View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17504_low_7 (Length: 243)

Name: NF17504_low_7
Description: NF17504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17504_low_7
NF17504_low_7
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-227)||(31438647-31438873)
chr7 (1-227)||(31572474-31572697)
chr7 (7-227)||(33304799-33305021)
chr7 (1-227)||(31576372-31576598)
chr7 (1-227)||(31605038-31605264)
chr7 (3-227)||(31585784-31586008)
chr7 (5-227)||(31614910-31615132)
chr7 (8-227)||(31541401-31541617)
chr7 (7-216)||(31532743-31532949)
chr7 (5-227)||(31618646-31618868)
chr7 (2-227)||(31608633-31608858)
chr7 (1-227)||(31595429-31595655)
chr7 (68-181)||(32351743-32351856)
chr7 (68-116)||(32355827-32355875)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-227)||(15062994-15063213)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-227)||(52173941-52174167)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31438873 - 31438647
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31438873 tttatatatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 31438774  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31438773 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 31438674  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  31438673 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 31438647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31572697 - 31572474
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||| |||||||||| |||| ||| ||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31572697 tttaaagatgaacttgtctagtgaaccatttggcatgaattcatatattagtgctcttttgttct---cataacagaaacccaaaagtgagacaatgttc 31572601  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||  |||||||||| ||||| || ||||  |||||||    
T  31572600 acatgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatctcccttagattcgtttattactttaaccgccacttgacaaccatcag 31572501  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  31572500 gtaaacttgctttgtacacgacaccat 31572474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33305021 - 33304799
Alignment:
Q  7 gatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgt 106  Q
    |||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||  || ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33305021 gatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcatatatcagagctcttttgttct---cataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgt 33304925  T
Q  107 gatgt-----tttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcagg 201  Q
    || ||     | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||||||||| || || ||||| ||||||||    
T  33304924 gacgtgacgttctactaatgctagcaacttcatttataaattcttctccatttcccttggactcttttattactttcactgccacttgacgaccatcagg 33304825  T
Q  202 taaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  33304824 taagcttgctttgtacacaacaccat 33304799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 31576372 - 31576598
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| |   ||||||||||| || ||||| || |||||||||    
T  31576372 tttatagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttc 31576471  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    |  |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||| | ||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  31576472 atgtgtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaa 31576571  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31576572 ttaaacttgctttgtaaacaacaccat 31576598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 31605038 - 31605264
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| |   ||||||||||| || ||||| || |||||||||    
T  31605038 tttatagatgaacttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttc 31605137  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    |  |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||| | ||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  31605138 atgtgtgatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccacttgacgaccatcaa 31605237  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31605238 ttaaacttgctttgtaaacaacaccat 31605264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Original strand, 31585784 - 31586008
Alignment:
Q  3 tatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcac 102  Q
    ||||||| |||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |     
T  31585784 tatagataaacttacccaatgatcctttggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgatacaatgttgat 31585883  T
Q  103 atgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggt 202  Q
     ||||||||| |||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||    ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||  |    
T  31585884 gtgtgatgttctactaatgctagaaacttcatttatgaattcttctccatttcccttagtttcatttattactttcaccgccacatgacgaccatcactt 31585983  T
Q  203 aaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  31585984 aaacatgctttgtacacaacaccat 31586008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 227
Target Start/End: Original strand, 31614910 - 31615132
Alignment:
Q  5 tagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacat 104  Q
    ||||||||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||   ||||||||||| || ||||| || ||||||||||  |    
T  31614910 tagatgaaactatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaaaagcctaaaagggatacaatgttcatgt 31615009  T
Q  105 gtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaa 204  Q
    || |||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||  ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||  |||    
T  31615010 gtaatgttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgactcatttagtactttcaccgccacatgacgaccatcaattaa 31615109  T
Q  205 acttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31615110 acttgctttgtacacaacaccat 31615132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Original strand, 31541401 - 31541617
Alignment:
Q  8 atgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtg 107  Q
    ||||||||||| ||||| || |||| || ||| |||||||| | ||| ||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541401 atgaacttatccaatgatcctttgggcaagaactcatatattagtgctcttttgttct---cataacaaaatcccaaaagtgagacaatgttcacatgtg 31541497  T
Q  108 atgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaaact 207  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| | ||||||  ||||| |||| | |||||| || || ||||| |||||||||||  |    
T  31541498 atgttctactaatgctagcaacttcatttatgaaatcttctccatttcccttagactcatttataattttcactgctacttgacgaccatcaggtaagtt 31541597  T
Q  208 tgctttgtacacaacaccat 227  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  31541598 tgctttgtaaacaacaccat 31541617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Original strand, 31532743 - 31532949
Alignment:
Q  7 gatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgt 106  Q
    |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||   |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  31532743 gatgaatttatctaatgatcctctggacatgaattcatatattagtgctcttttgttct---catagcaaaaacccaaaagtgaaacgatgttcacatgt 31532839  T
Q  107 gatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaaac 206  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||  | ||||||  ||||  |||||||||||||||| || | ||| |||||||||||      
T  31532840 gatgttctactaatgcttgcaacttcatttgtgaattcttctctatttccctttgactcgtttattactttcaccgccacttcacgaccatcaggtaagt 31532939  T
Q  207 ttgctttgta 216  Q
    ||||||||||    
T  31532940 ttgctttgta 31532949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 227
Target Start/End: Original strand, 31618646 - 31618868
Alignment:
Q  5 tagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacat 104  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |  || |||||||||| ||| |||||| | || ||||| || |||||||||| ||    
T  31618646 tagatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcatatattagcgctcttttgttctcttcgtaacaatatcctaaaagcgacacaatgttcatat 31618745  T
Q  105 gtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaa 204  Q
    |||||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||   ||| |||||||||||||| || || ||||| | || |  |||    
T  31618746 gtgatgtcctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgtctcgcttattactttcactgccacttgacgactattatataa 31618845  T
Q  205 acttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  31618846 acttgctttgtagacaacaccat 31618868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 31608633 - 31608858
Alignment:
Q  2 ttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttca 101  Q
    ||||||||||||||||| |  || || |||| |||| |||||||||| |  || ||||| |||   |||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  31608633 ttatagatgaacttatccagggatcctttgggcatgtattcatatattagcgctcttttattcacctcataacaaaaacctaagagtgacacaatgttca 31608732  T
Q  102 catgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcagg 201  Q
      ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || | ||| ||  ||||  ||||||||||||| || || ||||| ||||| |     
T  31608733 ggtgtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccgt 31608832  T
Q  202 taaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  31608833 taaacttgctttgtacacaacaccat 31608858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 31595429 - 31595655
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||||||||||| || |||| ||| || |||| |||||| |||||||| | ||| ||||| ||    || |||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  31595429 tttatagatgaatttgtctagtgatcctttgggcatgaactcatatattagtgctcttttatttgcctcgtaacaataacctaaaagtgacacaatgttc 31595528  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    |  ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || | ||| ||  ||||  ||||||||||||| || || ||||| ||||| |    
T  31595529 atgtgtgatgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccacttgacgaccatccg 31595628  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  31595629 ttaaacttgctttgtacacaacaccat 31595655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 68 - 181
Target Start/End: Original strand, 32351743 - 32351856
Alignment:
Q  68 tcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcac 167  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || | || ||  | ||||||||||| || |||| ||| ||||||||  | |||     
T  32351743 tcataacaaaaacccaaaagtgaaacaatgttcacatgtgaggttctagtaattctatctacttcatttatgaaatcttttccatctccctttgaatcat 32351842  T
Q  168 ttattactttcacc 181  Q
    |||||| |||||||    
T  32351843 ttattattttcacc 32351856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 68 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 32355875 - 32355827
Alignment:
Q  68 tcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttttac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  32355875 tcataacaaaaacccaaaagtgaaacaatgttcatatgtgaggttttac 32355827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15063213 - 15062994
Alignment:
Q  8 atgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtg 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  15063213 atgaacttatctaatgatccattggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaacgttcatatgtg 15063114  T
Q  108 atgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcaggtaaact 207  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15063113 atgtttttgttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtttcccttgcactcgcttatcactttcaccgctacatgacggccatcaggtaaact 15063014  T
Q  208 tgctttgtacacaacaccat 227  Q
     |||||||| ||||||||||    
T  15063013 ggctttgtaaacaacaccat 15062994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 52174167 - 52173941
Alignment:
Q  1 tttatagatgaacttatctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttc 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| || | |  ||||||||||||||| | ||| |||||||||   ||||||||| | || |||||||| |||||||||    
T  52174167 tttatagatgaactgatccaatgatccttggcgcatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaatagcctaaaagtgacacaatgttc 52174068  T
Q  101 acatgtgatgttttacttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaacatgacggccatcag 200  Q
    || ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  ||||  |||||||||| || || || ||||| |||||||    
T  52174067 acgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatccccctttaactcgtttattactttaacagccacttgacgaccatcag 52173968  T
Q  201 gtaaacttgctttgtacacaacaccat 227  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  52173967 gtaaacttgctttgtatacaacaccat 52173941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University