View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF17495_high_3 (Length: 511)
Name: NF17495_high_3
Description: NF17495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17495_high_3 |
 | |
|
| [»] scaffold0003 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 40704 - 41188
Alignment:
| Q |
18 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatg |
117 |
Q |
| |
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| T |
40704 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcagtg |
40803 |
T |
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| Q |
118 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
217 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40804 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
40903 |
T |
|
| Q |
218 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagggttaaatattccattggggtaaccaacctcaccct |
317 |
Q |
| |
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|
| T |
40904 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagggttaaatattccattggggtaaccaacctcaccct |
41003 |
T |
|
| Q |
318 |
ttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcactatgctacat |
417 |
Q |
| |
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| T |
41004 |
ttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcttgcaattttcaagcataattaaaacaatcactatgctacat |
41103 |
T |
|
| Q |
418 |
ataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagaataat |
502 |
Q |
| |
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|
| T |
41104 |
ataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagagtaat |
41188 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Original strand, 34071 - 34552
Alignment:
| Q |
18 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
34071 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatgtcattggatacaacaaacattttagttgccgccactcagtg |
34170 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34171 |
tttgaacaatgatgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgcaactttgtgctgactgataaatcccaagaa |
34270 |
T |
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| Q |
218 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtg-------caaagggttaaatattccattggggtaaccaacc |
310 |
Q |
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| T |
34271 |
tgccaacaatgccaatctaccattagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagttcaaagggttaaaaattccattgaggtaaccaacc |
34370 |
T |
|
| Q |
311 |
tcaccctttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcactat |
410 |
Q |
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| T |
34371 |
tttcccttaggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaaaaatcactat |
34470 |
T |
|
| Q |
411 |
gctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcat |
492 |
Q |
| |
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|
|
| T |
34471 |
gctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaaacattttgctaatatgatcat |
34552 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 27446654 - 27446170
Alignment:
| Q |
18 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatg |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
27446654 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcagtg |
27446555 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27446554 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
27446455 |
T |
|
| Q |
218 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagggttaaatattccattggggtaaccaacctcaccct |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27446454 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagggttaaatattccattggggtaaccaacctcaccct |
27446355 |
T |
|
| Q |
318 |
ttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcactatgctacat |
417 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
27446354 |
ttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcttgcaattttcaagcataattaaaacaatcactatgctacat |
27446255 |
T |
|
| Q |
418 |
ataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagaataat |
502 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
27446254 |
ataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagagtaat |
27446170 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 14454838 - 14455331
Alignment:
| Q |
18 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatg |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
14454838 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcaggtcattggatacaacaaacattttagttgccgccactcagtg |
14454937 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14454938 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctccaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacattgtgctgactgataaatcccaagaa |
14455037 |
T |
|
| Q |
218 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtg-------caaagggttaaatattccattggggtaaccaacc |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14455038 |
tgccaacattgccaatctaccgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagttcaaagggttaaaaattccactggggtaaccaacc |
14455137 |
T |
|
| Q |
311 |
tcaccctttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgccta--ttccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcact |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14455138 |
tcaccctttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattttccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcact |
14455237 |
T |
|
| Q |
409 |
atgctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagaataat |
502 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
14455238 |
atgctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagagtaat |
14455331 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 13764382 - 13763891
Alignment:
| Q |
18 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
13764382 |
cagatatctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatgtcattggatacaacaaacactttagttgccgccactcagtg |
13764283 |
T |
|
| Q |
118 |
tttgaacaatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaa |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13764282 |
tttgaacaatggtgttttgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacattgtgctgactgataaatcccaagaa |
13764183 |
T |
|
| Q |
218 |
tgccaacattgcaaatataacgttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtg-------caaagggttaaatattccattggggtaaccaacc |
310 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13764182 |
tgtcaacattgccaatctaccgttagaaatttacttctctttagcctccaaagttggtgcaaatttcaaagggttaaaaattacattggggtaaccaacc |
13764083 |
T |
|
| Q |
311 |
tcaccctttggcaagctgtattgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcactat |
410 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13764082 |
tcaccctttggtaagctgtgttgcttgaagataggatcttggttgcctattccaagtgttaagtcctgcaattttcaagcataattaaaacaatcactat |
13763983 |
T |
|
| Q |
411 |
gctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagaataat |
502 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
13763982 |
gctacatataccaagactatttcaaaatatttatcttattgggttcagtcttttctatcaagcattttgctaatatgatcatgcagagtaat |
13763891 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11612779 - 11612574
Alignment:
| Q |
24 |
tctttcaaaattcatccattcatgattacattagaataacataggctttcatatcattagatacaacaaacattttagttgccgccactcaatgtttgaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
11612779 |
tctttcaaaattcatccattcaggattacattagaataacataggctttcatgtcattggatacatcaaagattttagttgctgccactcagtgtttgaa |
11612680 |
T |
|
| Q |
124 |
caatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatcgtccttttcctgtgacactgtgctgactgataaatcccaagaatgccaa |
223 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11612679 |
caatggtgttgtgccatgggtctgaaaggtgctgcaagaggttatcaaatggtccttttcctgtcacattgtgctgaatgataaatcccaagaatgccaa |
11612580 |
T |
|
| Q |
224 |
cattgc |
229 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
11612579 |
cattgc |
11612574 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 240 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 11612231 - 11612110
Alignment:
| Q |
240 |
ttagaaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaag-------ggttaaatattccattggggtaaccaacctcaccctttggcaagctgtatt |
332 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11612231 |
ttagcaatttccttctctttagcctccaaagttggtgcaaagttcaaagggttaaaaattccaccggggtaaccaacctcaccctttggcaaactgtatt |
11612132 |
T |
|
| Q |
333 |
gcttgaagataggatcttggtt |
354 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11612131 |
gcttgaagataggatcttggtt |
11612110 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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