View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17514_high_17 (Length: 312)

Name: NF17514_high_17
Description: NF17514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17514_high_17
NF17514_high_17
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (20-312)||(1148-1440)
scaffold0491 (20-312)||(6035-6327)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (20-312)||(18739269-18739561)
chr8 (20-312)||(18744233-18744525)
chr8 (20-312)||(18749194-18749486)
chr8 (20-312)||(18723542-18723834)
chr8 (162-211)||(18732996-18733045)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (31-312)||(1604237-1604518)
chr7 (20-312)||(1088490-1088782)
chr7 (20-312)||(1541498-1541790)
chr7 (20-312)||(1595896-1596188)
chr7 (20-312)||(1105839-1106131)
chr7 (20-312)||(1557442-1557734)
chr7 (20-312)||(1550732-1551024)
chr7 (20-312)||(2329530-2329822)
chr7 (20-312)||(2321032-2321324)
chr7 (20-312)||(2337429-2337721)
chr7 (20-310)||(3955492-3955782)
chr7 (20-303)||(9532093-9532375)
chr7 (20-312)||(30792145-30792438)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-312)||(19250247-19250538)
chr1 (42-312)||(41668823-41669093)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (42-312)||(42977749-42978019)
chr4 (42-312)||(54122784-54123054)
chr4 (42-303)||(48712417-48712677)
chr4 (18-214)||(16880134-16880331)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (42-303)||(31657883-31658144)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (42-303)||(8873078-8873340)
chr5 (73-312)||(36620505-36620741)
chr5 (73-312)||(39102263-39102501)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (42-312)||(1257677-1257947)


Alignment Details
Target: scaffold0491 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1440 - 1148
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1440 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1341  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1340 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1241  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1240 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 1148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 6327 - 6035
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6327 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 6228  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  6227 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 6128  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  6127 tatcgtgaagctttatggtttctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgta 6035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18739561 - 18739269
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739561 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18739462  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739461 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18739362  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739361 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 18739269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18744525 - 18744233
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744525 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18744426  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744425 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 18744326  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744325 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 18744233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18749486 - 18749194
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749486 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18749387  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18749386 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18749287  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  18749286 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgta 18749194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 18723834 - 18723542
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723834 gacataatcaaagcgacagaagactttgacatgagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 18723735  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  18723734 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaattttaacagaaataaagcacaaaca 18723635  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  18723634 tatagtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggatagaggaagcttattctctgtcttgta 18723542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 18733045 - 18732996
Alignment:
Q  162 cttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 211  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18733045 cttttgattagagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaag 18732996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 31 - 312
Target Start/End: Original strand, 1604237 - 1604518
Alignment:
Q  31 agcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 130  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604237 agcaacggaagacttcgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaag 1604336  T
Q  131 aaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 230  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604337 aaacttcacggctatgaagaagaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagc 1604436  T
Q  231 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604437 tttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 1604518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 1088490 - 1088782
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1088490 gacattattaaagcaacagaggactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatagaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1088589  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1088590 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1088689  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1088690 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 1088782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1541790 - 1541498
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  1541790 gacatcatcaaagcaacagaagacttcgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaggttg 1541691  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541690 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1541591  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1541590 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagagaggaagcttattctctgtcttgta 1541498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 1595896 - 1596188
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  1595896 gacataatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacgggagcatatggaagtgtttacagggcacaattaccaagtggaaaggttg 1595995  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1595996 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagccgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1596095  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1596096 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctgtcttgta 1596188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 1105839 - 1106131
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105839 gacataatcaaagcaacggaagactttgacatgagatattgcattggaactggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 1105938  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105939 ttgccttaaagaaacttcacggctatgaagtcgaggttccatcttttgatgagagtttcaaaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 1106038  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  1106039 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagaaaggaagcctgttctctatcttgta 1106131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1557734 - 1557442
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  1557734 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggtaatgttg 1557635  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  1557634 ttgctttaaagaaacttcacggctatgaagctgaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcacaaaca 1557535  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1557534 tatcgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatatatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 1557442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1551024 - 1550732
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1551024 gacattattaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaaccggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggcaaggttg 1550925  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    | |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  1550924 tcgccttaaagaaacttcatggctatgaagcagacgttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattgacagaaataaagcaccgaca 1550825  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  1550824 tattgtgaagcttcatggattctgcttgcacaagagaatcatgtttttgatctatcagtacatggagagaggaagcttgttcactgtcttgta 1550732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 2329530 - 2329822
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2329530 gacatcattaaagcaacagaagactttgacattagatattgtattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2329629  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2329630 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagatataaagcaccggca 2329729  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2329730 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctgtcttgta 2329822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 2321032 - 2321324
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2321032 gacatcattagagcaacggaagattttgacattagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2321131  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321132 ttgccttgaagaaacttcacggctatgaagcagagctgccagcttttgatgaaagttttagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaaa 2321231  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  2321232 tattgtgaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctaccattacatggagagaggaagtttgttctccgtcttgta 2321324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 2337429 - 2337721
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||    
T  2337429 gacattattaaagcaacagaagactttgacattagatattgcattgggacaggagcatatggaagtgtttataaggcacaattaccatgtggaaaagttg 2337528  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2337529 ttgcaataaagaaacttcacggctatgaagcagaggttccatcttttgatgagagtttcagaaatgaagtgaaaatattatcagatataaagcaccgaca 2337628  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2337629 tatcgtgaagctttatggattctgtctccacagaagaatcatgtttttgatctacgagtacatggagaaaggtagcttgttctctggcttgta 2337721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 3955782 - 3955492
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  3955782 gacatcattagagcaacaaaagactttgacattaaatattgcattggaaaaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggtaaatttg 3955683  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    ||||  |||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  3955682 ttgcactaaaaaaacttcatagctacgaagcagaggtgccatctcttgatgaaagttttagaaatgaagtgaaaatattatcagaaataaagcacagaaa 3955583  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttg 310  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  3955582 tattgtgaagctttatggattttgtttgcataaaagagttatgtttttgatctatcagtatatggaaaaaggaagcttgttctccgtcttg 3955492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 20 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 9532375 - 9532093
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||| | || |||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| ||| ||||    
T  9532375 gacattattaaagcaatacaacactttgacattagatattgcatatggacaggagcatatggaagtgtatacaagactcaattaccatgtgacaaagttg 9532276  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||  | |    
T  9532275 tcgccttaaagaaacttcacatctatgaagcagaggtgccatcttttgatgcgagtttcaaaaatgaagcgagaatattataaaaaataaatcacataaa 9532176  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctc 303  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  9532175 tattgttaagctttatggattatgattgtacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacgt-gagaaaggaagtttgttctc 9532093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 30792145 - 30792438
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| |  ||| ||| | ||| |||||| |||||| | || ||| || ||||||| ||||    
T  30792145 gacattattaaagcaacataacactttgacattagatattacatcgagacatgaggacatgaaagtgtatacaagactcatttatcatgtggcaaagttg 30792244  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||| || | ||  ||||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |    
T  30792245 ttgccttatagaaacttcacaactatgaaacaaatgtgtcatcttttgttacaagtttcataaatgaagtgagaatattatcataaataaagcacataaa 30792344  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcac-aaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||| |||||    
T  30792345 tattgttaagctttatagattctgcttgcacaaaaagaatcgtgtttttgatctatcaatacgtagagaaaagaagctagttctttgttttgta 30792438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 19250247 - 19250538
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttg 119  Q
    ||||| || ||||||||| || |||||||||| |||||||||||    |||||| |||||| |||||| |||||| | | ||||||| |||| || ||||    
T  19250247 gacattattaaagcaacacaacactttgacattagatattgcatcatgacaggatcatatgaaagtgtatacaagactcgattaccatgtggtaaagttg 19250346  T
Q  120 ttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgaca 219  Q
    | || ||||||||| |||||  |||||||| ||| || || ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||  | |    
T  19250347 tcgctttaaagaaatttcacaactatgaagtagatgtgccgtcttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcatatataaaacacataaa 19250446  T
Q  220 tattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| || |||||    
T  19250447 tattgttaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacat-gaaaaatgaagcttgttctcggttttgta 19250538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 42 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 41669093 - 41668823
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  41669093 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 41668994  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  41668993 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcagaattgaagtgaaaatattataaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 41668894  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||| ||| |||||||| || |||||    
T  41668893 tgcttgcacaaaagaataatgtttttaatctatcgatacatgaaaaaagaaagtttgttctcagttttgta 41668823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 42 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42978019 - 42977749
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  42978019 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 42977920  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  42977919 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 42977820  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |||||    
T  42977819 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcggttttgta 42977749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 312
Target Start/End: Original strand, 54122784 - 54123054
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  54122784 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 54122883  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||  | |||||||||  |||     
T  54122884 ctatgaagcagatgtgtcatcttttgatgtgagtttcacaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatatctttaagctttatatattt 54122983  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |||||    
T  54122984 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcagttttgta 54123054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 48712677 - 48712417
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  48712677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 48712578  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
    |||| ||||||| ||  | ||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  48712577 ctattaagcagatgtgtcttcttttgatgcgattttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaa-cagataaatattgttaagctttatggattt 48712479  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctc 303  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||    
T  48712478 tgcttgcacaaaagaatcatattttcaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctc 48712417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 214
Target Start/End: Original strand, 16880134 - 16880331
Alignment:
Q  18 tggacatcatcaaagcaacagaagactttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggt 117  Q
    ||||||| || |||| |||| || |||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | | |||||||  | |||| ||    
T  16880134 tggacattattaaagaaacacaacactttgacattagatattgcatcggcacaagagcatatggaagtgtatacaagactcgattaccatcttgcaaagt 16880233  T
Q  118 tgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaa-gtgagaatattatcagaaataaagcac 214  Q
    ||  |||||||||||| |||||  |||||||| | | ||  ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16880234 tgccgccttaaagaaatttcacaactatgaagtaaaagtgtcatcttttgatgcgagtttcagaaatgaatgtgagaatattatcagaaataaagcac 16880331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 303
Target Start/End: Original strand, 31657883 - 31658144
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||| |||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  ||||  |||||||||||||||||      
T  31657883 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcacatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgtcaccttaaagaaacttcacaa 31657982  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
    ||| |||  ||| ||  ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||     
T  31657983 ctacgaaatagatgtgtcatcttttgatgcgaatttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattt 31658082  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||    
T  31658083 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctc 31658144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 7e-49; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 8873340 - 8873078
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||      
T  8873340 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatggaagtgtatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcgaccttaaagaaacttcacaa 8873241  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatgga-tt 240  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||   | ||||| | |||||||||||| ||    
T  8873240 ctatgaagcagatgtgtcatcgtttgatgccagtttcagaattgaagtgagaatattataaaaaataaagcagataaatattattaagctttatggattt 8873141  T
Q  241 ctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctc 303  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||    
T  8873140 ttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctc 8873078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 73 - 312
Target Start/End: Original strand, 36620505 - 36620741
Alignment:
Q  73 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgat 172  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||   |||||||||||      
T  36620505 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgccaccttaaagaaacttcacaactattaagcagatgt---atcttttgatgcg 36620601  T
Q  173 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 272  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36620602 agtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaatcatgtttttaatct 36620701  T
Q  273 atcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||| | | || ||| |||||||| || |||||    
T  36620702 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgta 36620741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 73 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 39102501 - 39102263
Alignment:
Q  73 agcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccgctatgaagcagaggttccatcttttgatgat 172  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||||| || |||||||  |||   |||||||||| ||||||  |||| ||||||| ||  ||||||||||||      
T  39102501 agcatatggaagtttatacaagactcaattatcatgtggcaaatttgcctccttaaagaa-cttcacaactattaagcagatgtgtcatcttttgatgcg 39102403  T
Q  173 agtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattctgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatct 272  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  39102402 agttttagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaagctttatggattttgcttgcacaaaagaagcatgtttttaatat 39102303  T
Q  273 atcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    ||||||||||| | | || ||| |||||||| || |||||    
T  39102302 atcaatacatgaaaagagaaagtttgttctcggttttgta 39102263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 42 - 312
Target Start/End: Original strand, 1257677 - 1257947
Alignment:
Q  42 actttgacatgagatattgcattggaacaggagcatatggaagtgtttacaaggcacaattaccaagtggcaaggttgttgccttaaagaaacttcaccg 141  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  |||  |||||||| |||||| |||||| | |||||| || ||||| |  |||   |||||||||||||||||      
T  1257677 actttgacattagatattgcatcgtgacataagcatatgaaagtgtatacaagactcaattatcatgtggccaatttgccaccttaaagaaacttcacaa 1257776  T
Q  142 ctatgaagcagaggttccatcttttgatgatagtttcagaaatgaagtgagaatattatcagaaataaagcaccgacatattgtgaagctttatggattc 241  Q
     ||||||||||| ||  ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| || ||||||| |||     
T  1257777 atatgaagcagatgtgtcattttttgatgcgagtttcagaattgaagtgagaatattatcaaaaataaagcagataaatattgttaaactttatgaattt 1257876  T
Q  242 tgcttgcacaaaagaatcatgtttttgatctatcaatacatggagaaaggaagcttgttctctgtcttgta 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||||||| || |||||    
T  1257877 tgtttgcacaaaagaatcatgtttttaatctatcaatacatgaaaaaagaaagtttgttctcggttttgta 1257947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University