View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17513_low_5 (Length: 431)

Name: NF17513_low_5
Description: NF17513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17513_low_5
NF17513_low_5
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-421)||(48911988-48912408)
chr4 (10-417)||(48958264-48958671)
chr4 (65-424)||(48965442-48965798)
chr4 (8-201)||(48962627-48962820)
chr4 (41-369)||(48951399-48951727)
chr4 (263-417)||(48961413-48961567)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (1-417)||(6154-6570)
scaffold0536 (2-421)||(10139-10556)
scaffold0536 (57-212)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-417)||(12589819-12590231)
chr6 (57-371)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (9-371)||(13440363-13440725)
chr2 (10-421)||(13448479-13448887)
chr2 (10-214)||(13455154-13455358)
chr2 (281-368)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-385)||(28385483-28385863)
chr5 (5-371)||(12540848-12541214)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-371)||(12641128-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (162-385)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 48911988 - 48912408
Alignment:
Q  1 caattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48911988 caattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcaga 48912087  T
Q  101 actattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtaca 200  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912088 actattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtaca 48912187  T
Q  201 tatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctga 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912188 tatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctga 48912287  T
Q  301 aaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattatt 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912288 aaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattatt 48912387  T
Q  401 aagggttgggctccacaggtt 421  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  48912388 aagggttgggctccacaggtt 48912408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958264
Alignment:
Q  10 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 109  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  110 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 209  Q
    |||||| || |||| ||| | |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  210 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 309  Q
    |||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  310 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 409  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  410 gctccaca 417  Q
    || |||||    
T  48958271 gccccaca 48958264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 65 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 48965798 - 48965442
Alignment:
Q  65 gcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagtt 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||    
T  48965798 gcttggcatcttggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagtt 48965699  T
Q  165 ggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattga 264  Q
    |||| || || || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||    
T  48965698 ggctcaattccaagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaataga 48965599  T
Q  265 agcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaa 364  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || |||    
T  48965598 agcatcgggtcatgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaa 48965499  T
Q  365 gagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttctg 424  Q
    |||||||  || |||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  48965498 gagagaaacattgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctg 48965442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 48962820 - 48962627
Alignment:
Q  8 gctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |  |||    
T  48962820 gctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttattcgcaaatccgttc 48962721  T
Q  108 aagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacat 201  Q
    ||||||||||| | || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | ||||||| ||| |||||||    
T  48962720 aagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtgttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  41 tacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttg 140  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||  || || |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  141 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaact 240  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||| ||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  241 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 340  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  341 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 369  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 263 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961413
Alignment:
Q  263 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 362  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  363 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 417  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 48961413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Original strand, 6154 - 6570
Alignment:
Q  1 caattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcaca 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  6154 caatttttctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtaga 6253  T
Q  101 actattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtaca 200  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||    
T  6254 actgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtaca 6353  T
Q  201 tatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctga 300  Q
    ||||||||||||||  ||| | |||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6354 tatgctttggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctga 6453  T
Q  301 aaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattatt 400  Q
     |||||| |||  ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6454 gaagaaagggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattatt 6553  T
Q  401 aagggttgggctccaca 417  Q
    | |||||||||||||||    
T  6554 aggggttgggctccaca 6570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Original strand, 10139 - 10556
Alignment:
Q  2 aattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaa 101  Q
    |||||||  |||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||    
T  10139 aattttgtagaacttgacggtaaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggcatcttagtccagcttatcttgttcgtagaa 10238  T
Q  102 ctattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacat 201  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||  || ||| |||||||    
T  10239 ctgttcaagagaaaacagagagaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtacat 10336  T
Q  202 atgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaa 301  Q
     ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||  |||| |||||||||||     
T  10337 ttgctttggaagcctatgttatttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctgag 10436  T
Q  302 aagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattatta 401  Q
    |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | ||||||||||| | |||||||||    
T  10437 aagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattatta 10536  T
Q  402 agggttgggctccacaggtt 421  Q
    |||||||||| || ||||||    
T  10537 agggttgggcccctcaggtt 10556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 212
Target Start/End: Original strand, 1164 - 1319
Alignment:
Q  57 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 156  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || |||||| ||||     ||||||||||  |||     
T  1164 gtcacaaggcttggcttcttggcccagcatctcttgttcgcaaaaccactcaagagaaagcaaataggggagaaaagagcacgttgagtgtgcaaaagtt 1263  T
Q  157 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaa 212  Q
     || | |||||| ||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  1264 cttaacttggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaa 1319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 417
Target Start/End: Original strand, 12589819 - 12590231
Alignment:
Q  8 gctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattc 107  Q
    ||||||||||| ||  |||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||    
T  12589819 gctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatcttggtccagcttctcttattcacaaaactgttc 12589918  T
Q  108 aagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctt 207  Q
    ||||||||||| | || ||| | |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||    
T  12589919 aagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcgaagcgagataactctgtgttgtacatatgctt 12590018  T
Q  208 tggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaa 307  Q
    ||| |||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||| || || |||    
T  12590019 tgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggccacgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaa 12590118  T
Q  308 cggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcg---gaaagaagaaggctatgattattaagg 404  Q
     ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  || |   |||||||||||| | |||| |||| ||    
T  12590119 gggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggg 12590218  T
Q  405 gttgggctccaca 417  Q
    ||||||| |||||    
T  12590219 gttgggccccaca 12590231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 57 - 371
Target Start/End: Original strand, 12483163 - 12483477
Alignment:
Q  57 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 156  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||| |   |||| ||||||| || ||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  12483163 gtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtg 12483262  T
Q  157 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgc 256  Q
    |   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  12483263 tcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgc 12483362  T
Q  257 gggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaagg 356  Q
    || || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12483363 ggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagg 12483462  T
Q  357 ggtttgaagagagaa 371  Q
    | ||||| |||||||    
T  12483463 gatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  9 ctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattca 108  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  109 agagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 208  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||| ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  209 ggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 308  Q
    ||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  309 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 371  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448479
Alignment:
Q  10 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 109  Q
    ||||||||| || |||||||  ||  |||||||||||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  110 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 209  Q
    |||||| || |||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  210 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 309  Q
    |||||       ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  310 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 409  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  410 gctccacaggtt 421  Q
    || |||||||||    
T  13448490 gccccacaggtt 13448479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455154
Alignment:
Q  10 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 109  Q
    |||| |||| || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  110 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 209  Q
    || ||| || |||| ||| | |||  | |||||| ||| ||||||||  |||| |||||| |||| ||   || |||||| ||  |||||||||| ||||    
T  13455258 gaaaaatcagagaggggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttg 13455159  T
Q  210 gaagc 214  Q
    |||||    
T  13455158 gaagc 13455154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  281 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 368  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28385863 - 28385483
Alignment:
Q  5 tttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaacta 104  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||| | ||||     
T  28385863 tttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcgtaaaactg 28385764  T
Q  105 ttcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatg 204  Q
    |||||||||||||| |||  ||| |  |||||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || |||||||||||    
T  28385763 ttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtgtacatatg 28385664  T
Q  205 ctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaag 304  Q
     |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  28385663 ttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttcctgagaag 28385564  T
Q  305 aaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 385  Q
    ||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385563 aaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 12541214 - 12540848
Alignment:
Q  5 tttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaacta 104  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||  | ||  |    
T  12541214 tttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattcagaaaaaca 12541115  T
Q  105 ttcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatg 204  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | ||| ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||||||||||    
T  12541114 ttcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtgtacatatg 12541015  T
Q  205 ctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaag 304  Q
     |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  12541014 ttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttcctgagaag 12540915  T
Q  305 aaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 371  Q
    | | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  12540914 agagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaa 12540848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 371
Target Start/End: Original strand, 12641128 - 12641494
Alignment:
Q  5 tttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaacta 104  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||||||| |   || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||     
T  12641128 tttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgcaaaactt 12641227  T
Q  105 ttcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatg 204  Q
    || |||||||| |   ||| ||  | |||||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| | ||||||||    
T  12641228 ttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttatacatatg 12641327  T
Q  205 ctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaag 304  Q
     ||||| |||   | | |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  12641328 ttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaag 12641427  T
Q  305 aaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 371  Q
    ||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641428 aaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 162 - 385
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  162 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 261  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  262 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 361  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  362 gaagagagaattatcggaaagaag 385  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University