View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17512_low_5 (Length: 413)

Name: NF17512_low_5
Description: NF17512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17512_low_5
NF17512_low_5
[»] chr4 (52 HSPs)
chr4 (24-413)||(27425647-27426035)
chr4 (1-367)||(27415505-27415868)
chr4 (24-367)||(27420289-27420631)
chr4 (25-369)||(27569967-27570310)
chr4 (24-362)||(27412556-27412887)
chr4 (25-412)||(27565869-27566254)
chr4 (47-359)||(27423111-27423423)
chr4 (69-367)||(27563307-27563608)
chr4 (18-264)||(27497233-27497478)
chr4 (57-206)||(27503964-27504113)
chr4 (52-262)||(27468271-27468481)
chr4 (52-262)||(27514877-27515087)
chr4 (69-264)||(27506682-27506877)
chr4 (69-308)||(27585628-27585867)
chr4 (57-206)||(27475528-27475677)
chr4 (5-262)||(27489946-27490202)
chr4 (68-264)||(27478843-27479039)
chr4 (74-264)||(27485909-27486099)
chr4 (101-356)||(27444787-27445033)
chr4 (68-251)||(27524521-27524704)
chr4 (57-262)||(27508838-27509043)
chr4 (128-264)||(27527145-27527281)
chr4 (98-274)||(27557463-27557639)
chr4 (101-289)||(27486942-27487130)
chr4 (101-289)||(27513769-27513957)
chr4 (101-267)||(27431141-27431307)
chr4 (98-267)||(17970280-17970449)
chr4 (109-273)||(27498390-27498554)
chr4 (101-289)||(27526105-27526293)
chr4 (101-289)||(27469419-27469607)
chr4 (101-289)||(27479860-27480048)
chr4 (101-273)||(27476662-27476834)
chr4 (101-289)||(27501276-27501464)
chr4 (101-289)||(27505695-27505883)
chr4 (108-206)||(27411456-27411554)
chr4 (110-272)||(27502809-27502971)
chr4 (99-267)||(27414295-27414463)
chr4 (108-264)||(27424514-27424670)
chr4 (101-289)||(27523396-27523584)
chr4 (101-273)||(27554284-27554456)
chr4 (99-186)||(27559231-27559318)
chr4 (99-206)||(27567297-27567404)
chr4 (101-213)||(27460513-27460625)
chr4 (100-156)||(27495628-27495684)
chr4 (101-359)||(27500331-27500571)
chr4 (109-206)||(27571665-27571762)
chr4 (73-145)||(27437237-27437309)
chr4 (109-213)||(27473927-27474031)
chr4 (101-160)||(27466909-27466968)
chr4 (73-132)||(27548961-27549020)
chr4 (109-206)||(27419072-27419169)
chr4 (315-355)||(27516798-27516838)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (57-264)||(1756706-1756913)
chr5 (23-264)||(1754672-1754911)
chr5 (110-273)||(1754243-1754406)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (101-279)||(38024868-38025046)
chr3 (101-279)||(38031320-38031498)
chr3 (95-267)||(50909941-50910113)
chr3 (98-267)||(55084767-55084936)
chr3 (98-267)||(48840702-48840870)
chr3 (101-267)||(50904785-50904951)
chr3 (102-267)||(50911863-50912028)
chr3 (101-267)||(38028759-38028925)
chr3 (101-267)||(38040074-38040240)
chr3 (102-267)||(38043884-38044049)
chr3 (103-267)||(38036788-38036952)
chr3 (98-267)||(38033765-38033938)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (100-264)||(21607288-21607452)
chr8 (101-267)||(21604747-21604913)
chr8 (98-183)||(21634608-21634693)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (98-267)||(3073550-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 52)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 24 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27426035 - 27425647
Alignment:
Q  24 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 123  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  27426035 tctactaaactatgtcagtctgttttg-gtgtcagattcataggccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgag 27425937  T
Q  124 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27425936 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacataccgc 27425837  T
Q  224 ttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatac 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425836 ttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatac 27425737  T
Q  324 cagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425736 cagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatattcagttttaaaaaaagacctgtaagcaagaagcaagtttttga 27425647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 27415868 - 27415505
Alignment:
Q  1 ctagtttacaaaaatgtctctagtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27415868 ctagtttacaaaaatgtctctagtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagaca 27415769  T
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  27415768 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagt 27415669  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcaga 300  Q
    ||||||| ||||| ||| | |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||  |  |||| |||||||    
T  27415668 atgatatggggatcacaaatcgcttttgttt---tccaacatacactgcaagatatccctttggcacatccacaacttttgaaattactcggcttgcaga 27415572  T
Q  301 aaatgatgcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaa 367  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27415571 aaatgatgactttctgatgatactagggacacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaa 27415505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 24 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420289
Alignment:
Q  24 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 123  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  || | |||||||||  ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttg-gtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgag 27420533  T
Q  124 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||    
T  27420532 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgc 27420433  T
Q  224 ttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatac 323  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27420432 gtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagattttgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatac 27420333  T
Q  324 cagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaa 367  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27420332 cagggaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaactttagaa 27420289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 25 - 369
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570310
Alignment:
Q  25 ctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctg-gtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgagg 27570065  T
Q  125 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgct 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||| | | ||||||||  ||||| |||||||||     
T  27570066 ccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgcg 27570165  T
Q  225 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatacc 324  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27570166 tctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacatccacagcttttgaagctgatcggtttccagaaaaagatgcccttctgatgatacc 27570265  T
Q  325 agcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaata 369  Q
    ||    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  27570266 agggggacgaaaacccatttttgtatgtgttaacacttgagaata 27570310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 24 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412556
Alignment:
Q  24 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 123  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttg-gtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgag 27412789  T
Q  124 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgc 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||      
T  27412788 gccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacc-- 27412691  T
Q  224 ttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatac 323  Q
        |||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27412690 ----gtttctctccaacatacacggcaatatatccctttggcatgtcaacagcttttgaaactgctcggtttgcagaaaatgatgcccttctgatgatac 27412595  T
Q  324 cagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaactt 362  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  27412594 cagagaaacgaaaacccatttttgtatgtgttagaactt 27412556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 25 - 412
Target Start/End: Original strand, 27565869 - 27566254
Alignment:
Q  25 ctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgagg 124  Q
    ||||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||||    
T  27565869 ctactaaactatgtcagtctaatttg-gtgttaggttcatagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgagg 27565967  T
Q  125 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgct 224  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||    
T  27565968 ccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgct 27566067  T
Q  225 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatacc 324  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||  |||||||||| || |||| ||||     
T  27566068 tttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttggcacgtccacaacttttgaaactgctcggtttccaacaaatgatgcccttttgataatact 27566167  T
Q  325 agcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttg 412  Q
    ||  |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | || |||||       ||| |||||||||||||||||||||||    
T  27566168 agggaaacgaaaacccattgctgtatgcgttcaaacttgagaaaaattggtttt-aaaaaagacttgtaagcaagaagcaagtttttg 27566254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 47 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 27423423 - 27423111
Alignment:
Q  47 tttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatc 146  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |    
T  27423423 ttttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaac 27423324  T
Q  147 caaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatac 246  Q
    |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||| |||| |||  | ||||||| ||||||||||||    
T  27423323 caaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcacatgccgtgtctgtttctatccaacatatac 27423224  T
Q  247 tgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgtt 346  Q
     |||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||   || |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||    
T  27423223 agcaagatatctctttggcatgtccgcagcttttgatattgctcggtttgcagaaaatgaggcccttctgataataccagagaaacggatacccattgtt 27423124  T
Q  347 gtatgtgttaaaa 359  Q
    |||||||||||||    
T  27423123 gtatgtgttaaaa 27423111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 367
Target Start/End: Original strand, 27563307 - 27563608
Alignment:
Q  69 cattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 168  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  27563307 cattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27563406  T
Q  169 caataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacg 268  Q
    ||  || ||||||||  ||| |||||||| ||||||||  ||||| |||   | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  27563407 cagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacg 27563506  T
Q  269 tccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaa---atgatgcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgag 365  Q
    |||||| |||| | | |||||||| ||| || ||   |||||| | |||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  27563507 tccacaacttttgtaactgatcggcttgaagtaaacgatgatgaccttctaatgataccaggtaaacgaaaacccattgctgagtgtgttaaaacttgag 27563606  T
Q  366 aa 367  Q
    ||    
T  27563607 aa 27563608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 264
Target Start/End: Original strand, 27497233 - 27497478
Alignment:
Q  18 ctctagtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaat 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||     || | ||| |||  |||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  27497233 ctctagtctactaaactacgtcagtctctttccac-gtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaat 27497331  T
Q  118 ggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattaca 217  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||  |||||||||| | |||||| || ||||| |||    
T  27497332 ggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcaca 27497431  T
Q  218 taccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
     ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27497432 aaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27497478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 57 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503964
Alignment:
Q  57 agattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  157 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgata 206  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 262
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468481
Alignment:
Q  52 gtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 151  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||  |||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  152 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaa 251  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||  |||| |||| |||||    |||||||||||||||| || ||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaa 27468470  T
Q  252 gatatcccttt 262  Q
     ||| ||||||    
T  27468471 catagcccttt 27468481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 52 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514877
Alignment:
Q  52 gtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 151  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||  |||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  152 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaa 251  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  |||| |||| |||||    |||||||||||||||| || ||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaa 27514888  T
Q  252 gatatcccttt 262  Q
     ||| ||||||    
T  27514887 catagcccttt 27514877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 69 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 27506877 - 27506682
Alignment:
Q  69 cattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 168  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||      
T  27506877 cattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatg 27506778  T
Q  169 caataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
     |  || ||||||||  |||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27506777 tagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttgg 27506682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 69 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585628
Alignment:
Q  69 cattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 168  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  169 caataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacg 268  Q
    ||  || ||||||||  |||||||||||| ||||||||  ||||| ||| | | ||||||||| || |||||  | ||||| ||||||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaatctcttttgtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttggcacg 27585668  T
Q  269 tccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatg 308  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  27585667 tccacaacttttgaaactgatcggcttgaagtaaatgatg 27585628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 57 - 206
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475677
Alignment:
Q  57 agattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    |||||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  157 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgata 206  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27490202 - 27489946
Alignment:
Q  5 tttacaaaaatgtctctagtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatctt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || | |  || | |  ||||| ||||||||  |||||| ||| ||| ||||||    
T  27490202 tttacaaaaatgtctctagtctactaaactatgtcagtctcttgca-gtatgaagtttacagcccattaaagcgagaaattatgtattggaagtcatctt 27490104  T
Q  105 ctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatga 204  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| || |||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  27490103 cgttgacaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatga 27490004  T
Q  205 tattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatcccttt 262  Q
     |  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||    
T  27490003 cacagggactacaaaccgtttttgtttctctccaacatacactacaacatagcccttt 27489946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 68 - 264
Target Start/End: Original strand, 27478843 - 27479039
Alignment:
Q  68 ccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgac 167  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||     
T  27478843 ccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgat 27478942  T
Q  168 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
      |  || ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27478943 gtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27479039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 74 - 264
Target Start/End: Original strand, 27485909 - 27486099
Alignment:
Q  74 aagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaata 173  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  |    
T  27485909 aagcaagaagttacgtgttgaaagacgccttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagca 27486008  T
Q  174 agtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
    | ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27486009 attcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 101 - 356
Target Start/End: Original strand, 27444787 - 27445033
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||    
T  27444787 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 27444886  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcaga 300  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||   || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||| || | ||||||||      
T  27444887 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgca-- 27444984  T
Q  301 aaatgatgcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgtta 356  Q
           ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27444985 -------gcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtgtta 27445033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524521
Alignment:
Q  68 ccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgac 167  Q
    ||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  168 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaa 251  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||  || | ||   ||||| |  |||||||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgatacaggaactatgaaccgcgtcagtttctctccaacatacactgcaa 27524521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 57 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508838
Alignment:
Q  57 agattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||| || |||||||| | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  157 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatat 256  Q
    ||||   ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| |  || |  ||| | ||| |  |||||||||||||||| ||||||| |||     
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaacgacaaaacgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacatag 27508844  T
Q  257 cccttt 262  Q
    ||||||    
T  27508843 cccttt 27508838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527145
Alignment:
Q  128 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgctttt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||| ||||||||||| | || |||||||||||| ||| |||| || |    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttct 27527182  T
Q  228 gtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27527181 gtttatctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 98 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27557639 - 27557463
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 197  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||  |||| |||  || |||||||||||||||||||| |    
T  27557639 acatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggttta 27557540  T
Q  198 ggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccaca 274  Q
     |||||| |||||||| ||| ||| |||   || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  27557539 agtatgacattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggcacatccaca 27557463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27487130 - 27486942
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||  |||  |||| || |||||||| ||||||||||| | ||    
T  27487130 tcttctttgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagt 27487031  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||  ||||| ||| |||||||   ||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27487030 atgataaagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27486942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Original strand, 27513769 - 27513957
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || | | ||| |||  |||  |||| || ||||| || || | |||||||| ||    
T  27513769 tcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagt 27513868  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  27513869 atgatattgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgtcaacagcttttgaagatgat 27513957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 267
Target Start/End: Original strand, 27431141 - 27431307
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  27431141 tcttctctgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagt 27431240  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||   ||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27431241 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttggcac 27431307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 98 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970280
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 197  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  198 ggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
     ||||||  | ||||| ||| |||||||   || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcac 17970280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498390
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatatt 208  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || | ||||||   |||  |||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  209 gggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 273  Q
    ||||| ||| | || ||   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27498454 gggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggcatgtccac 27498390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Original strand, 27526105 - 27526293
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||| ||    
T  27526105 tcttctctgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagt 27526204  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||  || || ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| |||| |||| ||||    
T  27526205 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaacatcgacaccttttgaagatgat 27526293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27469607 - 27469419
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| | ||| |||  ||| ||||| |  ||||| ||||||| ||| ||||  |    
T  27469607 tcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaat 27469508  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||   ||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27469507 atgatatagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27469419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27480048 - 27479860
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||  |||| || | ||| ||||||| |||||||| ||    
T  27480048 tcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagt 27479949  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||  || || ||| | |||||   ||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  27479948 atgatacaggaatcacaaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttggcacgtccaaaccttttgaagatgat 27479860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27476834 - 27476662
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  |  ||||| ||||| | |||||||| ||    
T  27476834 tcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagt 27476735  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 273  Q
    ||||||  || || ||| |||||||   |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27476734 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaacgtccac 27476662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27501464 - 27501276
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| |||| | ||||||   |||  |||| |||||||||||  |||||||||| | ||    
T  27501464 tcttctctacaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagt 27501365  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||   || |||||||||||||||||| ||| |||||||||| || || ||| |||| |||| ||||    
T  27501364 atgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaacctcgacaccttttgaagatgat 27501276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Original strand, 27505695 - 27505883
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  |||  |||| || ||||| ||||| | |||||||| ||    
T  27505695 tcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagt 27505794  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||  || || ||| |||||||   ||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| |||| | |||| |||| ||||    
T  27505795 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggcacctccaaaccttttgaagatgat 27505883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 206
Target Start/End: Original strand, 27411456 - 27411554
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgata 206  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  27411456 tgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 272
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502971
Alignment:
Q  110 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattg 209  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  ||| ||||  |||||||||||||| | ||| ||||  ||||| ||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattg 27502908  T
Q  210 ggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtcca 272  Q
    | || ||| |||||||    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  27502909 gaatcacaaaccgcttcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttggcacatcca 27502971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 99 - 267
Target Start/End: Original strand, 27414295 - 27414463
Alignment:
Q  99 catcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcag 198  Q
    |||||||  |||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||     
T  27414295 catcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaa 27414394  T
Q  199 gtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||||||||  || || ||| ||||  |   ||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  27414395 gtatgatacaggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttggcac 27414463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 264
Target Start/End: Original strand, 27424514 - 27424670
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatat 207  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| | |  || ||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  27424514 tgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27424613  T
Q  208 tgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
    ||| || ||| ||||| |   ||  ||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  27424614 tggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27424670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 289
Target Start/End: Original strand, 27523396 - 27523584
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||| | ||||||   ||  ||||| || ||||| ||||| | ||||||||  |    
T  27523396 tcttctttgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaat 27523495  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 289  Q
    ||||||  || || ||| |||||||   ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27523496 atgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27523584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27554456 - 27554284
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| | |||||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||| | |||||||  |||| |||  || |||||||| ||||||||| | |       
T  27554456 tcttctctacaaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaaca 27554357  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 273  Q
    | || ||||  || ||| |||||||   || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27554356 aagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccctttggcacatccac 27554284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 186
Target Start/End: Original strand, 27559231 - 27559318
Alignment:
Q  99 catcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatga 186  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| | |||||||||    
T  27559231 catcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatga 27559318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567297
Alignment:
Q  99 catcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcag 198  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| |||||||||||||     
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  199 gtatgata 206  Q
    ||||||||    
T  27567304 gtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27460625 - 27460513
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||  |    
T  27460625 tcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaat 27460526  T
Q  201 atgatattgggat 213  Q
    ||||||| |||||    
T  27460525 atgatatagggat 27460513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 27495684 - 27495628
Alignment:
Q  100 atcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  27495684 atcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttc 27495628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 359
Target Start/End: Original strand, 27500331 - 27500571
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||  || ||||| |||||   |||||| | ||    
T  27500331 tcttctctgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagt 27500430  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcaga 300  Q
    ||||||| ||||| ||| | |||||   ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||                    
T  27500431 atgatatagggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaag---------------- 27500514  T
Q  301 aaatgatgcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaa 359  Q
      |||||| | || ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27500515 --atgatgaccttttgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtacgtgttaaaa 27500571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27571762 - 27571665
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgata 206  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||  |||||||    
T  27571762 gcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27571665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 27437309 - 27437237
Alignment:
Q  73 caagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatat 145  Q
    |||||||||  ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||| |||| ||||||||||||    
T  27437309 caagcgagacattatgtgctggaagacatcttcggtgcaaggaataggaaggccaaccattggatgatcatat 27437237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473927
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatatt 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||  ||||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  209 gggat 213  Q
    |||||    
T  27473931 gggat 27473927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 101 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 27466968 - 27466909
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctca 160  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||    
T  27466968 tcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctca 27466909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 73 - 132
Target Start/End: Original strand, 27548961 - 27549020
Alignment:
Q  73 caagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccat 132  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  27548961 caagcgagacgttatgtgctggaagacatcttcggtgcaagaaatagtgaggccaaccat 27549020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419169
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgata 206  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||  |||||||    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27419169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 315 - 355
Target Start/End: Original strand, 27516798 - 27516838
Alignment:
Q  315 tgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgtt 355  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27516798 tgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtatgtgtt 27516838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 57 - 264
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756913
Alignment:
Q  57 agattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    |||||||||  |||||||||| ||| || || ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  157 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatat 256  Q
     |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||     
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatag 1756905  T
Q  257 ccctttgg 264  Q
    ||||||||    
T  1756906 ccctttgg 1756913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 1754911 - 1754672
Alignment:
Q  23 gtctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccattcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtga 122  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| | ||  | ||| |||  ||||| |||| ||| ||||| | ||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  1754911 gtctcctaaactatgtcactctcttttgtatg--aaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtga 1754814  T
Q  123 ggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattgggattacataccg 222  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  1754813 ggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgccg 1754714  T
Q  223 cttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
     || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  1754713 tttctgtttctctccaatatacactgcaacatagccctttgg 1754672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 273
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754406
Alignment:
Q  110 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtatgatattg 209  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||   | |  || | ||||||||| | |||||||| ||||||||  |    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  210 ggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 273  Q
    |||| ||| |||||||   ||  |||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttggctcgtccac 1754406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 101 - 279
Target Start/End: Original strand, 38024868 - 38025046
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||    
T  38024868 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38024967  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagcttt 279  Q
    |||| || ||||| ||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||    
T  38024968 atgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttt 38025046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 101 - 279
Target Start/End: Original strand, 38031320 - 38031498
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||    
T  38031320 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38031419  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagcttt 279  Q
    |||| || ||||| ||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||    
T  38031420 atgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttt 38031498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 95 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 50910113 - 50909941
Alignment:
Q  95 aagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggt 194  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| | |||||    
T  50910113 aagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggt 50910014  T
Q  195 tcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||| |||||| || ||||| ||| |||||     || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50910013 tcaagtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttggcac 50909941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 98 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 55084936 - 55084767
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 197  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55084936 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttca 55084837  T
Q  198 ggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
     ||| || || ||||| ||| |||||||   ||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||    
T  55084836 agtaagacatagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgcaagacacccttttggcac 55084767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 98 - 267
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840870
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 197  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  198 ggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
     |||||  || ||||||||| | |||||    | |||||| || || | |||||||||||||||||||||    
T  48840801 agtatggcatggggattacaaatcgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttggcac 48840870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 267
Target Start/End: Original strand, 50904785 - 50904951
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||   | ||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||    
T  50904785 tcttctctgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagt 50904884  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    | || ||  |||| ||| |||||||   ||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  50904885 aggacatatggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttggcac 50904951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 102 - 267
Target Start/End: Original strand, 50911863 - 50912028
Alignment:
Q  102 cttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggta 201  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||| |||    
T  50911863 cttctgtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagta 50911962  T
Q  202 tgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    |||  | ||||| ||| |||| ||    || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  50911963 tgacttggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttggcac 50912028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 267
Target Start/End: Original strand, 38028759 - 38028925
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||| ||    
T  38028759 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagt 38028858  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||||  | ||||| ||| | |||||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38028859 atgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38028925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 101 - 267
Target Start/End: Original strand, 38040074 - 38040240
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||| ||    
T  38040074 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagt 38040173  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||||  | ||||| ||| | |||||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38040174 atgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38040240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 102 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 38044049 - 38043884
Alignment:
Q  102 cttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggta 201  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||||||||||| || | ||| |||| |||    
T  38044049 cttcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagta 38043950  T
Q  202 tgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||| || ||||| ||| |||||||   || ||||||||  || ||||||||||| | |||||||||    
T  38043949 tgacatagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttggcac 38043884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 103 - 267
Target Start/End: Original strand, 38036788 - 38036952
Alignment:
Q  103 ttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggtat 202  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| || | ||||||||| | |||||||| ||||    
T  38036788 ttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtat 38036887  T
Q  203 gatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    |  || ||||  ||| |||| ||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38036888 ggcatggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38036952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 267
Target Start/End: Original strand, 38033765 - 38033938
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatg----ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttgg 193  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||     ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | ||||    
T  38033765 acatcttctgtgcagggaattgtgatgccgcccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttgg 38033864  T
Q  194 ttcaggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    |||| ||||||  | ||||| ||| |||||||   || ||||||||  || ||||||||||| |||||||||||    
T  38033865 ttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgctctccaatgtacactgcaagatagccctttggcac 38033938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 100 - 264
Target Start/End: Original strand, 21607288 - 21607452
Alignment:
Q  100 atcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcagg 199  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | | |||||| |    
T  21607288 atcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaag 21607387  T
Q  200 tatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 264  Q
    ||||| || ||||| ||| |||||||   || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21607388 tatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 101 - 267
Target Start/End: Original strand, 21604747 - 21604913
Alignment:
Q  101 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaggt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||| ||    
T  21604747 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagt 21604846  T
Q  201 atgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
    ||||  | ||||| ||| | |||||   || |||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  21604847 atgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttggcac 21604913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634608
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaa 183  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  |||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 98 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073550
Alignment:
Q  98 acatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 197  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  198 ggtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 267  Q
     ||||||  | ||||| ||| |||||||   || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcac 3073550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University