View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17489_low_7 (Length: 242)

Name: NF17489_low_7
Description: NF17489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17489_low_7
NF17489_low_7
[»] chr4 (56 HSPs)
chr4 (20-222)||(24470824-24471025)
chr4 (20-216)||(24420601-24420797)
chr4 (23-222)||(24421180-24421379)
chr4 (23-222)||(24470536-24470735)
chr4 (23-222)||(24470344-24470543)
chr4 (26-222)||(24420847-24421043)
chr4 (20-204)||(24420505-24420689)
chr4 (20-216)||(24470925-24471121)
chr4 (20-222)||(24421033-24421235)
chr4 (23-222)||(24477461-24477660)
chr4 (20-218)||(24420889-24421087)
chr4 (28-222)||(24421089-24421283)
chr4 (50-216)||(24470686-24470852)
chr4 (149-218)||(24476990-24477059)
chr4 (101-222)||(24477395-24477516)
chr4 (26-222)||(24421231-24421427)
chr4 (20-222)||(24470632-24470834)
chr4 (28-177)||(24421137-24421286)
chr4 (20-177)||(24470437-24470594)
chr4 (35-222)||(24470488-24470675)
chr4 (23-210)||(24477413-24477600)
chr4 (23-213)||(24420940-24421130)
chr4 (20-168)||(24421321-24421469)
chr4 (20-168)||(24470254-24470402)
chr4 (26-222)||(24470296-24470492)
chr4 (23-222)||(24420652-24420851)
chr4 (23-186)||(24470476-24470639)
chr4 (20-222)||(24420409-24420611)
chr4 (20-222)||(24420697-24420899)
chr4 (44-222)||(24420817-24420995)
chr4 (29-213)||(24420466-24420650)
chr4 (26-222)||(24420559-24420755)
chr4 (23-207)||(24421276-24421460)
chr4 (26-222)||(24470871-24471067)
chr4 (21-216)||(24471021-24471216)
chr4 (20-222)||(24470728-24470929)
chr4 (50-159)||(24477632-24477741)
chr4 (23-207)||(24470263-24470447)
chr4 (29-213)||(24470976-24471160)
chr4 (41-168)||(24420334-24420461)
chr4 (40-222)||(24477064-24477249)
chr4 (26-207)||(24420751-24420932)
chr4 (38-222)||(24476975-24477150)
chr4 (58-168)||(24471165-24471275)
chr4 (21-59)||(24476943-24476981)
chr4 (23-222)||(24420988-24421187)
chr4 (32-198)||(24420373-24420539)
chr4 (32-198)||(24471087-24471253)
chr4 (77-138)||(24481334-24481395)
chr4 (53-180)||(24406481-24406608)
chr4 (52-135)||(24481477-24481559)
chr4 (59-93)||(24481582-24481616)
chr4 (23-108)||(24406397-24406482)
chr4 (71-132)||(24476897-24476958)
chr4 (20-73)||(24482203-24482256)
chr4 (140-216)||(24420337-24420413)
[»] scaffold0879 (8 HSPs)
scaffold0879 (23-192)||(4425-4594)
scaffold0879 (20-222)||(4539-4741)
scaffold0879 (28-222)||(4491-4685)
scaffold0879 (28-177)||(4488-4637)
scaffold0879 (41-218)||(4687-4864)
scaffold0879 (23-213)||(4644-4834)
scaffold0879 (125-222)||(4731-4828)
scaffold0879 (23-222)||(4587-4786)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (26-207)||(41899872-41900053)
chr2 (38-213)||(41900220-41900395)
chr2 (38-216)||(41900412-41900590)
chr2 (27-174)||(41899921-41900068)
chr2 (23-168)||(41900301-41900446)
chr2 (23-105)||(41900541-41900623)
chr2 (28-177)||(41899826-41899975)
chr2 (50-213)||(41900280-41900443)
chr2 (74-177)||(41899824-41899927)
chr2 (26-168)||(41900112-41900254)
chr2 (39-168)||(41900509-41900638)
[»] chr1 (30 HSPs)
chr1 (29-168)||(11879442-11879581)
chr1 (47-216)||(11904905-11905074)
chr1 (47-213)||(11904956-11905122)
chr1 (29-222)||(11879484-11879677)
chr1 (39-216)||(11905097-11905274)
chr1 (32-168)||(11902038-11902174)
chr1 (26-117)||(11879445-11879536)
chr1 (29-222)||(11902080-11902273)
chr1 (28-216)||(11905049-11905237)
chr1 (83-216)||(52818902-52819035)
chr1 (32-213)||(11879445-11879626)
chr1 (32-216)||(11882300-11882484)
chr1 (32-216)||(11891534-11891718)
chr1 (29-213)||(11902041-11902225)
chr1 (32-108)||(11905397-11905473)
chr1 (41-168)||(52821311-52821438)
chr1 (29-169)||(11882395-11882535)
chr1 (29-169)||(11891629-11891769)
chr1 (29-216)||(11905193-11905380)
chr1 (104-180)||(52821569-52821645)
chr1 (53-216)||(11882108-11882271)
chr1 (53-216)||(11891342-11891505)
chr1 (26-72)||(11879442-11879488)
chr1 (83-168)||(52821305-52821390)
chr1 (53-141)||(11879661-11879749)
chr1 (29-85)||(11882287-11882343)
chr1 (29-85)||(11891521-11891577)
chr1 (65-117)||(11902377-11902429)
chr1 (32-156)||(52818611-52818735)
chr1 (29-69)||(52819136-52819176)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 56)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24471025 - 24470824
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  24471025 ttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttat 24470926  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470925 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggt-ggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatac 24470827  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24470826 ata 24470824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 216
Target Start/End: Original strand, 24420601 - 24420797
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  24420601 ttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttat 24420700  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24420701 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttata 24420797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 24421180 - 24421379
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || || || ||||| || || ||||||||||| ||||| || |    
T  24421180 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 24421279  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  24421280 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacata 24421379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470735 - 24470536
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || || || ||||| || ||||||||||| ||||| || |    
T  24470735 tagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtaga 24470636  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  24470635 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacata 24470536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470543 - 24470344
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||| || || || ||||| || |  ||||||||||| ||||| || |    
T  24470543 tagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtaga 24470444  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  24470443 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacata 24470344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420847 - 24421043
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||| || ||||| || || || || || || |    
T  24420847 acatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacat 24420946  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  24420947 atggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacata 24421043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 204
Target Start/End: Original strand, 24420505 - 24420689
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || || || ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  24420505 ttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttat 24420604  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggagg 204  Q
    | || |||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||||| | |||||| || || || ||||||||||| |||||    
T  24420605 agacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggagg 24420689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 24471121 - 24470925
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||| |||||| || || || |||||||| |||||||| || || || ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  24471121 ttatggacatagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttat 24471022  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    | ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||| | |||||| || || || ||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  24471021 agacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttata 24470925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Original strand, 24421033 - 24421235
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || || |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| |    
T  24421033 ttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgt 24421132  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    |||  |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||    
T  24421133 aaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaac 24421232  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24421233 ata 24421235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 24477461 - 24477660
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||   |||||| |    
T  24477461 tagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttataga 24477560  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | ||||| || || ||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||  |||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  24477561 catatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtgatttgtagacatgtggaggcggaggagagagagatggaggtggtggggacttgtacacata 24477660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 218
Target Start/End: Original strand, 24420889 - 24421087
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| |    
T  24420889 ttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgt 24420988  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatata 218  Q
    | || ||||| || || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  24420989 agacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtata 24421087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 222
Target Start/End: Original strand, 24421089 - 24421283
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||| || || |||    
T  24421089 atatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatat 24421188  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||| || || || || || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  24421189 ggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacata 24421283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 50 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 24470852 - 24470686
Alignment:
Q  50 gatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacg 149  Q
    ||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||| || ||||| || || || || || || ||||| |||||||| ||||| || |    
T  24470852 gatggaggaggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatg 24470753  T
Q  150 gtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24470752 gtggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttata 24470686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 149 - 218
Target Start/End: Original strand, 24476990 - 24477059
Alignment:
Q  149 ggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatata 218  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24476990 ggtggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatata 24477059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 222
Target Start/End: Original strand, 24477395 - 24477516
Alignment:
Q  101 ggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggag 200  Q
    ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24477395 ggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagaggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggag 24477494  T
Q  201 gaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  24477495 gaggtggtgacttgtagacata 24477516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 222
Target Start/End: Original strand, 24421231 - 24421427
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||   |||||| || |    
T  24421231 acataaggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacat 24421330  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    |||| || || || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  24421331 atggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacata 24421427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470834 - 24470632
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||||| || ||||| || || || |||||||| |||||||| |    
T  24470834 ttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgt 24470735  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    | || |||||||| || || || ||||| || || ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||    
T  24470734 agacatatggaggaggaggtgaaggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtgggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagac 24470635  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24470634 ata 24470632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 177
Target Start/End: Original strand, 24421137 - 24421286
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || || || || |||||||| ||||| ||     
T  24421137 atatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacataa 24421236  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatgg 177  Q
    || || || || || || || |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  24421237 ggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatgg 24421286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24470594 - 24470437
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| |    
T  24470594 ttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgt 24470495  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatgg 177  Q
    |||| || || || || || || || |  |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  24470494 aaacatagggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatgg 24470437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470675 - 24470488
Alignment:
Q  35 gggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtg 134  Q
    ||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||   |||||| || ||||| || |    
T  24470675 gggggaggagaaggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggg 24470576  T
Q  135 gtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  24470575 gaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacata 24470488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 210
Target Start/End: Original strand, 24477413 - 24477600
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || ||| | || ||   |||||||| |||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |    
T  24477413 tagacatatggaggtggtggtgatggagaaggtagaggaggactcttgtagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtaga 24477512  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtga 210  Q
    | ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||   ||| || |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  24477513 catatggaggtggaggtgagggagatggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggagggaaaggagacggaggaggtggtga 24477600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 213
Target Start/End: Original strand, 24420940 - 24421130
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || || ||||| || || || ||||| ||||| |    
T  24420940 tagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatata 24421039  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    | ||||| || || ||||| || || |||||||| || |||||||| | ||||||||| || || || || ||||| || ||||| |||||    
T  24421040 catatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggactt 24421130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Original strand, 24421321 - 24421469
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| |    
T  24421321 ttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgt 24421420  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    | || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  24421421 acacatacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtggagatttgta 24421469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24470402 - 24470254
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| |    
T  24470402 ttatagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgt 24470303  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    | || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  24470302 acacatacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtggagatttgta 24470254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470492 - 24470296
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||| || ||||| ||||| || | |||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||   |||||| || |    
T  24470492 acatagggcgggggaggtgagggtgttggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacat 24470393  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    |||| || || || || || || || ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  24470392 atggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacata 24470296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420652 - 24420851
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || || || |  |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  24420652 tagatatatggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaa 24420751  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | ||||| || || || || ||||| || || ||||| ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  24420752 catatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacata 24420851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 24470639 - 24470476
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||   ||| |||| |||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |    
T  24470639 tagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtaga 24470540  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggagg 186  Q
    | |||||||| || || || || || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  24470539 catatggaggaggaggtgaaggggaaggaggtggtggtgacttgtaaacatagggcgggggagg 24470476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420409 - 24420611
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    |||||| ||||||| || || ||||| || || ||||| ||||| || ||||||   |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||    
T  24420409 ttatagccatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttat 24420508  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    | || || || || || || || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||    
T  24420509 agacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagac 24420608  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24420609 ata 24420611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420697 - 24420899
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| || |||||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||| | |||||| || || || || ||||| || || || || |||||||    
T  24420697 ttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttat 24420796  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    |||  || || || || || || || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  24420797 aaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatac 24420896  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24420897 ata 24420899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420817 - 24420995
Alignment:
Q  44 gaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatg 143  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| || || || || |    
T  24420817 gaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacatatggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaag 24420916  T
Q  144 gagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || || ||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  24420917 gtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacata 24420995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 213
Target Start/End: Original strand, 24420466 - 24420650
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatg 128  Q
    |||||||| ||||||||||  || || ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||    
T  24420466 tatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatg 24420565  T
Q  129 gaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    |||| || || || ||||| || ||||| || ||||| || |||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  24420566 gaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgactt 24420650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420559 - 24420755
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||||||||| || |||||||| || || || || || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |  |    
T  24420559 acatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacatatggaggtggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatat 24420658  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||| || || || || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  24420659 atggaggcggtggtgaaggagatggtggaggaggagatttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacata 24420755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 207
Target Start/End: Original strand, 24421276 - 24421460
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||   ||| |||| |||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |    
T  24421276 tagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggagatggaggaggtggtgacttgtaga 24421375  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtgg 207  Q
    | |||||||| || || || ||||| || || ||||| |||||||| ||||| || || || || || |||||||| ||||||||    
T  24421376 catatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacatacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtgg 24421460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24471067 - 24470871
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||||||||| || |||||||| || || || || || ||||| ||||  |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |  |    
T  24471067 acatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatat 24470968  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||||| ||||| || ||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  24470967 atggaggaggtggtgaaggagatgctggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacata 24470871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 24471216 - 24471021
Alignment:
Q  21 tatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttata 120  Q
    ||||||||||||| || || ||||| || || ||||| ||||| || ||||||   |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||     
T  24471216 tatagacatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatg 24471117  T
Q  121 aacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
     || || || || || || || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  24471116 gacatagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatggaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttata 24471021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24470929 - 24470728
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| || |||||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||| | |||||| || || || || ||||| || ||||| ||||||||||    
T  24470929 ttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg-ggaggagagggagatggaggaggtggtgacttat 24470831  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    | || ||||| || || || || || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||    
T  24470830 atacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggtggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagac 24470731  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  24470730 ata 24470728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 159
Target Start/End: Original strand, 24477632 - 24477741
Alignment:
Q  50 gatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacg 149  Q
    ||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| ||||| ||      
T  24477632 gatggaggtggtggggacttgtacacatatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagacttatagacataaggtggtggtggtgatggggatc 24477731  T
Q  150 gtggaggtgg 159  Q
    ||||||||||    
T  24477732 gtggaggtgg 24477741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24470447 - 24470263
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||   ||| |||| |||||| || || |||||||| || || ||||| |||||||| || |    
T  24470447 tagacatatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaaggtgatggaggaggtggtgacttgtaga 24470348  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtgg 207  Q
    | |||||||| || || || ||||| || || ||||| |||||||| ||||| || || || || || |||||||| ||||||||    
T  24470347 catatggaggaggaggagagggagatggaggtggtggggacttgtacacatacggaggaggtggtgagggagatggtggaggtgg 24470263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 24471160 - 24470976
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatg 128  Q
    |||||||| ||||||||||  || || ||||| |||||||| | || ||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||    
T  24471160 tatggaggaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatggacatagggtggaggaggtgaaggagatggtgggggaggagatttgtaaacatatg 24471061  T
Q  129 gaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    |||| || || || ||||| || ||||| || ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  24471060 gaggagggggtgaaggagaaggaggaggaggggacttatagacgtatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgactt 24470976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 168
Target Start/End: Original strand, 24420334 - 24420461
Alignment:
Q  41 ggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgggg 140  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||  | ||||| || || || |    
T  24420334 ggtgatggagatggtggaggtggagacttgtaaatataaggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacttatagccatatggtggaggaggtg 24420433  T
Q  141 atggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||    
T  24420434 atggagaaggtggaggtggagatttgta 24420461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 222
Target Start/End: Original strand, 24477064 - 24477249
Alignment:
Q  40 tggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtgg---t 136  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||| |||||| || |||||||| ||        
T  24477064 tggtggaggggatggtgggggtggagatttgtaaacatatggaggtggtggggatggagatggaggaggtggtgccttatagacatatggaggaggggta 24477163  T
Q  137 ggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||||||||  || || || |||| ||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||  | ||||||||||||||    
T  24477164 ggggatggaggtggcggtggcggtggctcataaacatacggtgggggaggagagggtgatggtggaggaagagacttatatacata 24477249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 207
Target Start/End: Original strand, 24420751 - 24420932
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    |||||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||||| || ||||| || || ||||| ||||| |    
T  24420751 acatatggtgggggaggagagggagatggaggtggtggcgacttataaatatagggtggaggaggagaaggtgatggtgggggtggggacttgtaaacat 24420850  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtgg 207  Q
    ||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||||| || |||||    
T  24420851 atggaggaggaggggaaggggaaggaggtggtggtgacttatatacatatggtggagggggtgaaggtgatggtgggggtgg 24420932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Original strand, 24476975 - 24477150
Alignment:
Q  38 ggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtg 137  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| | |||||| || || || || ||||| || ||||| ||||||||||| |  |||||   ||| |    
T  24476975 ggtggtgaagtagatggtggaggtggtgacttgtatacatatggtgggggaggagagggagatggaggaggtggtgacttatatagatatgg---tggag 24477071  T
Q  138 gggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    |||||||      ||| ||||| || |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  24477072 gggatgg------tgggggtggagatttgtaaacatatggaggtggtggggatggagatggaggaggtggtgccttatagacata 24477150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24471275 - 24471165
Alignment:
Q  58 tggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggt 157  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||| |||| || ||||| || || || |||||||| |||||||||    
T  24471275 tggtggagacttgtaaatataaggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacctatagacatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggt 24471176  T
Q  158 ggtgacttgta 168  Q
    || || |||||    
T  24471175 ggagatttgta 24471165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 59
Target Start/End: Original strand, 24476943 - 24476981
Alignment:
Q  21 tatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtg 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24476943 tatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtg 24476981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Original strand, 24420988 - 24421187
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    ||||||||||| || || || || || ||||| ||||||||||| || || | |||||| || || || || || || ||||||||||| ||||| || |    
T  24420988 tagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtata 24421087  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
      ||||| || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||    
T  24421088 tatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacata 24421187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 198
Target Start/End: Original strand, 24420373 - 24420539
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggag 131  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| |||  |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||   ||||||||    
T  24420373 ggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacttatagccatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggag 24420472  T
Q  132 gtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatgg 198  Q
    | ||||| || |  || || || || |||||||| || ||||| ||||| || || |||||||||||    
T  24420473 gaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatagacatagggtggagggggtgaaggagatgg 24420539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24471253 - 24471087
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggag 131  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||| | |||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||   ||||||||    
T  24471253 ggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacctatagacatatggtggaggaggtgatggagaaggtggaggtggagatttgtagtagtatggag 24471154  T
Q  132 gtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatgg 198  Q
    | ||||| || |  || || || || |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  24471153 gaggtggtgaagctgaaggaggtggaggtgacttatggacatagggtggaggaggtgaaggagatgg 24471087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 138
Target Start/End: Original strand, 24481334 - 24481395
Alignment:
Q  77 tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgg 138  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| || || ||||||||    
T  24481334 tatggaggaggtggtgatggtgagggtggaggaggtgactcataaacataaggtggtggtgg 24481395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 180
Target Start/End: Original strand, 24406481 - 24406608
Alignment:
Q  53 ggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtg 152  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || ||||||||| | || || || || || || || ||||| ||||    
T  24406481 ggtggaggtggagtcttgtagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtg 24406580  T
Q  153 gaggtggtgacttgtaaacatatggtgg 180  Q
    | ||||| || ||||||||||| |||||    
T  24406581 ggggtggagatttgtaaacatacggtgg 24406608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 135
Target Start/End: Original strand, 24481477 - 24481559
Alignment:
Q  52 tggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtgg 135  Q
    |||||| ||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  24481477 tggtggaggtggcgacttgtatacatatggtgg-ggtggtgatggagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtgg 24481559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 93
Target Start/End: Original strand, 24481582 - 24481616
Alignment:
Q  59 ggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtga 93  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24481582 ggtggcgacttgtagatatatggaggaggtggtga 24481616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 23 - 108
Target Start/End: Original strand, 24406397 - 24406482
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggagg 108  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||  ||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24406397 tagatataaggaggtggcggtgaaggcgaaggaggtggtggtgacttaaagacataaggtggaggaggtgaaggagatggtggagg 24406482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 132
Target Start/End: Original strand, 24476897 - 24476958
Alignment:
Q  71 tagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggagg 132  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  24476897 tagacatatggaggaggtgatgaaggagaatgaggaggaggggacatatagacatatggagg 24476958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 73
Target Start/End: Original strand, 24482203 - 24482256
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtag 73  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||||    
T  24482203 ttatagacataaggaggtggtggtgatggagatggtggtggtggagatttgtag 24482256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 216
Target Start/End: Original strand, 24420337 - 24420413
Alignment:
Q  140 gatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || || || || ||||| || ||||| || |||||||||||    
T  24420337 gatggagatggtggaggtggagacttgtaaatataaggaggcggtggtgaaggcgaaggaggtggcggtgacttata 24420413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 8)
Name: scaffold0879
Description:

Target: scaffold0879; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4594 - 4425
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| || || ||||| || || ||||||||||| ||||| || |    
T  4594 tagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtaga 4495  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaagg 192  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  4494 catatggaggtggtggtgatggagagggtggtggtggactcttatagacatatggtgggggaggtgaagg 4425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4741 - 4539
Alignment:
Q  20 ttatagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttat 119  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || || |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || || ||||| |    
T  4741 ttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgt 4642  T
Q  120 aaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatac 219  Q
    |||  |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||    
T  4641 aaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaac 4542  T
Q  220 ata 222  Q
    |||    
T  4541 ata 4539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 28 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4685 - 4491
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||| || || |||    
T  4685 atatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatat 4586  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    ||||| || || || || || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  4585 ggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacata 4491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4637 - 4488
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || || || || |||||||| ||||| |||    
T  4637 atatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacatatggaggaggaggtgaaggggatggaggtggtggtgacttgtaaacatat 4538  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatgg 177  Q
    || || || || || || || |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4537 ggtgggggaggtgagggtgatggtggaggaggagacttgtagacatatgg 4488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 41 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4864 - 4687
Alignment:
Q  41 ggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgggg 140  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || || ||||| || || ||||    
T  4864 ggtgaaggtgatggtgggggtggagatttgtagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggaggggggg 4765  T
Q  141 atggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatata 218  Q
    ||||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  4764 atggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtata 4687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 4834 - 4644
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || || ||||| || || || ||||| ||||| |    
T  4834 tagacatatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatata 4735  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    | ||||| || || ||||| || || |||||||| || |||||||| | ||||||||| || || || || ||||| || ||||| |||||    
T  4734 catatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtatatatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggactt 4644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 125 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4828 - 4731
Alignment:
Q  125 tatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  4828 tatggaggtggtggagatggggatggtggaggtggtgacttgtagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacata 4731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 4786 - 4587
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    ||||||||||| || || || || || ||||| ||||||||||| || || | |||||| || || || || || || ||||||||||| ||||| || |    
T  4786 tagacatatggtggagggggggatggagatgggggtggtggtgatttatatacatatggtgggggaggggagggtgatggtggaggaggagacttgtata 4687  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
      ||||| || || || ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||    
T  4686 tatatggtggagggggtgatggggatggtggtggtggggacttgtaaatatatggaggtggtggagatggggatggtggtggtggtgacttgtagacata 4587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 26 - 207
Target Start/End: Original strand, 41899872 - 41900053
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||| || || ||||||||   |||||||||||| ||||| || ||||| || || || ||||| ||||| |    
T  41899872 acatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatatggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacat 41899971  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtgg 207  Q
    ||||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  41899972 atggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacatatggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtgg 41900053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 213
Target Start/End: Original strand, 41900220 - 41900395
Alignment:
Q  38 ggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtg 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | | | ||| |||| | ||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||||    
T  41900220 ggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtagatgtaagaaaggggtagtgatgcagatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtg 41900319  T
Q  138 gggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    | || ||||| || || || || || ||||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  41900320 gtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtggtgactt 41900395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 38 - 216
Target Start/End: Original strand, 41900412 - 41900590
Alignment:
Q  38 ggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtg 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | | | ||| |||| | ||| ||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||    
T  41900412 ggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgtagatgtaagaaaggggtagtgatgcagatggtggaggaggagacttatagacatacttaggttgtg 41900511  T
Q  138 gggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    | |||||||| || || || || || ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  41900512 gtgatggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttata 41900590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 174
Target Start/End: Original strand, 41899921 - 41900068
Alignment:
Q  27 catatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgta 126  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| || || ||    
T  41899921 catatggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacatatggaggaggtggtgagggggaaggtggtggtggggacttgtagacata 41900020  T
Q  127 tggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacata 174  Q
    ||| ||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  41900021 tggtggtggaggtgaaggagagggaggaggtggagagttgtagacata 41900068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 168
Target Start/End: Original strand, 41900301 - 41900446
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaa 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  41900301 tagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaaggaggtggtggtgacttgtaaa 41900400  T
Q  123 cgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
      || || || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  41900401 tataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgta 41900446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 105
Target Start/End: Original strand, 41900541 - 41900623
Alignment:
Q  23 tagacatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtgg 105  Q
    ||||||||||| || || |||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  41900541 tagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtggtgaaggagatggtgg 41900623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 177
Target Start/End: Original strand, 41899826 - 41899975
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||| || || |||||||  || ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||  | |||    
T  41899826 atatggtggaggaggtgaagaagaaggtggaggtggagacttgtaaacatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcatat 41899925  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatgg 177  Q
    ||||| || || || || || || || ||||| |||||||||||||||||    
T  41899926 ggaggagggggtgacggggaaggcggtggtggggacttgtaaacatatgg 41899975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 213
Target Start/End: Original strand, 41900280 - 41900443
Alignment:
Q  50 gatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacg 149  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| || ||  | || ||||| |    
T  41900280 gatggtggaggaggagacttgtagacatatggaggtggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggtggaggaagtgaaggagaag 41900379  T
Q  150 gtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    | || |||||||||||||||| ||| ||||| || || || || ||||| || ||||| |||||    
T  41900380 gaggtggtggtgacttgtaaatataaggtggaggtggtgatggggatggtggtggtggggactt 41900443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 177
Target Start/End: Original strand, 41899824 - 41899927
Alignment:
Q  74 atatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacat 173  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||| || || ||||||||  |||    
T  41899824 atatatggtggaggaggtgaagaagaaggtggaggtggagacttgtaaacatatggaggaggcggtgaaggtgatggtgggggaggagacttgtacgcat 41899923  T
Q  174 atgg 177  Q
    ||||    
T  41899924 atgg 41899927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 168
Target Start/End: Original strand, 41900112 - 41900254
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgt 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| || || ||||||| ||| || ||||| ||||| ||||||||  | || |||||||| |  || |    
T  41900112 acatatggaggcggtggtgaaggagagggaggtggaggagatttgtagacatacggtggaggaggtgagggagaaggatgtggtggtgacttgtgcacat 41900211  T
Q  126 atggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    | || || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  41900212 aaggcggaggtggtgatggggatggtggtggtggggacttgta 41900254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 39 - 168
Target Start/End: Original strand, 41900509 - 41900638
Alignment:
Q  39 gtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgg 138  Q
    ||||||| || || || ||||| || || ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||||||||  || || || |||||    
T  41900509 gtggtgatggagagggaggtggaggagatttgtagacatatggcggaggaggtgaaggagagggaggtggtggtgacttataaatataaggtggaggtgg 41900608  T
Q  139 ggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
     || ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  41900609 tgaaggagatggtggtggtggagatttgta 41900638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 30)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11879581 - 11879442
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatg 128  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| || || || |||||||| || || || |    
T  11879581 tatggtggtggtggggaaggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataag 11879482  T
Q  129 gaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    |||||||||| || ||||  ||||| ||||||||||||||    
T  11879481 gaggtggtggtgaaggagttggtggtggtggtgacttgta 11879442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11905074 - 11904905
Alignment:
Q  47 ggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatgga 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||| |||||     
T  11905074 ggggatggtggaggtggtgacttata-atagtatggtggaggaggagatggagatggtggaggtggtgacttgtaatagtatggtggtggtggagatggt 11904976  T
Q  146 gacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    || |||||||| || |||||||||   |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11904975 gatggtggagggggggacttgtaatagtatggtggaggaggtgatggggatggtgggggtggtgacttata 11904905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 11905122 - 11904956
Alignment:
Q  47 ggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggag 146  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |||  |||||| ||||| || || || || |||||||| ||||||||||||  |||||| || || || |||||||    
T  11905122 ggggatggtggagctggtgacttatagtaatatggtggaggaggggatggggatggtggaggtggtgacttataatagtatggtggaggaggagatggag 11905023  T
Q  147 acggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    | |||||||||||||||||||||   |||||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  11905022 atggtggaggtggtgacttgtaatagtatggtggtggtggagatggtgatggtggagggggggactt 11904956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11879677 - 11879484
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatg 128  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || || ||||||   || ||||| || ||||||||||||||||| |||||   ||| ||   |||||    
T  11879677 tatggtggtggtggggaaggtgagggtggtggaggagatttgtagtagtaaggaggtggaggtgaaggagaaggtggtggaggactcttgtagtagtatg 11879578  T
Q  129 gaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    | ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  11879577 gtggtggtggggaaggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacata 11879484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11905274 - 11905097
Alignment:
Q  39 gtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgg 138  Q
    ||||||| |||||||||||||| || || |||||   ||||||||| || || || || || ||||| || ||||||||||||  ||| || ||||||||    
T  11905274 gtggtgatggggatggtggtggaggagatttgtaataatatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttataatagtaaggtggtggtgg 11905175  T
Q  139 ggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
     | ||| |||||||||||||| ||||| |||   |||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||||||||    
T  11905174 agctggtgacggtggaggtggggacttataatagtatggtggaggaggggatggggatggtggagctggtgacttata 11905097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11902174 - 11902038
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggag 131  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |  ||||||||||| ||||| || |||||||| || || || ||||    
T  11902174 ggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataaggaggtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggag 11902075  T
Q  132 gtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    ||||||| || | ||  ||||| ||||||||||||||    
T  11902074 gtggtggtgaagaagttggtggtggtggtgacttgta 11902038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 11879536 - 11879445
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgactt 117  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  11879536 acataaggaggtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagttggtggtggtggtgactt 11879445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11902273 - 11902080
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||| ||||| || || || ||||| || ||||| || |||||||| || |||||     
T  11902273 tatggtggcggtggggaaggcgagggtggtggaggagacttgta-atagtatggtgggggcggggaaggcgagggtggtggtggtgacttgtacacgtaa 11902175  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttatatacata 222  Q
    |||||||| || ||||| || || || |||||||||||||| ||||| || || |  || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  11902174 ggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataaggaggtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacata 11902080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11905237 - 11905049
Alignment:
Q  28 atatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgta 126  Q
    |||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| || ||| || || || ||||| |  || || |||||||| || |||||||||  |||    
T  11905237 atatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttata-atagtaaggtggtggtggagctggtgacggtggaggtggggacttataatagta 11905139  T
Q  127 tggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    ||| || || |||||||| || ||||||| ||||||||| ||   ||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||    
T  11905138 tggtggaggaggggatggggatggtggagctggtgacttatagtaatatggtggaggaggggatggggatggtggaggtggtgacttata 11905049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 216
Target Start/End: Original strand, 52818902 - 52819035
Alignment:
Q  83 ggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggg 182  Q
    |||||||| || || || ||||| ||||| || ||||||  ||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||||| |    
T  52818902 ggaggtggggatggtgagggtggtggaggagatttataatagtatggagggggaggggatggtgatggtggaggtggtgacttataatagtatggtggag 52819001  T
Q  183 gaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    |||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  52819002 gaggggatggtgatggtggtggtggtgacttata 52819035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 11879626 - 11879445
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggag 131  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||| ||   |||||||   ||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||||| || || || ||||    
T  11879626 ggaggtggaggtgaaggagaaggtggtggaggactcttgtagtagtatggtggtggtggggaaggtgagggtggtggtggtgacttgtacacataaggag 11879527  T
Q  132 gtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    ||||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||||| ||| || |||||||||||    
T  11879526 gtggtggtgaaggagatggcggtggtggtgacttgtacacataaggaggtggtggtgaaggagttggtggtggtggtgactt 11879445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11882484 - 11882300
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatgga 130  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || |||  ||| |||    
T  11882484 ggaggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgta-atagtatggagggggaggtgatggtgatggtggtggaggtgatttgtaatagtaggga 11882386  T
Q  131 ggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    |||||||| ||||| || ||||| || || || ||||||   ||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11882385 ggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgtaatagtatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttata 11882300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11891718 - 11891534
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatgga 130  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||| ||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || |||  ||| |||    
T  11891718 ggaggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgta-atagtatggagggggaggtgatggtgatggtggtggaggtgatttgtaatagtaggga 11891620  T
Q  131 ggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    |||||||| ||||| || ||||| || || || ||||||   ||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11891619 ggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgtaatagtatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttata 11891534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 11902225 - 11902041
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatg 128  Q
    ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||| || || || || || |||||||| || || || |    
T  11902225 tatggtgggggcggggaaggcgagggtggtggtggtgacttgtacacgtaaggaggtgggggtgatggggatggaggtggtggtgacttgtacacataag 11902126  T
Q  129 gaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgactt 213  Q
    ||||||  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || || || |||| || ||| || |||||||||||    
T  11902125 gaggtgacggtgaaggagatggtggtggtggtgacttgtatacataaggaggtggtggtgaagaagttggtggtggtggtgactt 11902041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 11905473 - 11905397
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggagg 108  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||  |||||| ||||| || || ||||||||||||||    
T  11905473 ggagggggtggtgatggtgatggtggtggtggagatttgtagtaatatgggggaggaggagagggagaaggtggagg 11905397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 168
Target Start/End: Original strand, 52821311 - 52821438
Alignment:
Q  41 ggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgggg 140  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||   || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||   ||| |||||||| || |    
T  52821311 ggtgaaggtgaaggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtg 52821410  T
Q  141 atggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    | ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  52821411 agggagagggtggtggtggggacttgta 52821438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 11882535 - 11882395
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| || || |||  ||||    
T  11882535 tatggaggtggtggtgatggggatggtggtggaggtgatttgta-atagtaaggaggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgtaatagtat 11882437  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaa 169  Q
    ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||||    
T  11882436 ggagggggaggtgatggtgatggtggtggaggtgatttgtaa 11882395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 11891769 - 11891629
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| || || |||  ||||    
T  11891769 tatggaggtggtggtgatggggatggtggtggaggtgatttgta-atagtaaggaggtggtggtgatggtgatggtggtggaggagatttgtaatagtat 11891671  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaa 169  Q
    ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||||    
T  11891670 ggagggggaggtgatggtgatggtggtggaggtgatttgtaa 11891629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11905380 - 11905193
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagata-tatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtat 127  Q
    |||||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||| || ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||  |||     
T  11905380 tatggaggtggaggcgatggtgatggtggtggaggtgatttgta-atagtagggaggtggtggtgatggcgatggtggtggaggtgatttgtaatagtag 11905282  T
Q  128 ggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    ||| || |||| ||||| || ||||| || || || ||||||  |||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11905281 ggatgttgtggtgatggggatggtggtggaggagatttgtaataatatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttata 11905193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 180
Target Start/End: Original strand, 52821569 - 52821645
Alignment:
Q  104 ggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgtaaacatatggtgg 180  Q
    ||||| |||||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  52821569 ggaggtggtgacttgtatacataaggaggtggaggggatggggaaggtggaggtggagacttgtactcatatggtgg 52821645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11882271 - 11882108
Alignment:
Q  53 ggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtg 152  Q
    ||||| ||||| |||||||||   ||||| ||||| || || || || ||||| || ||||||||||||   || || ||||| || ||||| || ||||    
T  11882271 ggtggaggtggagacttgtagtagtatggtggaggaggggacggggatggtgggggtggtgacttataataataaggtggtgggggagatggtgatggtg 11882172  T
Q  153 gaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    ||||||| ||||| |||   |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11882171 gaggtggagacttataatagtatggtggaggaggtgatggtgatggtgggggtggtgacttata 11882108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11891505 - 11891342
Alignment:
Q  53 ggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtg 152  Q
    ||||| ||||| |||||||||   ||||| ||||| || || || || ||||| || ||||||||||||   || || ||||| || ||||| || ||||    
T  11891505 ggtggaggtggagacttgtagtagtatggtggaggaggggacggggatggtgggggtggtgacttataataataaggtggtgggggagatggtgatggtg 11891406  T
Q  153 gaggtggtgacttgtaaacatatggtgggggaggagaaggagatggaggaggtggtgacttata 216  Q
    ||||||| ||||| |||   |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  11891405 gaggtggagacttataatagtatggtggaggaggtgatggtgatggtgggggtggtgacttata 11891342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 11879488 - 11879442
Alignment:
Q  26 acatatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgta 72  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  11879488 acataaggaggtggtggtgaaggagttggtggtggtggtgacttgta 11879442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 168
Target Start/End: Original strand, 52821305 - 52821390
Alignment:
Q  83 ggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtggggatggagacggtggaggtggtgacttgta 168  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||   ||| |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  52821305 ggaggaggtgaaggtgaaggtggtggaggtgacttgtagtagtaaggaggtggaggtgagggagagggtggtggaggtgacttgta 52821390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 11879749 - 11879661
Alignment:
Q  53 ggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggaggtggtgggga 141  Q
    |||||||| || |||||||||  |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||  |||||| |||||||||||    
T  11879749 ggtggtgggggagacttgtagtaatatggtggtggaggtgagggagatggtggtggaggagacttgtaatagtatggtggtggtgggga 11879661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 11882343 - 11882287
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggagga 85  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11882343 tatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttatagttatatggagga 11882287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 11891577 - 11891521
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggagga 85  Q
    ||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11891577 tatggagggggaggggatggtgatggtgggggtggtgacttatagttatatggagga 11891521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 11902429 - 11902377
Alignment:
Q  65 gacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgactt 117  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  11902429 gacttgtagtaatatggaggaggtggtgagggagatggtggtggaggagactt 11902377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 156
Target Start/End: Original strand, 52818611 - 52818735
Alignment:
Q  32 ggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgacttgtagatatatggaggaggtggtgaaggagaaggtggaggaggtgacttataaacgtatggag 131  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||   || ||||| ||||| ||||| || ||||| || || || | ||||  ||||||||    
T  52818611 ggaggtggaggtgacggggatggtggtggaggtgatttgtagtagtagggaggtggtggagaaggcgatggtggtggtggggaatgataatagtatggag 52818710  T
Q  132 gtggtggggatggagacggtggagg 156  Q
    | || ||||| ||||| ||||||||    
T  52818711 gagggggggagggagagggtggagg 52818735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 69
Target Start/End: Original strand, 52819136 - 52819176
Alignment:
Q  29 tatggagggggtggtgaaggggatggtggtggtggtgactt 69  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  52819136 tatggagggggaggtgatggggatggtggaggtggtgactt 52819176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University