View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17507_high_1 (Length: 936)

Name: NF17507_high_1
Description: NF17507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17507_high_1
NF17507_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-921)||(53041198-53042097)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 861; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 861; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 53042097 - 53041198
Alignment:
Q  19 caaactgcgatgaaaccacgattgagccgcccaaataacccaccttagtatttgaaccgtagcatgtgatttgatttggttttgaaaacattgttttggc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53042097 caaactgcgatgaaaccacgattgagccgcccaaataacccaccatagtatttgaactgtagcatgtgatttgatttggttttgaaaacattgttttagc 53041998  T
Q  119 atgttaatgctgttgcacattccagttgggttaacggtcatgtttgttattcatgtgatgcagctggcaaattagagaacaacaaaataagttggagagg 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041997 atgttagtgctgttgcacattccagttgggttaacggtcatgtttgttattcatgtgatgcagctggcaaattagagaacaacaaaataagttggagagg 53041898  T
Q  219 ggattcggctcttaaggatggaaagcaagcagatttagatctaacaaaaggaatgtatgatgccggggatcacatgaagtttggttttcctatggctttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041897 ggattcggctcttaaggatggaaagcaagcagatttagatctaacaaaaggaatgtatgatgccggggatcacatgaagtttggttttcctatggctttt 53041798  T
Q  319 actgcctcggtgctatcgtgggcaattctagaatatggagatcaaatggatgctgttggccaattggaaccagcacaagattctctcaggtggatcactg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53041797 actgcctcggtgctatcgtgggcaattctagaatatggagatcaaatggatgctgttggccaattggaaccagcgcaagattctctcaggtggatcactg 53041698  T
Q  419 attttctcgtcaatgctcatccttcggagaatgttctgtatattcaggttagttggtctgaaaacacaaactgttaagttgacagttgatcaaatgtaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041697 attttctcgtcaatgctcatccttcggagaatgttctgtatattcaggttag---gtctgaaaacacaaactgttaagttgacagttgatcaaatgtaaa 53041601  T
Q  519 atataacaacattgatgtttttctaaaatttgtttctatctagtttcatttatcaaaatcgatgtggcaggttggtgatcctgttgcagatcacaagtgt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041600 atataacaacattgatgtttttctaaaatttgtttctatctagtttcatttatcaaaatcgatgtggcaggttggtgatcctgttgcagatcacaagtgt 53041501  T
Q  619 tggaatagacctgagttaattactgaggaacgacccctcttacaagtgaacgtatcctgtcccggatcagatgttgcagctgaaactgcagcagcaatgg 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041500 tggaatagacctgagttaattactgaggaacgacccctcttacaagtgaacgtatcctgtcccggatcagatgttgcagctgaaactgcagcagcaatgg 53041401  T
Q  719 catcagcatctttggtcttcaaaaagtcagatgctacatattcaagcactctcctcaagcatgcaaaacagttatttacttttgcggacaagcatagagg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53041400 catcagcatctttggtcttcaaaaagtcagatgctacatattcaagcactctcctcaagcatgcaaaacagttatttacttttgcggacaagcatagagg 53041301  T
Q  819 aatttacagtgagaatatacctgaagttgcgacatattataactcaactggatatggggatgagcttttgtgggcagctacctggctctaccatgccaca 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53041300 aatttacagtgagaatatacctgaagttgcgacatattataactcaactggatatggagatgagcttttgtgggcagctacctggctctaccacgccaca 53041201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University