   ||  |||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  8569465 atcaagagagccacaccaaatatgacgtgtcctttcagatatatcttgca 8569416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 130 - 260
Target Start/End: Original strand, 6946495 - 6946625
Alignment:
Q  130 cttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaa 229  Q
    ||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| || | |||||||||    
T  6946495 cttgcaataagagtgtttgcaaattatacaacatacaaatagaatcgggtaaccttgtaatattagtgtgagaaaggtctagataacgcaaaagctttaa 6946594  T
Q  230 atttcttatctcatcagagagctctgagaga 260  Q
    ||| ||||||||||||   ||||||||||||    
T  6946595 attgcttatctcatcaactagctctgagaga 6946625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 172 - 231
Target Start/End: Original strand, 6850245 - 6850304
Alignment:
Q  172 aattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaat 231  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6850245 aattaggtatgcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgcagaagctttaaat 6850304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 260
Target Start/End: Original strand, 8588978 - 8589088
Alignment:
Q  150 aaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagaga 249  Q
    ||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||||| |   |    
T  8588978 aaattatacaacatacaaatggtatcaggtaagcttgtaatcaaagtgtaagaaaggtctagataacgcaaaagttttaaattgcttatctcattaacta 8589077  T
Q  250 gctctgagaga 260  Q
    |||||||||||    
T  8589078 gctctgagaga 8589088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 312
Target Start/End: Original strand, 8453822 - 8454059
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| || ||||||| | ||||  ||| ||  ||||| || | |||||| | |||||| ||||||| ||    
T  8453822 cgtaaattgacgagtttggaaaaatttgaagggagctctgtcaattcacaacagccttccagcaagagtgtttgcaaattatgcaacatacaaatggtat 8453921  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaa 274  Q
     ||||||  ||  ||||   |||||||| ||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||||   || ||| |||||  ||||||  | ||    
T  8453922 caggtaatatttcaatccatgtgtaagagaggtctagataacgcaaaagttttaaattgcttatctcatcaactagttctaagagaccgcaacctctaaa 8454021  T
Q  275 agataacatccgcaaatattgtagtcttgaatacaaat 312  Q
     ||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||    
T  8454022 tgataacatccgcaaaaaatttagtcttgaaaacaaat 8454059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 6839815 - 6839729
Alignment:
Q  34 ttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatt 120  Q
    ||||||||||||| |||| |  ||||||||| ||||| | ||||||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6839815 ttggcatcttctttatattacagccttcaagattaagatggcgtaaactgactagtttgtaaaaatttgaagggagttcagtcaatt 6839729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 6449529 - 6449439
Alignment:
Q  200 agaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaa 290  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||  |||   || || |||||||||||||||    
T  6449529 agaaaggtctagataacgtaaaagctttaaattgcttatctcatccactagctctgagagatcacaatgtttaaatgataacatccgcaaa 6449439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 418 - 479
Target Start/End: Original strand, 5298236 - 5298297
Alignment:
Q  418 tatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgc 479  Q
    ||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  5298236 tatcaccatcttttaattcaagagagcaccaaatgtgacgtgtcctttcaggaatatcttgc 5298297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 396 - 481
Target Start/End: Original strand, 8471047 - 8471132
Alignment:
Q  396 ttatgaatctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcac 481  Q
    |||| ||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||  | || |||||||||||||| |||| ||  |||||||||||    
T  8471047 ttataaatctgctttaatattctagcaccatctttcaaatcaagataacagcaaatgtgacgtgttctttcagatatatcttgcac 8471132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 6850239 - 6850199
Alignment:
Q  191 ctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaat 231  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6850239 ctcagtgtaagaaaggtctagataccgcagaagctttaaat 6850199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 106
Target Start/End: Original strand, 5297859 - 5297930
Alignment:
Q  35 tggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagg 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| | ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||    
T  5297859 tggcatcttctttatatgagtgccttttaggataagatggcgtaaactgacgagtttgtaaaaatctaaagg 5297930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 6527766 - 6527721
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatt 120  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  6527766 cgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaatt 6527721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Original strand, 5267311 - 5267391
Alignment:
Q  165 caaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatca 245  Q
    |||||||||| ||| || ||| ||||||  |||  ||| ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||    
T  5267311 caaatggaatcaggcaaccttttaatctttgtgagagacaggtctagataacgcaaaagctttaaattgcttatctcatca 5267391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 35141295 - 35140731
Alignment:
Q  3 atctcaagattgattaaccctcttatcccccttggcatcttcttaatatgagtgccttcaaggttaagtttgcgtaaattgatgagttcgtaaaaatctg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||  |  ||||| |  | |||||||||||||| |  ||||| ||    
T  35141295 atctcaagattgattaaccctctcatctcctttggcat-ttcttaatatgtgtgcctttcaaattaagatgacataaattgatgagtttgcgaaaatttg 35141197  T
Q  103 aagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaattaggtaagcttgtaatctcagtgtaaga 202  Q
    | ||||| ||| ||  ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35141196 atgggagctcaatcggtttaaaacattcttccagtaagagcgtatgcaaattatacaacatacaaatggaattaggtaagcttgtaatctcggtgtaaga 35141097  T
Q  203 aaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaaagataacatccgcaaatattgtagtctt 302  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  35141096 aaggtctagatagcgcataagctttaagtttcctatctcttcagctagctctgagagattgcaacaagagaaagacaacatccgcaaatatt-tagtctt 35140998  T
Q  303 gaatacaaattatactgcaccttggtggatatcttaaagcgtttgtcaccatagccttgtgcttctaccatcagagtccatagtcctttaatgttatgaa 402  Q
    ||| ||||| | |  ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||| |  ||||| |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||    
T  35140997 gaaaacaaactctgatgcacgttggtggatatcttaaagtatttctcacca-acacttgttcttctaccatcaaattctttagtcctttaatgttatgaa 35140899  T
Q  403 tctgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcactttcacgccctctattcgtaa 502  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35140898 tttgctttagttttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacatgtcctttgagggatatcttgcactttcacaccctctattcgtaa 35140799  T
Q  503 ccagaattctcctgaaattgatgtcactaaatcatggacataatcatgcatgatgaaatggtacttac 570  Q
     |  ||||||||| | |||||||||| |||||||| || |  |||||||| |||||||| | ||||||    
T  35140798 gcgaaattctcctaacattgatgtcattaaatcattgataagatcatgcacgatgaaatagcacttac 35140731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 3)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8371 - 8141
Alignment:
Q  75 cgtaaattgatgagttcgtaaaaatctgaagggagttcagtcaatttaaaacaatcttgcaataagagcgtatccaaattgtacaacatgcaaatggaat 174  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| |  |||| |||  || ||||| || |  ||||| |||||||| ||||||| ||    
T  8371 cgtaaattgatgagtttggaaaaatttgaagggagctcagtcaattgacgacaaccttttaacaagagtgtttgtaaattatacaacatacaaatggtat 8272  T
Q  175 taggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaatttcttatctcatcagagagctctgagagattgcaaccattgaa 274  Q
     |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| || | ||| |||||||| |||||||||||    ||||||||||||| ||||||  | ||    
T  8271 caggtaagcttctaatcttagtgtatgaaaggtctagataacgcaaaagttttaaattgcttatctcatccacaagctctgagagatagcaacctctaaa 8172  T
Q  275 agataacatccgcaaatattgtagtcttgaa 305  Q
     | || |||||||| | ||| ||||||||||    
T  8171 tgttagcatccgcagacattttagtcttgaa 8141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 172 - 231
Target Start/End: Original strand, 13353 - 13412
Alignment:
Q  172 aattaggtaagcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaat 231  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13353 aattaggtatgcttgtaatctcagtgtaagaaaggtctagatagcgcagaagctttaaat 13412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13344 - 13307
Alignment:
Q  194 agtgtaagaaaggtctagatagcgtagaagctttaaat 231  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  13344 agtgtaagaaaggtctagataccgcagaagctttaaat 13307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 415 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 6573828 - 6573762
Alignment:
Q  415 ttctatcaccatcttccaaatcaaggcagcaccaaatgtgacgtgtcctttgagggatatcttgcac 481  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6573828 ttctagcaccatcttccaaaccaagggagcaccaaatatgacgtgtcctttcagatatatcttgcac 6573762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University