View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17513_high_2 (Length: 494)

Name: NF17513_high_2
Description: NF17513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17513_high_2
NF17513_high_2
[»] chr6 (39 HSPs)
chr6 (1-479)||(24897948-24898426)
chr6 (1-365)||(24942071-24942435)
chr6 (1-475)||(30053298-30053773)
chr6 (1-475)||(30149398-30149872)
chr6 (1-475)||(24934538-24935012)
chr6 (2-467)||(29949559-29950024)
chr6 (2-467)||(29953356-29953821)
chr6 (1-467)||(21160287-21160753)
chr6 (64-479)||(30135059-30135475)
chr6 (1-467)||(24738857-24739323)
chr6 (127-326)||(29887294-29887493)
chr6 (235-412)||(30577485-30577662)
chr6 (196-376)||(15726942-15727122)
chr6 (179-326)||(29348401-29348548)
chr6 (179-325)||(29366225-29366371)
chr6 (196-316)||(15714805-15714925)
chr6 (127-327)||(28926349-28926549)
chr6 (127-325)||(29898074-29898268)
chr6 (1-137)||(30154371-30154507)
chr6 (127-278)||(24730852-24731003)
chr6 (179-326)||(29866698-29866845)
chr6 (1-148)||(30577749-30577896)
chr6 (128-224)||(30126960-30127056)
chr6 (127-278)||(29357830-29357981)
chr6 (179-314)||(29835264-29835399)
chr6 (179-314)||(29894602-29894737)
chr6 (195-320)||(16701964-16702089)
chr6 (132-325)||(24263556-24263749)
chr6 (127-278)||(24890097-24890248)
chr6 (127-230)||(29073760-29073863)
chr6 (127-230)||(29078524-29078627)
chr6 (127-230)||(29106333-29106436)
chr6 (127-223)||(24271853-24271949)
chr6 (403-467)||(24942447-24942511)
chr6 (127-229)||(30999838-30999940)
chr6 (107-156)||(30029325-30029374)
chr6 (107-156)||(30154588-30154637)
chr6 (241-325)||(24271768-24271852)
chr6 (110-230)||(30029118-30029238)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-467)||(44262255-44262721)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (55-366)||(8651191-8651501)
chr7 (196-429)||(3643103-3643336)
chr7 (47-151)||(13093512-13093615)
chr7 (283-327)||(2857556-2857600)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (13-458)||(24226703-24227148)
chr3 (196-429)||(16351116-16351349)
chr3 (114-429)||(11991296-11991611)
chr3 (130-223)||(24219141-24219234)
chr3 (287-324)||(33998097-33998134)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (1-475)||(43523-43997)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (178-467)||(9782587-9782876)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (114-359)||(3217-3462)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (127-359)||(6193-6425)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (127-327)||(4134-4334)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (196-303)||(125949-126056)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (195-328)||(9060-9193)
[»] scaffold0177 (1 HSPs)
scaffold0177 (131-360)||(27354-27583)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (127-432)||(17251310-17251615)
chr1 (209-429)||(41316339-41316559)
chr1 (260-345)||(19490380-19490465)
[»] scaffold0014 (3 HSPs)
scaffold0014 (131-479)||(121130-121478)
scaffold0014 (244-329)||(140379-140464)
scaffold0014 (232-344)||(104523-104635)
[»] scaffold0051 (1 HSPs)
scaffold0051 (265-359)||(43088-43182)
[»] scaffold0654 (1 HSPs)
scaffold0654 (195-224)||(1125-1154)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 39)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 479
Target Start/End: Original strand, 24897948 - 24898426
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  24897948 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttattgatggactttgcaaatcgggga 24898047  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24898048 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgatatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 24898147  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24898148 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 24898247  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24898248 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 24898347  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatgttgt 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24898348 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtccgaaatggaagacaatggttgcacacctgatgttgt 24898426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Original strand, 24942071 - 24942435
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | |    
T  24942071 gatgaagccgtcaatctcttcaaagaattgcatataagaaacatggctcctgatattatagtatacagttcgcttattgatggactttgcaaatcgggaa 24942170  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||  | ||||  ||||  || ||||||||||| ||||| |||||    
T  24942171 gaatctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaa 24942270  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||  |||||| | ||| ||||||  || ||||| || ||||||||||||||||||    
T  24942271 ccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgatggactatgc 24942370  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattt 365  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||| |  ||||||||||||||||    
T  24942371 aaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatcttctttttaagggctatcattt 24942435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Original strand, 30053298 - 30053773
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    ||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |    
T  30053298 gatgaagctgtgaaacttttcaaagaaatgcatttaaaaaacatgactcctaatactgttacatacagttcacttattgatggactttgcaaatcgggaa 30053397  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| ||  || || | ||||||| |||| | ||||||| |||||  || |||||  ||| |||||  |||||    
T  30053398 gaatctctgatgtttgggatcttatagatgatatttataattgtggtcaaccagctaatataatcacttacaattctttattatatggattgtgcaaaaa 30053497  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||   |||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  30053498 ccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagacgaaggaattcagccagatatgtttacatacacaacacttgttgatggactatgc 30053597  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgatt-aatggg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||| |   ||||||||| |  || |||  | | ||| ||||||| |||||| ||||||    
T  30053598 aaaaatggaagacttaaggatgcacaaaggatttatcaggatcttctatgtaagggctacccattaaatattagaatgtataatgtgatgattaaatggg 30053697  T
Q  400 ctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatg 475  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||||||   |||| ||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30053698 ctttgtaaagagggttttttcgatgaagcattgtccttactctcacaaatggaagacaacggttgcatgcctgatg 30053773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Original strand, 30149398 - 30149872
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||| ||||||  ||| | |||  |||| | | |||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||   |||    
T  30149398 gatgaagccgtaaatcttttcaaagaaatgcattcgaaagatatgattcctaacactgtaacatacaattcccttattgatggactttgcaaattaggga 30149497  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||  |||||    
T  30149498 gagtatctgatgtttgggattttatagatgagatgcatgatagaggtcaaccaaccgacataatcacttacaattctttatttgatggattgtgcaaaaa 30149597  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||| | |||  |||||   ||||||| || ||| ||| ||||||||||    
T  30149598 ccatcaggttgacagggcaattgcattattaaaaaagatcaaagaccagggaattcagccaagtatgtattcatacactatactttttgttggactatgc 30149697  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||  |||||   ||| ||| ||| |||||||||||||    
T  30149698 aaaaacggaagacttgaggatgcacaagaagtttatcgggatcttacgattaaaggctatcatttagatgctaagatgtatactgtgatgattaatgggc 30149797  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatg 475  Q
    |||||||||| || || || || ||||||||||   |||| ||  ||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30149798 tttgtaaagaagggtttttcgatgaagcattgtccttactctcaaaaatgaaagacaacggttgcactcctgatg 30149872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Original strand, 24934538 - 24935012
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||  ||||| |||  |||||   |||    
T  24934538 gatgaagccgttaatctcttcaaagaaatgcattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatggga 24934637  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||  || ||  | |||| |||||  || ||||||||||| ||||  |||||    
T  24934638 gaatctctgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataatagaggccaacctgccgatgtgatcacttacagttccttattggatgctttgtgcaaaaa 24934737  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||||||||||  | ||| | | ||||||||||||||  |||||| | ||| |||| |  || ||||| || ||||||||||||||||||    
T  24934738 ccatcaggttgacaaggcaatcacattaataacgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatttatacttacactatacttgttgatggactatgc 24934837  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||  ||| |   ||| ||||||| ||| | |||||||    
T  24934838 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagcggtttatcaggatcttcttattaagggctatcatttagatgttaaaatgtataatgtgatggtcaatgggc 24934937  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatg 475  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||   || ||||  ||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  24934938 tttgtaaagagggcttgtttgatgaagcactgtccttagtgtcaaaaatggaagacaacggttgcatacctgatg 24935012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 29950024 - 29949559
Alignment:
Q  2 atgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaa 101  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||  |  || ||| |||| |||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  |||     
T  29950024 atgaagctgcgaatctcttcaaagaaatgcattccagtaatatgactccagatactgtatcatacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggag 29949925  T
Q  102 aatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaac 201  Q
    ||| |||||||||||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||  ||| |  | |||| |||||  || ||||| ||||| || |  ||||||    
T  29949924 aatctctgatgtttgggatcttcttgtcgagatgcatgatataggccaacctgctaatgtgatcacttacaattctttattagatgctttatgcaaaaac 29949825  T
Q  202 catcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgca 301  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||  |||||| | ||| ||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  29949824 catcaggttgacaaggcgattgcattattaaaaaagataaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacatacactatacttgttgatggactatgca 29949725  T
Q  302 aaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggct 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||| ||  |||||| |||| ||| |||| ||  ||| ||||||| ||| |||||| | |    
T  29949724 aaaatggaagacttgaggatgcacaagagatttatcatgatcttctgactaagggttatcctttaaatgtttcgatgtataatgtgatggttaatgagtt 29949625  T
Q  402 ttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29949624 ttgtaaagaaggtttatttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcac 29949559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 29953821 - 29953356
Alignment:
Q  2 atgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaa 101  Q
    |||||||||  ||||||||||||||  ||||||  | ||| ||| |||||||||   || |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  |||     
T  29953821 atgaagctgcgaatctcttcaaagatatgcattccagaaatatgactcctgatacaatatcatacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggag 29953722  T
Q  102 aatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaac 201  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  | | |  | |||| |||||  || ||||||||||| ||||  ||||||    
T  29953721 catctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatagatgtcaaccggttaatgtgatcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaac 29953622  T
Q  202 catcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgca 301  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  || ||| | ||| ||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  29953621 catcaggttgacaaggcgattgcattattaaagaagatgaaagaccaagggattcagccaaatatgtatacatacactatacttgttgatgggctatgca 29953522  T
Q  302 aaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggct 401  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||  |||||| ||  |||||| |||| ||| |||| ||  ||| ||||||| ||| |||||| | |    
T  29953521 aaaatggaagacttgcggatgcacgagagatttatcatgatcttctgactaagggttatcctttaaatgtttcgatgtataatgtgatggttaatgagtt 29953422  T
Q  402 ttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29953421 ttgtaaagaaggtttatttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcac 29953356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 21160753 - 21160287
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||| |||  |||||   |||    
T  21160753 gatgaagccgttaatctctttaaagaaatgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatggga 21160654  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||  |||||  | |||| |||||  || ||||||||||| ||||  |||||    
T  21160653 gaatctctgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaa 21160554  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||| ||||||  | ||||| | |||||| |||||||  |||||| | ||  |||| |  ||||||||||| |||||||||||  |||||    
T  21160553 ccatcaggttgacatggcaatcacattatttacgaagataaaagaccaaggaattcagccgtatatatatacatacacaatacttgttgatggtttatgc 21160454  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |  |||| || |||| |||||||||||  | |   | ||| ||| ||| ||||||||||| |    
T  21160453 aaaaatggaagacttaaggacgcgcaagaggtctatcagattcttttgattaaaggctatcatttagacgtgaggatgtatactgttatgattaatggcc 21160354  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    ||||||||||| ||||||| ||  ||||||| |   |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  21160353 tttgtaaagagagcttgttcgataaagcattatccttactgtcaaaaatgaaagacaatggttgcac 21160287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 64 - 479
Target Start/End: Original strand, 30135059 - 30135475
Alignment:
Q  64 tacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaaaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataa 163  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |  | |    
T  30135059 tacacttcgcttattgatggactttgcatatcggggagaacctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgaaagaggtcaacctgctaatgtga 30135158  T
Q  164 tcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaag-ttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccag 262  Q
    ||| |||||  || ||||||||||| ||||  ||||||||||| | |||||||||||||  | ||||| | ||||||||||||||  || ||| | |||     
T  30135159 tcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggtttgacaaggcaatcacattattaacgaagatcaaagaccaaggtattcagccaa 30135258  T
Q  263 atatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatca 362  Q
    || |||  ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  |||||| || ||||||| |||||    
T  30135259 atttgtatacatacacattacttgttgatggaatatgcaaaaatggaaaacttaaggatgcaaaagcggtttatcaagatcttctgattaagggatatca 30135358  T
Q  363 ttttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggt 462  Q
    |||  ||| |   ||| ||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||   || ||||  |||||||| ||||   |    
T  30135359 tttagatgttataatgtataatgtgatggttaattggctctgtaaagagggtttgtttgatgaagcattgtccatattgtcaaaaatggaacacaacaat 30135458  T
Q  463 tgcacgcctgatgttgt 479  Q
    ||||| |||||||||||    
T  30135459 tgcacccctgatgttgt 30135475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 24739323 - 24738857
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| || |||||| |||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||  ||||| |||  ||||||  |||    
T  24739323 gatgaagccgttaatctcctcaaagaaatgcattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacagttcacttatcgatggtcttcacaaatctggga 24739224  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| | ||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||  |||||  | |||| |||||  || ||||||||||| ||||  |||||    
T  24739223 gaatctttgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaa 24739124  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||||||||||  | ||| | | ||||||||||||||  |||||| | || ||||| |  ||||||||||| |||||||||||  |||||    
T  24739123 ccatcaggttgacaaggcaatcacattacttacgaagatcaaagaccaaggaattcagccggatatatatacatacacaatacttgttgatggtttatgc 24739024  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |  |||| || |||| |||||||||||  | |   | ||| ||| |||  |||||||||| |    
T  24739023 aaaaatggaagactcaaggacgcgcaagaggtttatcagattcttttgattaaaggctatcatttagacgtgaggatgtatactgttctgattaatggcc 24738924  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||  |||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  24738923 tttgttaagagagcttgttcgataaagcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatggttgcac 24738857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 326
Target Start/End: Original strand, 29887294 - 29887493
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||  || ||||| ||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29887294 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgt 29887393  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
    |||| |  ||  | ||||||| ||| |||  |||| |||||| ||||||||| || ||| |||||||||| || |||  |||||||||  ||||||||||    
T  29887394 tattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattcttattgatggactgtgtaaaggtggaagactagaggatgcaca 29887493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 235 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 30577662 - 30577485
Alignment:
Q  235 aagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggttt 334  Q
    ||||||||||||   ||| |||| ||| ||||| | |||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30577662 aagatcaaagacaaaggatttgagccaaatatggttacatacaatatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagagattt 30577563  T
Q  335 atcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagg 412  Q
     ||  |||||| || |||||||||||| |||  ||| | |  || | | ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  30577562 ttcatgatcttctgattaagggctatcgtttagatgttagactgtacactgtgatgattaatgggctttgtagagagg 30577485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 196 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 15727122 - 15726942
Alignment:
Q  196 aaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggac 295  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||||| |||||||||| ||| ||| || |||||||||  ||||| |  || ||| | |||||||    
T  15727122 aaaaaccatcacgttgacaaggcaattgtattagtcaagaaaatcaaagaccagggcattcaatcagatatgtatacatatagtatacttatcgatggac 15727023  T
Q  296 tatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgca 376  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||| | ||| ||  |||||| || |||| |||||| |||| |||| |||||    
T  15727022 tatgcaaacaaggaagacttaaggatgcacaagtgatttttcaagatcttttgattaaaggctataatttaaatgtttgca 15726942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 29348548 - 29348401
Alignment:
Q  179 tattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| |||||    |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  29348548 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatatgtacacatacac 29348449  T
Q  279 aatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
     || ||| |||||||| | || |||  ||||||||| |||||||||||    
T  29348448 tattcttattgatggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcaca 29348401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 29366371 - 29366225
Alignment:
Q  179 tattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| |||||    |||||| |||||||||| |  ||||||||    
T  29366371 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatatttgtacatacac 29366272  T
Q  279 aatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcac 325  Q
    ||   | |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  29366271 aacattagttgatggactatgcaaaaatggaaggctagaggatgcac 29366225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 196 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 15714925 - 15714805
Alignment:
Q  196 aaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggac 295  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||  ||||||||  || ||| | |||||||    
T  15714925 aaaaatcatcacgttgacaaggcaattgctttggtcaagaagatcaaagaccaaggaattgaaccaaatatgaccacatacaacatccttatcgatggac 15714826  T
Q  296 tatgcaaaaatggaagactta 316  Q
    |||||||| | ||||||||||    
T  15714825 tatgcaaagaaggaagactta 15714805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 28926549 - 28926349
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  28926549 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcat 28926450  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
    |||| |  ||  | ||||||| |||  || ||||| |||||| ||||||||| || ||| || ||||||| || |||  ||||||||   ||||||||||    
T  28926449 tattaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattcttattaatggactgtgtaaaggtggaagaccggaggatgcaca 28926350  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  28926349 a 28926349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 127 - 325
Target Start/End: Original strand, 29898074 - 29898268
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || | ||||| |  ||||  ||  ||||| |||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  29898074 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacgtacagttctatattgaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacgt 29898173  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcac 325  Q
    | || |  ||||| ||||||    ||||| | |||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  29898174 tgttaacaaagattaaagac----gaattcagccagatatttgtacatacacaacacttgttgatggactatggaaaaatggaagactagaggatgcac 29898268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 30154371 - 30154507
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||| ||||||  ||||   || ||||| ||| | || |||||| ||| |||| ||| || |||||||||||| |||    
T  30154371 gatgaagctgtgattctctttaaagaaatgcattccaaaagtttgactcctaatactataacatacaattcccttattgacgggctttgcaaatcgggga 30154470  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgca 137  Q
     ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30154471 gaatctctgatgtttggtatcttatagatgagatgca 30154507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 278
Target Start/End: Original strand, 24730852 - 24731003
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || | ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  24730852 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataataacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcat 24730951  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||| |  ||  | ||||||| ||| |||  ||||||||||| |||||||||    
T  24730952 tattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccagatatgtacacatacac 24731003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 179 - 326
Target Start/End: Original strand, 29866698 - 29866845
Alignment:
Q  179 tattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||  | ||||||| ||| |||  |||| |||||| |||||||||    
T  29866698 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29866797  T
Q  279 aatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
     || ||| |||||||||| || |||  |||||||||  ||||||||||    
T  29866798 tattcttattgatggactgtgtaaaggtggaagactagaggatgcaca 29866845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 30577896 - 30577749
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||| |||| || ||||  ||| ||||||||| | || |||||||| | |||| ||| |||||| |||||| | | |    
T  30577896 gatgaagctgtgattctctttaaagaaatgcaattcaaaagtatgactcctgatactataacatacagtacccttattgacggacttggcaaattgggaa 30577797  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtc 148  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  30577796 gaatctcttatgtttgggatcttatagatgagatgcgtgctacaggtc 30577749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30127056 - 30126960
Alignment:
Q  128 atgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgc 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30127056 atgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattatttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaagcaattgc 30126960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29357981 - 29357830
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || | ||| | | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  29357981 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaatgcaattgcgt 29357882  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||| |   |||| ||| ||| ||| ||| ||||| |||||| |||||||||    
T  29357881 tattaacacagatgaaaaaccagggtattcaaccaaatatgtacacatacac 29357830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 314
Target Start/End: Original strand, 29835264 - 29835399
Alignment:
Q  179 tattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||  | ||||||| ||| |||  |||| |||||| |||||||||    
T  29835264 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29835363  T
Q  279 aatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagact 314  Q
     || ||| |||||||||| || |||  |||||||||    
T  29835364 tattcttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29835399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 314
Target Start/End: Original strand, 29894602 - 29894737
Alignment:
Q  179 tattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||  | ||||||| ||| |||  |||| |||||| |||||||||    
T  29894602 tattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacac 29894701  T
Q  279 aatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagact 314  Q
     || ||| |||||||||| || |||  |||||||||    
T  29894702 tattcttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29894737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 16702089 - 16701964
Alignment:
Q  195 taaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatgga 294  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | || ||  | |||||||  || ||| |||||||||||  |||||| |  |  ||||||||||||    
T  16702089 taaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattggtcaacaattttaaagaccaaggcattcaaccagatatgcacacatataatacacttgttgatgga 16701990  T
Q  295 ctatgcaaaaatggaagacttaagga 320  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||    
T  16701989 ctatgcaaacaaggaagacttaagga 16701964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 24263749 - 24263556
Alignment:
Q  132 gatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattg 231  Q
    |||||||||| |||| |||||| |||| |||||||  ||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||     
T  24263749 gatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgccttatgcaaaaaccatctggttgacaaggcaattgcattatta 24263650  T
Q  232 aagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcac 325  Q
    |  ||  | ||||||| ||| |||  |||| |||||| ||||||||| || ||| |||||||| | || |||  |||||||||  |||||||||    
T  24263649 ataaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattcttattgatggattgtgtaaaggtggaagactagaggatgcac 24263556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 24890248 - 24890097
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || | ||| | | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  24890248 gatgagatgcatgatagaggtcagccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcat 24890149  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacac 278  Q
    |||| |  ||  | ||||||| ||| |||  ||||||||||| |||||||||    
T  24890148 tattaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccagatatgtacacatacac 24890097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 230
Target Start/End: Original strand, 29073760 - 29073863
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    |||||||||||||||||||||  || | |||| ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  29073760 gatgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcat 29073859  T
Q  227 tatt 230  Q
    ||||    
T  29073860 tatt 29073863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 230
Target Start/End: Original strand, 29078524 - 29078627
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    |||||||||||||||||||||  || | |||| ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  29078524 gatgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcat 29078623  T
Q  227 tatt 230  Q
    ||||    
T  29078624 tatt 29078627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 230
Target Start/End: Original strand, 29106333 - 29106436
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    |||||||||||||||||||||  || | |||| ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  29106333 gatgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcat 29106432  T
Q  227 tatt 230  Q
    ||||    
T  29106433 tatt 29106436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24271949 - 24271853
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattg 223  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||  ||||  ||  |||||||||  || |  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24271949 gatgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgatttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattg 24271853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 403 - 467
Target Start/End: Original strand, 24942447 - 24942511
Alignment:
Q  403 tgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||   || ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  24942447 tgtaaaaagggcttgtttgatgaagcattgtccttagtgtcaaaaatggaagacaatggttgcac 24942511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 30999940 - 30999838
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || | ||| | |||||||  ||  |||||||||| || |  ||||||||||  |||||| |||||||||| |    
T  30999940 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttatttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcgtgttgaccaggcaattgcat 30999841  T
Q  227 tat 229  Q
    |||    
T  30999840 tat 30999838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 156
Target Start/End: Original strand, 30029325 - 30029374
Alignment:
Q  107 ctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagct 156  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  30029325 ctgatgcttggtatcttatagatgagatgcacgatagaggccaaccagct 30029374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 156
Target Start/End: Original strand, 30154588 - 30154637
Alignment:
Q  107 ctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagct 156  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  30154588 ctgatgcttggtatcttatagatgagatgcacgatagaggccaaccagct 30154637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 241 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 24271852 - 24271768
Alignment:
Q  241 aaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcac 325  Q
    ||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||| || ||| |||||||| | ||||||  |||||||||  |||||||||    
T  24271852 aaagaccagggtattcgaccaaatatgttcacatacactattcttattgatggattgtgcaaaggtggaagactagaggatgcac 24271768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 110 - 230
Target Start/End: Original strand, 30029118 - 30029238
Alignment:
Q  110 atgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagt 209  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||  |||| |  | ||||  ||||| || ||| |||| || ||||  ||||||||| |  |    
T  30029118 atgttttggatcttattgatgagatgtgtgatagaggtcaagcagctaatgtgatcacgtacacttccttaatggacgcgttgtgcaaaaaccataatct 30029217  T
Q  210 tgacaaggcaattgcgttatt 230  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  30029218 tgacaaggcaattgctttatt 30029238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 44262721 - 44262255
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  44262721 gatgaagccgtcaatctcttcaaagaactgcaaataaaaaacatggctcccgatactataacatacaattcacttattgatggactttgcaaatc-agga 44262623  T
Q  101 a-aatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaa 199  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||  |||||  | |||| |||||  || ||||||||||| ||||  ||||    
T  44262622 agaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatataggccaacctgctgatgttatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaa 44262523  T
Q  200 accatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatg 299  Q
    ||||||| ||||||||||||||  | ||||| | ||||||||||||||  |||||| | ||| ||||||  || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  44262522 accatcaggttgacaaggcaatcacattattaacgaagatcaaagaccaaggaattcagccaaatatgtatacttacactatacttgttgacggactatg 44262423  T
Q  300 caaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatggg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |  ||||||||||||||||  ||| |   ||| | | ||| ||| | ||||||    
T  44262422 caaaaatggaagacttaaggatgcacaagtggtttatcagaatcttcttattaagggctatcatttagatgttaaaatgtacagtgtgatggtcaatggg 44262323  T
Q  400 ctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||   || ||||  |||||||||||||  |||||||    
T  44262322 ctttgtaaagagggcttgtttgatgacgcattgtccttagtgtcaaaaatggaagacaacagttgcac 44262255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 55 - 366
Target Start/End: Original strand, 8651191 - 8651501
Alignment:
Q  55 attgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaaaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaag 154  Q
    |||||| | |||||||| |||| | |||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  8651191 attgtaacctacagttcgcttattcatggactttgcaaatcggagaaaatatatgttgttttggatcttatagatga-atgcatgatagatgtcaacaag 8651289  T
Q  155 ctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaat 254  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||    
T  8651290 ctgacataatcacttacacttctttatttgatgcattgttcaaaaaccataaggtttacatggcaattgcattattgaagaagatcaaagaccatagaat 8651389  T
Q  255 tgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaag 354  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||| ||||||| | |||||| | ||||     
T  8651390 tgaaccatatatgttcatatacacactacttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttcaagacacgcaagaagtttatccgaatcttacgattaaa 8651489  T
Q  355 ggctatcatttt 366  Q
    ||||||| ||||    
T  8651490 ggctatcgtttt 8651501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 196 - 429
Target Start/End: Original strand, 3643103 - 3643336
Alignment:
Q  196 aaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggac 295  Q
    |||||||||||  ||||||| || ||||| ||| | ||||| || ||||||| ||| ||| |||||  ||||| ||||||||  || ||| |||||||||    
T  3643103 aaaaaccatcatattgacaaagctattgcattagttaagaaaattaaagaccagggcattcaaccaagtatgtacacatacaatatacttattgatggac 3643202  T
Q  296 tatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaa 395  Q
    | || |||   ||| |||||||| |||||||||| ||||  | ||||||| || ||||||| |||  | | |||||||| | | ||||| | ||||| ||    
T  3643203 tctgtaaaggaggacgacttaagaatgcacaagatgttttccaggatcttttgattaagggttatagtgtaaatgcttggacgtataatattatgatcaa 3643302  T
Q  396 tgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagca 429  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  3643303 tggactttgtaaagaaggcttgtttaatgaagca 3643336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13093615 - 13093512
Alignment:
Q  47 ctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaaaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagagg 146  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||   || | | | ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||     
T  13093615 ctcctaatattgtaacatacaattcacttattgatggactttgcaaatcagagagattctatgatgtttgtgatc-tatggatgagatgcacgatagaga 13093517  T
Q  147 tcaac 151  Q
    |||||    
T  13093516 tcaac 13093512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 2857600 - 2857556
Alignment:
Q  283 cttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaa 327  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  2857600 cttgttgatggactttgcagagatggaagacataaggatgcacaa 2857556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 24226703 - 24227148
Alignment:
Q  13 aatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgaggaaaatatctgatg 112  Q
    ||||| ||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||| | ||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  24226703 aatcttttcaaagaaatgcattccaaaaatatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcaaggagaatatatgatg 24226802  T
Q  113 tttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttga 212  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||  ||||||||||| |||||    
T  24226803 tttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcacttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttga 24226902  T
Q  213 caaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaaga 312  Q
    |||||||||  | || || | |||||||||  | |  ||||||   ||| |||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24226903 caaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaatcaaggaattcggccaaatatctatacatacactatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaaga 24227002  T
Q  313 cttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagg 412  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| ||  ||||| | ||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  24227003 cttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgtgatgattaatgggctttgtaaagaag 24227102  T
Q  413 gcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaa 458  Q
    | || || || ||||||||||   |||| ||  |||||||||||||    
T  24227103 ggtttttggatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaa 24227148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 196 - 429
Target Start/End: Original strand, 16351116 - 16351349
Alignment:
Q  196 aaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggac 295  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||| |  || ||| ||||| |||||| ||||||||  || ||| |||||||||    
T  16351116 aaaaaccaacatgttgacaaggctattgcattagttaagaaaattaaagaacatggcattcaaccaaatatgtgcacatacaatatacttattgatggac 16351215  T
Q  296 tatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaa 395  Q
    ||||||||   |||  ||| ||| |||||||||| |||| || ||||||| || ||||||| ||| |  | |||||||| | | ||||| | ||||| ||    
T  16351216 tatgcaaaggaggacaactcaagaatgcacaagatgtttttcaggatcttttgattaagggttataacgtaaatgcttggacgtataatattatgatcaa 16351315  T
Q  396 tgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagca 429  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  16351316 tggactttgtaaagaaggcttgtttgatgaagca 16351349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 114 - 429
Target Start/End: Original strand, 11991296 - 11991611
Alignment:
Q  114 ttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgac 213  Q
    |||||| ||| | ||||| ||||||||||  ||||||| |||  | ||| ||| ||||| ||  ||| | ||||| || | |||||||||||| ||||||    
T  11991296 ttgggagcttgttgatgaaatgcatgataatggtcaaccagccaatatattcacttacaactgtttaatagatgctttatgtaaaaaccatcatgttgac 11991395  T
Q  214 aaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagac 313  Q
     |||| ||||| ||| | ||||| || ||||| |  || ||| |||||||||||| ||| | ||  || ||| || ||||| ||||||||   ||| |||    
T  11991396 caggctattgcattagttaagaaaattaaagatcaaggcattcaaccagatatgtacacgttcaatatacttatttatggattatgcaaagtaggacgac 11991495  T
Q  314 ttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagaggg 413  Q
    ||||| |||||||||| ||||  | ||||||| ||  |||||| |||  | | |||||||| | | ||||| | ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  11991496 ttaagaatgcacaagatgttttccaggatcttttgagtaagggttatagtgtaaatgcttggacgtataatattatggtcaatggactttgtaaagaggg 11991595  T
Q  414 cttgtttgacgaagca 429  Q
    ||||||||| ||||||    
T  11991596 cttgtttgatgaagca 11991611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24219234 - 24219141
Alignment:
Q  130 gagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattg 223  Q
    |||||||||||||||||||||| | || | ||||| | |||||  || ||||||||||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24219234 gagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctttattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattg 24219141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 324
Target Start/End: Original strand, 33998097 - 33998134
Alignment:
Q  287 ttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgca 324  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  33998097 ttgatggactatgcaaagatggaagacttgaggatgca 33998134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 43997 - 43523
Alignment:
Q  1 gatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttcacttactgatggactttgcaaatcgagga 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||| | | |||| |||||| |||  | | |||||||||||||||||   |||    
T  43997 gatgaagcagttaatctcttcaaagaaatgcattccaaaaatatggttcctaacactgtaacatacaattccttaattgatggactttgcaaattaggga 43898  T
Q  101 aaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaa 200  Q
     ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||| |||||  || ||||| |||| |||||  |||||    
T  43897 gaatgtctgatgcttgggattttatagatgagatgcatgatagaggtcaaccagcgaacattatcacttacagttctttattagatggattgtgcaaaaa 43798  T
Q  201 ccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgc 300  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || || | |||||||||  |||  |||||| | | |||||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||    
T  43797 ccatcaggttgacaaggcaatcactttgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagctagatatctatacatacactatacttgttgatggactgtgc 43698  T
Q  301 aaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggc 400  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||  |||   |||||||||  ||||| | ||  ||| ||| |||||||||||||    
T  43697 aaaaatggaaaacttagggatgcacaagaggtttatcaggttcttctgaataacacctatcatttagatgctaggatatatactgtgatgattaatgggc 43598  T
Q  401 tttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatg 475  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||||||||   |||| ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  43597 tttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacggttgcactcctgatg 43523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 178 - 467
Target Start/End: Original strand, 9782587 - 9782876
Alignment:
Q  178 ttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacataca 277  Q
    ||||||||||| ||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||| || |  ||||| ||||||   |||||| | ||||||||||  |||||||    
T  9782587 ttattggatgctttgtgcaaaatccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacaaagatgaaagacgaaggaattcagccagatatgtgtacataca 9782686  T
Q  278 caatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcat 377  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||||||||  ||||| | ||    
T  9782687 ctatacttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaagggtttatcgggatcttacgattaaaggttatcatttagatgctaggat 9782786  T
Q  378 gcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcac 467  Q
    | ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||   |||| ||  ||||||||||||  ||||||||    
T  9782787 gtatactgtgatgattaatgggctctgtaaagagggttttttcgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacatcggttgcac 9782876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 114 - 359
Target Start/End: Original strand, 3217 - 3462
Alignment:
Q  114 ttgggatcttatagatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgac 213  Q
    |||||| ||| | |||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||  || ||| | ||||| || |  ||||||||||| ||||||    
T  3217 ttgggagcttgttgatgagatgcgtgatagtggtcaaccagctgatataatcacttacaattcattaatagatgctttatgcaaaaaccatcatgttgac 3316  T
Q  214 aaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagac 313  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||  || ||| ||| |||||||| ||||||||  || ||| | ||||||||||||||| | ||||| |    
T  3317 aaggctattgcattagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactagatatgtacacatacaatatacttatcgatggactatgcaaacaaggaaggc 3416  T
Q  314 ttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggcta 359  Q
    ||||||||||||||| | ||| || ||||||| || |||| |||||    
T  3417 ttaaggatgcacaagtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 3462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 359
Target Start/End: Original strand, 6193 - 6425
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    |||||||||| |||||  ||||||| | ||||||||  || |||||  || ||| | |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||  |    
T  6193 gatgagatgcgtgataatggtcaaccacctgacatatgcacttacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgtat 6292  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
    || | ||||| || |||||||  || ||| ||| | |||||| ||||||||  || ||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  6293 tagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactaaatatgtacacatacaatatacttatcgatggactatgcaaacaaggaaggcttaaggatgcaca 6392  T
Q  327 agaggtttatcgggatcttatggttaagggcta 359  Q
    || | ||| || ||||||| || |||| |||||    
T  6393 agtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 6425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 327
Target Start/End: Original strand, 4134 - 4334
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||  ||  |||||||||| || |  |||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  4134 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatccaggtgacaaggcaattgcat 4233  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
    |||| |  ||  | ||||||| |||  || ||||| |||||| ||||||||| || ||| || ||||||| || |||  ||||||||   ||||||||||    
T  4234 tattaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattcttattaatggactgtgtaaaggtggaagaccggaggatgcaca 4333  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  4334 a 4334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 126056 - 125949
Alignment:
Q  196 aaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggac 295  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |  || ||| |||||||||||| ||||||||  || ||| |||||||||    
T  126056 aaaaaccatcagattgacaaggctattgcattagttaagaaaatcaaagatcaaggcattcaaccagatatgtgcacatacaatatacttattgatggac 125957  T
Q  296 tatgcaaa 303  Q
    ||||||||    
T  125956 tatgcaaa 125949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 328
Target Start/End: Original strand, 9060 - 9193
Alignment:
Q  195 taaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatgga 294  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||  ||  | |||||  | |||||||| |  ||| ||||| |||||| ||||||||  || ||| | ||||||    
T  9060 taaaaaccgtcatgttgacaaggcaattgaattggtcaagaaacttaaagaccgagacattcaaccaaatatgtacacatacaatatacttatcgatgga 9159  T
Q  295 ctatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaag 328  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  9160 ctatgcaaacaaggaagacttaaggacgcacaag 9193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 360
Target Start/End: Original strand, 27354 - 27583
Alignment:
Q  131 agatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttatt 230  Q
    ||||||||| |||||||||||  || ||  ||||||  |||||||| || ||| |||| || | ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||  |    
T  27354 agatgcatgctagaggtcaacctgccgatgtaatcacatacacctccttcttgcatgctttatgtaaaaaccaccaagttgacaaggcagttgcattggt 27453  T
Q  231 gaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagag 330  Q
     ||||| || |||||||  || ||| ||||| ||||   ||| ||||  || ||| | ||||||||||||||| | |||||| || || ||||||||| |    
T  27454 caagaaaattaaagaccaaggcattcaaccaaatattaacacgtacaatatacttatcgatggactatgcaaagaaggaagatttgagaatgcacaagtg 27553  T
Q  331 gtttatcgggatcttatggttaagggctat 360  Q
     ||| || ||||||| || |||| ||||||    
T  27554 atttttcaggatcttttgattaaaggctat 27583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 432
Target Start/End: Original strand, 17251310 - 17251615
Alignment:
Q  127 gatgagatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgt 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |  |||| | |||||| || ||  | ||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  17251310 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatgtaataacttacacttctttgatagatgctttgtgcaaaagccatcaagttgataaggcaattgcat 17251409  T
Q  227 tattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcaca 326  Q
    || | ||||| || ||||| |  || ||| |  || ||||||  |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||| |||||||  ||||| ||    
T  17251410 tactaaagaaaattaaagatcaaggtattcaggcaaatatgtatacatacaatatacttgttgatggactttgcaaagatggtagacttacagatgctca 17251509  T
Q  327 agaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaa 426  Q
      |||||| || ||||||| || | || ||| || || |  ||| |   |   ||| | | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17251510 gaaggtttttcaggatcttttgatgaaaggccataatgtagatgttgtaacatatagtattatgatcaatgggctttgtaaagagagcttgtttgatgaa 17251609  T
Q  427 gcattg 432  Q
    ||||||    
T  17251610 gcattg 17251615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 429
Target Start/End: Original strand, 41316339 - 41316559
Alignment:
Q  209 ttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatgg 308  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||||||  || ||| || | ||||||| ||||| ||  || ||| |||||||  ||||||||   ||    
T  41316339 ttgacaaggctattgcattagtgaagaaaattaaagaccaaggcattcaatcggatatgtacacatccaatatacttattgatgggttatgcaaatgagg 41316438  T
Q  309 aagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaa 408  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| || ||||||| || ||||||| |||  | | |||      | | ||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  41316439 aagacttaagaatgcacaagatgtttttcaggatcttttgattaagggttatagtctaaatatccaaacgtataatatcatgatcaatggactttgtaaa 41316538  T
Q  409 gagggcttgtttgacgaagca 429  Q
    || ||||||||||| ||||||    
T  41316539 gaaggcttgtttgatgaagca 41316559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 345
Target Start/End: Original strand, 19490380 - 19490465
Alignment:
Q  260 cagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatctt 345  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||| || | | ||||||||||    
T  19490380 cagatatcttcacatacaatatacttattgatggactttgcaaagatggaagacttgatgatgcgcaaaagatatttcgggatctt 19490465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 3)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 121478 - 121130
Alignment:
Q  131 agatgcatgatagaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttatt 230  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  | || ||||  ||||  || |||||| |||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  121478 agatgcatgatagaggtcaacctgccaatattatcacatacaattccttattgcatgctttatgcaaaaatcatcaagttgacaaggcaattgcattggt 121379  T
Q  231 gaagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagag 330  Q
     ||||| || ||||| | ||| ||| ||||  ||||   ||||||||  || ||| | ||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||| |    
T  121378 caagaaaattaaagatcagggcattcaacccaatattaacacatacaatatacttatcgatggactatgcaaagaaggaagacttgagaatgcacaagtg 121279  T
Q  331 gtttatcgggatcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcat 430  Q
     ||| || ||||||| || |||| |||||| |  | || | ||| |   |||||   ||||||||||| ||||||   |||||  ||||||| |||||      
T  121278 atttttcaggatcttttgattaaaggctataaggtaaaagtttggacatataatactatgattaatggtctttgtttggagggactgtttgatgaagcta 121179  T
Q  431 tgtttgtactgtctgaaatggaagacaatggttgcacgcctgatgttgt 479  Q
    ||    |||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  121178 tgaccctactggaaaaaatggaagacaatggttgcactcctgatgttgt 121130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 329
Target Start/End: Original strand, 140379 - 140464
Alignment:
Q  244 gaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaga 329  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||  |||||||  || ||| |||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||    
T  140379 gaccagggcattcaaccagatatgtatacatacaatatacttattgatggactatgcaaaggaggacgacttaagaatgcacaaga 140464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 232 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 104635 - 104523
Alignment:
Q  232 aagaagatcaaagaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagagg 331  Q
    ||||| || |||||||  || ||| |||||||||||| ||||||||  || ||| |||||||  ||||||||   ||| |||||||| |||||||||| |    
T  104635 aagaaaattaaagaccaaggcattcaaccagatatgtacacatacaatatacttattgatgggttatgcaaaggaggacgacttaagaatgcacaagatg 104536  T
Q  332 tttatcgggatct 344  Q
    ||| || ||||||    
T  104535 tttttcaggatct 104523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 43182 - 43088
Alignment:
Q  265 atgttcacatacacaatgcttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcgggatcttatggttaagggcta 359  Q
    |||| ||||||||  || ||| ||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| | ||| || ||||||| || |||| |||||    
T  43182 atgtacacatacaatatacttattgatggactatgcaagcaaggaaggcttaaggatgcacaagtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 43088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1154 - 1125
Alignment:
Q  195 taaaaaccatcaagttgacaaggcaattgc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1154 taaaaaccatcaagttgacaaggcaattgc 1125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University