View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17496_low_11 (Length: 395)
Name: NF17496_low_11
Description: NF17496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17496_low_11 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 33678868 - 33679239
Alignment:
| Q |
17 |
aatattcacgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagtgattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
116 |
Q |
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| T |
33678868 |
aatattcacgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagtgattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
33678967 |
T |
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| Q |
117 |
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214 |
Q |
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| T |
33678968 |
gtttagttttcatatatagttgtcaaaatcaacataatcgttaagaattttttttgaatttcaatattttttccaacctttcaaactattcaacttgatc |
33679067 |
T |
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| Q |
215 |
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314 |
Q |
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| T |
33679068 |
gccaaggtaaaactagattgaatatcccactaattaaaaattcaaataaggaaagagaattttcattcttttataaatacctaagtatagtagtaaatgc |
33679167 |
T |
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| Q |
315 |
aaagataggtccaaccctaaactctaaa--ctctctatcaatctattatcaatcctacagttagatattcat |
384 |
Q |
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| T |
33679168 |
aaagataggtccaaccctaaactctaaactctctctatcaatctataatcaatcctacagttagatattcat |
33679239 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 33686317 - 33686701
Alignment:
| Q |
17 |
aatattcacgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagtgattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
116 |
Q |
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| T |
33686317 |
aatattcatgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagttattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
33686416 |
T |
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| Q |
117 |
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209 |
Q |
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| T |
33686417 |
gtttagttttcatatatagttgtcaaaatcaacagaatcgttaagaattttttttgaatttcaatattttttccaacctttcataccattcaaattcact |
33686516 |
T |
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| Q |
210 |
tgatcgccaaggtaaaactagattgaatatcccactaattaaaaattcaaataaggaaagagaattttcattcttttataaatacctaa-gta------- |
301 |
Q |
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| T |
33686517 |
tgatcgccaaggtaatactagattgaatatcccactagttaaaaattcaaaaaaggaaagagaattttcattcttttataaatacctaacgcaccccata |
33686616 |
T |
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| Q |
302 |
--tagtagtaaatgcaaagatag--gtccaaccctaaactctaaactctctatcaatctattatcaatcctacagttagatattcat |
384 |
Q |
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| T |
33686617 |
agtagtagtaaatgcaaagataggtgtccaaccctaaactctaaactctc--ccaatttattatcaatcatacatttagatattcat |
33686701 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 33703371 - 33703755
Alignment:
| Q |
17 |
aatattcacgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagtgattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
116 |
Q |
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| T |
33703371 |
aatattcatgtttattgttcacatatactaagaatacaacgtgtttgaaaagttatagttattactactcgagatgagtatagtccctagagggagtcaa |
33703470 |
T |
|
| Q |
117 |
gtttagttttcatatatagttgtcaaaatcaacataatcgttaagaa-nnnnnnngaatttcaata-tttttccaacctttcaaactattca-----act |
209 |
Q |
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| T |
33703471 |
gtttagttttcatatatagttgtcaaaatcaacagaatcgttaagaattttttttgaatttcaatattttttccaacctttcataccattcaaattcact |
33703570 |
T |
|
| Q |
210 |
tgatcgccaaggtaaaactagattgaatatcccactaattaaaaattcaaataaggaaagagaattttcattcttttataaatacctaa-gta------- |
301 |
Q |
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| T |
33703571 |
tgatcgccaaggtaatactagattgaatatcccactagttaaaaattcaaaaaaggaaagagaattttcattcttttataaatacctaacgcaccccata |
33703670 |
T |
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| Q |
302 |
--tagtagtaaatgcaaagatag--gtccaaccctaaactctaaactctctatcaatctattatcaatcctacagttagatattcat |
384 |
Q |
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| T |
33703671 |
agtagtagtaaatgcaaagataggtgtccaaccctaaactctaaactctc--ccaatttattatcaatcatacatttagatattcat |
33703755 |
T |
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