View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17506_low_5 (Length: 279)

Name: NF17506_low_5
Description: NF17506
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17506_low_5
NF17506_low_5
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-261)||(5171192-5171437)
chr1 (81-250)||(6770961-6771130)
chr1 (16-236)||(33931372-33931592)
chr1 (94-233)||(39989276-39989414)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (16-261)||(7022752-7022997)
chr6 (16-261)||(34252240-34252487)
chr6 (16-258)||(26292172-26292414)
chr6 (18-258)||(10570585-10570823)
chr6 (16-118)||(32286092-32286194)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-258)||(19816233-19816472)
chr4 (16-236)||(1804489-1804711)
chr4 (16-171)||(21375056-21375211)
chr4 (21-160)||(49399618-49399757)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (10-258)||(5952770-5953018)
chr7 (16-216)||(38024624-38024824)
chr7 (16-174)||(33192694-33192840)
chr7 (14-168)||(46920735-46920891)
chr7 (148-255)||(13583480-13583585)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-258)||(15917140-15917383)
chr8 (45-258)||(8567522-8567735)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (16-233)||(29018496-29018715)
chr3 (16-258)||(55428846-55429082)
chr3 (78-189)||(17065116-17065227)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (28-230)||(9992824-9993025)
chr2 (19-220)||(9388762-9388963)
chr2 (16-161)||(7812957-7813105)
chr2 (114-251)||(29763230-29763367)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (77-233)||(28175244-28175400)
chr5 (92-254)||(35946722-35946879)
chr5 (185-245)||(6642291-6642351)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 5171437 - 5171192
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5171437 atcattcagaagggaatgatgcagttgaggagggcaaacaatccaagactttagagtatccgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaatccgcacac 5171338  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5171337 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaattcaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 5171238  T
Q  216 ggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctgactc 261  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  5171237 ggacatccgacatgattaaatcaagagccatcctagaatctgactc 5171192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 81 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6771130 - 6770961
Alignment:
Q  81 aagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaat 180  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6771130 aagaagcatcatgcttagcaagccaatccgcacactcgttaccttgacggagggcatgctgaaaatgaacaattcaatctcgatgttgcagttggacaat 6771031  T
Q  181 ctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgattaaattgagagccatccta 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||    
T  6771030 ctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattcgacattcgacatgattaaatcaagagccatccta 6770961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 236
Target Start/End: Original strand, 33931372 - 33931592
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| |||  ||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||  ||| ||  |||| |||||||    
T  33931372 atcatccagaagaaaatgatgcagttgagcaggttaaaaaattcaagactttagagcatccgaaaaagaagcaccttgtgtagtaattcaatccgcacac 33931471  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  33931472 tcgttgccttgatggagggtatgatgaaaataaaaaatctaatctcgatgttgcagttggagaatcaaactaatcagagaagcatgaggatgatgaggtt 33931571  T
Q  216 ggacatccaacatgattaaat 236  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  33931572 ggacatccgacatgattaaat 33931592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39989414 - 39989276
Alignment:
Q  94 cttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggaggg-tataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcag 192  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||| |||||    
T  39989414 cttagcaagccaatccgcacactcgttgccttggcggaggggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgatgatgcagttagacattctaacttatcag 39989315  T
Q  193 aggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgatta 233  Q
    || ||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||||    
T  39989314 agaagcataaggatgatgaggtttg--atccaacatgatta 39989276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7022997 - 7022752
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  7022997 atcattcagaaggaaatgatgcagttgaggagggcaaacaatccaatactttagagcatccgaagaagaagcaccatgcttagcaagtcaatccgcacac 7022898  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7022897 tcgttgccttgacggagggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 7022798  T
Q  216 ggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctgactc 261  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  7022797 ggacatccgacatgattaaatcaagagccatcctagaatctgactc 7022752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 34252487 - 34252240
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34252487 atcattcagaagggaatgatgcagttgaggagggcaaacaatccaagactttagagcatccgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaatccgcacac 34252388  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34252387 ccgttgccttgacggagggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgataagatt 34252288  T
Q  216 ggacatcc--aacatgattaaattgagagccatcctagaatctgactc 261  Q
    ||||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  34252287 ggacatccgagacatgattaaatcaagagccatcctagaatctcactc 34252240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Original strand, 26292172 - 26292414
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||    
T  26292172 atcatcaagaagggaatgatgcagttgaggagggcaaacaatccaagagtttagagcatccgaagaagaagcattatgcttagcaagccaatccgtacac 26292271  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    | |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26292272 ttgttgccttgacggagggtctgttgaaaattaacaatccaatatcgatgttgcaattggaaaatccgactaatcagaggagcatgaggatgacgagatt 26292371  T
Q  216 ggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
    |||||  | ||||| ||||||  |||||| |||||||||||||    
T  26292372 ggacactcgacatgtttaaatcaagagccctcctagaatctga 26292414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 10570823 - 10570585
Alignment:
Q  18 catccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactc 117  Q
    |||||||||| |||||||| || ||| |||||||||  ||| |||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||  |     
T  10570823 catccagaagagaatgatgtagttgatgagggcaaaatatctaagactttataacatccgaagaagaagcaccatgcttcgcaagccaatctgcac--tt 10570726  T
Q  118 gttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattgg 217  Q
    |||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| || || ||||| ||| ||||    
T  10570725 gttgccttaatagagggtagaatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttgaactatctgactaataagaggaacacgatgatgacgaggttgg 10570626  T
Q  218 acatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
    | |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10570625 atatccgacataattaaattaagagccatcctagaatctga 10570585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 32286194 - 32286092
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||| |||| |||||||    
T  32286194 atcatccagaagggaatgatgcagttgaggagggcaaacaatccaaaattttagagcatccgaagaagaagcatcattcttaacaagtcaatccgcacac 32286095  T
Q  116 tcg 118  Q
    |||    
T  32286094 tcg 32286092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 258
Target Start/End: Original strand, 19816233 - 19816472
Alignment:
Q  19 atccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcg 118  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19816233 atccagaagggaacgatgcagttgaggagggcaaaaaatccaagactttagatcatccgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaatccgcacactcg 19816332  T
Q  119 ttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattgga 218  Q
    || ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  19816333 ttaccttgacggagagtatgatgaaaatgaacaatccaatcttgatgttgcagttggacaatctgactaatcaggggagcatgaggatgatgagattcaa 19816432  T
Q  219 catccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  19816433 catccgacatgattaaatcaagagccatcctagaatctga 19816472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1804711 - 1804489
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  1804711 atcatccagaaaggaatgatgtaattgaggaggacaaacaatccaagactttagagtatccgaagaagaagcaccatgcttagcaagtcaatctgcacac 1804612  T
Q  116 tcgttgccttgacggagg--gtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgaga 213  Q
    ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||     
T  1804611 tcgttaccttgacggaggctgtatgatgaaaattaacaatccaatatcgatgttgcaggtggacaatctaactaatcagaagagcatgaagatgatgagc 1804512  T
Q  214 ttggacatccaacatgattaaat 236  Q
    |||||||||| |||| |||||||    
T  1804511 ttggacatccgacataattaaat 1804489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 21375211 - 21375056
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21375211 atcatccagaagggaataatgcagtttaggagggcaaacaatccaagactttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaatccgcacac 21375112  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcag 171  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21375111 tcgttgccttgatggaaggtatgatgaaaattaacaatctaatctcgatgttgcag 21375056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 160
Target Start/End: Original strand, 49399618 - 49399757
Alignment:
Q  21 ccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgtt 120  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  49399618 ccagaagggaatgatgtcgttgaggaggacaaaaactccaagactttagagcattcgaaaaagaaacaccatgtttatcaagtcaatccgcacactcgtt 49399717  T
Q  121 gccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatct 160  Q
     | |||| ||| | |||  |||||||||||||| ||||||    
T  49399718 actttgatggaagatatgttgaaaattaacaattcaatct 49399757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 258
Target Start/End: Original strand, 5952770 - 5953018
Alignment:
Q  10 aagaatatcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattc 109  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5952770 aagagtatcatctaaaagggaatgatagagatgaggagggcagaaaatccaagactttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaatct 5952869  T
Q  110 gcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgat 209  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5952870 gcacactcgttaccttgacgaagggtatgctgaaaatgaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcataggagcatgaggatgat 5952969  T
Q  210 gagattggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  5952970 gagattggacatccgacatgattaaatcaagggccatcctagaatctga 5953018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 38024824 - 38024624
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  38024824 atcatccagatgggaatgatgcagttgaggagagcaaacaatccaaaactttggagcatctgaagaagaagcatcatgcttagcaagtcaatccgcacac 38024725  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024724 tcgttgccttgacggagggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 38024625  T
Q  216 g 216  Q
    |    
T  38024624 g 38024624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 33192840 - 33192694
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33192840 atcatccagaagggaatgatgtagttgaggagggcaaacaatccaagactttagagcat------------caccatgcttagcaagccaattcgcacac 33192753  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttg 174  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33192752 tcgtttccttgacggagggtatgatgaaaattaacaattcaatctcgatgttgcagttg 33192694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 46920891 - 46920735
Alignment:
Q  14 atatcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcac 113  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||  ||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||| |||  || || |||||| |||| ||||||||| || ||    
T  46920891 atatcattcagaagg-aatgatgcatttgaagagagcaagaaatccaagactttagagcatccgataaataaacaccatacttaacaagccaatccgtac 46920793  T
Q  114 actcgttg---ccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttg 168  Q
    ||||||||   |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||    
T  46920792 actcgttgttgccttgacggaaggtatgataaaaattaacaatccaattttgatgttg 46920735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13583585 - 13583480
Alignment:
Q  148 aacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgattaaattgagagccatc 247  Q
    ||||| |||||||||||| || || |||| ||||| | |||||| |||||||  ||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||   |||||| |    
T  13583585 aacaacccaatctcgatgatggagatggataatcttagtaatcaaaggagca--aggatgacgaggttgaacatccaacatgattagataatgagccacc 13583488  T
Q  248 ctagaatc 255  Q
    ||||||||    
T  13583487 ctagaatc 13583480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Original strand, 15917140 - 15917383
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaa-tccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcaca 114  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  15917140 atcattcagaagggaatgacgcagttgaggagggcaaaaaaatccaagactttagagcatacgaagaagaagcatcatgcttagcaagccaatccgcaca 15917239  T
Q  115 ctcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagat 214  Q
    | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  15917240 cgcgttaccttgacggagggtatgatgaaaattaacaatgcaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaattagaggagcatggggatgatgagat 15917339  T
Q  215 tggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  15917340 tggacatccgacatgattaaatcaagagccatcctaaaatctga 15917383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 258
Target Start/End: Original strand, 8567522 - 8567735
Alignment:
Q  45 gagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaa 144  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||| ||||  |||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  8567522 gagggcaaaaaatccaagactttagagcatccgaagaagaagcatcgtacttagcaagtcaatctgcacactcgttgccttaacagagggtatgatgaaa 8567621  T
Q  145 attaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgattaaattgagagcc 244  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||| ||  | ||||    
T  8567622 attaataattcaatctcgatgttacagttggacaatctgactaatcaaaggagcatgaagatgatgaggttcgacatccgacatgattagatcaaaagcc 8567721  T
Q  245 atcctagaatctga 258  Q
    | | ||||||||||    
T  8567722 accatagaatctga 8567735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 233
Target Start/End: Original strand, 29018496 - 29018715
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcaca- 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||     
T  29018496 atcatccaaaagggaatgatgcagttgaggagggcaaaaactccaagattttagagcatatgaagaagaagcaccatgctttgcaagccaatccgcacac 29018595  T
Q  115 -ctcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgaga 213  Q
     ||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29018596 actcgttgccttgacggatggaatgttgaaaattgacaatccaatctcgatgttgtagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagg 29018695  T
Q  214 ttggacatccaacatgatta 233  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  29018696 ttggacatccgacatgatta 29018715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Original strand, 55428846 - 55429082
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55428846 atcatccagaagggaacgatgcagttgaggggggcaaaaaatccaagactttaaagcatccaaataagaagcaccatgcttagcaagccaatccgcacac 55428945  T
Q  116 tcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 215  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55428946 tcgttaccttgacggagggtatgatgaaaatgaacaatccaatctagat------gttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagatt 55429039  T
Q  216 ggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaatctga 258  Q
     ||||||| ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||    
T  55429040 cgacatccgacatgattaaatcaatagccatcctggaatctga 55429082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 78 - 189
Target Start/End: Original strand, 17065116 - 17065227
Alignment:
Q  78 aagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggac 177  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||   || || |||||    
T  17065116 aagaagaagcaccatgtttagcaagtcaattcgtacactcgttgccttgatggagagtatgatgaaaattaacaatcctatctcgacaatggagctggac 17065215  T
Q  178 aatctgactaat 189  Q
    ||||| ||||||    
T  17065216 aatctaactaat 17065227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 9e-73; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 230
Target Start/End: Original strand, 9992824 - 9993025
Alignment:
Q  28 ggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttga 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||    
T  9992824 ggaatgatgcagttgaggagggcaaacgattcaagattttagagcatccgaagaagaagcaccatgcttagta-gccaatccgcacactcgttgccttga 9992922  T
Q  128 cggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaaca 227  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  9992923 cgaagggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgacgatgcagttggacaatttgactaatcaaaggagcatgaggatgataagattggacatccgaca 9993022  T
Q  228 tga 230  Q
    |||    
T  9993023 tga 9993025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Original strand, 9388762 - 9388963
Alignment:
Q  19 atccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcg 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||     
T  9388762 atccagaagggaatgatgcagttgaggagcacaaacaatccaaaactttagagcatccgaagaagaagcaccatacttagcaagccaatctgcacactca 9388861  T
Q  119 ttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattgga 218  Q
     || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  9388862 atgtcttgacagagggtatgatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaataagaggagcatcaggatgatgatattgga 9388961  T
Q  219 ca 220  Q
    ||    
T  9388962 ca 9388963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 161
Target Start/End: Original strand, 7812957 - 7813105
Alignment:
Q  16 atcatccagaagggaatgatgcagctgaggagggcaaacaatccaagattttagagcattcgaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacac 115  Q
    |||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||  || |  ||||||    
T  7812957 atcatccaaaagagaatgatgcagtcgaggaaggcaaaaaattcaagactttagagcatctgaagaagaagtaacatgcttagcaaatcattctgcacac 7813056  T
Q  116 tcgttgccttgacgg---agggtataatgaaaattaacaatccaatctc 161  Q
    || || |||||| ||   ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7813057 tcattaccttgatggagaagggtatgatgaaaattaacaatccaatctc 7813105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 29763367 - 29763230
Alignment:
Q  114 actcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgaga 213  Q
    |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||| | | || ||   |||||||||||  || | |||||||| |||||||| |      
T  29763367 actcattgccttgacggagggtttgatgaaaattaacaatttaatctctacgatggagcccgacaatctgacagattataggagcataaggatgataaag 29763268  T
Q  214 ttggacatccaacatgattaaattgagagccatcctag 251  Q
    |||||||||  || |||||||||  ||||||| |||||    
T  29763267 ttggacatctgacgtgattaaatcaagagccaccctag 29763230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 28175400 - 28175244
Alignment:
Q  77 gaagaagaagcaccatgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttgga 176  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  28175400 gaagaagaaacaccatgcttaacaagccaatttgcacactcgttgccttgacggagggtatgatgaaaattaacattccaatctcgatgttgtaattgga 28175301  T
Q  177 caatctgactaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgatta 233  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||| |||||| ||| |||||    
T  28175300 caatcttactaataagaggagcatgaaaatgatgaggttgaacatccgacaagatta 28175244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 254
Target Start/End: Original strand, 35946722 - 35946879
Alignment:
Q  92 tgcttagcaagccaattcgcacactcgttgccttgacggagggtataatgaaaattaacaatccaatctcgatgttgcagttggacaatctgactaatca 191  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||     ||||| ||||||| |||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  35946722 tgcttagcaagtcaatccgcacactcgttgccttgacagaaggt-----gaaaaataacaattcaatttcgatgatgcaattgggcaatctgactaatca 35946816  T
Q  192 gaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgattaaattgagagccatcctagaat 254  Q
     ||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||||    
T  35946817 aaggagcatatggatgatgatgttgggcatccaacatgattagatcaagagtcatccaagaat 35946879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 6642351 - 6642291
Alignment:
Q  185 ctaatcagaggagcatgaggatgatgagattggacatccaacatgattaaattgagagcca 245  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6642351 ctaatcacaggagaataaggataatgaggttggacatccaacatgattaaatcaagagcca 6642291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University