View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17496_low_7 (Length: 450)

Name: NF17496_low_7
Description: NF17496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17496_low_7
NF17496_low_7
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (11-434)||(23257953-23258376)
chr6 (11-436)||(23247563-23247986)
chr6 (11-434)||(23251977-23252398)
chr6 (130-436)||(23266506-23266812)
chr6 (238-436)||(23587093-23587291)
chr6 (241-434)||(23289939-23290132)
chr6 (271-434)||(23283626-23283789)
chr6 (255-436)||(23583209-23583390)
chr6 (259-431)||(23634132-23634304)
chr6 (259-434)||(23506949-23507124)
chr6 (256-434)||(23391408-23391586)
chr6 (11-97)||(23266804-23266890)
chr6 (241-400)||(23594195-23594354)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (379-434)||(3996385-3996440)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23258376 - 23257953
Alignment:
Q  11 ttattctttccttcaaactcaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactctctctccaattgccacttttcc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258376 ttattctttccttcaaactcaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactctctctccaattgccacttttcc 23258277  T
Q  111 tcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258276 tcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtat 23258177  T
Q  211 gacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtata 310  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258176 gacatgtcaactccgaattcggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtata 23258077  T
Q  311 gaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaat 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23258076 gaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctggggacttttccaacacccgaaat 23257977  T
Q  411 ggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  23257976 ggcagcccgagcccacgatgttgc 23257953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 11 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 23247986 - 23247563
Alignment:
Q  11 ttattctttccttcaaactcaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactctctctccaattgccacttttcc 110  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||| ||||||| ||    
T  23247986 ttattctttccttcaaacacaacaatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaacaaactctctc--caattcccactttacc 23247889  T
Q  111 tcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtat 210  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  | |||| | |      
T  23247888 tctcaaaaccattttccactctatccaacacatacatatgattagtactaacaactcttcctattcacactccatttcctcaaaagatttttctcccttc 23247789  T
Q  211 gacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtata 310  Q
    |||   ||| | |||  ||  ||||| || |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||    
T  23247788 gacgcatcatcaccgggttctgaggtgcggttagcatcaagtaacccgaagaagcgagcagggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctata 23247689  T
Q  311 gaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  23247688 gaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctgggaacttttccaacaccggagat 23247589  T
Q  411 ggcagcccgagcccacgatgttgctg 436  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  23247588 ggctgcccgagcccacgatgttgctg 23247563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23252398 - 23251977
Alignment:
Q  11 ttattctttccttcaaactcaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactctctctccaattgccacttttcc 110  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||| ||||||| ||    
T  23252398 ttattctttccttcaaacacaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaacaaa--ctctctccaattaccactttacc 23252301  T
Q  111 tcttaaaacaattttccactctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtat 210  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  | |||| | |      
T  23252300 tctcaaaaccattttccactctatccaacacatacatatgataagtactaacaactcttcctattcacactccatttcctcaaaagatttttctcccttc 23252201  T
Q  211 gacatgtcaactccgaatttggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtata 310  Q
    |||   ||| | ||| |||  ||||| || |||||  | || ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||  | ||||    
T  23252200 gacgcatcatcaccggattctgaggtgcggttagcatcaagcaacccgaagaagagagcggggaggaagatatttaaggaaactcgtcaccctgtctata 23252101  T
Q  311 gaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  23252100 gaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaaagaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagat 23252001  T
Q  411 ggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  23252000 ggcagcccgagcccacgatgttgc 23251977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 130 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 23266812 - 23266506
Alignment:
Q  130 tctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacaatccattccctcaacagcatcttcttcgtatgacatgtcaactccgaatt 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||  | |  |||   ||| | |    
T  23266812 tctctccaacacatacatatgtttactactaacaactcttcctattcacactccatttcctcagaagcatcttcttcctactataactcattaccggaat 23266713  T
Q  230 tggaggtacgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaa 329  Q
     |||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23266712 cggagatacgattagcagctagtaacccgaagaagagagcagggaggaagatattcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaa 23266613  T
Q  330 cttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgat 429  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  23266612 cttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacacgaagactagaatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgat 23266513  T
Q  430 gttgctg 436  Q
    |||||||    
T  23266512 gttgctg 23266506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 238 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 23587291 - 23587093
Alignment:
Q  238 cgattagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagata 337  Q
    ||||||||||| | || ||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23587291 cgattagcggcaactaccccgaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggaaactcgccacccagtctatagaggagtgaggaagaggaacttagata 23587192  T
Q  338 aatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgctg 436  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23587191 aatgggtttgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgccgagatggcagcccgtgcccacgatgttgctg 23587093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 241 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23290132 - 23289939
Alignment:
Q  241 ttagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 340  Q
    |||||||| |||  |||||| || | ||||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23290132 ttagcggcgagttgcccaaaaaaaccagcagggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 23290033  T
Q  341 gggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    |||||||||||||||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| || ||||| |||||    
T  23290032 gggtgtgtgaaatgagggaaccaaataagaagactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgc 23289939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 271 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23283789 - 23283626
Alignment:
Q  271 gggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaa 370  Q
    ||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  23283789 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 23283690  T
Q  371 agaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  23283689 agactaggatttggctagggacttttccaacggctgagatggctgcacgagcacacgacgttgc 23283626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 255 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 23583390 - 23583209
Alignment:
Q  255 cccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatg 354  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23583390 cccaaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtctataggggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatg 23583291  T
Q  355 agggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgctg 436  Q
    ||| | || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23583290 aggaagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgcggagatggcaacccgtgcccacgatgttgctg 23583209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 259 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 23634304 - 23634132
Alignment:
Q  259 aagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 358  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23634304 aagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagacacgccacccggtgtacaggggtgtgaggaggaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 23634205  T
Q  359 aacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgt 431  Q
    | || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| || |||||    
T  23634204 agcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaacggccgagatggcagcacgagcacatgatgt 23634132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 259 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23507124 - 23506949
Alignment:
Q  259 aagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgaggg 358  Q
    |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||      
T  23507124 aagaagcgtggagggaggaagaaattcaaggaaactcgccacccggtgtataggggtgtgaggagtaggaacctagataaatgggtgtgtgaaataagac 23507025  T
Q  359 aacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    | || |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  23507024 agcctaacaaaaagaccaagatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagctcgggcccatgatgttgc 23506949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 256 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 23391586 - 23391408
Alignment:
Q  256 ccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatga 355  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23391586 ccaaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtatataggggtgtgaggaaaagaaacttagataaatgggtgtgtgaaatga 23391487  T
Q  356 gggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    ||||||| || |  ||||| |  ||||||||||| |||||||||||  | || |||||||||||||| || ||||||||    
T  23391486 gggaaccaaataagaagactaaaatttggctaggcacttttccaactgcggagatggcagcccgagcacatgatgttgc 23391408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 23266890 - 23266804
Alignment:
Q  11 ttattctttccttcaaactcaactatgcttccctatatatataacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactctctctccaa 97  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23266890 ttattctttccttcaaaaccaagtatgcttcactatatatgtaacacaccttactcttcattctcttaaaaacaactatctctccaa 23266804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 241 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 23594354 - 23594195
Alignment:
Q  241 ttagcggctagtaacccaaagaagcgagcagggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaat 340  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| ||| | || ||||  |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  23594354 ttagctgcaagtaccccaaagaagcgtgcatgcagaaagaagttcaaggtgacttgccacccgatctataggggtgtgaggagtaggaatttaggtaaat 23594255  T
Q  341 gggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaaagaccaggatttggctagggacttttccaa 400  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  | ||| | ||| |||||||| ||||||||||    
T  23594254 gggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagatgactaagatatggctaggaacttttccaa 23594195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 3996440 - 3996385
Alignment:
Q  379 atttggctagggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgc 434  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  3996440 atttggctaggcacttatccaacacccgagatggcagctcgagcccatgacgttgc 3996385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University